128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0560 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0560  rod shape-determining protein MreD  100 
 
 		 162 aa  313  4e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.227811  normal  0.273117 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4400  rod shape-determining protein MreD  93.21 
 
 		 162 aa  298  2e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.035191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0405  rod shape-determining protein MreD  85.8 
 
 		 162 aa  282  2.0000000000000002e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0933678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3752  rod shape-determining protein MreD  79.01 
 
 		 162 aa  256  1e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0156761  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0576  rod shape-determining protein MreD  67.28 
 
 		 162 aa  236  6.999999999999999e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0136941  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0524  rod shape-determining protein MreD  66.05 
 
 		 162 aa  233  8e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.101318  normal  0.818556 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3820  rod shape-determining protein MreD  66.05 
 
 		 162 aa  233  8e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.182066  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0499  rod shape-determining protein MreD  66.05 
 
 		 162 aa  233  8e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000751772  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0520  rod shape-determining protein MreD  66.05 
 
 		 162 aa  233  8e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00293581  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3736  rod shape-determining protein MreD  68.71 
 
 		 163 aa  231  3e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.284622  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4096  rod shape-determining protein MreD  64.81 
 
 		 162 aa  229  9e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3646  rod shape-determining protein MreD  64.81 
 
 		 162 aa  227  5e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.873858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3470  rod shape-determining protein MreD  64.81 
 
 		 162 aa  227  7e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0168845  normal  0.899869 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0481  rod shape-determining protein MreD  64.81 
 
 		 162 aa  226  1e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.811666 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3332  rod shape-determining protein MreD  65.64 
 
 		 163 aa  223  1e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.390226  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0469  rod shape-determining protein MreD  64.47 
 
 		 162 aa  209  2e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.795079  normal  0.874412 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4558  rod shape-determining protein MreD  44.59 
 
 		 159 aa  159  2e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00266  rod shape-determining protein MreD  47.33 
 
 		 152 aa  157  4e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.10714  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4409  rod shape-determining protein MreD  43.83 
 
 		 162 aa  157  6e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000516669  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0400  rod shape-determining protein MreD  44.44 
 
 		 162 aa  157  8e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.269342  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1196  rod shape-determining protein MreD  44.44 
 
 		 162 aa  157  8e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00178529  hitchhiker  0.00199386 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0467  rod shape-determining protein MreD  44.44 
 
 		 162 aa  157  8e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00113622  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0254  rod shape-determining protein MreD  43.21 
 
 		 162 aa  154  5.0000000000000005e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0028978  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3732  rod shape-determining protein MreD  44.59 
 
 		 163 aa  154  6e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.391337  normal  0.0778624 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3670  rod shape-determining protein MreD  44.59 
 
 		 163 aa  154  6e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.501294  normal  0.526814 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3564  rod shape-determining protein MreD  44.59 
 
 		 163 aa  154  6e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.331411  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3635  rod shape-determining protein MreD  44.59 
 
 		 163 aa  154  6e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.148983  hitchhiker  0.00393044 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3685  rod shape-determining protein MreD  41.36 
 
 		 162 aa  153  8e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00121025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0185  rod shape-determining protein MreD  47.62 
 
 		 158 aa  153  1e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.655202  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3563  rod shape-determining protein MreD  44.59 
 
 		 163 aa  153  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.003884  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0265  rod shape-determining protein MreD  42.59 
 
 		 162 aa  152  2e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.151432  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3675  rod shape-determining protein MreD  41.98 
 
 		 162 aa  152  2.9999999999999998e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0136907  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03108  cell wall structural complex MreBCD transmembrane component MreD  41.36 
 
 		 162 aa  148  3e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00126641  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0458  rod shape-determining protein MreD  41.36 
 
 		 162 aa  148  3e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0128703  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4565  rod shape-determining protein MreD  41.36 
 
 		 162 aa  148  3e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00217188  normal  0.859989 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03059  hypothetical protein  41.36 
 
 		 162 aa  148  3e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00130668  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3731  rod shape-determining protein MreD  41.36 
 
 		 162 aa  148  3e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000809472  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0458  rod shape-determining protein MreD  41.36 
 
 		 162 aa  148  3e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000615339  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3544  rod shape-determining protein MreD  41.36 
 
 		 162 aa  148  3e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0420872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3280  rod shape-determining protein MreD  41.36 
 
 		 162 aa  148  3e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000633  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3438  rod shape-determining protein MreD  41.36 
 
 		 162 aa  148  4e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00180798  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3833  rod shape-determining protein MreD  43.83 
 
 		 162 aa  147  5e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0335584  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0485  rod shape-determining protein MreD  42.24 
 
 		 163 aa  143  8.000000000000001e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00628066  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2836  rod shape-determining protein MreD  42.31 
 
 		 162 aa  131  3.9999999999999996e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00169793  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002385  rod shape-determining protein MreD  40.12 
 
 		 162 aa  130  9e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.181235  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4470  rod shape-determining protein MreD  40.24 
 
 		 163 aa  127  7.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03683  rod shape-determining protein MreD  39.51 
 
 		 162 aa  127  7.000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4161  rod shape-determining protein MreD  39.63 
 
 		 163 aa  127  9.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0328  rod shape-determining protein MreD  37.84 
 
