296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ksed_11490 on replicon NC_013169
Organism: Kytococcus sedentarius DSM 20547



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013169  Ksed_11490  ribosome-binding factor A  100 
 
 
143 aa  285  2e-76  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0871158  normal  0.911894 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1184  ribosome-binding factor A  53.85 
 
 
189 aa  147  3e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.352255 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3560  ribosome-binding factor A  52.9 
 
 
168 aa  146  9e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0466003  normal  0.834335 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1511  ribosome-binding factor A  50.35 
 
 
144 aa  138  3e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.898255  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2118  Ribosome-binding factor A-like protein  51.47 
 
 
160 aa  137  3.9999999999999997e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.376562  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10330  ribosome-binding factor A  50.7 
 
 
169 aa  137  7e-32  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.150571  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07020  ribosome-binding factor A  55.88 
 
 
148 aa  137  7e-32  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3189  ribosome-binding factor A  55 
 
 
162 aa  137  7e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0454193  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1020  ribosome-binding factor A  50.72 
 
 
153 aa  136  7.999999999999999e-32  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3964  ribosome-binding factor A  49.64 
 
 
171 aa  134  6.0000000000000005e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1445  ribosome-binding factor A  53.24 
 
 
171 aa  133  7.000000000000001e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.084347  normal  0.20066 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23440  ribosome-binding factor A  48.59 
 
 
154 aa  130  7.999999999999999e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.487539  normal  0.252109 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1212  ribosome-binding factor A  48.15 
 
 
147 aa  128  2.0000000000000002e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.316878  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1427  ribosome-binding factor A  50.36 
 
 
175 aa  121  3e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000533542 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1417  ribosome-binding factor A  50 
 
 
169 aa  121  3e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0421454  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3590  ribosome-binding factor A  46.85 
 
 
147 aa  121  3e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0900161  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1513  ribosome-binding factor A  51.09 
 
 
150 aa  121  3e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.121246  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1329  ribosome-binding factor A  42.76 
 
 
156 aa  121  4e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00402989 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3329  ribosome-binding factor A  44.85 
 
 
156 aa  118  1.9999999999999998e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.414674  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1717  ribosome-binding factor A  45.45 
 
 
157 aa  114  3.9999999999999997e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.264807  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1372  ribosome-binding factor A  41.91 
 
 
156 aa  114  5e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.589597  normal  0.116766 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2315  ribosome-binding factor A  42.18 
 
 
163 aa  114  6e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0767134 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4038  ribosome-binding factor A  42.86 
 
 
168 aa  110  5e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.173989  normal  0.432163 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7740  ribosome-binding factor A  50.38 
 
 
152 aa  110  5e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2488  ribosome-binding factor A  45.65 
 
 
159 aa  110  6e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.180348  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2153  ribosome-binding factor A  43.66 
 
 
151 aa  110  9e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.10459  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2066  ribosome-binding factor A  43.54 
 
 
171 aa  109  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0366548  normal  0.808495 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2129  ribosome-binding factor A  43.54 
 
 
171 aa  109  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.200805  normal  0.0220711 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2083  ribosome-binding factor A  43.54 
 
 
171 aa  109  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0780  ribosome-binding factor A  43.48 
 
 
151 aa  108  4.0000000000000004e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.562363  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2209  ribosome-binding factor A  45.45 
 
 
193 aa  107  6e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000323925  decreased coverage  0.000414746 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1744  ribosome-binding factor A  42.96 
 
 
157 aa  105  1e-22  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.388944  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1063  ribosome-binding factor A  43.08 
 
 
164 aa  106  1e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0689148  normal  0.0406746 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0286  ribosome-binding factor A  43.8 
 
 
184 aa  105  2e-22  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1451  ribosome-binding factor A  47.79 
 
 
145 aa  105  2e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.10477  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5832  ribosome-binding factor A  45 
 
 
149 aa  103  7e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.154912  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14590  ribosome-binding factor A  43.94 
 
 
153 aa  100  8e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0231222  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  36.94 
 
 
127 aa  84.3  5e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  37.74 
 
 
126 aa  81.3  0.000000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000826248  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1304  ribosome-binding factor A  33.93 
 
 
119 aa  80.9  0.000000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0293197  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2980  ribosome-binding factor A  33.93 
 
 
119 aa  80.1  0.000000000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.06185e-26 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12853  ribosome-binding factor A  39.52 
 
 
183 aa  79  0.00000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  2.73354e-17  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1589  ribosome-binding factor A  35.45 
 
 
118 aa  77.4  0.00000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00426148  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1124  ribosome-binding factor A  36.04 
 
 
121 aa  77  0.00000000000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.559774  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0726  ribosome-binding factor A  35.21 
 
 
147 aa  76.3  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.237747  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1902  ribosome-binding factor A  34.29 
 
