More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0284 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0284  30S ribosomal protein S12  100 
 
 		 136 aa  271  2.0000000000000002e-72  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000309063  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1856  30S ribosomal protein S12  96.35 
 
 		 137 aa  262  1e-69  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0880493  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2428  30S ribosomal protein S12  96.99 
 
 		 135 aa  259  8.999999999999999e-69  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0584234  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0175  30S ribosomal protein S12  96.77 
 
 		 129 aa  243  4.9999999999999997e-64  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  unclonable  0.000000000018595  normal  0.463989 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2234  30S ribosomal protein S12  98.35 
 
 		 135 aa  241  1.9999999999999999e-63  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000995166  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2069  30S ribosomal protein S12  95.12 
 
 		 128 aa  238  2e-62  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000594982  normal  0.793383 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2301  30S ribosomal protein S12  94.31 
 
 		 128 aa  236  6.999999999999999e-62  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.000000703033  decreased coverage  0.000703335 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1606  ribosomal protein S12  82.26 
 
 		 126 aa  213  8e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.524218 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4339  30S ribosomal protein S12  78.1 
 
 		 137 aa  211  2.9999999999999995e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.681919  normal  0.587181 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0621  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 		 123 aa  210  5.999999999999999e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000330783  decreased coverage  1.9094399999999998e-21 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2071  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 		 123 aa  210  5.999999999999999e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.944717  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0386  30S ribosomal protein S12  79.84 
 
 		 125 aa  209  7.999999999999999e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0122913  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4449  ribosomal protein S12  81.6 
 
 		 142 aa  209  1e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0473  30S ribosomal protein S12  80.65 
 
 		 124 aa  209  1e-53  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1942  30S ribosomal protein S12  76.69 
 
 		 134 aa  208  2e-53  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0273  30S ribosomal protein S12  79.03 
 
 		 125 aa  208  2e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0102222  hitchhiker  0.00000133028 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1221  30S ribosomal protein S12  81.45 
 
 		 124 aa  208  2e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00000786754  hitchhiker  0.00402882 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1063  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 		 123 aa  209  2e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000011853  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0842  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 		 123 aa  208  2e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000117432  hitchhiker  0.000366661 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0675  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 		 123 aa  208  2e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00545662  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0268  30S ribosomal protein S12  79.03 
 
 		 125 aa  208  2e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.0000012453  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2845  30S ribosomal protein S12  78.4 
 
 		 126 aa  207  3e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.904067  normal  0.207657 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0309  30S ribosomal protein S12  78.4 
 
 		 126 aa  207  3e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0102814  normal  0.289006 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3649  30S ribosomal protein S12  78.4 
 
 		 126 aa  207  4e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111216  hitchhiker  0.000000000929733 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2263  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 		 123 aa  207  4e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.12469  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0887  30S ribosomal protein S12  80.65 
 
 		 124 aa  207  4e-53  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000822603 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0711  30S ribosomal protein S12  80 
 
 		 136 aa  206  7e-53  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.305716  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0595  30S ribosomal protein S12  80 
 
 		 137 aa  206  9e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.121004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3782  30S ribosomal protein S12  78.23 
 
 		 126 aa  206  1e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00172098  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3442  30S ribosomal protein S12  78.23 
 
 		 126 aa  205  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000394059  normal  0.236546 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0271  30S ribosomal protein S12  78.23 
 
 		 126 aa  205  1e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.635943 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4009  ribosomal protein S12  80.49 
 
 		 123 aa  206  1e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0866702  normal  0.990626 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3073  30S ribosomal protein S12  78.23 
 
 		 126 aa  206  1e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0733593  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0322  30S ribosomal protein S12  78.23 
 
 		 126 aa  205  1e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.46074  normal  0.0169836 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0244  30S ribosomal protein S12  78.23 
 
 		 126 aa  205  1e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.240123  normal  0.127892 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2764  30S ribosomal protein S12  78.23 
 
 		 126 aa  205  1e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0416814  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3861  30S ribosomal protein S12  78.05 
 
 		 125 aa  206  1e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0262  30S ribosomal protein S12  78.23 
 
 		 126 aa  205  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.822385  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0659  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 		 127 aa  205  1e-52  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.254594  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3751  30S ribosomal protein S12  78.23 
 
 		 126 aa  206  1e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0182749  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0343  30S ribosomal protein S12  78.23 
 
 		 126 aa  205  1e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3809  30S ribosomal protein S12  78.23 
 
 		 126 aa  206  1e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0075  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 		 123 aa  205  2e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.392906 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3830  30S ribosomal protein S12  79.84 
 
 		 124 aa  205  2e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000656344  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3174  30S ribosomal protein S12  77.42 
 
 		 126 aa  204  2e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00103484  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2637  30S ribosomal protein S12  77.42 
 
 		 126 aa  204  2e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.419489  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3473  30S ribosomal protein S12  77.42 
 
