88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A2836 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A2836  rod shape-determining protein MreD  100 
 
 		 162 aa  316  1e-85  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00169793  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03683  rod shape-determining protein MreD  74.07 
 
 		 162 aa  248  2e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002385  rod shape-determining protein MreD  72.84 
 
 		 162 aa  246  9e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.181235  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0485  rod shape-determining protein MreD  60.74 
 
 		 163 aa  206  1e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00628066  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0467  rod shape-determining protein MreD  55.13 
 
 		 162 aa  182  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00113622  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1196  rod shape-determining protein MreD  55.13 
 
 		 162 aa  182  1.0000000000000001e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00178529  hitchhiker  0.00199386 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0400  rod shape-determining protein MreD  55.13 
 
 		 162 aa  182  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.269342  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4409  rod shape-determining protein MreD  54.49 
 
 		 162 aa  182  2.0000000000000003e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000516669  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3635  rod shape-determining protein MreD  53.12 
 
 		 163 aa  181  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.148983  hitchhiker  0.00393044 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3670  rod shape-determining protein MreD  53.12 
 
 		 163 aa  181  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.501294  normal  0.526814 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3564  rod shape-determining protein MreD  53.12 
 
 		 163 aa  181  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.331411  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3732  rod shape-determining protein MreD  53.12 
 
 		 163 aa  181  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.391337  normal  0.0778624 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3685  rod shape-determining protein MreD  53.09 
 
 		 162 aa  179  1e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00121025  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3563  rod shape-determining protein MreD  53.21 
 
 		 163 aa  179  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.003884  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0254  rod shape-determining protein MreD  51.28 
 
 		 162 aa  176  1e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0028978  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0265  rod shape-determining protein MreD  51.28 
 
 		 162 aa  176  2e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.151432  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3675  rod shape-determining protein MreD  50 
 
 		 162 aa  171  2.9999999999999996e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0136907  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3731  rod shape-determining protein MreD  53.7 
 
 		 162 aa  171  5e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000809472  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3438  rod shape-determining protein MreD  53.7 
 
 		 162 aa  171  5e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00180798  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03108  cell wall structural complex MreBCD transmembrane component MreD  53.7 
 
 		 162 aa  171  5e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00126641  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0458  rod shape-determining protein MreD  53.7 
 
 		 162 aa  171  5e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0128703  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0458  rod shape-determining protein MreD  53.7 
 
 		 162 aa  171  5e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000615339  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3544  rod shape-determining protein MreD  53.7 
 
 		 162 aa  171  5e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0420872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3280  rod shape-determining protein MreD  53.7 
 
 		 162 aa  171  5e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000633  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4565  rod shape-determining protein MreD  53.7 
 
 		 162 aa  171  5e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00217188  normal  0.859989 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03059  hypothetical protein  53.7 
 
 		 162 aa  171  5e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00130668  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3833  rod shape-determining protein MreD  50.62 
 
 		 162 aa  162  2.0000000000000002e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0335584  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00266  rod shape-determining protein MreD  46.62 
 
 		 152 aa  142  1e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.10714  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1125  rod shape-determining protein MreD  42.28 
 
 		 162 aa  138  3e-32  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.424224  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4558  rod shape-determining protein MreD  42.48 
 
 		 159 aa  138  3e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0405  rod shape-determining protein MreD  43.59 
 
 		 162 aa  132  3e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0933678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0560  rod shape-determining protein MreD  42.31 
 
 		 162 aa  131  3.9999999999999996e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.227811  normal  0.273117 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4400  rod shape-determining protein MreD  41.67 
 
 		 162 aa  131  5e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.035191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0520  rod shape-determining protein MreD  39.74 
 
 		 162 aa  129  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00293581  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0524  rod shape-determining protein MreD  39.74 
 
 		 162 aa  129  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.101318  normal  0.818556 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0499  rod shape-determining protein MreD  39.74 
 
 		 162 aa  129  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000751772  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3820  rod shape-determining protein MreD  39.74 
 
 		 162 aa  129  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.182066  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0185  rod shape-determining protein MreD  41.22 
 
 		 158 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.655202  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0576  rod shape-determining protein MreD  39.1 
 
 		 162 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0136941  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3752  rod shape-determining protein MreD  39.74 
 
 		 162 aa  125  3e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0156761  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4096  rod shape-determining protein MreD  38.46 
 
 		 162 aa  124  4.0000000000000003e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3646  rod shape-determining protein MreD  37.82 
 
 		 162 aa  122  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.873858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0481  rod shape-determining protein MreD  37.82 
 
