101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3153 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3153  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 
273 aa  538  9.999999999999999e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0270321  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2545  extracellular solute-binding protein  63.52 
 
 
283 aa  293  2e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.37773 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3268  extracellular solute-binding protein  62.29 
 
 
278 aa  287  1e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.1929 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1640  extracellular solute-binding protein  57.85 
 
 
267 aa  271  1e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.152347  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4414  putative molybdate transport system substrate-binding protein  59.15 
 
 
274 aa  267  1e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2276  extracellular solute-binding protein  52.65 
 
 
263 aa  261  8.999999999999999e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.493855 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6283  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  53.39 
 
 
264 aa  256  3e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0842  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  51.34 
 
 
276 aa  253  3e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0876372 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4981  extracellular solute-binding protein  53.28 
 
 
260 aa  251  1e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.894969 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6372  extracellular solute-binding protein  54.24 
 
 
279 aa  250  2e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.752817 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5624  extracellular solute-binding protein  54.24 
 
 
279 aa  248  9e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0979228 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5521  extracellular solute-binding protein family 1  54.27 
 
 
260 aa  246  4e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.134919 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2760  extracellular solute-binding protein family 1  55.79 
 
 
263 aa  246  4e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6011  extracellular solute-binding protein  53.42 
 
 
260 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6135  extracellular solute-binding protein  54.08 
 
 
263 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6429  extracellular solute-binding protein  52.99 
 
 
260 aa  241  1e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6664  extracellular solute-binding protein  52.99 
 
 
260 aa  241  1e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6262  extracellular solute-binding protein  52.56 
 
 
260 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.853553  normal  0.357711 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3511  extracellular solute-binding protein  54 
 
 
256 aa  235  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0442496  normal  0.383043 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0544  extracellular solute-binding protein family 1  53.42 
 
 
260 aa  235  5.0000000000000005e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0531  extracellular solute-binding protein  52.81 
 
 
260 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3211  putative solute-binding periplasmic protein  53.42 
 
 
260 aa  225  6e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.838117  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3196  extracellular solute-binding protein  53.42 
 
 
260 aa  225  6e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3157  ABC-type molybdate transport system, periplasmic component  52.99 
 
 
260 aa  224  1e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0874  hypothetical protein  53.88 
 
 
260 aa  224  2e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.138808  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2708  hypothetical protein  53.88 
 
 
260 aa  224  2e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.379814  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1902  hypothetical protein  53.88 
 
 
260 aa  224  2e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.157371  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1410  extracellular solute-binding protein, putative  52.99 
 
 
260 aa  223  3e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.513978  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3166  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  51.52 
 
 
259 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.32074 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3335  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  50.65 
 
 
259 aa  219  3e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3934  extracellular solute-binding protein  48.63 
 
 
279 aa  218  1e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0494971  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3890  putative ABC transporter  48.92 
 
 
256 aa  212  4.9999999999999996e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0957291  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02401  extracellular solute-binding protein, family 1  48.5 
 
 
259 aa  207  1e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3180  extracellular solute-binding protein  44.05 
 
 
268 aa  197  1.0000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3159  extracellular solute-binding protein  40.62 
 
 
263 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6046  extracellular solute-binding protein  42.86 
 
 
261 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.829296 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4319  putative ABC transporter, periplasmic molybdate binding protein  43.62 
 
 
219 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.579544  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3414  hypothetical protein  41.98 
 
 
233 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0101093 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0091  hypothetical protein  41.4 
 
 
258 aa  144  1e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4123  extracellular solute-binding protein  41.4 
 
 
258 aa  144  1e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0090  hypothetical protein  41.4 
 
 
272 aa  144  2e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1278  hypothetical protein  36.02 
 
 
229 aa  142  8e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000772108 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5739  putative ABC transporter, periplasmic molybdate binding protein  45.21 
 
 
230 aa  132  6.999999999999999e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0340  putative ABC transporter, periplasmic molybdate binding protein  36.99 
 
 
236 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.942434  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0167  putative ABC transporter, periplasmic molybdate binding protein  40.27 
 
 
230 aa  123  3e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6037  ABC molybdate transporter, periplasmic ligand binding protein  38.3 
 
 
235 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0766944  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6373  ABC molybdate transporter, periplasmic ligand binding protein  36.53 
 
 
235 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.327328  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0980  putative extracellular metal-binding protein  36.51 
 
 
229 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.221383 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7568  ABC molybdate transporter, periplasmic ligand binding protein  38.83 
 
 
235 aa  109  5e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.253148  normal  0.789293 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1554  hypothetical protein  35.52 
 
 
226 aa  100  3e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.399725  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0618  hypothetical protein  29.91 
 
 
231 aa  96.3  4e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4568  hypothetical protein  35.1 
 
 
209 aa  81.6  0.00000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.544731 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4370  ABC molybdate transporter, periplasmic ligand binding protein  32.97 
 
 
232 aa  75.1  0.000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2331  molybdenum ABC transporter, periplasmic molybdate-binding protein  25.42 
 
 
271 aa  58.2  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.618234 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05725  ABC-type molybdate transport system periplasmic component  27.59 
 
 
250 aa  57.8  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4477  molybdenum ABC transporter, periplasmic molybdate-binding protein  25 
 
 
269 aa  55.1  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.763394 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3481  molybdate-binding periplasmic protein precursor  25.95 
 
 
250 aa  53.9  0.000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4560  molybdenum ABC transporter, periplasmic molybdate-binding protein  24.75 
 
