114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_0114 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_0114  rod shape-determining protein MreD  100 
 
 		 173 aa  341  2.9999999999999997e-93  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0238  rod shape-determining protein MreD  58.96 
 
 		 173 aa  195  2.0000000000000003e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2498  rod shape-determining protein MreD  52.44 
 
 		 170 aa  170  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.21729  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3112  rod shape-determining protein MreD  52.44 
 
 		 170 aa  170  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.222418  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3128  rod shape-determining protein MreD  52.44 
 
 		 170 aa  170  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6463  rod shape-determining protein MreD  51.83 
 
 		 170 aa  169  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3167  rod shape-determining protein MreD  51.83 
 
 		 170 aa  169  3e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00609809  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3050  rod shape-determining protein MreD  51.83 
 
 		 170 aa  169  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.81693  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3109  rod shape-determining protein MreD  51.83 
 
 		 170 aa  168  4e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0160  rod shape-determining protein MreD  52.44 
 
 		 170 aa  167  6e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.26485  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0144  rod shape-determining protein MreD  51.83 
 
 		 170 aa  167  6e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.825294  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2787  rod shape-determining protein MreD  52.44 
 
 		 170 aa  167  6e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2292  rod shape-determining protein MreD  52.44 
 
 		 170 aa  167  6e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2372  rod shape-determining protein MreD  52.44 
 
 		 170 aa  167  6e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.341743  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0364  rod shape-determining protein MreD  51.83 
 
 		 170 aa  166  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0168  rod shape-determining protein MreD  51.83 
 
 		 170 aa  166  1e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0179  rod shape-determining protein MreD  51.83 
 
 		 170 aa  166  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4400  rod shape-determining protein MreD  50.61 
 
 		 170 aa  162  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.104844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0050  rod shape-determining protein MreD  50 
 
 		 170 aa  163  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0324  rod shape-determining protein MreD  50 
 
 		 170 aa  162  3e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0081  putative rod shape-determining MreD transmembrane protein  47.62 
 
 		 173 aa  157  7e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.140222 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0078  rod shape-determining MreD transmembrane protein  49.4 
 
 		 170 aa  153  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0053  rod shape-determining protein MreD  47.02 
 
 		 170 aa  151  5e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00417177  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3688  rod shape-determining protein MreD  45.24 
 
 		 170 aa  143  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0502  rod shape-determining protein MreD  49.1 
 
 		 168 aa  142  2e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00917547 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3365  rod shape-determining protein MreD  45.24 
 
 		 170 aa  142  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0285  rod shape-determining protein MreD  42.26 
 
 		 173 aa  141  4e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.290835  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3921  rod shape-determining protein MreD  42.2 
 
 		 176 aa  138  4.999999999999999e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0175  rod shape-determining protein MreD  47.02 
 
 		 172 aa  137  7e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0296  putative rod shape-determining MreD transmembrane protein  43.71 
 
 		 172 aa  134  6.0000000000000005e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0224  putative rod shape-determining MreD transmembrane protein  45.24 
 
 		 172 aa  133  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0061  rod shape-determining MRED transmembrane protein  47.02 
 
 		 170 aa  130  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.211296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1608  putative rod shape-determining MreD transmembrane protein  45.12 
 
 		 172 aa  126  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.641663  normal  0.687258 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0356  rod shape-determining protein MreD  43.11 
 
 		 172 aa  117  7e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0318  rod shape-determining protein MreD  39.87 
 
 		 173 aa  117  9.999999999999999e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2023  rod shape-determining protein MreD  39.53 
 
 		 174 aa  116  1.9999999999999998e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0751594  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0235  rod shape-determining protein MreD  43.2 
 
 		 173 aa  114  7.999999999999999e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.230877  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0241  putative rod shape-determining MreD transmembrane protein  43.2 
 
 		 173 aa  113  1.0000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1740  rod shape-determining protein MreD  39.77 
 
 		 174 aa  113  1.0000000000000001e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04260  rod shape-determining protein MreD  37.3 
 
 		 161 aa  81.6  0.000000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.360557  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0171  rod shape-determining protein MreD  35.71 
 
 		 162 aa  80.1  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2493  rod shape-determining protein MreD  33.8 
 
 		 159 aa  78.2  0.00000000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.527003  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0670  rod shape-determining protein  35.54 
 
 		 161 aa  73.2  0.000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0272534  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0589  rod shape-determining protein MreD  35.54 
 
 		 161 aa  73.2  0.000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.305731  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3452  rod shape-determining protein MreD  37.29 
 
 		 161 aa  73.2  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.973834  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0935  rod shape-determining protein MreD  34.55 
 
 		 163 aa  65.1  0.0000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0975  rod shape-determining protein MreD  34.55 
 
 		 162 aa  64.7  0.0000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.870065 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4280  rod shape-determining protein MreD  33.64 
 
 		 162 aa  64.7  0.0000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.163862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1939  rod shape-determining protein MreD  32.89 
 
 		 157 aa  64.3  0.0000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0021147  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0942  rod shape-determining protein MreD  34.55 
 
 		 162 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0858  rod shape-determining protein MreD  33.04 
 
 		 162 aa  62  0.000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.315529  normal  0.930455 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12670  Rod shape-determining protein, MreD  30.15 
 
