100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_2564 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011761  AFE_2564  rod shape-determining protein MreD, putative  100 
 
 		 158 aa  306  9e-83  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2194  rod shape-determining protein MreD  100 
 
 		 158 aa  306  9e-83  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000732465 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0171  rod shape-determining protein MreD  34.33 
 
 		 162 aa  69.7  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4096  rod shape-determining protein MreD  26.14 
 
 		 162 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3190  rod shape-determining protein MreD  34.31 
 
 		 162 aa  66.2  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0548619  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4400  rod shape-determining protein MreD  27.21 
 
 		 162 aa  66.2  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.035191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3646  rod shape-determining protein MreD  25.66 
 
 		 162 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.873858  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4558  rod shape-determining protein MreD  25 
 
 		 159 aa  64.3  0.0000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3470  rod shape-determining protein MreD  25.66 
 
 		 162 aa  63.9  0.0000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0168845  normal  0.899869 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0481  rod shape-determining protein MreD  25.66 
 
 		 162 aa  63.9  0.0000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.811666 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04260  rod shape-determining protein MreD  31.29 
 
 		 161 aa  63.5  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.360557  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0405  rod shape-determining protein MreD  26.97 
 
 		 162 aa  62  0.000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0933678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0576  rod shape-determining protein MreD  23.68 
 
 		 162 aa  61.2  0.000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0136941  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4161  rod shape-determining protein MreD  29.41 
 
 		 163 aa  60.8  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4470  rod shape-determining protein MreD  29.41 
 
 		 163 aa  60.5  0.000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1125  rod shape-determining protein MreD  24.84 
 
 		 162 aa  60.5  0.000000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.424224  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0524  rod shape-determining protein MreD  22.37 
 
 		 162 aa  59.3  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.101318  normal  0.818556 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0499  rod shape-determining protein MreD  22.37 
 
 		 162 aa  59.3  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000751772  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3820  rod shape-determining protein MreD  22.37 
 
 		 162 aa  59.3  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.182066  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0520  rod shape-determining protein MreD  22.37 
 
 		 162 aa  59.3  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00293581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0560  rod shape-determining protein MreD  26.47 
 
 		 162 aa  58.5  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.227811  normal  0.273117 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4280  rod shape-determining protein MreD  26.28 
 
 		 162 aa  57.8  0.00000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.163862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58120  rod shape-determining protein MreD  31.37 
 
 		 164 aa  57.4  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.372841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0942  rod shape-determining protein MreD  26.92 
 
 		 162 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0469  rod shape-determining protein MreD  29.79 
 
 		 162 aa  55.8  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.795079  normal  0.874412 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0975  rod shape-determining protein MreD  26.28 
 
 		 162 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.870065 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4409  rod shape-determining protein MreD  25 
 
 		 162 aa  55.8  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000516669  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12670  Rod shape-determining protein, MreD  30.2 
 
 		 159 aa  56.2  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0935  rod shape-determining protein MreD  26.28 
 
 		 163 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0318  rod shape-determining protein MreD  27.54 
 
 		 173 aa  56.2  0.0000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3685  rod shape-determining protein MreD  24.49 
 
 		 162 aa  55.5  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00121025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1939  rod shape-determining protein MreD  26.62 
 
 		 157 aa  55.5  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0021147  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1196  rod shape-determining protein MreD  23.81 
 
 		 162 aa  55.1  0.0000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00178529  hitchhiker  0.00199386 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0467  rod shape-determining protein MreD  23.81 
 
 		 162 aa  55.1  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00113622  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0400  rod shape-determining protein MreD  23.81 
 
 		 162 aa  55.1  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.269342  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5093  rod shape-determining protein MreD  31.88 
 
 		 164 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0485  rod shape-determining protein MreD  26.17 
 
 		 163 aa  53.9  0.0000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00628066  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3675  rod shape-determining protein MreD  22.76 
 
 		 162 aa  53.5  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0136907  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3452  rod shape-determining protein MreD  30.16 
 
 		 161 aa  52.8  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.973834  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0265  rod shape-determining protein MreD  23.65 
 
 		 162 aa  52.8  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.151432  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0185  rod shape-determining protein MreD  26.67 
 
 		 158 aa  53.1  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.655202  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0858  rod shape-determining protein MreD  30.43 
 
 		 162 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.315529  normal  0.930455 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2836  rod shape-determining protein MreD  25 
 
 		 162 aa  52.4  0.000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00169793  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03683  rod shape-determining protein MreD  25.5 
 
 		 162 aa  53.1  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0589  rod shape-determining protein MreD  33.33 
 
 		 161 aa  52  0.000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.305731  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0254  rod shape-determining protein MreD  22.97 
 
 		 162 aa  52  0.000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0028978  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2726  rod shape-determining protein MreD  27.2 
 
 		 158 aa  52.4  0.000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0795555  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0670  rod shape-determining protein  33.33 
 
 		 161 aa  51.2  0.000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0272534  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3736  rod shape-determining protein MreD  26.88 
 
 		 163 aa  51.2  0.000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.284622  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002385  rod shape-determining protein MreD  24.83 
 
 		 162 aa  50.8  0.000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.181235  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3732  rod shape-determining protein MreD  23.81 
 
