More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4335 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007413  Ava_5000  glucose-inhibited division protein A  65.18 
 
 
535 aa  666    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.001009  normal  0.292881 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4872  putative fumarate/succinate reductase flavoprotein subunit  63.93 
 
 
542 aa  654    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.498075  normal  0.251586 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4335  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like protein  100 
 
 
549 aa  1118    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0548  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  63.41 
 
 
536 aa  641    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1895  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  60.23 
 
 
540 aa  556  1e-157  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3480  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  57.03 
 
 
540 aa  511  1e-143  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3157  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  49.51 
 
 
532 aa  439  9.999999999999999e-123  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.532251  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21930  oxidoreductase flavoprotein, asfA  47.81 
 
 
545 aa  436  1e-121  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2620  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  48.64 
 
 
532 aa  432  1e-120  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2581  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like protein  48.26 
 
 
532 aa  427  1e-118  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2626  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  48.26 
 
 
532 aa  427  1e-118  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.110087  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1387  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  49.51 
 
 
522 aa  419  1e-116  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.185112  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5007  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like  48.37 
 
 
563 aa  417  9.999999999999999e-116  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0471341  normal  0.841595 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3085  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  43.71 
 
 
526 aa  362  7.0000000000000005e-99  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0528361 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3287  putative oxidoreductase (AsfA-like), putative L-aspartate oxidase  43.5 
 
 
532 aa  358  1.9999999999999998e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.928272  normal  0.259956 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2093  Succinate dehydrogenase  25.6 
 
 
576 aa  92.8  1e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2057  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  27.06 
 
 
556 aa  83.2  0.00000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2224  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  22.92 
 
 
610 aa  82.4  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.559161 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0086  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  26.25 
 
 
542 aa  82  0.00000000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.970646  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002237  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  22.83 
 
 
599 aa  80.9  0.00000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2230  fumarate reductase flavoprotein subunit  23.3 
 
 
602 aa  79  0.0000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2084  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  24.16 
 
 
601 aa  77.4  0.0000000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.774192  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0379  twin-arginine translocation pathway signal  28.63 
 
 
641 aa  76.3  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3067  L-aspartate oxidase  27.14 
 
 
548 aa  75.5  0.000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.117293  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3127  L-aspartate oxidase  27.14 
 
 
548 aa  75.5  0.000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.513503 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00131  fumarate reductase flavoprotein subunit  22.32 
 
 
606 aa  75.5  0.000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1635  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like protein  25.21 
 
 
590 aa  74.7  0.000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0484  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  25.21 
 
 
590 aa  74.7  0.000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.131154  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1608  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  25.21 
 
 
590 aa  74.7  0.000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.325786  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2241  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  25.21 
 
 
590 aa  74.7  0.000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0198056  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0571  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  25.21 
 
 
590 aa  74.7  0.000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.75977  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0669  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  25.35 
 
 
568 aa  74.7  0.000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0430  succinate dehydrogenase subunit A  22.71 
 
 
568 aa  73.9  0.000000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5622  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  24.64 
 
 
591 aa  73.6  0.000000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.427862  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1661  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  24.64 
 
 
591 aa  73.6  0.000000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.729694  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3453  succinate dehydrogenase  23.85 
 
 
576 aa  73.6  0.00000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0788  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  27.31 
 
 
579 aa  73.2  0.00000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3084  L-aspartate oxidase  26.55 
 
 
535 aa  73.6  0.00000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.169021 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3785  putative oxidoreductase/HEAT repeat-containing protein  27.73 
 
 
954 aa  71.6  0.00000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.824517  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0445  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  22.89 
 
 
589 aa  69.7  0.0000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0470195  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0402  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  25.65 
 
 
562 aa  69.7  0.0000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.309781 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2214  Succinate dehydrogenase  25.09 
 
 
646 aa  69.7  0.0000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1710  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  27.08 
 
 
594 aa  69.3  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10251  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  25.13 
 
 
646 aa  69.3  0.0000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.177698 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2788  fumarate reductase flavoprotein subunit  22.36 
 
 
617 aa  68.9  0.0000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1478  putative oxidoreductase  24.56 
 
 
591 aa  68.6  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1687  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  24.15 
 
 
575 aa  68.2  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0263858 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3676  putative oxidoreductase  24.13 
 
 
582 aa  67.8  0.0000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.545814  normal 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_24902  predicted protein  24.23 
 
 
541 aa  68.2  0.0000000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00163177  normal  0.0185281 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02120  adenylylsulfate reductase subunit alpha  25 
 
 
574 aa  67.8  0.0000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3351  putative oxidoreductase  24.18 
 
 
582 aa  67.8  0.0000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.583827  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4191  putative oxidoreductase  24.38 
 
