More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1895 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007413  Ava_5000  glucose-inhibited division protein A  62.77 
 
 
535 aa  659    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.001009  normal  0.292881 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1895  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  100 
 
 
540 aa  1083    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4872  putative fumarate/succinate reductase flavoprotein subunit  63.25 
 
 
542 aa  637    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.498075  normal  0.251586 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0548  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  60.23 
 
 
536 aa  628  1e-178  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4335  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like protein  60.84 
 
 
549 aa  598  1e-170  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3480  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  57.42 
 
 
540 aa  538  1e-151  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3157  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  49.71 
 
 
532 aa  449  1e-125  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.532251  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2620  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  50.19 
 
 
532 aa  443  1e-123  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2581  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like protein  50 
 
 
532 aa  440  9.999999999999999e-123  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2626  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  50 
 
 
532 aa  440  9.999999999999999e-123  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.110087  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1387  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  49.42 
 
 
522 aa  434  1e-120  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.185112  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5007  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like  48.36 
 
 
563 aa  429  1e-119  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0471341  normal  0.841595 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21930  oxidoreductase flavoprotein, asfA  46.78 
 
 
545 aa  411  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3287  putative oxidoreductase (AsfA-like), putative L-aspartate oxidase  46.53 
 
 
532 aa  368  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.928272  normal  0.259956 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3085  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  43.81 
 
 
526 aa  338  9.999999999999999e-92  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0528361 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2241  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  24.93 
 
 
590 aa  87.8  4e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0198056  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1635  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like protein  24.93 
 
 
590 aa  87.8  4e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1608  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  24.93 
 
 
590 aa  87.8  4e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.325786  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4205  putative oxidoreductase  27.11 
 
 
574 aa  88.2  4e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0571  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  24.93 
 
 
590 aa  87.8  4e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.75977  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0484  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  24.93 
 
 
590 aa  87.8  4e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.131154  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0669  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  25.54 
 
 
568 aa  88.2  4e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4093  putative oxidoreductase  27.11 
 
 
574 aa  88.2  4e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.668775  normal  0.807912 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5287  putative oxidoreductase  25.47 
 
 
579 aa  87  7e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0886566 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2250  L-aspartate oxidase  27.42 
 
 
522 aa  87  8e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3053  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  24.86 
 
 
540 aa  86.7  0.000000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0788  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  24.36 
 
 
579 aa  86.7  0.000000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3163  putative oxidoreductase  24.36 
 
 
576 aa  84.3  0.000000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.410228  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1960  putative oxidoreductase  25.47 
 
 
579 aa  84.7  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5622  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  24.36 
 
 
591 aa  84  0.000000000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.427862  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1661  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  24.36 
 
 
591 aa  84  0.000000000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.729694  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1887  putative oxidoreductase  25.28 
 
 
579 aa  83.6  0.000000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.217811  normal  0.846517 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5013  putative oxidoreductase  26.84 
 
 
574 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0271  putative oxidoreductase  28.25 
 
 
573 aa  83.2  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.144882 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10251  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  25.04 
 
 
646 aa  80.9  0.00000000000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.177698 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1298  putative oxidoreductase  26.6 
 
 
579 aa  80.5  0.00000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.10343 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3676  putative oxidoreductase  24.95 
 
 
582 aa  80.1  0.00000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.545814  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4191  putative oxidoreductase  23.13 
 
 
580 aa  79.3  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.991116  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3351  putative oxidoreductase  24.58 
 
 
582 aa  79.3  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.583827  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0379  twin-arginine translocation pathway signal  27.6 
 
 
641 aa  78.2  0.0000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34900  putative oxidoreductase  25.28 
 
 
574 aa  78.6  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000183064  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2224  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  26.16 
 
 
610 aa  78.6  0.0000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.559161 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3084  L-aspartate oxidase  27.87 
 
 
535 aa  77  0.0000000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.169021 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4485  L-aspartate oxidase  26.69 
 
 
545 aa  76.3  0.000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1478  putative oxidoreductase  25.71 
 
 
591 aa  76.6  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6105  putative oxidoreductase  25.79 
 
 
579 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.224874  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3522  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  23.01 
 
 
564 aa  75.9  0.000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.00000000707251  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1710  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  29.69 
 
 
594 aa  75.5  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1972  putative oxidoreductase  25.79 
 
 
579 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1996  putative oxidoreductase  25.88 
 
 
579 aa  75.5  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0086  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  25.51 
 
 
542 aa  73.9  0.000000000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.970646  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2057  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  24.2 
 
 
556 aa  72.4  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4884  putative oxidoreductase  24.63 
 
