More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A0175 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A0175  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 136 aa  279  8.000000000000001e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.146816  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03395  ribosome-binding factor A  87.97 
 
 		 137 aa  247  3e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002610  ribosome-binding factor A  87.02 
 
 		 131 aa  241  3e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0599  ribosome-binding factor A  80.15 
 
 		 135 aa  224  3e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.369509  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0809  ribosome-binding factor A  60.45 
 
 		 132 aa  160  4.0000000000000004e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3464  ribosome-binding factor A  61.48 
 
 		 133 aa  158  2e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0490  ribosome-binding factor A  57.78 
 
 		 136 aa  157  5e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.509602  normal  0.0536804 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0586  ribosome-binding factor A  58.96 
 
 		 132 aa  157  6e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0818  ribosome-binding factor A  56.49 
 
 		 133 aa  155  1e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0100863 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3994  ribosome-binding factor A  54.41 
 
 		 136 aa  154  3e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.405974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3595  ribosome-binding factor A  54.41 
 
 		 136 aa  154  3e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000837981  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3729  ribosome-binding factor A  54.41 
 
 		 136 aa  154  3e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0092978  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1031  ribosome-binding factor A  56.15 
 
 		 146 aa  151  2e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.571877  hitchhiker  0.000026303 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1008  ribosome-binding factor A  55.38 
 
 		 142 aa  151  2.9999999999999998e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211982  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3345  ribosome-binding factor A  56.72 
 
 		 132 aa  151  2.9999999999999998e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.970615  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1027  ribosome-binding factor A  54.62 
 
 		 146 aa  149  1e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000106496 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1205  ribosome-binding factor A  54.2 
 
 		 147 aa  148  2e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1092  ribosome-binding factor A  54.62 
 
 		 146 aa  148  2e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0591977 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3642  ribosome-binding factor A  60.48 
 
 		 133 aa  147  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3474  ribosome-binding factor A  60.48 
 
 		 133 aa  147  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3543  ribosome-binding factor A  60.48 
 
 		 133 aa  147  7e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3580  ribosome-binding factor A  60.48 
 
 		 133 aa  147  7e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03034  ribosome-binding factor A  59.68 
 
 		 133 aa  146  9e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.710808  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0538  ribosome-binding factor A  59.68 
 
 		 133 aa  146  9e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3651  ribosome-binding factor A  59.68 
 
 		 133 aa  146  9e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02985  hypothetical protein  59.68 
 
 		 133 aa  146  9e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.757266  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4488  ribosome-binding factor A  59.68 
 
 		 133 aa  146  9e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0531  ribosome-binding factor A  59.68 
 
 		 133 aa  146  9e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000335299 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3359  ribosome-binding factor A  59.68 
 
 		 133 aa  146  9e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3604  ribosome-binding factor A  59.68 
 
 		 133 aa  146  9e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3463  ribosome-binding factor A  59.68 
 
 		 133 aa  146  9e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.287723 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3474  ribosome-binding factor A  59.68 
 
 		 133 aa  145  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3604  ribosome-binding factor A  59.68 
 
 		 133 aa  145  2.0000000000000003e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0265365 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0822  ribosome-binding factor A  57.6 
 
 		 126 aa  144  3e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.329178  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0991  ribosome-binding factor A  53.12 
 
 		 143 aa  143  7.0000000000000006e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0962  ribosome-binding factor A  51.52 
 
 		 137 aa  140  9e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.394859  normal  0.0786715 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1696  ribosome-binding factor A  53.33 
 
 		 138 aa  136  7.999999999999999e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2204  ribosome-binding factor A  50.81 
 
 		 142 aa  131  3e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3416  ribosome-binding factor A  54.14 
 
 		 157 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.523215  hitchhiker  0.00061048 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3238  ribosome-binding factor A  53.38 
 
 		 157 aa  124  5e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3279  ribosome-binding factor A  53.38 
 
 		 157 aa  124  5e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.470781  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1129  ribosome-binding factor A  53.38 
 
 		 157 aa  124  5e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0360009  unclonable  0.00000000000396906 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2833  ribosome-binding factor A  54.76 
 
 		 149 aa  120  4e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.584508  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3059  ribosome-binding factor A  53.08 
 
 		 142 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.491319  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3560  ribosome-binding factor A  54.96 
 
 		 140 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000743312 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01761  ribosome-binding factor A  45.19 
 
 		 133 aa  116  9.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.138056  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1693  ribosome-binding factor A  44.88 
 
 		 141 aa  114  3e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0101873  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3388  ribosome-binding factor A  50.77 
 
 		 143 aa  114  3e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.990819  hitchhiker  0.00369045 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2826  ribosome-binding factor A  54.2 
 
