59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3548 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3548  globin  100 
 
 		 119 aa  247  5e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.209186  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0052  globin  72.13 
 
 		 122 aa  187  2.9999999999999997e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2086  globin  54.14 
 
 		 133 aa  144  3e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2180  globin  54.14 
 
 		 133 aa  143  8.000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1754  globin like protein  53.38 
 
 		 133 aa  142  1e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2228  globin  50.83 
 
 		 153 aa  138  3e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.134976  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2328  globin  48.72 
 
 		 120 aa  131  3e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.313085 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2252  globin  49.12 
 
 		 120 aa  127  4.0000000000000003e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.457276  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1809  globin  27.59 
 
 		 143 aa  70.9  0.000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1894  globin  30.77 
 
 		 122 aa  70.1  0.00000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00177457  normal  0.142555 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1552  globin  27.19 
 
 		 121 aa  67.4  0.00000000007  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3940  hypothetical protein  31.58 
 
 		 142 aa  67  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0304408  hitchhiker  0.00309089 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2581  globin  26.72 
 
 		 119 aa  67  0.00000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.257068  normal  0.85949 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4206  protozoan/cyanobacterial globin family protein  30.7 
 
 		 140 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0254  globin  26.72 
 
 		 144 aa  63.2  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3911  globin  27.59 
 
 		 143 aa  62.4  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1229  globin  30.09 
 
 		 139 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.435049  normal  0.149006 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3681  globin  25.44 
 
 		 141 aa  60.5  0.000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.18078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3162  globin  26.55 
 
 		 147 aa  60.5  0.000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.408316  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4165  globin  26.32 
 
 		 128 aa  59.3  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11575  hemoglobin glbN  25.22 
 
 		 136 aa  58.9  0.00000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3117  globin  25 
 
 		 158 aa  56.6  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.746376  normal  0.148151 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1963  globin  27.59 
 
 		 175 aa  56.6  0.0000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.230814  normal  0.0183414 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1232  globin protein  26.55 
 
 		 147 aa  55.8  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.142664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1425  globin  25.22 
 
 		 146 aa  55.8  0.0000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3674  globin  24.79 
 
 		 121 aa  55.5  0.0000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0724  globin  32.1 
 
 		 116 aa  55.5  0.0000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03174  globin family protein  25.86 
 
 		 143 aa  54.3  0.0000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01283  cyanoglobin  28.07 
 
 		 131 aa  53.9  0.0000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.678014  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3320  globin  23.28 
 
 		 158 aa  53.5  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.808625 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2350  globin  28.57 
 
 		 144 aa  52.8  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1079  globin  23.28 
 
 		 163 aa  53.5  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4508  globin  23.89 
 
 		 121 aa  52.8  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.374683  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4891  globin  23.89 
 
 		 121 aa  52.8  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.299663 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4595  globin  23.89 
 
 		 121 aa  52.8  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.676061 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2726  globin  32.56 
 
 		 174 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2015  globin  26.5 
 
 		 121 aa  52.8  0.000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1194  globin  23.48 
 
 		 158 aa  52.4  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1242  globin family protein  28.07 
 
 		 145 aa  52  0.000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.954597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3176  globin  22.81 
 
 		 158 aa  50.4  0.000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3177  globin  22.81 
 
 		 158 aa  50.4  0.000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0645  globin  34.72 
 
 		 125 aa  47.4  0.00006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2414  globin  29.59 
 
 		 146 aa  47.4  0.00006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.76431  normal  0.163683 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0182  globin  28.32 
 
 		 124 aa  46.6  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.96445  normal  0.330337 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0187  globin  28.32 
 
 		 124 aa  46.6  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3685  globin  29.73 
 
 		 124 aa  45.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0248  globin  34.34 
 
 		 257 aa  44.7  0.0004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.552337  normal  0.72518 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5169  globin  24.47 
 
 		 124 aa  43.5  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00113339 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2981  globin  20.18 
 
 		 124 aa  43.5  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.175312  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2457  hypothetical protein  28.57 
 
 		 124 aa  43.1  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1376  globin  31.15 
 
 		 124 aa  42.4  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.510666  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0774  putative oxygen-binding protein (globin)  30.33 
 
 		 126 aa  42.4  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.207145 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1333  globin  32.26 
 
 		 127 aa  42  0.003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.143229  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7355  hypothetical protein  31.25 
 
 		 132 aa  42  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1626  globin  30.93 
 
 		 137 aa  41.6  0.004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3425  globin  33.9 
 
 		 173 aa  41.2  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.646541 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2601  hypothetical protein  27.78 
 
 		 124 aa  40.8  0.006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3264  globin  24.51 
 
 		 124 aa  40.8  0.007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0373  globin  20.18 
 
 		 159 aa  40.8  0.007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000584442  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>