 		 163 aa  50.8  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.391337  normal  0.0778624 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3564  rod shape-determining protein MreD  23.81 
 
 		 163 aa  50.8  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.331411  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3670  rod shape-determining protein MreD  23.81 
 
 		 163 aa  50.8  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.501294  normal  0.526814 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3563  rod shape-determining protein MreD  23.81 
 
 		 163 aa  50.8  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.003884  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3635  rod shape-determining protein MreD  23.81 
 
 		 163 aa  50.8  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.148983  hitchhiker  0.00393044 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2238  rod shape-determining protein MreD  26 
 
 		 159 aa  50.1  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3332  rod shape-determining protein MreD  25.81 
 
 		 163 aa  50.1  0.00001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.390226  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0053  rod shape-determining protein MreD  32.82 
 
 		 170 aa  49.3  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00417177  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00266  rod shape-determining protein MreD  24.81 
 
 		 152 aa  49.3  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.10714  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3752  rod shape-determining protein MreD  23.68 
 
 		 162 aa  49.3  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0156761  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0102  rod shape-determining protein MreD  34.78 
 
 		 163 aa  47.8  0.00006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0078  rod shape-determining MreD transmembrane protein  33.9 
 
 		 170 aa  47  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3921  rod shape-determining protein MreD  29.91 
 
 		 176 aa  46.2  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3833  rod shape-determining protein MreD  24.73 
 
 		 162 aa  45.8  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0335584  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0840  rod shape-determining protein MreD  26.89 
 
 		 163 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.552289  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3365  rod shape-determining protein MreD  33.9 
 
 		 170 aa  45.1  0.0004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4400  rod shape-determining protein MreD  29.06 
 
 		 170 aa  45.1  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.104844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0144  rod shape-determining protein MreD  31.25 
 
 		 170 aa  44.7  0.0005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.825294  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3688  rod shape-determining protein MreD  33.9 
 
 		 170 aa  44.7  0.0005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03059  hypothetical protein  23.13 
 
 		 162 aa  44.7  0.0006  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00130668  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0238  rod shape-determining protein MreD  35.87 
 
 		 173 aa  44.3  0.0006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4565  rod shape-determining protein MreD  23.13 
 
 		 162 aa  44.7  0.0006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00217188  normal  0.859989 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0458  rod shape-determining protein MreD  23.13 
 
 		 162 aa  44.7  0.0006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0128703  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0324  rod shape-determining protein MreD  29.06 
 
 		 170 aa  44.7  0.0006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3280  rod shape-determining protein MreD  23.13 
 
 		 162 aa  44.7  0.0006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000633  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3544  rod shape-determining protein MreD  23.13 
 
 		 162 aa  44.7  0.0006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0420872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0458  rod shape-determining protein MreD  23.13 
 
 		 162 aa  44.7  0.0006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000615339  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03108  cell wall structural complex MreBCD transmembrane component MreD  23.13 
 
 		 162 aa  44.7  0.0006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00126641  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3731  rod shape-determining protein MreD  23.13 
 
 		 162 aa  44.7  0.0006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000809472  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3438  rod shape-determining protein MreD  23.13 
 
 		 162 aa  44.3  0.0007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00180798  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3050  rod shape-determining protein MreD  29.46 
 
 		 170 aa  43.9  0.0009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.81693  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3167  rod shape-determining protein MreD  29.46 
 
 		 170 aa  43.9  0.0009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00609809  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0050  rod shape-determining protein MreD  28.21 
 
 		 170 aa  43.9  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2493  rod shape-determining protein MreD  23.57 
 
 		 159 aa  43.1  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.527003  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0328  rod shape-determining protein MreD  26.67 
 
 		 163 aa  43.1  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0530008  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2498  rod shape-determining protein MreD  29.46 
 
 		 170 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.21729  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3112  rod shape-determining protein MreD  29.46 
 
 		 170 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.222418  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3109  rod shape-determining protein MreD  29.46 
 
 		 170 aa  42.4  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3128  rod shape-determining protein MreD  29.46 
 
 		 170 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0168  rod shape-determining protein MreD  30.36 
 
 		 170 aa  42  0.003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0179  rod shape-determining protein MreD  30.36 
 
 		 170 aa  42  0.003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0364  rod shape-determining protein MreD  30.36 
 
 		 170 aa  42  0.003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0114  rod shape-determining protein MreD  30.08 
 
 		 173 aa  42.4  0.003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0485  rod shape-determining protein MreD  28.72 
 
 		 161 aa  42  0.003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.02134 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2787  rod shape-determining protein MreD  30.36 
 
 		 170 aa  41.6  0.005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2292  rod shape-determining protein MreD  30.36 
 
 		 170 aa  41.6  0.005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2372  rod shape-determining protein MreD  30.36 
 
 		 170 aa  41.6  0.005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.341743  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0160  rod shape-determining protein MreD  30.36 
 
 		 170 aa  41.6  0.005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.26485  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6463  rod shape-determining protein MreD  28.57 
 
 		 170 aa  40.8  0.007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1632  hypothetical protein  21.12 
 
 		 167 aa  40.4  0.01  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0596181  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>