126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_4161 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_4161  rod shape-determining protein MreD  100 
 
 		 163 aa  315  2e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4470  rod shape-determining protein MreD  99.39 
 
 		 163 aa  314  4e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0935  rod shape-determining protein MreD  76.69 
 
 		 163 aa  252  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0975  rod shape-determining protein MreD  79.49 
 
 		 162 aa  251  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.870065 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0942  rod shape-determining protein MreD  80.13 
 
 		 162 aa  250  5.000000000000001e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4280  rod shape-determining protein MreD  73.46 
 
 		 162 aa  241  3e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.163862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0840  rod shape-determining protein MreD  80.37 
 
 		 163 aa  237  6.999999999999999e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.552289  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0858  rod shape-determining protein MreD  76.73 
 
 		 162 aa  220  6e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.315529  normal  0.930455 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58120  rod shape-determining protein MreD  67.07 
 
 		 164 aa  211  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.372841  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12670  Rod shape-determining protein, MreD  63.46 
 
 		 159 aa  204  3e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5093  rod shape-determining protein MreD  67.68 
 
 		 164 aa  198  3e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4400  rod shape-determining protein MreD  42.31 
 
 		 162 aa  132  9.999999999999999e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.035191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0560  rod shape-determining protein MreD  39.63 
 
 		 162 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.227811  normal  0.273117 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0405  rod shape-determining protein MreD  41.18 
 
 		 162 aa  124  4.0000000000000003e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0933678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0576  rod shape-determining protein MreD  41.45 
 
 		 162 aa  124  6e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0136941  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3752  rod shape-determining protein MreD  40.99 
 
 		 162 aa  124  7e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0156761  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3646  rod shape-determining protein MreD  41.45 
 
 		 162 aa  123  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.873858  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4096  rod shape-determining protein MreD  40.79 
 
 		 162 aa  122  2e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3470  rod shape-determining protein MreD  41.67 
 
 		 162 aa  121  4e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0168845  normal  0.899869 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0481  rod shape-determining protein MreD  41.45 
 
 		 162 aa  121  4e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.811666 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0524  rod shape-determining protein MreD  36.02 
 
 		 162 aa  117  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.101318  normal  0.818556 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3820  rod shape-determining protein MreD  36.02 
 
 		 162 aa  117  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.182066  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0499  rod shape-determining protein MreD  36.02 
 
 		 162 aa  117  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000751772  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0520  rod shape-determining protein MreD  36.02 
 
 		 162 aa  117  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00293581  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3736  rod shape-determining protein MreD  38.18 
 
 		 163 aa  117  6e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.284622  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3332  rod shape-determining protein MreD  36.97 
 
 		 163 aa  115  3e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.390226  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0328  rod shape-determining protein MreD  40.27 
 
 		 163 aa  114  3.9999999999999997e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0530008  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0171  rod shape-determining protein MreD  35.9 
 
 		 162 aa  113  1.0000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0469  rod shape-determining protein MreD  42.25 
 
 		 162 aa  110  7.000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.795079  normal  0.874412 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1939  rod shape-determining protein MreD  36.18 
 
 		 157 aa  109  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0021147  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4558  rod shape-determining protein MreD  33.76 
 
 		 159 aa  108  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2238  rod shape-determining protein MreD  44.37 
 
 		 159 aa  108  4.0000000000000004e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0265  rod shape-determining protein MreD  36.94 
 
 		 162 aa  105  2e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.151432  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0400  rod shape-determining protein MreD  34.16 
 
 		 162 aa  105  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.269342  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1196  rod shape-determining protein MreD  34.16 
 
 		 162 aa  105  4e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00178529  hitchhiker  0.00199386 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0467  rod shape-determining protein MreD  34.16 
 
 		 162 aa  105  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00113622  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2726  rod shape-determining protein MreD  39.04 
 
 		 158 aa  104  7e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0795555  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0254  rod shape-determining protein MreD  36.31 
 
 		 162 aa  103  8e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0028978  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1007  rod shape-determining protein MreD  39.88 
 
 		 163 aa  103  1e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4409  rod shape-determining protein MreD  34.62 
 
 		 162 aa  102  3e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000516669  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0513  rod shape-determining protein  33.56 
 
 		 162 aa  101  5e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0134717  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3675  rod shape-determining protein MreD  34.21 
 
 		 162 aa  101  5e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0136907  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1646  rod shape-determining protein MreD  33.56 
 
 		 162 aa  101  5e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000897868  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3670  rod shape-determining protein MreD  32.52 
 
 		 163 aa  99.8  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.501294  normal  0.526814 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3564  rod shape-determining protein MreD  32.52 
 
 		 163 aa  99.8  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.331411  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3732  rod shape-determining protein MreD  32.52 
 
 		 163 aa  99.8  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.391337  normal  0.0778624 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00266  rod shape-determining protein MreD  31.79 
 
 		 152 aa  99.8  1e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.10714  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3635  rod shape-determining protein MreD  32.52 
 
 		 163 aa  99.8  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.148983  hitchhiker  0.00393044 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0185  rod shape-determining protein MreD  34.23 
 
 		 158 aa  99.4  2e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.655202  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3563  rod shape-determining protein MreD  32.52 
 
