63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0187 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0187  Heme exporter protein D (CcmD)  100 
 
 		 66 aa  135  1e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000124627  hitchhiker  0.00139389 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4662  heme exporter protein CcmD  80.3 
 
 		 66 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.270575  hitchhiker  0.000000168562 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0225  Heme exporter protein D (CcmD)  76.19 
 
 		 66 aa  106  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0435599  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4027  heme exporter protein CcmD  76.19 
 
 		 66 aa  106  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.385371  hitchhiker  0.0000000577054 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0212  Heme exporter protein D (CcmD)  73.02 
 
 		 65 aa  105  2e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.126241  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0260  heme exporter protein CcmD  72.31 
 
 		 66 aa  105  2e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0228  Heme exporter protein D (CcmD)  74.6 
 
 		 66 aa  105  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.102118  unclonable  0.0000000000309082 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0223  Heme exporter protein D (CcmD)  74.6 
 
 		 66 aa  105  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00474727 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0228  Heme exporter protein D (CcmD)  74.6 
 
 		 66 aa  105  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0464589  unclonable  0.0000000000228881 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3730  Heme exporter protein D (CcmD)  74.6 
 
 		 66 aa  105  3e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0522398  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0228  Heme exporter protein D (CcmD)  74.6 
 
 		 66 aa  104  4e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0178152  normal  0.0518637 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0225  Heme exporter protein D (CcmD)  74.6 
 
 		 66 aa  104  4e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0709378  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4290  heme exporter protein D (CcmD)  74.6 
 
 		 65 aa  102  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000529225 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0242  heme exporter protein CcmD  67.69 
 
 		 66 aa  98.2  3e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0295502  hitchhiker  0.000649691 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3572  Heme exporter protein D (CcmD)  67.69 
 
 		 69 aa  96.7  8e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0932197  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0176  Heme exporter protein D (CcmD)  63.64 
 
 		 70 aa  92.8  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.659924  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3021  Heme exporter protein D (CcmD)  49.23 
 
 		 68 aa  75.1  0.0000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03071  heme exporter protein CcmD  48.39 
 
 		 73 aa  68.9  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1642  heme exporter protein D  42.42 
 
 		 68 aa  67.4  0.00000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.752809  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2278  cytochrome c-type biogenesis protein CcmD  45.45 
 
 		 68 aa  66.6  0.0000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002844  cytochrome c-type biogenesis protein CcmD interacts with CcmCE  43.94 
 
 		 68 aa  66.6  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1031  heme exporter protein CcmD  52.54 
 
 		 77 aa  63.9  0.0000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3253  Heme exporter protein D (CcmD)  43.1 
 
 		 78 aa  62.4  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03132  heme exporter protein D  40.91 
 
 		 68 aa  62.4  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2421  heme exporter protein CcmD  39.68 
 
 		 73 aa  55.8  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1390  heme exporter protein D  42.11 
 
 		 120 aa  54.3  0.0000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1499  heme exporter protein CcmD  42.11 
 
 		 100 aa  53.9  0.0000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.81257  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0392  heme exporter protein CcmD  42.11 
 
 		 100 aa  53.9  0.0000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.376555 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2725  heme exporter protein CcmD  40.32 
 
 		 73 aa  53.9  0.0000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0042  Heme exporter protein D (CcmD)  52.38 
 
 		 59 aa  51.6  0.000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3994  heme exporter protein D  31.75 
 
 		 66 aa  50.1  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.692189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0743  heme exporter protein D  44.9 
 
 		 69 aa  49.7  0.00001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.168923  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3388  Heme exporter protein D (CcmD)  47.83 
 
 		 78 aa  48.9  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.813039  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1461  heme exporter protein CcmD  44.9 
 
 		 69 aa  49.3  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1452  heme exporter protein CcmD  44.9 
 
 		 69 aa  49.3  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02084  hypothetical protein  44.9 
 
 		 69 aa  49.3  0.00002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2346  heme exporter protein D  44.9 
 
 		 69 aa  49.3  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.74557 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3335  heme exporter protein D  44.9 
 
 		 69 aa  49.3  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2336  heme exporter protein D  44.9 
 
 		 69 aa  49.3  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02125  cytochrome c biogenesis protein  44.9 
 
 		 69 aa  49.3  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0420  heme exporter protein CcmD, putative  40 
 
 		 70 aa  48.9  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1211  hypothetical protein  34.92 
 
 		 65 aa  49.3  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.284082  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2497  heme exporter protein D  44.9 
 
 		 69 aa  49.3  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0396  heme ABC transporter, substrate-binding protein (heme exporter protein D)  36.92 
 
 		 70 aa  48.9  0.00003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.282236  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4099  hypothetical protein  43.75 
 
 		 70 aa  48.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2435  hypothetical protein  43.75 
 
 		 70 aa  48.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.762204 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2788  Heme exporter protein D (CcmD)  35.71 
 
 		 58 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.90473 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45340  putative heme exporter protein  36.36 
 
 		 58 aa  47.4  0.00006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3849  heme exporter protein CcmD  36.36 
 
 		 58 aa  47.4  0.00006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3650  heme exporter protein CcmD  33.93 
 
 		 58 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.649562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3893  heme exporter protein CcmD  33.93 
 
 		 58 aa  45.4  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00817898  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1957  heme exporter protein D (cytochrome c-type biogenesis protein CcmD)  30.77 
 
 		 77 aa  45.8  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2386  heme exporter protein CcmD  39.58 
 
 		 57 aa  45.4  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2958  Heme exporter protein D  32.14 
 
 		 58 aa  44.7  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1543  Heme exporter protein D (CcmD)  33.93 
 
 		 58 aa  44.3  0.0006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4324  cytochrome c-type biogenesis protein CcmD  33.93 
 
 		 58 aa  44.3  0.0006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0797104  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3632  heme exporter protein CcmD  29.82 
 
 		 58 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4001  heme exporter protein CcmD  54.76 
 
 		 76 aa  43.9  0.0008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1380  heme exporter protein CcmD  60.71 
 
 		 62 aa  42.4  0.002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1869  glutaminyl-tRNA synthetase  29.82 
 
 		 66 aa  42  0.003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1407  Heme exporter protein D (CcmD)  45.95 
 
 		 67 aa  41.6  0.003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1580  Heme exporter protein D  30.36 
 
 		 58 aa  41.2  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3412  Heme exporter protein D (CcmD)  33.93 
 
 		 58 aa  40.8  0.006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>