52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3253 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3253  Heme exporter protein D (CcmD)  100 
 
 		 78 aa  154  3e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3730  Heme exporter protein D (CcmD)  42.42 
 
 		 66 aa  71.2  0.000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0522398  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03071  heme exporter protein CcmD  51.61 
 
 		 73 aa  70.1  0.000000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0225  Heme exporter protein D (CcmD)  42.42 
 
 		 66 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0435599  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0228  Heme exporter protein D (CcmD)  42.42 
 
 		 66 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0178152  normal  0.0518637 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0225  Heme exporter protein D (CcmD)  42.42 
 
 		 66 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0709378  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4027  heme exporter protein CcmD  42.42 
 
 		 66 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.385371  hitchhiker  0.0000000577054 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0212  Heme exporter protein D (CcmD)  45.31 
 
 		 65 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.126241  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0228  Heme exporter protein D (CcmD)  40.91 
 
 		 66 aa  68.2  0.00000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0464589  unclonable  0.0000000000228881 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0228  Heme exporter protein D (CcmD)  40.91 
 
 		 66 aa  68.2  0.00000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.102118  unclonable  0.0000000000309082 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0223  Heme exporter protein D (CcmD)  40.91 
 
 		 66 aa  68.2  0.00000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00474727 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3021  Heme exporter protein D (CcmD)  48.39 
 
 		 68 aa  67.8  0.00000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0187  Heme exporter protein D (CcmD)  42.86 
 
 		 66 aa  67  0.00000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000124627  hitchhiker  0.00139389 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0176  Heme exporter protein D (CcmD)  46.03 
 
 		 70 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.659924  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3572  Heme exporter protein D (CcmD)  42.19 
 
 		 69 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0932197  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0242  heme exporter protein CcmD  43.94 
 
 		 66 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0295502  hitchhiker  0.000649691 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0260  heme exporter protein CcmD  39.39 
 
 		 66 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4662  heme exporter protein CcmD  40.62 
 
 		 66 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.270575  hitchhiker  0.000000168562 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4290  heme exporter protein D (CcmD)  40.62 
 
 		 65 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000529225 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1642  heme exporter protein D  50 
 
 		 68 aa  65.1  0.0000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.752809  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0396  heme ABC transporter, substrate-binding protein (heme exporter protein D)  44.44 
 
 		 70 aa  60.1  0.00000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.282236  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2278  cytochrome c-type biogenesis protein CcmD  42.86 
 
 		 68 aa  60.1  0.00000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002844  cytochrome c-type biogenesis protein CcmD interacts with CcmCE  43.55 
 
 		 68 aa  57.4  0.00000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1031  heme exporter protein CcmD  40.54 
 
 		 77 aa  55.5  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03132  heme exporter protein D  40.32 
 
 		 68 aa  55.1  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2421  heme exporter protein CcmD  35.29 
 
 		 73 aa  52.8  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2386  heme exporter protein CcmD  39.58 
 
 		 57 aa  49.3  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1211  hypothetical protein  64.52 
 
 		 65 aa  49.3  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.284082  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2725  heme exporter protein CcmD  32.35 
 
 		 73 aa  49.7  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1390  heme exporter protein D  41.67 
 
 		 120 aa  48.5  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1499  heme exporter protein CcmD  41.67 
 
 		 100 aa  48.1  0.00004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.81257  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0392  heme exporter protein CcmD  41.67 
 
 		 100 aa  48.1  0.00004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.376555 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45340  putative heme exporter protein  40 
 
 		 58 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3849  heme exporter protein CcmD  40 
 
 		 58 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3388  Heme exporter protein D (CcmD)  45.65 
 
 		 78 aa  45.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.813039  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0042  Heme exporter protein D (CcmD)  50 
 
 		 59 aa  44.7  0.0004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3994  heme exporter protein D  36.84 
 
 		 66 aa  44.3  0.0005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.692189  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4099  hypothetical protein  39.58 
 
 		 70 aa  43.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1407  Heme exporter protein D (CcmD)  34.48 
 
 		 67 aa  43.5  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2435  hypothetical protein  39.58 
 
 		 70 aa  43.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.762204 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0743  heme exporter protein D  34.69 
 
 		 69 aa  43.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.168923  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3412  Heme exporter protein D (CcmD)  32.73 
 
 		 58 aa  41.2  0.004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2346  heme exporter protein D  32.65 
 
 		 69 aa  40.8  0.006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.74557 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1452  heme exporter protein CcmD  32.65 
 
 		 69 aa  40.8  0.006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2497  heme exporter protein D  32.65 
 
 		 69 aa  40.8  0.006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2336  heme exporter protein D  32.65 
 
 		 69 aa  40.8  0.006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3335  heme exporter protein D  32.65 
 
 		 69 aa  40.8  0.006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4001  heme exporter protein CcmD  56.76 
 
 		 76 aa  40.8  0.006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02125  cytochrome c biogenesis protein  32.65 
 
 		 69 aa  40.8  0.006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02084  hypothetical protein  32.65 
 
 		 69 aa  40.8  0.006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1461  heme exporter protein CcmD  32.65 
 
 		 69 aa  40.8  0.006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3632  heme exporter protein CcmD  37.93 
 
 		 58 aa  40  0.01  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>