 
279 aa  53.9  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000119032  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4941  molybdenum ABC transporter, periplasmic molybdate-binding protein  26.27 
 
 
269 aa  53.1  0.000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.274333 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0231  molybdenum ABC transporter, periplasmic molybdate-binding protein  26.01 
 
 
265 aa  52.4  0.000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.513026 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000117  molybdenum ABC transporter, periplasmic molybdenum-binding protein ModA  23.14 
 
 
251 aa  52  0.00001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.935333  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3319  molybdenum ABC transporter, periplasmic molybdate-binding protein  25.59 
 
 
252 aa  51.6  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0543133  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1824  molybdenum ABC transporter, periplasmic molybdate-binding protein  26.95 
 
 
275 aa  51.2  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.694807  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5514  molybdenum ABC transporter, periplasmic molybdate-binding protein  25.37 
 
 
265 aa  49.7  0.00005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2037  molybdenum ABC transporter, periplasmic molybdate-binding protein  27.73 
 
 
250 aa  49.3  0.00006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3427  molybdate ABC transporter periplasmic molybdate-binding protein  25.51 
 
 
251 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2540  hypothetical protein  30.95 
 
 
183 aa  48.5  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.560007 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3709  molybdenum ABC transporter, periplasmic molybdate-binding protein  25 
 
 
265 aa  48.1  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0449  molybdenum ABC transporter, periplasmic molybdate-binding protein  25.52 
 
 
251 aa  48.5  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0970  molybdate ABC transporter periplasmic molybdate-binding protein  25.45 
 
 
272 aa  48.5  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0782  molybdate-binding periplasmic protein precursor ModA  22.5 
 
 
244 aa  48.1  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.657467  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2941  molybdenum ABC transporter periplasmic-binding protein  24.9 
 
 
251 aa  47  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4147  molybdenum ABC transporter, periplasmic molybdate-binding protein  23.64 
 
 
271 aa  47.4  0.0003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.645974  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0301  putative molybdenum ABC transporter, solute-binding protein  26.04 
 
 
280 aa  47.4  0.0003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1303  molybdate transporter periplasmic protein  22.27 
 
 
257 aa  47  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3543  molybdenum ABC transporter, periplasmic molybdate-binding protein  24.62 
 
 
252 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.020365 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2326  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate- binding protein  26.59 
 
 
334 aa  47.4  0.0003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000000119117  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2080  molybdenum ABC transporter (substrate-binding protein)  27.82 
 
 
255 aa  46.6  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.595185  normal  0.762824 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3197  molybdenum ABC transporter, periplasmic molybdate-binding protein  24.18 
 
 
252 aa  47  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50670  molybdenum transporter, periplasmic molybdate-binding protein  27.35 
 
 
252 aa  46.6  0.0004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.646558  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2973  molybdate ABC transporter, periplasmic molybdate-binding protein  25.5 
 
 
237 aa  46.6  0.0005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.203124  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4169  molybdenum ABC transporter, periplasmic molybdate-binding protein  25.93 
 
 
258 aa  46.2  0.0005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.000521037  normal  0.0708961 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3871  ABC molybdate transporter, periplasmic binding protein ModA  25.83 
 
 
258 aa  46.2  0.0006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.609422  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4313  hypothetical protein  25.96 
 
 
254 aa  44.7  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1942  molybdenum ABC transporter, periplasmic molybdate-binding protein  24.11 
 
 
252 aa  45.4  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3851  molybdenum ABC transporter, periplasmic molybdate-binding protein  27.04 
 
 
261 aa  45.4  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.133197  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3965  molybdenum ABC transporter, periplasmic molybdate-binding protein  27.04 
 
 
261 aa  45.4  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.000683458  normal  0.0526206 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1443  molybdenum ABC transporter, periplasmic molybdate-binding protein  21.99 
 
 
283 aa  45.1  0.001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3518  molybdenum ABC transporter, periplasmic molybdate-binding protein  26.4 
 
 
256 aa  44.7  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40390  molybdate-binding periplasmic protein precursor modA  25.42 
 
 
251 aa  44.3  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2178  molybdenum ABC transporter, periplasmic molybdate-binding protein  22.95 
 
 
268 aa  44.3  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000275297 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1370  molybdenum ABC transporter, periplasmic molybdate-binding protein  22.91 
 
 
262 aa  44.3  0.002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.215303  normal  0.092476 
 
 
-
 
NC_002936  DET1161  molybdenum ABC transporter, periplasmic molybdate-binding protein  27.84 
 
 
267 aa  43.9  0.003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0188825  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0979  molybdenum ABC transporter, periplasmic molybdate-binding protein  25.1 
 
 
252 aa  43.9  0.003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02318  molybdate ABC transporter, periplasmic molybdate-binding protein  23.73 
 
 
258 aa  43.9  0.003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.689818  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3359  hypothetical protein  25.96 
 
 
254 aa  43.1  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.13446 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0058  molybdenum ABC transporter, periplasmic molybdate-binding protein  28.95 
 
 
265 aa  43.5  0.004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.287616 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0106  putative molybdate-binding periplasmic signal peptide protein  25.56 
 
 
257 aa  42.7  0.006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.173148 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3878  molybdenum ABC transporter, periplasmic molybdate-binding protein  25.23 
 
 
263 aa  42.4  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.121344  normal  0.0173995 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3828  molybdenum ABC transporter periplasmic molybdate-binding protein  24.12 
 
 
252 aa  42.4  0.008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.968205 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>