 		 163 aa  99.8  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.003884  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3190  rod shape-determining protein MreD  37.5 
 
 		 162 aa  98.6  3e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0548619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3685  rod shape-determining protein MreD  34.97 
 
 		 162 aa  98.2  4e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00121025  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3833  rod shape-determining protein MreD  32.48 
 
 		 162 aa  98.2  4e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0335584  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03108  cell wall structural complex MreBCD transmembrane component MreD  33.74 
 
 		 162 aa  95.1  4e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00126641  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0458  rod shape-determining protein MreD  33.74 
 
 		 162 aa  95.1  4e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0128703  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4565  rod shape-determining protein MreD  33.74 
 
 		 162 aa  95.1  4e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00217188  normal  0.859989 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03059  hypothetical protein  33.74 
 
 		 162 aa  95.1  4e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00130668  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3731  rod shape-determining protein MreD  33.74 
 
 		 162 aa  95.1  4e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000809472  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0458  rod shape-determining protein MreD  33.74 
 
 		 162 aa  95.1  4e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000615339  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3544  rod shape-determining protein MreD  33.74 
 
 		 162 aa  95.1  4e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0420872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3280  rod shape-determining protein MreD  33.74 
 
 		 162 aa  95.1  4e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000633  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3438  rod shape-determining protein MreD  34.76 
 
 		 162 aa  94  7e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00180798  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0512  rod shape-determining protein MreD  41.4 
 
 		 163 aa  90.9  8e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04260  rod shape-determining protein MreD  41.58 
 
 		 161 aa  87.8  7e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.360557  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0485  rod shape-determining protein MreD  31.58 
 
 		 163 aa  85.5  3e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00628066  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0102  rod shape-determining protein MreD  34.72 
 
 		 163 aa  84  8e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2493  rod shape-determining protein MreD  33.11 
 
 		 159 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.527003  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1125  rod shape-determining protein MreD  33.99 
 
 		 162 aa  78.2  0.00000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.424224  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0846  rod shape-determining protein MreD  35.14 
 
 		 159 aa  76.6  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1124  rod shape-determining protein MreD  34.07 
 
 		 133 aa  76.6  0.0000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.974415  normal  0.147001 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2836  rod shape-determining protein MreD  32.92 
 
 		 162 aa  76.6  0.0000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00169793  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0875  rod shape-determining protein MreD  34.56 
 
 		 159 aa  76.3  0.0000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002385  rod shape-determining protein MreD  32.21 
 
 		 162 aa  75.5  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.181235  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03683  rod shape-determining protein MreD  31.79 
 
 		 162 aa  75.5  0.0000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0670  rod shape-determining protein  47.95 
 
 		 161 aa  73.9  0.0000000000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0272534  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0589  rod shape-determining protein MreD  46.58 
 
 		 161 aa  73.2  0.000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.305731  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3921  rod shape-determining protein MreD  35.96 
 
 		 176 aa  69.7  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3452  rod shape-determining protein MreD  42.47 
 
 		 161 aa  68.9  0.00000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.973834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0356  rod shape-determining protein MreD  37.9 
 
 		 172 aa  67.4  0.00000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3365  rod shape-determining protein MreD  30.89 
 
 		 170 aa  67  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3688  rod shape-determining protein MreD  30.89 
 
 		 170 aa  67  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0238  rod shape-determining protein MreD  34.04 
 
 		 173 aa  63.9  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0081  putative rod shape-determining MreD transmembrane protein  36.04 
 
 		 173 aa  63.5  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.140222 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0318  rod shape-determining protein MreD  27.33 
 
 		 173 aa  62.4  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0053  rod shape-determining protein MreD  29.8 
 
 		 170 aa  62.4  0.000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00417177  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4400  rod shape-determining protein MreD  29.58 
 
 		 170 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.104844  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0285  rod shape-determining protein MreD  29.1 
 
 		 173 aa  62  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.290835  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0050  rod shape-determining protein MreD  29.58 
 
 		 170 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0324  rod shape-determining protein MreD  29.58 
 
 		 170 aa  61.2  0.000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2564  rod shape-determining protein MreD, putative  29.41 
 
 		 158 aa  60.8  0.000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2194  rod shape-determining protein MreD  29.41 
 
 		 158 aa  60.8  0.000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000732465 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0144  rod shape-determining protein MreD  29.37 
 
 		 170 aa  60.5  0.000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.825294  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3167  rod shape-determining protein MreD  28.67 
 
 		 170 aa  58.9  0.00000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00609809  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3050  rod shape-determining protein MreD  28.67 
 
 		 170 aa  58.9  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.81693  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2498  rod shape-determining protein MreD  29.37 
 
 		 170 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.21729  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3112  rod shape-determining protein MreD  29.37 
 
 		 170 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.222418  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3128  rod shape-determining protein MreD  29.37 
 
 		 170 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0160  rod shape-determining protein MreD  28.67 
 
 		 170 aa  58.2  0.00000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.26485  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2787  rod shape-determining protein MreD  28.67 
 
 		 170 aa  58.2  0.00000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2292  rod shape-determining protein MreD  28.67 
 
 		 170 aa  58.2  0.00000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>