 
578 aa  72.4  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.245713  normal  0.346185 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3067  L-aspartate oxidase  26.87 
 
 
548 aa  72.8  0.00000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.117293  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3127  L-aspartate oxidase  26.87 
 
 
548 aa  72.8  0.00000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.513503 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0678  putative oxidoreductase  24.38 
 
 
578 aa  71.2  0.00000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.434606 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3785  putative oxidoreductase/HEAT repeat-containing protein  30.86 
 
 
954 aa  71.6  0.00000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.824517  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1114  succinate dehydrogenase subunit A  22.39 
 
 
573 aa  71.2  0.00000000005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.358332  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1213  L-aspartate oxidase  21.03 
 
 
538 aa  70.5  0.00000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0621913  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0205  putative oxidoreductase  24.33 
 
 
574 aa  69.7  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.321427  normal  0.765338 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4196  putative oxidoreductase  24.74 
 
 
580 aa  70.1  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.616255  normal  0.708004 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00131  fumarate reductase flavoprotein subunit  22.55 
 
 
606 aa  70.1  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2355  L-aspartate oxidase  21.44 
 
 
532 aa  70.1  0.0000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.730681  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02120  adenylylsulfate reductase subunit alpha  24.71 
 
 
574 aa  68.9  0.0000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2801  putative oxidoreductase  24.1 
 
 
578 aa  68.9  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.312547  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3453  succinate dehydrogenase  23.91 
 
 
576 aa  68.9  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2871  L-aspartate oxidase  28.14 
 
 
509 aa  69.3  0.0000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.118629  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2251  L-aspartate oxidase  23.67 
 
 
535 aa  68.9  0.0000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00695711 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0221  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  23.77 
 
 
543 aa  68.9  0.0000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.143686  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9157  Aspartate oxidase-like protein  27.37 
 
 
863 aa  68.6  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.15159  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2530  Succinate dehydrogenase (ubiquinone)  25.61 
 
 
609 aa  68.2  0.0000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.279488 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2645  L-aspartate oxidase  27.72 
 
 
509 aa  67.8  0.0000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.363575 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0166  Succinate dehydrogenase  27.93 
 
 
711 aa  67.4  0.0000000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6149  putative oxidoreductase  25.07 
 
 
583 aa  66.2  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0402  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  24.27 
 
 
562 aa  66.2  0.000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.309781 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1249  L-aspartate oxidase  25.91 
 
 
532 aa  66.2  0.000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00428614  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0634  L-aspartate oxidase  27.41 
 
 
558 aa  65.9  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0410  L-aspartate oxidase  24.69 
 
 
532 aa  65.9  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.632554  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0677  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  22.6 
 
 
566 aa  65.9  0.000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0486405  hitchhiker  0.0000605931 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0011  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  23.32 
 
 
589 aa  65.5  0.000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0700  L-aspartate oxidase  25.56 
 
 
532 aa  65.5  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.130926  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1079  L-aspartate oxidase  24.87 
 
 
534 aa  64.3  0.000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.574449  hitchhiker  0.00000212842 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0213  L-aspartate oxidase  26.35 
 
 
548 aa  64.3  0.000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.145833 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0140  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  23.13 
 
 
542 aa  64.3  0.000000006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3424  L-aspartate oxidase  27.46 
 
 
847 aa  63.5  0.000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.714369  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0330  L-aspartate oxidase  24.42 
 
 
511 aa  63.2  0.00000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0924  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  25.59 
 
 
626 aa  63.5  0.00000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0917  L-aspartate oxidase  26.62 
 
 
513 aa  62.4  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26940  succinate dehydrogenase subunit A  23.39 
 
 
572 aa  62.8  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.898505  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4339  L-aspartate oxidase  24.53 
 
 
534 aa  62.8  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.348419  normal  0.0986789 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1684  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  20.87 
 
 
541 aa  62  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.333651  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11584  fumarate reductase flavoprotein subunit  24.84 
 
 
583 aa  62  0.00000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.532611 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002237  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  26.81 
 
 
599 aa  62  0.00000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0382  fumarate reductase flavoprotein subunit  22.22 
 
 
598 aa  62  0.00000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1066  L-aspartate oxidase  24.24 
 
 
534 aa  62  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000905222  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0449  L-aspartate oxidase  22.58 
 
 
556 aa  62  0.00000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_24902  predicted protein  25.59 
 
 
541 aa  62  0.00000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00163177  normal  0.0185281 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4061  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  26.36 
 
 
476 aa  61.6  0.00000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2665  L-aspartate oxidase  26.17 
 
 
538 aa  61.2  0.00000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2532  L-aspartate oxidase  21.19 
 
 
538 aa  61.2  0.00000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>