35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4324 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4324  cytochrome c-type biogenesis protein CcmD  100 
 
 		 58 aa  120  6e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0797104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1543  Heme exporter protein D (CcmD)  100 
 
 		 58 aa  120  6e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3893  heme exporter protein CcmD  98.28 
 
 		 58 aa  118  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00817898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3650  heme exporter protein CcmD  87.93 
 
 		 58 aa  111  3e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.649562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2958  Heme exporter protein D  86.21 
 
 		 58 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1580  Heme exporter protein D  84.48 
 
 		 58 aa  106  8.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3849  heme exporter protein CcmD  82.76 
 
 		 58 aa  100  5e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45340  putative heme exporter protein  82.76 
 
 		 58 aa  100  5e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2788  Heme exporter protein D (CcmD)  75.86 
 
 		 58 aa  97.4  6e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.90473 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3632  heme exporter protein CcmD  67.86 
 
 		 58 aa  87.8  4e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3390  Heme exporter protein D (CcmD)  66.07 
 
 		 58 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.937654  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30420  Cytochrome c-type biogenesis protein  75 
 
 		 58 aa  73.6  0.0000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3021  Heme exporter protein D (CcmD)  41.82 
 
 		 68 aa  50.1  0.000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0420  heme exporter protein CcmD, putative  39.22 
 
 		 70 aa  49.7  0.00001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0176  Heme exporter protein D (CcmD)  37.5 
 
 		 70 aa  49.3  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.659924  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1869  glutaminyl-tRNA synthetase  39.62 
 
 		 66 aa  48.5  0.00003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4662  heme exporter protein CcmD  37.5 
 
 		 66 aa  47.8  0.00005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.270575  hitchhiker  0.000000168562 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1380  heme exporter protein CcmD  46 
 
 		 62 aa  45.1  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3412  Heme exporter protein D (CcmD)  41.38 
 
 		 58 aa  45.1  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0396  heme ABC transporter, substrate-binding protein (heme exporter protein D)  38.71 
 
 		 70 aa  44.7  0.0004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.282236  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0187  Heme exporter protein D (CcmD)  33.93 
 
 		 66 aa  44.3  0.0006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000124627  hitchhiker  0.00139389 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0242  heme exporter protein CcmD  35.71 
 
 		 66 aa  43.9  0.0007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0295502  hitchhiker  0.000649691 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0228  Heme exporter protein D (CcmD)  33.93 
 
 		 66 aa  43.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.102118  unclonable  0.0000000000309082 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0260  heme exporter protein CcmD  34.55 
 
 		 66 aa  43.5  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0228  Heme exporter protein D (CcmD)  32.14 
 
 		 66 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0178152  normal  0.0518637 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0228  Heme exporter protein D (CcmD)  33.93 
 
 		 66 aa  43.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0464589  unclonable  0.0000000000228881 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0223  Heme exporter protein D (CcmD)  33.93 
 
 		 66 aa  43.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00474727 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3730  Heme exporter protein D (CcmD)  32.14 
 
 		 66 aa  43.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0522398  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0225  Heme exporter protein D (CcmD)  32.14 
 
 		 66 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0709378  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0212  Heme exporter protein D (CcmD)  33.93 
 
 		 65 aa  42.7  0.002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.126241  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0225  Heme exporter protein D (CcmD)  32.14 
 
 		 66 aa  42.4  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0435599  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2278  cytochrome c-type biogenesis protein CcmD  39.29 
 
 		 68 aa  42.7  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4027  heme exporter protein CcmD  32.14 
 
 		 66 aa  42.4  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.385371  hitchhiker  0.0000000577054 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4290  heme exporter protein D (CcmD)  33.93 
 
 		 65 aa  40.8  0.006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000529225 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1515  heme exporter protein D (CcmD)  45.83 
 
 		 62 aa  40  0.009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>