More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0696 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0696  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 124 aa  255  1e-67  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146266  normal  0.222032 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1004  ribosome-binding factor A  60 
 
 		 129 aa  148  2e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.439697  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1863  ribosome-binding factor A  56.41 
 
 		 126 aa  147  4e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0726  ribosome-binding factor A  57.6 
 
 		 147 aa  139  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.237747  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1693  ribosome-binding factor A  55.65 
 
 		 141 aa  138  1.9999999999999998e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0101873  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4179  ribosome-binding factor A  53.28 
 
 		 138 aa  128  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.308306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1947  ribosome-binding factor A  51.2 
 
 		 130 aa  129  2.0000000000000002e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0382472 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0780  ribosome-binding factor A  54.1 
 
 		 133 aa  127  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000489115  normal  0.0558247 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4576  ribosome-binding factor A  54.92 
 
 		 132 aa  127  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.63413  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0722  ribosome-binding factor A  54.92 
 
 		 132 aa  127  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.041956 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4711  ribosome-binding factor A  54.92 
 
 		 132 aa  127  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.165962  hitchhiker  0.00698134 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4711  ribosome-binding factor A  54.92 
 
 		 132 aa  126  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.31631 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42810  ribosome-binding factor A  54.47 
 
 		 129 aa  125  2.0000000000000002e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4489  ribosome-binding factor A  51.64 
 
 		 138 aa  124  3e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0856583  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5461  ribosome-binding factor A  52.46 
 
 		 128 aa  122  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.74875  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62740  ribosome-binding factor A  50 
 
 		 129 aa  122  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.232446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3607  ribosome-binding factor A  50.41 
 
 		 129 aa  119  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.858095  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2707  ribosome-binding factor A  43.65 
 
 		 128 aa  118  3e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.150572 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0068  ribosome-binding factor A  51.61 
 
 		 125 aa  118  3e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00108757  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0837  ribosome-binding factor A  45.71 
 
 		 116 aa  114  3.9999999999999997e-25  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0490  ribosome-binding factor A  44.8 
 
 		 136 aa  114  5e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.509602  normal  0.0536804 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3464  ribosome-binding factor A  48.36 
 
 		 133 aa  114  6e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0586  ribosome-binding factor A  45.9 
 
 		 132 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3604  ribosome-binding factor A  44.62 
 
 		 133 aa  112  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0265365 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03034  ribosome-binding factor A  45.83 
 
 		 133 aa  111  3e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.710808  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0538  ribosome-binding factor A  45.83 
 
 		 133 aa  111  3e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3604  ribosome-binding factor A  45.83 
 
 		 133 aa  111  3e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3359  ribosome-binding factor A  45.83 
 
 		 133 aa  111  3e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0531  ribosome-binding factor A  45.83 
 
 		 133 aa  111  3e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000335299 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4488  ribosome-binding factor A  45.83 
 
 		 133 aa  111  3e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3463  ribosome-binding factor A  45.83 
 
 		 133 aa  111  3e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.287723 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2135  ribosome-binding factor A  50.44 
 
 		 122 aa  111  3e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0168697  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3651  ribosome-binding factor A  45.83 
 
 		 133 aa  111  3e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02985  hypothetical protein  45.83 
 
 		 133 aa  111  3e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.757266  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1466  ribosome-binding factor A  41.67 
 
 		 139 aa  110  4.0000000000000004e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2119  ribosome-binding factor A  45.53 
 
 		 127 aa  110  6e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328304  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3345  ribosome-binding factor A  44.63 
 
 		 132 aa  110  6e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.970615  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0809  ribosome-binding factor A  45.08 
 
 		 132 aa  110  6e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2451  ribosome-binding factor A  46.72 
 
 		 123 aa  110  7.000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0315755  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0822  ribosome-binding factor A  40.48 
 
 		 126 aa  110  7.000000000000001e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.329178  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3073  ribosome-binding factor A  49.57 
 
 		 131 aa  110  9e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.729556  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3474  ribosome-binding factor A  45 
 
 		 133 aa  109  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3642  ribosome-binding factor A  45 
 
 		 133 aa  109  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  40.83 
 
 		 123 aa  108  2.0000000000000002e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1226  ribosome-binding factor A  47.46 
 
 		 122 aa  109  2.0000000000000002e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.333897  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1092  ribosome-binding factor A  46.67 
 
 		 122 aa  108  2.0000000000000002e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.378347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1754  ribosome-binding factor A  50.44 
 
 		 132 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0297721 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3474  ribosome-binding factor A  45 
 
 		 133 aa  109  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0818  ribosome-binding factor A  41.53 
 
