283 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0286 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0286  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 184 aa  374  1e-103  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1744  ribosome-binding factor A  80.14 
 
 		 157 aa  235  2e-61  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.388944  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10330  ribosome-binding factor A  46.95 
 
 		 169 aa  139  1.9999999999999998e-32  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.150571  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1184  ribosome-binding factor A  46.58 
 
 		 189 aa  130  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.352255 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4038  ribosome-binding factor A  48.89 
 
 		 168 aa  128  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.173989  normal  0.432163 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2315  ribosome-binding factor A  43.71 
 
 		 163 aa  127  8.000000000000001e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0767134 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23440  ribosome-binding factor A  48.18 
 
 		 154 aa  124  5e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.487539  normal  0.252109 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1020  ribosome-binding factor A  44.74 
 
 		 153 aa  124  1e-27  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3560  ribosome-binding factor A  40.12 
 
 		 168 aa  120  7e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0466003  normal  0.834335 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3189  ribosome-binding factor A  41.82 
 
 		 162 aa  120  8e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0454193  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5832  ribosome-binding factor A  47.22 
 
 		 149 aa  119  1.9999999999999998e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.154912  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1212  ribosome-binding factor A  43.33 
 
 		 147 aa  119  3e-26  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.316878  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2066  ribosome-binding factor A  49.63 
 
 		 171 aa  119  3.9999999999999996e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0366548  normal  0.808495 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2083  ribosome-binding factor A  49.63 
 
 		 171 aa  119  3.9999999999999996e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2129  ribosome-binding factor A  49.63 
 
 		 171 aa  119  3.9999999999999996e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.200805  normal  0.0220711 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2118  Ribosome-binding factor A-like protein  45.99 
 
 		 160 aa  118  4.9999999999999996e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.376562  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1511  ribosome-binding factor A  46.1 
 
 		 144 aa  115  1.9999999999999998e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.898255  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07020  ribosome-binding factor A  47.41 
 
 		 148 aa  115  3.9999999999999997e-25  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11490  ribosome-binding factor A  43.66 
 
 		 143 aa  115  3.9999999999999997e-25  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0871158  normal  0.911894 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3964  ribosome-binding factor A  41.18 
 
 		 171 aa  112  3e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3329  ribosome-binding factor A  42 
 
 		 156 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.414674  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1445  ribosome-binding factor A  46.72 
 
 		 171 aa  109  3e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.084347  normal  0.20066 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1063  ribosome-binding factor A  43.28 
 
 		 164 aa  107  6e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0689148  normal  0.0406746 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14590  ribosome-binding factor A  43.38 
 
 		 153 aa  105  5e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0231222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1329  ribosome-binding factor A  39.86 
 
 		 156 aa  103  1e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00402989 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1717  ribosome-binding factor A  44.44 
 
 		 157 aa  103  1e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.264807  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3590  ribosome-binding factor A  43.15 
 
 		 147 aa  102  2e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0900161  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2153  ribosome-binding factor A  39.73 
 
 		 151 aa  102  3e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.10459  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0780  ribosome-binding factor A  44.2 
 
 		 151 aa  99  3e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.562363  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1417  ribosome-binding factor A  44.44 
 
 		 169 aa  99  3e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0421454  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1427  ribosome-binding factor A  45.19 
 
 		 175 aa  98.2  6e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000533542 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2209  ribosome-binding factor A  41.36 
 
 		 193 aa  97.4  1e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000323925  decreased coverage  0.000414746 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1372  ribosome-binding factor A  38 
 
 		 156 aa  95.5  4e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.589597  normal  0.116766 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1513  ribosome-binding factor A  41.48 
 
 		 150 aa  92.8  2e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.121246  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7740  ribosome-binding factor A  40.97 
 
 		 152 aa  88.6  4e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12853  ribosome-binding factor A  40.91 
 
 		 183 aa  83.6  0.000000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  2.73354e-17  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2488  ribosome-binding factor A  41.26 
 
 		 159 aa  83.6  0.000000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.180348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1124  ribosome-binding factor A  37.07 
 
 		 121 aa  81.6  0.000000000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.559774  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1451  ribosome-binding factor A  36.73 
 
 		 145 aa  74.7  0.0000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.10477  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0696  ribosome-binding factor A  41.67 
 
 		 124 aa  73.9  0.000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146266  normal  0.222032 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2707  ribosome-binding factor A  37.04 
 
 		 128 aa  73.9  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.150572 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0726  ribosome-binding factor A  37.04 
 
 		 147 aa  73.6  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.237747  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  36.36 
 
 		 127 aa  70.9  0.00000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  39.09 
 
 		 126 aa  69.7  0.00000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000826248  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  36.11 
 
 		 118 aa  68.9  0.00000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  36.11 
 
