More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PsycPRwf_0158 on replicon NC_009524
Organism: Psychrobacter sp. PRwf-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009524  PsycPRwf_0158  ribosome-binding factor A  100 
 
 
140 aa  286  6e-77  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0070  ribosome-binding factor A  88.37 
 
 
134 aa  239  1e-62  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.196892  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0075  ribosome-binding factor A  87.6 
 
 
134 aa  238  2e-62  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.122288  normal  0.845154 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0780  ribosome-binding factor A  47.58 
 
 
133 aa  119  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000489115  normal  0.0558247 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4711  ribosome-binding factor A  50.85 
 
 
132 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.165962  hitchhiker  0.00698134 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4711  ribosome-binding factor A  50.85 
 
 
132 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.31631 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0722  ribosome-binding factor A  50.85 
 
 
132 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.041956 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4576  ribosome-binding factor A  50.85 
 
 
132 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.63413  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3073  ribosome-binding factor A  51.69 
 
 
131 aa  116  9e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.729556  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4179  ribosome-binding factor A  46.28 
 
 
138 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.308306  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4489  ribosome-binding factor A  46.28 
 
 
138 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0856583  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3347  ribosome-binding factor A  45.8 
 
 
143 aa  112  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.319643  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3607  ribosome-binding factor A  48.31 
 
 
129 aa  105  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.858095  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1004  ribosome-binding factor A  43.85 
 
 
129 aa  103  5e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.439697  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62740  ribosome-binding factor A  42.64 
 
 
129 aa  104  5e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.232446  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1028  ribosome-binding factor A  41.98 
 
 
129 aa  103  7e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0189385  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5461  ribosome-binding factor A  44.92 
 
 
128 aa  103  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.74875  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42810  ribosome-binding factor A  44.07 
 
 
129 aa  102  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2707  ribosome-binding factor A  44.44 
 
 
128 aa  100  7e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.150572 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1947  ribosome-binding factor A  43.41 
 
 
130 aa  98.6  2e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0382472 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0726  ribosome-binding factor A  42.45 
 
 
147 aa  97.8  4e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.237747  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2688  ribosome-binding factor A  40.62 
 
 
123 aa  93.6  8e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2119  ribosome-binding factor A  41.86 
 
 
127 aa  93.6  8e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328304  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2819  ribosome-binding factor A  40.62 
 
 
123 aa  93.6  9e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1863  ribosome-binding factor A  43.97 
 
 
126 aa  92.8  1e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0696  ribosome-binding factor A  40.48 
 
 
124 aa  92.4  2e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146266  normal  0.222032 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1008  ribosome-binding factor A  36.43 
 
 
142 aa  91.3  4e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211982  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1104  ribosome-binding factor A  38.58 
 
 
138 aa  90.9  6e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0588249  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  36.03 
 
 
123 aa  90.5  7e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1027  ribosome-binding factor A  38.17 
 
 
146 aa  89.4  1e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000106496 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1205  ribosome-binding factor A  38.57 
 
 
147 aa  88.6  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1164  ribosome-binding factor A  37.8 
 
 
138 aa  89  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.338865  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1092  ribosome-binding factor A  37.88 
 
 
146 aa  89  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0591977 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1748  ribosome-binding factor A  42.11 
 
 
126 aa  89  2e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0187668  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1232  ribosome-binding factor A  37.5 
 
 
139 aa  88.6  3e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0340167  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1939  ribosome-binding factor A  36.21 
 
 
116 aa  87  9e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1657  ribosome-binding factor A  36.21 
 
 
116 aa  87  9e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0610  ribosome-binding factor A  35.11 
 
 
128 aa  87  9e-17  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0012936  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0818  ribosome-binding factor A  37.93 
 
 
133 aa  86.3  1e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0100863 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1693  ribosome-binding factor A  38.13 
 
 
141 aa  86.7  1e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0101873  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03034  ribosome-binding factor A  33.86 
 
 
133 aa  85.5  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.710808  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0538  ribosome-binding factor A  33.86 
 
 
133 aa  85.5  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0531  ribosome-binding factor A  33.86 
 
 
133 aa  85.5  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000335299 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02985  hypothetical protein  33.86 
 
 
133 aa  85.5  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.757266  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0586  ribosome-binding factor A  35.56 
 
 
132 aa  85.5  2e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2204  ribosome-binding factor A  36.57 
 
 
142 aa  85.9  2e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3359  ribosome-binding factor A  33.86 
 
 
133 aa  85.5  2e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3474  ribosome-binding factor A  32.58 
 
