More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4093 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0205  putative oxidoreductase  80.18 
 
 
574 aa  969    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.321427  normal  0.765338 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0678  putative oxidoreductase  63.87 
 
 
578 aa  775    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.434606 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4067  putative oxidoreductase  63.57 
 
 
569 aa  748    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.594531 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3163  putative oxidoreductase  79.79 
 
 
576 aa  979    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.410228  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5287  putative oxidoreductase  84.32 
 
 
579 aa  1012    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0886566 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4093  putative oxidoreductase  100 
 
 
574 aa  1196    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.668775  normal  0.807912 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1478  putative oxidoreductase  65.85 
 
 
591 aa  790    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3676  putative oxidoreductase  66.49 
 
 
582 aa  801    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.545814  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6105  putative oxidoreductase  84.84 
 
 
579 aa  998    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.224874  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4191  putative oxidoreductase  66.84 
 
 
580 aa  805    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.991116  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1298  putative oxidoreductase  84.84 
 
 
579 aa  1015    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.10343 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6149  putative oxidoreductase  67.96 
 
 
583 aa  813    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1960  putative oxidoreductase  84.84 
 
 
579 aa  1014    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34900  putative oxidoreductase  81.05 
 
 
574 aa  980    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000183064  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1972  putative oxidoreductase  85.02 
 
 
579 aa  999    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3785  putative oxidoreductase/HEAT repeat-containing protein  58.82 
 
 
954 aa  671    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.824517  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2801  putative oxidoreductase  67.42 
 
 
578 aa  816    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.312547  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3351  putative oxidoreductase  66.84 
 
 
582 aa  805    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.583827  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1996  putative oxidoreductase  84.84 
 
 
579 aa  999    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4884  putative oxidoreductase  65.32 
 
 
578 aa  787    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.245713  normal  0.346185 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1887  putative oxidoreductase  84.67 
 
 
579 aa  1011    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.217811  normal  0.846517 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5013  putative oxidoreductase  81.05 
 
 
574 aa  987    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4196  putative oxidoreductase  68.67 
 
 
580 aa  800    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.616255  normal  0.708004 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4205  putative oxidoreductase  100 
 
 
574 aa  1196    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2224  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  44.76 
 
 
610 aa  448  1.0000000000000001e-124  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.559161 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0271  putative oxidoreductase  37.81 
 
 
573 aa  360  3e-98  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.144882 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02120  adenylylsulfate reductase subunit alpha  31.97 
 
 
574 aa  273  9e-72  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1710  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  32.51 
 
 
594 aa  250  4e-65  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0788  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  29.57 
 
 
579 aa  249  1e-64  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2057  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  30.09 
 
 
556 aa  223  7e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1191  adenylylsulfate reductase subunit alpha  26.53 
 
 
563 aa  183  9.000000000000001e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1048  adenylylsulfate reductase subunit alpha  26.84 
 
 
634 aa  179  2e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0255965  normal  0.0162611 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1080  adenylylsulfate reductase subunit alpha  27.36 
 
 
635 aa  173  7.999999999999999e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1830  adenylylsulfate reductase subunit alpha  27.19 
 
 
566 aa  171  4e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2282  adenylylsulfate reductase subunit alpha  26.37 
 
 
622 aa  170  6e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0924  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  25.61 
 
 
590 aa  168  2e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0065  adenylylsulfate reductase, alpha subunit  26.24 
 
 
632 aa  168  2.9999999999999998e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.683279  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0350  adenylylsulfate reductase subunit alpha  25.98 
 
 
622 aa  163  8.000000000000001e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.823555  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0430  succinate dehydrogenase subunit A  26.62 
 
 
568 aa  159  2e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1428  adenylylsulfate reductase subunit alpha  26.9 
 
 
627 aa  150  8e-35  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.102541 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3522  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  27.15 
 
 
564 aa  147  6e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.00000000707251  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0637  adenylylsulfate reductase subunit alpha  26.22 
 
 
624 aa  145  1e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1889  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  24.75 
 
 
591 aa  145  2e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000177663  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0273  adenylylsulfate reductase subunit alpha  25.65 
 
 
635 aa  144  6e-33  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  0.00000000319347  hitchhiker  0.0000001391 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0998  adenylylsulfate reductase subunit alpha  24.27 
 
 
659 aa  143  8e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000010424  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1235  adenylylsulfate reductase subunit alpha  24.72 
 
