42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2788 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_2788  Heme exporter protein D (CcmD)  100 
 
 
58 aa  118  3e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.90473 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3893  heme exporter protein CcmD  75.86 
 
 
58 aa  98.2  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00817898  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4324  cytochrome c-type biogenesis protein CcmD  75.86 
 
 
58 aa  97.4  6e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0797104  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1543  Heme exporter protein D (CcmD)  75.86 
 
 
58 aa  97.4  6e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2958  Heme exporter protein D  75.86 
 
 
58 aa  97.4  6e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3849  heme exporter protein CcmD  75.86 
 
 
58 aa  94.7  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1580  Heme exporter protein D  75.86 
 
 
58 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45340  putative heme exporter protein  75.86 
 
 
58 aa  94.7  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3650  heme exporter protein CcmD  72.41 
 
 
58 aa  94.4  5e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.649562  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3632  heme exporter protein CcmD  67.27 
 
 
58 aa  86.3  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3390  Heme exporter protein D (CcmD)  64.81 
 
 
58 aa  81.6  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.937654  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30420  Cytochrome c-type biogenesis protein  75 
 
 
58 aa  74.3  0.0000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3021  Heme exporter protein D (CcmD)  44.64 
 
 
68 aa  54.7  0.0000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1869  glutaminyl-tRNA synthetase  40 
 
 
66 aa  53.9  0.0000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3412  Heme exporter protein D (CcmD)  52.94 
 
 
58 aa  53.9  0.0000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0176  Heme exporter protein D (CcmD)  41.07 
 
 
70 aa  53.5  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.659924  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0420  heme exporter protein CcmD, putative  35.29 
 
 
70 aa  49.3  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0242  heme exporter protein CcmD  37.5 
 
 
66 aa  48.9  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0295502  hitchhiker  0.000649691 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0212  Heme exporter protein D (CcmD)  37.5 
 
 
65 aa  48.5  0.00003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.126241  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4662  heme exporter protein CcmD  38.18 
 
 
66 aa  47.8  0.00004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.270575  hitchhiker  0.000000168562 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0187  Heme exporter protein D (CcmD)  35.71 
 
 
66 aa  47.8  0.00005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000124627  hitchhiker  0.00139389 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0260  heme exporter protein CcmD  33.93 
 
 
66 aa  46.2  0.0001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0223  Heme exporter protein D (CcmD)  33.93 
 
 
66 aa  46.2  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00474727 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0225  Heme exporter protein D (CcmD)  32.14 
 
 
66 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0709378  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3730  Heme exporter protein D (CcmD)  32.14 
 
 
66 aa  45.8  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0522398  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0228  Heme exporter protein D (CcmD)  33.93 
 
 
66 aa  46.2  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0464589  unclonable  0.0000000000228881 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0228  Heme exporter protein D (CcmD)  32.14 
 
 
66 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0178152  normal  0.0518637 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0228  Heme exporter protein D (CcmD)  33.93 
 
 
66 aa  46.2  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.102118  unclonable  0.0000000000309082 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3994  heme exporter protein D  37.74 
 
 
66 aa  45.4  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.692189  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4290  heme exporter protein D (CcmD)  35.71 
 
 
65 aa  45.1  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000529225 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0396  heme ABC transporter, substrate-binding protein (heme exporter protein D)  40.68 
 
 
70 aa  44.7  0.0004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.282236  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0225  Heme exporter protein D (CcmD)  32.14 
 
 
66 aa  44.7  0.0005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0435599  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4027  heme exporter protein CcmD  32.14 
 
 
66 aa  44.7  0.0005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.385371  hitchhiker  0.0000000577054 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1642  heme exporter protein D  36.36 
 
 
68 aa  44.7  0.0005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.752809  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2167  Heme exporter protein D (CcmD)  42.22 
 
 
67 aa  43.9  0.0007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1826  cytochrome c biogenesis protein, CcmD  45.45 
 
 
74 aa  42.4  0.002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.180255  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03071  heme exporter protein CcmD  30.65 
 
 
73 aa  42.4  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2278  cytochrome c-type biogenesis protein CcmD  33.93 
 
 
68 aa  41.2  0.004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2110  Heme exporter protein D (CcmD)  50 
 
 
73 aa  41.2  0.005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1957  heme exporter protein D (cytochrome c-type biogenesis protein CcmD)  35.38 
 
 
77 aa  40.8  0.006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1031  heme exporter protein CcmD  32.86 
 
 
77 aa  40.4  0.008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1380  heme exporter protein CcmD  37.04 
 
 
62 aa  40.4  0.009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>