 
122 aa  76.6  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0066847  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  33.63 
 
 
118 aa  76.3  0.0000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3607  ribosome-binding factor A  38.66 
 
 
129 aa  76.3  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.858095  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  33.63 
 
 
118 aa  75.5  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  33.63 
 
 
118 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.3299500000000005e-63 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07850  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 
122 aa  75.9  0.0000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  33.63 
 
 
118 aa  75.5  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  38.46 
 
 
118 aa  75.1  0.0000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  38.46 
 
 
118 aa  75.1  0.0000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3675  ribosome-binding factor A  33.9 
 
 
125 aa  75.1  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  33.63 
 
 
118 aa  75.5  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62740  ribosome-binding factor A  37.82 
 
 
129 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.232446  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1947  ribosome-binding factor A  40 
 
 
130 aa  74.7  0.0000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0382472 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5461  ribosome-binding factor A  36.59 
 
 
128 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.74875  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42810  ribosome-binding factor A  36.75 
 
 
129 aa  74.7  0.0000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0696  ribosome-binding factor A  36.84 
 
 
124 aa  74.3  0.0000000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146266  normal  0.222032 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  32.74 
 
 
118 aa  73.9  0.0000000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000036841  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1004  ribosome-binding factor A  38.6 
 
 
129 aa  73.9  0.0000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.439697  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1693  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 
141 aa  73.2  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0101873  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0822  ribosome-binding factor A  32.26 
 
 
126 aa  73.2  0.000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.329178  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  37.36 
 
 
118 aa  72.8  0.000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  37.36 
 
 
118 aa  72.8  0.000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  37.36 
 
 
118 aa  72.8  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2027  ribosome-binding factor A  37.04 
 
 
122 aa  71.2  0.000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.373244  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2030  ribosome-binding factor A  36.11 
 
 
123 aa  71.2  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0111953  normal  0.0437908 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0477  ribosome-binding factor A  31.3 
 
 
126 aa  70.5  0.000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00670849  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1599  ribosome-binding factor A  33.93 
 
 
119 aa  70.5  0.000000000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00660683  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1477  ribosome-binding factor A  38.33 
 
 
132 aa  70.5  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1021  ribosome-binding factor A  38.33 
 
 
132 aa  70.5  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0564  ribosome-binding factor A  33.93 
 
 
119 aa  70.5  0.000000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1501  ribosome-binding factor A  38.33 
 
 
132 aa  70.5  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.236636  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1092  ribosome-binding factor A  34.19 
 
 
122 aa  70.1  0.000000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.378347  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1436  ribosome-binding factor A  36.04 
 
 
118 aa  70.1  0.00000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.349731  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1423  ribosome-binding factor A  37.5 
 
 
132 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.02264 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1383  ribosome-binding factor A  37.5 
 
 
132 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0964  ribosome-binding factor A  33.61 
 
 
122 aa  69.7  0.00000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.404033  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3680  ribosome-binding factor A  30.63 
 
 
127 aa  68.9  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00259102  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1248  ribosome-binding factor A  41.96 
 
 
125 aa  68.9  0.00000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0261774  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0927  ribosome-binding factor A  37.5 
 
 
119 aa  69.3  0.00000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.100451  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2560  ribosome-binding factor A  41.96 
 
 
125 aa  69.3  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00880777 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1104  ribosome-binding factor A  34.33 
 
 
138 aa  68.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0588249  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2707  ribosome-binding factor A  35.9 
 
 
128 aa  69.3  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.150572 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2991  ribosome-binding factor A  36.94 
 
 
123 aa  68.9  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0708502  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1164  ribosome-binding factor A  34.33 
 
 
138 aa  68.6  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.338865  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08030  ribosome-binding factor A  31.03 
 
 
118 aa  68.2  0.00000000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.536354  normal  0.36831 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1330  ribosome-binding factor A  30.09 
 
 
130 aa  67.8  0.00000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.285304  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1356  ribosome-binding factor A  30.09 
 
 
116 aa  67.8  0.00000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.348543  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1587  ribosome-binding factor A  30.63 
 
 
118 aa  67.8  0.00000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00540002  normal  0.129345 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03395  ribosome-binding factor A  30.77 
 
 
137 aa  67.8  0.00000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1226  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 
122 aa  67.8  0.00000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.333897  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1557  ribosome-binding factor A  32.74 
 
 
119 aa  67  0.00000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000452845  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2135  ribosome-binding factor A  38.53 
 
 
122 aa  67  0.00000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0168697  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4711  ribosome-binding factor A  36.84 
 
 
132 aa  67  0.00000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.31631 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0722  ribosome-binding factor A  36.84 
 
 
132 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.041956 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0175  ribosome-binding factor A  32.77 
 
 
136 aa  66.6  0.0000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.146816  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>