20 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1407 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_1407  Heme exporter protein D (CcmD)  100 
 
 
67 aa  135  2e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4662  heme exporter protein CcmD  31.34 
 
 
66 aa  45.1  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.270575  hitchhiker  0.000000168562 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002844  cytochrome c-type biogenesis protein CcmD interacts with CcmCE  37.29 
 
 
68 aa  43.1  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0212  Heme exporter protein D (CcmD)  31.67 
 
 
65 aa  43.5  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.126241  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3253  Heme exporter protein D (CcmD)  34.62 
 
 
78 aa  42.4  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03071  heme exporter protein CcmD  31.58 
 
 
73 aa  42.4  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0187  Heme exporter protein D (CcmD)  45.95 
 
 
66 aa  41.6  0.003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000124627  hitchhiker  0.00139389 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03132  heme exporter protein D  37.29 
 
 
68 aa  41.6  0.004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0225  Heme exporter protein D (CcmD)  28.33 
 
 
66 aa  40.8  0.006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0435599  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4027  heme exporter protein CcmD  28.33 
 
 
66 aa  40.8  0.006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.385371  hitchhiker  0.0000000577054 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0228  Heme exporter protein D (CcmD)  28.33 
 
 
66 aa  40.8  0.006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0178152  normal  0.0518637 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0225  Heme exporter protein D (CcmD)  28.33 
 
 
66 aa  40.8  0.006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0709378  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0228  Heme exporter protein D (CcmD)  30 
 
 
66 aa  40.8  0.006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.102118  unclonable  0.0000000000309082 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0223  Heme exporter protein D (CcmD)  30 
 
 
66 aa  40.8  0.006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00474727 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0228  Heme exporter protein D (CcmD)  30 
 
 
66 aa  40.8  0.006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0464589  unclonable  0.0000000000228881 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1642  heme exporter protein D  48.48 
 
 
68 aa  40.4  0.007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.752809  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3730  Heme exporter protein D (CcmD)  28.33 
 
 
66 aa  40.4  0.007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0522398  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0420  heme exporter protein CcmD, putative  33.96 
 
 
70 aa  40.4  0.008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4290  heme exporter protein D (CcmD)  42.42 
 
 
65 aa  40.4  0.008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000529225 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0260  heme exporter protein CcmD  30 
 
 
66 aa  40.4  0.008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>