 
629 aa  141  3e-32  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3577  adenylylsulfate reductase subunit alpha  25.51 
 
 
625 aa  140  6e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000483589  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0210  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  26.03 
 
 
579 aa  139  2e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1885  adenylylsulfate reductase subunit alpha  26.68 
 
 
629 aa  137  5e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00911706  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1878  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  24.78 
 
 
591 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.178355  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1206  succinate dehydrogenase or fumarate reductase flavoprotein subunit  26.24 
 
 
596 aa  129  2.0000000000000002e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0936  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  26.03 
 
 
578 aa  128  3e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0677  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  24.34 
 
 
566 aa  127  5e-28  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0486405  hitchhiker  0.0000605931 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5284  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  26.8 
 
 
563 aa  127  7e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1265  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  27.07 
 
 
588 aa  126  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.648217  normal  0.132874 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1569  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  26.28 
 
 
575 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.272912  hitchhiker  0.000112727 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1425  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  26.45 
 
 
588 aa  125  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00837732  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0039  adenylylsulfate reductase subunit alpha  23.91 
 
 
658 aa  125  2e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0540157  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0170  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  24.74 
 
 
566 aa  124  5e-27  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0887  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  27.8 
 
 
583 aa  124  5e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1234  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  27.07 
 
 
588 aa  124  5e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2217  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  23.8 
 
 
588 aa  124  6e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1687  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  24.57 
 
 
575 aa  124  7e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0263858 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1882  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  24.18 
 
 
575 aa  123  9e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.764609  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004114  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  25.09 
 
 
588 aa  123  9e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1856  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  24.18 
 
 
575 aa  123  9e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0828  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  27.07 
 
 
588 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0793  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  27.07 
 
 
588 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.83395  normal  0.0589165 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0857  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  27.07 
 
 
588 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000484772 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4485  L-aspartate oxidase  27.91 
 
 
545 aa  123  9.999999999999999e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0890  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  27.07 
 
 
588 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0767  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  27.07 
 
 
588 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01353  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  24.74 
 
 
588 aa  122  1.9999999999999998e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1142  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  26.42 
 
 
589 aa  122  1.9999999999999998e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.881943  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1114  succinate dehydrogenase subunit A  25.26 
 
 
573 aa  122  1.9999999999999998e-26  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.358332  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0258  succinate dehydrogenase or fumarate reductase flavoprotein subunit  25.51 
 
 
570 aa  122  1.9999999999999998e-26  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.408248 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1869  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  25.98 
 
 
598 aa  121  3e-26  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.462567  normal  0.466053 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1467  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  24.55 
 
 
587 aa  121  3.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.38125  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3102  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  26.86 
 
 
588 aa  120  6e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2952  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  26.8 
 
 
600 aa  120  6e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.090106  decreased coverage  0.000187391 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2916  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  25.75 
 
 
588 aa  120  7e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1585  adenylylsulfate reductase subunit alpha  23.13 
 
 
657 aa  120  7.999999999999999e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.000155329  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1224  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  26.26 
 
 
588 aa  120  7.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0959958 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1612  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  24.9 
 
 
590 aa  120  9e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1382  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  24.34 
 
 
588 aa  119  9.999999999999999e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.332477  normal  0.921061 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2883  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  24.34 
 
 
588 aa  119  9.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0212451  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2970  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  24.34 
 
 
588 aa  119  9.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.431118  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0642  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  25.82 
 
 
588 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.928685  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1675  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  24.79 
 
 
588 aa  119  1.9999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.506283  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1966  adenylylsulfate reductase subunit alpha  21.99 
 
 
667 aa  118  3e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00115626 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00683  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  25.82 
 
 
588 aa  117  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2912  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  25.82 
 
 
588 aa  117  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.303768  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0771  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  25.82 
 
 
588 aa  117  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00672  hypothetical protein  25.82 
 
 
588 aa  117  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0815  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  25.82 
 
 
588 aa  117  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.233209  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2932  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  25.82 
 
 
588 aa  117  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.606648  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0736  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  25.82 
 
 
588 aa  117  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1837  adenylylsulfate reductase subunit alpha  22.57 
 
 
658 aa  117  6e-25  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.00000390023  normal  0.0111603 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2816  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  25 
 
 
588 aa  117  6e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0572429  normal  0.870607 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0750  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  25.82 
 
 
588 aa  117  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>