50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I2278 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I2278  cytochrome c-type biogenesis protein CcmD  100 
 
 		 68 aa  139  1.9999999999999998e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002844  cytochrome c-type biogenesis protein CcmD interacts with CcmCE  61.76 
 
 		 68 aa  91.3  4e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03132  heme exporter protein D  55.88 
 
 		 68 aa  85.1  3e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1642  heme exporter protein D  52.94 
 
 		 68 aa  81.6  0.000000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.752809  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3021  Heme exporter protein D (CcmD)  54.41 
 
 		 68 aa  80.1  0.000000000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4290  heme exporter protein D (CcmD)  52.38 
 
 		 65 aa  74.3  0.0000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000529225 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3572  Heme exporter protein D (CcmD)  49.23 
 
 		 69 aa  71.2  0.000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0932197  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4662  heme exporter protein CcmD  47.69 
 
 		 66 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.270575  hitchhiker  0.000000168562 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0228  Heme exporter protein D (CcmD)  45.45 
 
 		 66 aa  70.1  0.000000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0464589  unclonable  0.0000000000228881 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0223  Heme exporter protein D (CcmD)  45.45 
 
 		 66 aa  70.1  0.000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00474727 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0228  Heme exporter protein D (CcmD)  45.45 
 
 		 66 aa  70.1  0.000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.102118  unclonable  0.0000000000309082 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0228  Heme exporter protein D (CcmD)  43.94 
 
 		 66 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0178152  normal  0.0518637 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0225  Heme exporter protein D (CcmD)  43.94 
 
 		 66 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0709378  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0260  heme exporter protein CcmD  47.62 
 
 		 66 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4027  heme exporter protein CcmD  43.94 
 
 		 66 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.385371  hitchhiker  0.0000000577054 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0225  Heme exporter protein D (CcmD)  43.94 
 
 		 66 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0435599  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3730  Heme exporter protein D (CcmD)  43.94 
 
 		 66 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0522398  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0187  Heme exporter protein D (CcmD)  45.45 
 
 		 66 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000124627  hitchhiker  0.00139389 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0212  Heme exporter protein D (CcmD)  44.44 
 
 		 65 aa  63.9  0.0000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.126241  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03071  heme exporter protein CcmD  50 
 
 		 73 aa  63.2  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0242  heme exporter protein CcmD  44.44 
 
 		 66 aa  62  0.000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0295502  hitchhiker  0.000649691 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0176  Heme exporter protein D (CcmD)  40.32 
 
 		 70 aa  58.5  0.00000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.659924  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1390  heme exporter protein D  45.45 
 
 		 120 aa  57.4  0.00000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1499  heme exporter protein CcmD  45.45 
 
 		 100 aa  57  0.00000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.81257  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0392  heme exporter protein CcmD  45.45 
 
 		 100 aa  57  0.00000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.376555 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3253  Heme exporter protein D (CcmD)  41.38 
 
 		 78 aa  55.1  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2725  heme exporter protein CcmD  46.67 
 
 		 73 aa  54.7  0.0000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2421  heme exporter protein CcmD  45 
 
 		 73 aa  52.8  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0396  heme ABC transporter, substrate-binding protein (heme exporter protein D)  36.36 
 
 		 70 aa  50.8  0.000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.282236  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1031  heme exporter protein CcmD  40.62 
 
 		 77 aa  50.1  0.00001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3632  heme exporter protein CcmD  42.11 
 
 		 58 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3412  Heme exporter protein D (CcmD)  33.93 
 
 		 58 aa  48.5  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0420  heme exporter protein CcmD, putative  38 
 
 		 70 aa  48.1  0.00004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3849  heme exporter protein CcmD  41.82 
 
 		 58 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3388  Heme exporter protein D (CcmD)  52.17 
 
 		 78 aa  46.6  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.813039  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45340  putative heme exporter protein  41.82 
 
 		 58 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3893  heme exporter protein CcmD  39.29 
 
 		 58 aa  43.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00817898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1543  Heme exporter protein D (CcmD)  39.29 
 
 		 58 aa  42.7  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4324  cytochrome c-type biogenesis protein CcmD  39.29 
 
 		 58 aa  42.7  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0797104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0042  Heme exporter protein D (CcmD)  65.38 
 
 		 59 aa  42.4  0.002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0037  Heme exporter protein D (CcmD)  51.28 
 
 		 51 aa  41.6  0.003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.987653  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2788  Heme exporter protein D (CcmD)  33.93 
 
 		 58 aa  41.2  0.004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.90473 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3390  Heme exporter protein D (CcmD)  35.09 
 
 		 58 aa  41.2  0.005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.937654  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4099  hypothetical protein  41.67 
 
 		 70 aa  41.2  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2435  hypothetical protein  41.67 
 
 		 70 aa  41.2  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.762204 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0743  heme exporter protein D  38.78 
 
 		 69 aa  41.2  0.005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.168923  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1580  Heme exporter protein D  32.14 
 
 		 58 aa  40.8  0.006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3650  heme exporter protein CcmD  35.71 
 
 		 58 aa  40.8  0.007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.649562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1367  heme exporter protein D  37.1 
 
 		 62 aa  40.4  0.008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1869  glutaminyl-tRNA synthetase  32.73 
 
 		 66 aa  40  0.01  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>