 		 162 aa  120  6e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.811666 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3470  rod shape-determining protein MreD  37.82 
 
 		 162 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0168845  normal  0.899869 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0469  rod shape-determining protein MreD  35.42 
 
 		 162 aa  111  4.0000000000000004e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.795079  normal  0.874412 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3332  rod shape-determining protein MreD  35.67 
 
 		 163 aa  108  3e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.390226  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1124  rod shape-determining protein MreD  38.17 
 
 		 133 aa  108  3e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.974415  normal  0.147001 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3736  rod shape-determining protein MreD  33.12 
 
 		 163 aa  100  6e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.284622  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1939  rod shape-determining protein MreD  38.22 
 
 		 157 aa  94  7e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0021147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0171  rod shape-determining protein MreD  38.12 
 
 		 162 aa  92.8  2e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0975  rod shape-determining protein MreD  35.54 
 
 		 162 aa  90.9  7e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.870065 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0935  rod shape-determining protein MreD  35.54 
 
 		 163 aa  90.9  7e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0942  rod shape-determining protein MreD  34.94 
 
 		 162 aa  89.7  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4280  rod shape-determining protein MreD  35.9 
 
 		 162 aa  87.4  8e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.163862  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0328  rod shape-determining protein MreD  34.46 
 
 		 163 aa  84  9e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0530008  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4161  rod shape-determining protein MreD  32.92 
 
 		 163 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4470  rod shape-determining protein MreD  32.92 
 
 		 163 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04260  rod shape-determining protein MreD  32.19 
 
 		 161 aa  72.8  0.000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.360557  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0513  rod shape-determining protein  27.78 
 
 		 162 aa  72  0.000000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0134717  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12670  Rod shape-determining protein, MreD  32.68 
 
 		 159 aa  71.6  0.000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1646  rod shape-determining protein MreD  27.78 
 
 		 162 aa  70.9  0.000000000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000897868  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58120  rod shape-determining protein MreD  32.89 
 
 		 164 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.372841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0512  rod shape-determining protein MreD  36.91 
 
 		 163 aa  68.2  0.00000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0858  rod shape-determining protein MreD  35.11 
 
 		 162 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.315529  normal  0.930455 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1007  rod shape-determining protein MreD  35 
 
 		 163 aa  67  0.0000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2238  rod shape-determining protein MreD  33.54 
 
 		 159 aa  66.2  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5093  rod shape-determining protein MreD  32.12 
 
 		 164 aa  64.3  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0670  rod shape-determining protein  35.77 
 
 		 161 aa  61.6  0.000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0272534  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0875  rod shape-determining protein MreD  29.1 
 
 		 159 aa  60.8  0.000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0589  rod shape-determining protein MreD  34.96 
 
 		 161 aa  60.8  0.000000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.305731  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0102  rod shape-determining protein MreD  30.92 
 
 		 163 aa  60.8  0.000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0846  rod shape-determining protein MreD  28.36 
 
 		 159 aa  60.5  0.00000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2493  rod shape-determining protein MreD  37.5 
 
 		 159 aa  59.7  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.527003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0318  rod shape-determining protein MreD  31.45 
 
 		 173 aa  59.7  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3452  rod shape-determining protein MreD  30.33 
 
 		 161 aa  57  0.0000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.973834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0840  rod shape-determining protein MreD  30.26 
 
 		 163 aa  57  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.552289  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0485  rod shape-determining protein MreD  26.53 
 
 		 161 aa  53.9  0.0000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.02134 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0047  rod shape-determining protein MreD  32.8 
 
 		 158 aa  54.3  0.0000008  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.684213  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0262  hypothetical protein  35.44 
 
 		 166 aa  53.1  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2194  rod shape-determining protein MreD  25 
 
 		 158 aa  52.4  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000732465 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2564  rod shape-determining protein MreD, putative  25 
 
 		 158 aa  52.4  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3190  rod shape-determining protein MreD  28.57 
 
 		 162 aa  50.8  0.000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0548619  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2726  rod shape-determining protein MreD  28.47 
 
 		 158 aa  50.8  0.000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0795555  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0480  putative rod shape-determining protein MreD  25.85 
 
 		 161 aa  49.7  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00540297  normal  0.479841 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0422  hypothetical protein  26.71 
 
 		 162 aa  48.1  0.00004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000422258  hitchhiker  0.0000312258 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1632  hypothetical protein  28 
 
 		 167 aa  43.5  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0596181  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1414  rod shape-determining protein MreD  36 
 
 		 171 aa  40.4  0.01  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0674069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0238  rod shape-determining protein MreD  32.61 
 
 		 173 aa  40.4  0.01  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>