 		 126 aa  204  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0860232  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1290  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 		 127 aa  205  2e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0116832  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4010  30S ribosomal protein S12  79.84 
 
 		 124 aa  205  2e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000175361  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1919  30S ribosomal protein S12  77.42 
 
 		 126 aa  204  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000102606  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0260  30S ribosomal protein S12  75.76 
 
 		 135 aa  204  2e-52  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000200867  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1143  ribosomal protein S12  75.56 
 
 		 135 aa  205  2e-52  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.584147  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0401  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 		 127 aa  205  2e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1426  30S ribosomal protein S12  76.8 
 
 		 126 aa  205  2e-52  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0159812  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3166  30S ribosomal protein S12  81.82 
 
 		 137 aa  204  2e-52  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.935823 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4551  30S ribosomal protein S12  79.84 
 
 		 124 aa  205  2e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000187962  normal  0.158783 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0333  30S ribosomal protein S12  77.42 
 
 		 125 aa  204  3e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00769915 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0220  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 		 124 aa  204  3e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000630102  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0198  30S ribosomal protein S12  78.23 
 
 		 125 aa  204  3e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000216597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0052  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 		 123 aa  204  3e-52  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3800  30S ribosomal protein S12  78.23 
 
 		 125 aa  204  4e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.0000000117431  n/a   
 
 
 
NC_009708  YpsIP31758_3921  30S ribosomal protein S12  79.03 
 
 		 124 aa  203  6e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000012429  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1539  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 		 125 aa  203  6e-52  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0314  30S ribosomal protein S12  79.2 
 
 		 125 aa  203  6e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  1.4670400000000002e-24  hitchhiker  0.000521064 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0275  30S ribosomal protein S12  79.03 
 
 		 124 aa  203  6e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000516158  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3678  30S ribosomal protein S12  79.03 
 
 		 124 aa  203  6e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000880258  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1564  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 		 125 aa  203  6e-52  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0581883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3343  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 		 125 aa  203  7e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00659827  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0316  30S ribosomal protein S12  79.03 
 
 		 124 aa  203  7e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000103775  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0251  30S ribosomal protein S12  78.05 
 
 		 125 aa  202  9e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000000153437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4320  30S ribosomal protein S12  79.03 
 
 		 124 aa  202  1e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00391297 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1259  30S ribosomal protein S12  78.23 
 
 		 125 aa  202  1e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03930  30S ribosomal protein S12  79.03 
 
 		 124 aa  202  1e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0323  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 		 124 aa  202  1e-51  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.436822  normal  0.655724 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3928  30S ribosomal protein S12  79.03 
 
 		 124 aa  202  1e-51  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.418026  normal  0.366347 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0928  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 		 123 aa  202  1e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000041416  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1341  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 		 123 aa  202  1e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000369822  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3333  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 		 123 aa  202  1e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.70711e-17 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0301  30S ribosomal protein S12  79.03 
 
 		 124 aa  202  1e-51  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000933242 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0281  30S ribosomal protein S12  78.05 
 
 		 124 aa  202  1e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000103953  decreased coverage  0.00000987169 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2955  30S ribosomal protein S12  78.4 
 
 		 125 aa  201  2e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0353473  hitchhiker  0.000186229 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3024  30S ribosomal protein S12  78.4 
 
 		 125 aa  201  2e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000203236  decreased coverage  0.00243586 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3302  30S ribosomal protein S12  78.4 
 
 		 125 aa  201  2e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.000000119116  hitchhiker  0.00857233 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1770  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 		 123 aa  201  2e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0593417  normal  0.388424 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3185  30S ribosomal protein S12  78.4 
 
 		 125 aa  202  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0661629  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2019  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 		 124 aa  202  2e-51  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2719  30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 		 126 aa  201  2e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0011677  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2405  30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 		 126 aa  201  2e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000879391  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1358  30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 		 123 aa  201  2e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.179796  normal  0.150246 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2651  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 		 123 aa  201  3e-51  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.31223  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1077  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 		 124 aa  201  3e-51  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05695  putative 30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 		 124 aa  201  3e-51  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16341  30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 		 123 aa  201  3e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.369961  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0274  30S ribosomal protein S12  77.6 
 
 		 125 aa  200  4e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000134966  unclonable  0.0000000817173 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4920  ribosomal protein S12  77.24 
 
 		 125 aa  201  4e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.11555  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3327  30S ribosomal protein S12  77.6 
 
 		 125 aa  201  4e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.716206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2338  30S ribosomal protein S12  78.05 
 
 		 125 aa  201  4e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.00000000575958  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1551  30S ribosomal protein S12  78.05 
 
 		 123 aa  200  4e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00133332  normal  0.90394 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0398  ribosomal protein S12  78.23 
 
 		 124 aa  200  5e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000000213628  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1529  ribosomal protein S12  76.42 
 
 		 124 aa  200  5e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000223739  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>