272 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_1717 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_1717  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 157 aa  308  2e-83  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.264807  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2315  ribosome-binding factor A  67.31 
 
 		 163 aa  196  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0767134 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4038  ribosome-binding factor A  69.29 
 
 		 168 aa  189  1e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.173989  normal  0.432163 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2153  ribosome-binding factor A  72.14 
 
 		 151 aa  187  5e-47  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.10459  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2066  ribosome-binding factor A  64.97 
 
 		 171 aa  171  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0366548  normal  0.808495 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2083  ribosome-binding factor A  64.97 
 
 		 171 aa  171  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2129  ribosome-binding factor A  64.97 
 
 		 171 aa  171  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.200805  normal  0.0220711 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5832  ribosome-binding factor A  68.57 
 
 		 149 aa  167  6e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.154912  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14590  ribosome-binding factor A  64.93 
 
 		 153 aa  158  2e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0231222  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3329  ribosome-binding factor A  56.43 
 
 		 156 aa  142  2e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.414674  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1511  ribosome-binding factor A  53.1 
 
 		 144 aa  142  2e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.898255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1427  ribosome-binding factor A  59.15 
 
 		 175 aa  139  1.9999999999999998e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000533542 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12853  ribosome-binding factor A  61.19 
 
 		 183 aa  135  2e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  2.73354e-17  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23440  ribosome-binding factor A  52.38 
 
 		 154 aa  135  2e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.487539  normal  0.252109 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1184  ribosome-binding factor A  51.3 
 
 		 189 aa  134  4e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.352255 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10330  ribosome-binding factor A  49.7 
 
 		 169 aa  134  4e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.150571  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1445  ribosome-binding factor A  57.45 
 
 		 171 aa  134  5e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.084347  normal  0.20066 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1417  ribosome-binding factor A  57.04 
 
 		 169 aa  134  7.000000000000001e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0421454  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1513  ribosome-binding factor A  55.32 
 
 		 150 aa  133  9.999999999999999e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.121246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3560  ribosome-binding factor A  51.06 
 
 		 168 aa  132  3e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0466003  normal  0.834335 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1212  ribosome-binding factor A  50.33 
 
 		 147 aa  131  3e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.316878  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3590  ribosome-binding factor A  52.9 
 
 		 147 aa  130  1.0000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0900161  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07020  ribosome-binding factor A  50 
 
 		 148 aa  129  2.0000000000000002e-29  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2118  Ribosome-binding factor A-like protein  50 
 
 		 160 aa  129  2.0000000000000002e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.376562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1329  ribosome-binding factor A  45.91 
 
 		 156 aa  127  4.0000000000000003e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00402989 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3964  ribosome-binding factor A  52.48 
 
 		 171 aa  127  5.0000000000000004e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11490  ribosome-binding factor A  45.45 
 
 		 143 aa  123  8.000000000000001e-28  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0871158  normal  0.911894 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0780  ribosome-binding factor A  57.86 
 
 		 151 aa  122  2e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.562363  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1744  ribosome-binding factor A  46.76 
 
 		 157 aa  121  4e-27  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.388944  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1020  ribosome-binding factor A  42.76 
 
 		 153 aa  117  3.9999999999999996e-26  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3189  ribosome-binding factor A  46.75 
 
 		 162 aa  117  6e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0454193  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1372  ribosome-binding factor A  46.53 
 
 		 156 aa  117  7.999999999999999e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.589597  normal  0.116766 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2488  ribosome-binding factor A  52.86 
 
 		 159 aa  114  3.9999999999999997e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.180348  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2209  ribosome-binding factor A  58.57 
 
 		 193 aa  114  6e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000323925  decreased coverage  0.000414746 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7740  ribosome-binding factor A  49.63 
 
 		 152 aa  109  2.0000000000000002e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0286  ribosome-binding factor A  44.44 
 
 		 184 aa  103  1e-21  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1063  ribosome-binding factor A  45.67 
 
 		 164 aa  101  4e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0689148  normal  0.0406746 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1451  ribosome-binding factor A  46.9 
 
 		 145 aa  99.4  2e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.10477  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1124  ribosome-binding factor A  37.39 
 
 		 121 aa  81.6  0.000000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.559774  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  38.89 
 
 		 126 aa  77.4  0.00000000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000826248  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  35.61 
 
 		 127 aa  77  0.00000000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1304  ribosome-binding factor A  34.26 
 
 		 119 aa  75.5  0.0000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0293197  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2980  ribosome-binding factor A  34.26 
 
 		 119 aa  74.7  0.0000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.06185e-26 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1661  ribosome-binding factor A  37.96 
 
 		 121 aa  73.9  0.0000000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.661527  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  42.11 
 
 		 118 aa  73.6  0.0000000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1589  ribosome-binding factor A  39.81 
 
 		 118 aa  72.8  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00426148  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  41.05 
 