 
580 aa  67.8  0.0000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.991116  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3053  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  25.14 
 
 
540 aa  67.4  0.0000000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0140  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  25.04 
 
 
542 aa  67  0.0000000008  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2029  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  24.41 
 
 
596 aa  66.6  0.000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.21  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1206  succinate dehydrogenase or fumarate reductase flavoprotein subunit  23.36 
 
 
596 aa  65.9  0.000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1882  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  22.98 
 
 
575 aa  66.2  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.764609  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2586  flavocytochrome c  26.33 
 
 
588 aa  66.2  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.110511  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1856  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  22.98 
 
 
575 aa  66.2  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1354  succinate dehydrogenase  21.99 
 
 
582 aa  65.5  0.000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0715068  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0271  putative oxidoreductase  25.93 
 
 
573 aa  65.1  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.144882 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0213  L-aspartate oxidase  28.07 
 
 
548 aa  64.7  0.000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.145833 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1889  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  28.41 
 
 
591 aa  64.7  0.000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000177663  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1213  L-aspartate oxidase  22.69 
 
 
538 aa  63.9  0.000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0621913  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1965  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  24.17 
 
 
611 aa  63.5  0.000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4884  putative oxidoreductase  24.73 
 
 
578 aa  63.9  0.000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.245713  normal  0.346185 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0221  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  25.37 
 
 
543 aa  63.5  0.000000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.143686  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0037  succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein subunit  21.21 
 
 
533 aa  63.5  0.000000009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.994153  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1547  L-aspartate oxidase  27.17 
 
 
580 aa  63.2  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0258  succinate dehydrogenase or fumarate reductase flavoprotein subunit  22.26 
 
 
570 aa  63.2  0.00000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.408248 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_12591  succinate dehydrogenase  22.61 
 
 
584 aa  63.5  0.00000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.0949259  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4205  putative oxidoreductase  24.72 
 
 
574 aa  62.4  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4621  fumarate reductase flavoprotein subunit  23.95 
 
 
596 aa  62.4  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4625  fumarate reductase flavoprotein subunit  23.5 
 
 
602 aa  62.4  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0290793 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27750  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  28.97 
 
 
638 aa  62  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.0951337 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4093  putative oxidoreductase  24.72 
 
 
574 aa  62.4  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.668775  normal  0.807912 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4704  fumarate reductase flavoprotein subunit  23.95 
 
 
596 aa  62.4  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.698636  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2530  Succinate dehydrogenase (ubiquinone)  26.35 
 
 
609 aa  61.6  0.00000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.279488 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1569  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  23.41 
 
 
575 aa  61.6  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.272912  hitchhiker  0.000112727 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2250  L-aspartate oxidase  25.5 
 
 
522 aa  61.6  0.00000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4548  L-aspartate oxidase  23.95 
 
 
509 aa  61.2  0.00000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000596043  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3163  putative oxidoreductase  23.42 
 
 
576 aa  60.8  0.00000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.410228  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04026  fumarate reductase  23.28 
 
 
602 aa  60.5  0.00000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3836  fumarate reductase, flavoprotein subunit  23.28 
 
 
602 aa  60.5  0.00000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3856  fumarate reductase flavoprotein subunit  23.28 
 
 
602 aa  60.5  0.00000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00198988 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4713  fumarate reductase flavoprotein subunit  23.28 
 
 
602 aa  60.5  0.00000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03988  hypothetical protein  23.28 
 
 
602 aa  60.5  0.00000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5672  fumarate reductase flavoprotein subunit  23.28 
 
 
602 aa  60.8  0.00000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.140483 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4398  fumarate reductase flavoprotein subunit  23.28 
 
 
602 aa  60.5  0.00000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0343  fumarate reductase flavoprotein subunit  23.66 
 
 
596 aa  60.5  0.00000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.891485  unclonable  0.00000264119 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0170  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  21.85 
 
 
566 aa  60.1  0.00000009  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0631  L-aspartate oxidase  24.49 
 
 
629 aa  60.5  0.00000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4686  fumarate reductase flavoprotein subunit  23.28 
 
 
602 aa  60.5  0.00000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.322244  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1426  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  25.42 
 
 
623 aa  59.7  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4485  L-aspartate oxidase  26.07 
 
 
545 aa  59.7  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0695  L-aspartate oxidase  21.71 
 
 
557 aa  59.7  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1999  fumarate reductase flavoprotein subunit  24.64 
 
 
619 aa  60.1  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000679701  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3278  fumarate reductase flavoprotein subunit  21.13 
 
 
603 aa  59.7  0.0000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0723  L-aspartate oxidase  21.71 
 
 
558 aa  59.7  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.223761  normal  0.156975 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1064  tricarballylate dehydrogenase  28.52 
 
 
505 aa  58.9  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>