 		 159 aa  61.2  0.000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0512  rod shape-determining protein MreD  36.11 
 
 		 163 aa  58.9  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58120  rod shape-determining protein MreD  31.62 
 
 		 164 aa  58.5  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.372841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0328  rod shape-determining protein MreD  29.33 
 
 		 163 aa  58.2  0.00000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0530008  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2726  rod shape-determining protein MreD  28.18 
 
 		 158 aa  57  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0795555  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0400  rod shape-determining protein MreD  36.94 
 
 		 162 aa  56.2  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.269342  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1196  rod shape-determining protein MreD  36.94 
 
 		 162 aa  56.2  0.0000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00178529  hitchhiker  0.00199386 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0467  rod shape-determining protein MreD  36.94 
 
 		 162 aa  56.2  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00113622  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4470  rod shape-determining protein MreD  32.73 
 
 		 163 aa  55.8  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4161  rod shape-determining protein MreD  32.73 
 
 		 163 aa  55.8  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5093  rod shape-determining protein MreD  31.93 
 
 		 164 aa  55.8  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3685  rod shape-determining protein MreD  34.23 
 
 		 162 aa  55.5  0.0000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00121025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0262  hypothetical protein  40.59 
 
 		 166 aa  54.7  0.0000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0513  rod shape-determining protein  41.67 
 
 		 162 aa  53.5  0.000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0134717  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4409  rod shape-determining protein MreD  36.04 
 
 		 162 aa  53.9  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000516669  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1646  rod shape-determining protein MreD  41.67 
 
 		 162 aa  53.5  0.000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000897868  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00266  rod shape-determining protein MreD  37.5 
 
 		 152 aa  53.1  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.10714  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3635  rod shape-determining protein MreD  32.43 
 
 		 163 aa  52.4  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.148983  hitchhiker  0.00393044 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3670  rod shape-determining protein MreD  32.43 
 
 		 163 aa  52.4  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.501294  normal  0.526814 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3564  rod shape-determining protein MreD  32.43 
 
 		 163 aa  52.4  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.331411  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3732  rod shape-determining protein MreD  32.43 
 
 		 163 aa  52.4  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.391337  normal  0.0778624 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0102  rod shape-determining protein MreD  39.53 
 
 		 163 aa  52  0.000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0840  rod shape-determining protein MreD  31.73 
 
 		 163 aa  50.8  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.552289  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0254  rod shape-determining protein MreD  35.58 
 
 		 162 aa  50.4  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0028978  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0265  rod shape-determining protein MreD  35.58 
 
 		 162 aa  50.8  0.00001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.151432  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3563  rod shape-determining protein MreD  31.53 
 
 		 163 aa  50.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.003884  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03108  cell wall structural complex MreBCD transmembrane component MreD  33.73 
 
 		 162 aa  48.5  0.00005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00126641  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0458  rod shape-determining protein MreD  33.73 
 
 		 162 aa  48.5  0.00005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0128703  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03059  hypothetical protein  33.73 
 
 		 162 aa  48.5  0.00005  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00130668  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3731  rod shape-determining protein MreD  33.73 
 
 		 162 aa  48.5  0.00005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000809472  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0458  rod shape-determining protein MreD  33.73 
 
 		 162 aa  48.5  0.00005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000615339  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3544  rod shape-determining protein MreD  33.73 
 
 		 162 aa  48.5  0.00005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0420872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3280  rod shape-determining protein MreD  33.73 
 
 		 162 aa  48.5  0.00005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000633  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4565  rod shape-determining protein MreD  33.73 
 
 		 162 aa  48.5  0.00005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00217188  normal  0.859989 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3438  rod shape-determining protein MreD  33.73 
 
 		 162 aa  48.1  0.00006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00180798  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2238  rod shape-determining protein MreD  29.85 
 
 		 159 aa  48.1  0.00007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0185  rod shape-determining protein MreD  30.19 
 
 		 158 aa  47.4  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.655202  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0560  rod shape-determining protein MreD  30.39 
 
 		 162 aa  46.2  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.227811  normal  0.273117 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3675  rod shape-determining protein MreD  32.08 
 
 		 162 aa  46.2  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0136907  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3833  rod shape-determining protein MreD  32.32 
 
 		 162 aa  45.8  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0335584  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0405  rod shape-determining protein MreD  27.59 
 
 		 162 aa  45.8  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0933678  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4558  rod shape-determining protein MreD  32.79 
 
 		 159 aa  45.1  0.0005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3820  rod shape-determining protein MreD  32.89 
 
 		 162 aa  44.7  0.0006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.182066  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0499  rod shape-determining protein MreD  32.89 
 
 		 162 aa  44.7  0.0006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000751772  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0520  rod shape-determining protein MreD  32.89 
 
 		 162 aa  44.7  0.0006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00293581  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0524  rod shape-determining protein MreD  32.89 
 
 		 162 aa  44.7  0.0006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.101318  normal  0.818556 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1632  hypothetical protein  27.03 
 
 		 167 aa  44.7  0.0007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0596181  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4096  rod shape-determining protein MreD  31.76 
 
 		 162 aa  44.3  0.0008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1125  rod shape-determining protein MreD  26.92 
 
 		 162 aa  44.3  0.0008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.424224  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>