 		 118 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  41.05 
 
 		 118 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  41.05 
 
 		 118 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1902  ribosome-binding factor A  32.41 
 
 		 122 aa  72.4  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0066847  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  41.05 
 
 		 118 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  41.05 
 
 		 118 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.3299500000000005e-63 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  41.05 
 
 		 118 aa  72.8  0.000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1356  ribosome-binding factor A  31.62 
 
 		 116 aa  72.4  0.000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.348543  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1330  ribosome-binding factor A  31.62 
 
 		 130 aa  72  0.000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.285304  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  41.05 
 
 		 118 aa  72  0.000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000036841  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0477  ribosome-binding factor A  33.61 
 
 		 126 aa  71.6  0.000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00670849  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1354  ribosome-binding factor A  35 
 
 		 117 aa  71.6  0.000000000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  40 
 
 		 118 aa  70.5  0.000000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  40 
 
 		 118 aa  70.5  0.000000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  40 
 
 		 118 aa  70.5  0.000000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07850  ribosome-binding factor A  34.82 
 
 		 122 aa  70.1  0.00000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0837  ribosome-binding factor A  30 
 
 		 116 aa  70.1  0.00000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1028  ribosome-binding factor A  35.9 
 
 		 129 aa  69.7  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0189385  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1436  ribosome-binding factor A  33.04 
 
 		 118 aa  68.2  0.00000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.349731  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1670  ribosome-binding factor A  35.19 
 
 		 123 aa  68.2  0.00000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.014786  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0726  ribosome-binding factor A  32.67 
 
 		 147 aa  67.4  0.00000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.237747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0700  ribosome-binding factor A  38.95 
 
 		 119 aa  67.4  0.00000000007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00262073  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1587  ribosome-binding factor A  35.19 
 
 		 118 aa  66.6  0.0000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00540002  normal  0.129345 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1413  ribosome-binding factor A  38.02 
 
 		 122 aa  66.6  0.0000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3675  ribosome-binding factor A  31.62 
 
 		 125 aa  66.6  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0158  ribosome-binding factor A  35.48 
 
 		 140 aa  65.9  0.0000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  30.77 
 
 		 123 aa  65.5  0.0000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1230  ribosome-binding factor A  35.19 
 
 		 117 aa  65.1  0.0000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.644207  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1644  ribosome-binding factor A  31.9 
 
 		 119 aa  64.3  0.0000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0458  ribosome-binding factor A  32.5 
 
 		 117 aa  63.9  0.0000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1466  ribosome-binding factor A  31.06 
 
 		 139 aa  63.9  0.0000000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1004  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 129 aa  63.5  0.0000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.439697  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1557  ribosome-binding factor A  33.62 
 
 		 119 aa  63.5  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000452845  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1956  ribosome-binding factor A  37.5 
 
 		 120 aa  63.5  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  30 
 
 		 131 aa  63.2  0.000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000145103  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3347  ribosome-binding factor A  31.3 
 
 		 143 aa  63.5  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.319643  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3752  ribosome-binding factor A  36.21 
 
 		 130 aa  62.4  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00104734  unclonable  0.0000134979 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3607  ribosome-binding factor A  34.15 
 
 		 129 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.858095  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0070  ribosome-binding factor A  36.52 
 
 		 134 aa  62.4  0.000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.196892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1051  ribosome-binding factor A  32.77 
 
 		 122 aa  62  0.000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000570949  hitchhiker  0.000000154001 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0075  ribosome-binding factor A  36.52 
 
 		 134 aa  62  0.000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.122288  normal  0.845154 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5461  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 128 aa  62  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.74875  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0815  ribosome-binding factor A  31.62 
 
 		 123 aa  62  0.000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0116201  normal  0.0354189 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2030  ribosome-binding factor A  35.71 
 
 		 123 aa  61.6  0.000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0111953  normal  0.0437908 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0909  ribosome-binding factor A  34.74 
 
 		 121 aa  61.6  0.000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0696  ribosome-binding factor A  31.36 
 
 		 124 aa  61.2  0.000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146266  normal  0.222032 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0610  ribosome-binding factor A  29.27 
 
 		 128 aa  60.8  0.000000007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0012936  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42810  ribosome-binding factor A  32.2 
 
 		 129 aa  59.7  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1809  ribosome-binding factor A  32.61 
 
 		 145 aa  60.5  0.00000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.298116  normal  0.213711 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0964  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 122 aa  59.7  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.404033  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3073  ribosome-binding factor A  35 
 
 		 131 aa  58.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.729556  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0901  hypothetical protein  29.31 
 
 		 122 aa  58.9  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0818  ribosome-binding factor A  28.93 
 
 		 119 aa  59.3  0.00000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2027  ribosome-binding factor A  34.82 
 
 		 122 aa  58.5  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.373244  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>