 
133 aa  85.5  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0068  ribosome-binding factor A  40.46 
 
 
125 aa  85.5  2e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00108757  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3604  ribosome-binding factor A  33.86 
 
 
133 aa  85.5  2e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4488  ribosome-binding factor A  33.86 
 
 
133 aa  85.5  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3463  ribosome-binding factor A  33.86 
 
 
133 aa  85.5  2e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.287723 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3651  ribosome-binding factor A  33.86 
 
 
133 aa  85.5  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3464  ribosome-binding factor A  36.36 
 
 
133 aa  85.5  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3642  ribosome-binding factor A  33.07 
 
 
133 aa  85.1  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3345  ribosome-binding factor A  36.64 
 
 
132 aa  85.1  3e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.970615  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1031  ribosome-binding factor A  38.79 
 
 
146 aa  85.1  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.571877  hitchhiker  0.000026303 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3543  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 
133 aa  84.3  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3580  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 
133 aa  84.3  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0991  ribosome-binding factor A  37.14 
 
 
143 aa  84.3  5e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  36.67 
 
 
126 aa  84  6e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000826248  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  37.07 
 
 
118 aa  83.6  8e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  36.21 
 
 
118 aa  82.8  0.000000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1466  ribosome-binding factor A  33.58 
 
 
139 aa  83.2  0.000000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  36.21 
 
 
118 aa  82.8  0.000000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1956  ribosome-binding factor A  35.04 
 
 
120 aa  83.2  0.000000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  36.21 
 
 
118 aa  82.8  0.000000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002610  ribosome-binding factor A  36 
 
 
131 aa  82.8  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0962  ribosome-binding factor A  39.83 
 
 
137 aa  82.8  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.394859  normal  0.0786715 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  36.21 
 
 
118 aa  82.4  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  35.9 
 
 
118 aa  82.4  0.000000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2010  ribosome-binding factor A  40.68 
 
 
122 aa  82.4  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.142179  normal  0.57147 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  35.9 
 
 
118 aa  82.4  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  36.51 
 
 
118 aa  82.4  0.000000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.3299500000000005e-63 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3474  ribosome-binding factor A  32.58 
 
 
133 aa  82.4  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  35.66 
 
 
127 aa  82.8  0.000000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0490  ribosome-binding factor A  35.94 
 
 
136 aa  82.4  0.000000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.509602  normal  0.0536804 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1436  ribosome-binding factor A  42 
 
 
118 aa  82.4  0.000000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.349731  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0822  ribosome-binding factor A  33.86 
 
 
126 aa  82  0.000000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.329178  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0809  ribosome-binding factor A  34.07 
 
 
132 aa  82.4  0.000000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  36.51 
 
 
118 aa  81.6  0.000000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  38.1 
 
 
118 aa  81.3  0.000000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000036841  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  36.51 
 
 
118 aa  81.6  0.000000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3604  ribosome-binding factor A  31.82 
 
 
133 aa  80.9  0.000000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0265365 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3675  ribosome-binding factor A  34.09 
 
 
125 aa  81.3  0.000000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2427  ribosome-binding factor A  42.24 
 
 
122 aa  80.5  0.000000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.224227  normal  0.907682 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0458  ribosome-binding factor A  34.75 
 
 
117 aa  80.5  0.000000000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03395  ribosome-binding factor A  35.2 
 
 
137 aa  80.1  0.000000000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1105  ribosome-binding factor A  35.16 
 
 
132 aa  79.3  0.00000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.657587  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0927  ribosome-binding factor A  40.18 
 
 
119 aa  79.3  0.00000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.100451  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1226  ribosome-binding factor A  38.71 
 
 
122 aa  79  0.00000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.333897  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1702  ribosome-binding factor A  42.61 
 
 
123 aa  79  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000429225 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0175  ribosome-binding factor A  36.21 
 
 
136 aa  78.6  0.00000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.146816  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3994  ribosome-binding factor A  32.76 
 
 
136 aa  78.6  0.00000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.405974  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3729  ribosome-binding factor A  32.76 
 
 
136 aa  78.6  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0092978  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3595  ribosome-binding factor A  32.76 
 
 
136 aa  78.6  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000837981  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0837  ribosome-binding factor A  35.96 
 
 
116 aa  78.2  0.00000000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0909  ribosome-binding factor A  32.77 
 
 
121 aa  78.2  0.00000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0477  ribosome-binding factor A  36.75 
 
 
126 aa  77  0.00000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00670849  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2030  ribosome-binding factor A  38.89 
 
 
123 aa  76.6  0.00000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0111953  normal  0.0437908 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>