 		 140 aa  114  3e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.620262  hitchhiker  0.00369289 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4711  ribosome-binding factor A  41.48 
 
 		 132 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.165962  hitchhiker  0.00698134 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4711  ribosome-binding factor A  41.48 
 
 		 132 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.31631 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4576  ribosome-binding factor A  41.48 
 
 		 132 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.63413  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5461  ribosome-binding factor A  42.19 
 
 		 128 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.74875  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0722  ribosome-binding factor A  42.4 
 
 		 132 aa  111  3e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.041956 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3607  ribosome-binding factor A  42.19 
 
 		 129 aa  110  5e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.858095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62740  ribosome-binding factor A  42.62 
 
 		 129 aa  110  6e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.232446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3073  ribosome-binding factor A  47.41 
 
 		 131 aa  110  8.000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.729556  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1947  ribosome-binding factor A  42.74 
 
 		 130 aa  107  4.0000000000000004e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0382472 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1028  ribosome-binding factor A  44 
 
 		 129 aa  107  5e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0189385  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0726  ribosome-binding factor A  44.62 
 
 		 147 aa  107  7.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.237747  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1314  ribosome-binding factor A  48.31 
 
 		 119 aa  106  8.000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2707  ribosome-binding factor A  39.37 
 
 		 128 aa  106  1e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.150572 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42810  ribosome-binding factor A  41.32 
 
 		 129 aa  105  2e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1004  ribosome-binding factor A  42.75 
 
 		 129 aa  104  5e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.439697  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0780  ribosome-binding factor A  39.02 
 
 		 133 aa  103  8e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000489115  normal  0.0558247 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3347  ribosome-binding factor A  38.84 
 
 		 143 aa  102  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.319643  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4179  ribosome-binding factor A  37.98 
 
 		 138 aa  102  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.308306  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4489  ribosome-binding factor A  37.98 
 
 		 138 aa  101  4e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0856583  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0696  ribosome-binding factor A  39.17 
 
 		 124 aa  98.6  3e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146266  normal  0.222032 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2814  ribosome-binding factor A  39.53 
 
 		 127 aa  97.4  6e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1863  ribosome-binding factor A  40.16 
 
 		 126 aa  96.3  1e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0204  ribosome-binding factor A  40.94 
 
 		 125 aa  95.1  3e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0180  ribosome-binding factor A  40.94 
 
 		 125 aa  94.7  4e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.708366  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  42.61 
 
 		 118 aa  92.8  1e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1092  ribosome-binding factor A  37.72 
 
 		 122 aa  92.8  1e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.378347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  42.61 
 
 		 118 aa  92.8  1e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  42.61 
 
 		 118 aa  92.8  1e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0610  ribosome-binding factor A  40.98 
 
 		 128 aa  92  2e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0012936  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1226  ribosome-binding factor A  37.72 
 
 		 122 aa  92.4  2e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.333897  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  42.11 
 
 		 118 aa  92  3e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  42.11 
 
 		 118 aa  92  3e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  42.11 
 
 		 118 aa  90.9  6e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  41.23 
 
 		 118 aa  89.7  1e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000036841  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1748  ribosome-binding factor A  39.47 
 
 		 126 aa  89.7  1e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0187668  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  41.74 
 
 		 118 aa  89.4  2e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  41.74 
 
 		 118 aa  89.4  2e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  41.23 
 
 		 118 aa  89  2e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  41.23 
 
 		 118 aa  89.4  2e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.3299500000000005e-63 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2119  ribosome-binding factor A  39.83 
 
 		 127 aa  87  8e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328304  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0927  ribosome-binding factor A  43.52 
 
 		 119 aa  86.7  1e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.100451  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0068  ribosome-binding factor A  42.24 
 
 		 125 aa  86.3  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00108757  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1466  ribosome-binding factor A  38.14 
 
 		 139 aa  86.7  1e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  40 
 
 		 127 aa  86.7  1e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2030  ribosome-binding factor A  37.61 
 
 		 123 aa  85.5  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0111953  normal  0.0437908 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0630  ribosome-binding factor A  38.4 
 
 		 134 aa  85.1  3e-16  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0909  ribosome-binding factor A  40.52 
 
 		 121 aa  85.1  3e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2027  ribosome-binding factor A  37.61 
 
 		 122 aa  84.3  5e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.373244  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1956  ribosome-binding factor A  33.9 
 
 		 120 aa  83.6  9e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3675  ribosome-binding factor A  36.51 
 
 		 125 aa  82.8  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07850  ribosome-binding factor A  37.96 
 
 		 122 aa  83.2  0.000000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>