 		 118 aa  68.9  0.00000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  36.11 
 
 		 118 aa  68.9  0.00000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1230  ribosome-binding factor A  37.96 
 
 		 117 aa  67.8  0.00000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.644207  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0837  ribosome-binding factor A  35.45 
 
 		 116 aa  67  0.0000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1599  ribosome-binding factor A  32.17 
 
 		 119 aa  67  0.0000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00660683  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0564  ribosome-binding factor A  32.17 
 
 		 119 aa  67  0.0000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  35.19 
 
 		 118 aa  67.4  0.0000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  35.19 
 
 		 118 aa  66.6  0.0000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  35.19 
 
 		 118 aa  66.6  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  35.19 
 
 		 118 aa  66.2  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.3299500000000005e-63 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  35.19 
 
 		 118 aa  66.2  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  35.19 
 
 		 118 aa  65.9  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  35.19 
 
 		 118 aa  65.9  0.0000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03034  ribosome-binding factor A  33.87 
 
 		 133 aa  65.5  0.0000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.710808  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0538  ribosome-binding factor A  33.87 
 
 		 133 aa  65.5  0.0000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3359  ribosome-binding factor A  33.87 
 
 		 133 aa  65.5  0.0000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3651  ribosome-binding factor A  33.87 
 
 		 133 aa  65.5  0.0000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1028  ribosome-binding factor A  38.24 
 
 		 129 aa  65.9  0.0000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0189385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3463  ribosome-binding factor A  33.87 
 
 		 133 aa  65.5  0.0000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.287723 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4488  ribosome-binding factor A  33.87 
 
 		 133 aa  65.5  0.0000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02985  hypothetical protein  33.87 
 
 		 133 aa  65.5  0.0000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.757266  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0531  ribosome-binding factor A  33.87 
 
 		 133 aa  65.5  0.0000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000335299 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3604  ribosome-binding factor A  33.87 
 
 		 133 aa  65.5  0.0000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  35.19 
 
 		 118 aa  65.1  0.0000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000036841  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3464  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 133 aa  64.7  0.0000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1902  ribosome-binding factor A  32.41 
 
 		 122 aa  64.3  0.0000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0066847  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2204  ribosome-binding factor A  34.58 
 
 		 142 aa  64.3  0.0000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0586  ribosome-binding factor A  34.15 
 
 		 132 aa  63.9  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2119  ribosome-binding factor A  39.6 
 
 		 127 aa  63.2  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328304  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3474  ribosome-binding factor A  33.06 
 
 		 133 aa  63.2  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4036  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 143 aa  63.2  0.000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3642  ribosome-binding factor A  33.06 
 
 		 133 aa  63.2  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3543  ribosome-binding factor A  32.26 
 
 		 133 aa  63.2  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3580  ribosome-binding factor A  32.26 
 
 		 133 aa  63.2  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1947  ribosome-binding factor A  37.5 
 
 		 130 aa  63.2  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0382472 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0964  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 122 aa  63.5  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.404033  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0822  ribosome-binding factor A  30.16 
 
 		 126 aa  62.8  0.000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.329178  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0809  ribosome-binding factor A  32.52 
 
 		 132 aa  62.4  0.000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1356  ribosome-binding factor A  30.63 
 
 		 116 aa  62.4  0.000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.348543  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1330  ribosome-binding factor A  30.63 
 
 		 130 aa  62  0.000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.285304  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3345  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 132 aa  62.4  0.000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.970615  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1557  ribosome-binding factor A  31.82 
 
 		 119 aa  62  0.000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000452845  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3474  ribosome-binding factor A  31.45 
 
 		 133 aa  61.6  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62740  ribosome-binding factor A  35.94 
 
 		 129 aa  61.6  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.232446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0991  ribosome-binding factor A  32.79 
 
 		 143 aa  61.2  0.000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5461  ribosome-binding factor A  36.22 
 
 		 128 aa  60.8  0.000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.74875  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0493  ribosome-binding factor A  38.38 
 
 		 120 aa  60.8  0.000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.852229  normal  0.935252 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0630  ribosome-binding factor A  33.62 
 
 		 134 aa  61.2  0.000000009  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07850  ribosome-binding factor A  30.56 
 
 		 122 aa  60.8  0.00000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  37.63 
 
 		 123 aa  60.8  0.00000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3604  ribosome-binding factor A  30.65 
 
 		 133 aa  60.8  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0265365 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0818  ribosome-binding factor A  30.33 
 
 		 133 aa  60.8  0.00000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0100863 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0175  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 136 aa  59.7  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.146816  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2665  ribosome-binding factor A  36 
 
 		 133 aa  59.7  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0640591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0490  ribosome-binding factor A  31.2 
 
 		 136 aa  59.7  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.509602  normal  0.0536804 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>