 		 133 aa  108  3e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0100863 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3580  ribosome-binding factor A  44.17 
 
 		 133 aa  107  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3543  ribosome-binding factor A  44.17 
 
 		 133 aa  107  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3729  ribosome-binding factor A  39.02 
 
 		 136 aa  107  5e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0092978  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3595  ribosome-binding factor A  39.02 
 
 		 136 aa  107  5e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000837981  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3994  ribosome-binding factor A  39.02 
 
 		 136 aa  107  5e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.405974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3347  ribosome-binding factor A  41.54 
 
 		 143 aa  107  8.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.319643  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1356  ribosome-binding factor A  41.44 
 
 		 116 aa  106  1e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.348543  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3187  ribosome-binding factor A  41.9 
 
 		 119 aa  106  1e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.11601  normal  0.332882 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1330  ribosome-binding factor A  41.44 
 
 		 130 aa  106  1e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.285304  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1956  ribosome-binding factor A  40.71 
 
 		 120 aa  106  1e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1028  ribosome-binding factor A  41.54 
 
 		 129 aa  105  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0189385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2819  ribosome-binding factor A  46.72 
 
 		 121 aa  104  5e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00171915  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002610  ribosome-binding factor A  41.13 
 
 		 131 aa  103  6e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  38.94 
 
 		 118 aa  103  9e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  38.94 
 
 		 118 aa  103  9e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  38.94 
 
 		 118 aa  103  9e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2749  ribosome-binding factor A  46.9 
 
 		 123 aa  103  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2427  ribosome-binding factor A  48.67 
 
 		 122 aa  103  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.224227  normal  0.907682 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1633  ribosome-binding factor A  46.9 
 
 		 121 aa  102  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.100642  hitchhiker  0.000771704 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1290  ribosome-binding factor A  46.02 
 
 		 123 aa  102  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0532539  normal  0.658202 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  40.38 
 
 		 118 aa  102  2e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  40.38 
 
 		 118 aa  102  2e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2991  ribosome-binding factor A  46.02 
 
 		 123 aa  102  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0708502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3675  ribosome-binding factor A  40.71 
 
 		 125 aa  102  2e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2030  ribosome-binding factor A  45.13 
 
 		 123 aa  102  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0111953  normal  0.0437908 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03395  ribosome-binding factor A  39.52 
 
 		 137 aa  102  2e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2563  ribosome-binding factor A  46.9 
 
 		 122 aa  101  3e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.240841  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2204  ribosome-binding factor A  40.68 
 
 		 142 aa  101  4e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1748  ribosome-binding factor A  45.6 
 
 		 126 aa  101  4e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0187668  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  39.42 
 
 		 118 aa  100  5e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1060  ribosome-binding factor A  46.9 
 
 		 122 aa  100  5e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00435559  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2027  ribosome-binding factor A  44.25 
 
 		 122 aa  100  5e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.373244  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1916  ribosome-binding factor A  46.9 
 
 		 122 aa  100  5e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.24329  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2560  ribosome-binding factor A  47.79 
 
 		 125 aa  100  5e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00880777 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  39.42 
 
 		 118 aa  100  6e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000036841  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1248  ribosome-binding factor A  47.79 
 
 		 125 aa  100  7e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0261774  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  38.05 
 
 		 118 aa  100  8e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  38.05 
 
 		 118 aa  100  8e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1506  ribosome-binding factor A  46.9 
 
 		 138 aa  100  8e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0174  ribosome-binding factor A  46.9 
 
 		 138 aa  100  8e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0246509  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1763  ribosome-binding factor A  46.9 
 
 		 138 aa  100  8e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.492617  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1741  ribosome-binding factor A  46.9 
 
 		 138 aa  100  8e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0087071  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0992  ribosome-binding factor A  46.9 
 
 		 138 aa  100  8e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.197459  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1920  ribosome-binding factor A  46.61 
 
 		 130 aa  99.4  1e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0348034  normal  0.0643403 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  41.35 
 
 		 126 aa  99.4  1e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000826248  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1477  ribosome-binding factor A  46.02 
 
 		 132 aa  100  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  39.42 
 
 		 118 aa  99.8  1e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  39.42 
 
 		 118 aa  99.8  1e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.3299500000000005e-63 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0991  ribosome-binding factor A  38.98 
 
 		 143 aa  99.4  1e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1501  ribosome-binding factor A  46.02 
 
 		 132 aa  100  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.236636  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3382  ribosome-binding factor A  46.9 
 
 		 125 aa  99.4  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0271741  normal  0.693723 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>