 		 163 aa  119  3e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0530008  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0171  rod shape-determining protein MreD  38.89 
 
 		 162 aa  116  9.999999999999999e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1939  rod shape-determining protein MreD  36.18 
 
 		 157 aa  114  6e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0021147  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12670  Rod shape-determining protein, MreD  36.25 
 
 		 159 aa  114  7.999999999999999e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58120  rod shape-determining protein MreD  36.02 
 
 		 164 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.372841  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0935  rod shape-determining protein MreD  35.03 
 
 		 163 aa  111  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0975  rod shape-determining protein MreD  35.03 
 
 		 162 aa  111  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.870065 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0942  rod shape-determining protein MreD  34.39 
 
 		 162 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0840  rod shape-determining protein MreD  41.03 
 
 		 163 aa  107  5e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.552289  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4280  rod shape-determining protein MreD  33.76 
 
 		 162 aa  106  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.163862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0858  rod shape-determining protein MreD  38.78 
 
 		 162 aa  105  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.315529  normal  0.930455 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0512  rod shape-determining protein MreD  43.92 
 
 		 163 aa  104  4e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5093  rod shape-determining protein MreD  36.65 
 
 		 164 aa  102  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2238  rod shape-determining protein MreD  37.41 
 
 		 159 aa  100  1e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1125  rod shape-determining protein MreD  32.65 
 
 		 162 aa  99.4  2e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.424224  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1124  rod shape-determining protein MreD  35.61 
 
 		 133 aa  97.4  7e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.974415  normal  0.147001 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1646  rod shape-determining protein MreD  27.95 
 
 		 162 aa  89  3e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000897868  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1007  rod shape-determining protein MreD  33.97 
 
 		 163 aa  87.8  6e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0513  rod shape-determining protein  29.05 
 
 		 162 aa  87.8  6e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0134717  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0102  rod shape-determining protein MreD  38.1 
 
 		 163 aa  85.9  2e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2726  rod shape-determining protein MreD  33.87 
 
 		 158 aa  86.3  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0795555  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04260  rod shape-determining protein MreD  34.01 
 
 		 161 aa  84  8e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.360557  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2493  rod shape-determining protein MreD  33.58 
 
 		 159 aa  79.3  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.527003  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0875  rod shape-determining protein MreD  31.16 
 
 		 159 aa  78.6  0.00000000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0846  rod shape-determining protein MreD  30.43 
 
 		 159 aa  77.8  0.00000000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1250  rod shape-determining protein MreD  31.51 
 
 		 155 aa  70.1  0.00000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0249622  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3190  rod shape-determining protein MreD  27.1 
 
 		 162 aa  69.7  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0548619  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0670  rod shape-determining protein  45.68 
 
 		 161 aa  66.2  0.0000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0272534  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0589  rod shape-determining protein MreD  45.68 
 
 		 161 aa  65.9  0.0000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.305731  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3452  rod shape-determining protein MreD  34.43 
 
 		 161 aa  65.1  0.0000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.973834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0318  rod shape-determining protein MreD  25.5 
 
 		 173 aa  63.9  0.0000000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0485  rod shape-determining protein MreD  28.83 
 
 		 161 aa  58.5  0.00000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.02134 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0238  rod shape-determining protein MreD  29.41 
 
 		 173 aa  58.5  0.00000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2564  rod shape-determining protein MreD, putative  26.47 
 
 		 158 aa  58.5  0.00000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2194  rod shape-determining protein MreD  26.47 
 
 		 158 aa  58.5  0.00000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000732465 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0296  putative rod shape-determining MreD transmembrane protein  27.03 
 
 		 172 aa  58.2  0.00000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3921  rod shape-determining protein MreD  29.84 
 
 		 176 aa  57.8  0.00000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0480  putative rod shape-determining protein MreD  28.83 
 
 		 161 aa  57.8  0.00000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00540297  normal  0.479841 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3365  rod shape-determining protein MreD  27.63 
 
 		 170 aa  57.4  0.00000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3688  rod shape-determining protein MreD  27.63 
 
 		 170 aa  57.4  0.00000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0285  rod shape-determining protein MreD  32.08 
 
 		 173 aa  55.1  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.290835  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1632  hypothetical protein  20.18 
 
 		 167 aa  52.4  0.000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0596181  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0053  rod shape-determining protein MreD  25.81 
 
 		 170 aa  52.4  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00417177  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0081  putative rod shape-determining MreD transmembrane protein  31.85 
 
 		 173 aa  52.4  0.000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.140222 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0224  putative rod shape-determining MreD transmembrane protein  31.13 
 
 		 172 aa  52  0.000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0502  rod shape-determining protein MreD  31.62 
 
 		 168 aa  52  0.000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00917547 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6463  rod shape-determining protein MreD  28.03 
 
 		 170 aa  51.2  0.000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3167  rod shape-determining protein MreD  28.03 
 
 		 170 aa  50.4  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00609809  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3050  rod shape-determining protein MreD  28.03 
 
 		 170 aa  50.4  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.81693  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3112  rod shape-determining protein MreD  27.27 
 
 		 170 aa  49.3  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.222418  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2461  hypothetical protein  38.46 
 
 		 160 aa  49.3  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3109  rod shape-determining protein MreD  26.28 
 
 		 170 aa  49.3  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>