297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_0493 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013223  Dret_0493  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 120 aa  245  1e-64  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.852229  normal  0.935252 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2416  ribosome-binding factor A  55.93 
 
 		 114 aa  133  9.999999999999999e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0726  ribosome-binding factor A  48.35 
 
 		 147 aa  89.7  1e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.237747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0696  ribosome-binding factor A  42.11 
 
 		 124 aa  82  0.000000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146266  normal  0.222032 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2204  ribosome-binding factor A  40.59 
 
 		 142 aa  78.6  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0586  ribosome-binding factor A  41.67 
 
 		 132 aa  79.3  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0809  ribosome-binding factor A  41.67 
 
 		 132 aa  79  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42810  ribosome-binding factor A  43.16 
 
 		 129 aa  78.2  0.00000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3464  ribosome-binding factor A  41.67 
 
 		 133 aa  78.2  0.00000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03034  ribosome-binding factor A  44.33 
 
 		 133 aa  77.8  0.00000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.710808  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0538  ribosome-binding factor A  44.33 
 
 		 133 aa  77.8  0.00000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3474  ribosome-binding factor A  44.33 
 
 		 133 aa  77.8  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02985  hypothetical protein  44.33 
 
 		 133 aa  77.8  0.00000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.757266  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4179  ribosome-binding factor A  44.68 
 
 		 138 aa  77.8  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.308306  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3604  ribosome-binding factor A  44.33 
 
 		 133 aa  77.8  0.00000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1004  ribosome-binding factor A  43.96 
 
 		 129 aa  77.8  0.00000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.439697  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4488  ribosome-binding factor A  44.33 
 
 		 133 aa  77.8  0.00000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3359  ribosome-binding factor A  44.33 
 
 		 133 aa  77.8  0.00000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3463  ribosome-binding factor A  44.33 
 
 		 133 aa  77.8  0.00000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.287723 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0531  ribosome-binding factor A  44.33 
 
 		 133 aa  77.8  0.00000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000335299 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5461  ribosome-binding factor A  44.68 
 
 		 128 aa  78.2  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.74875  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3651  ribosome-binding factor A  44.33 
 
 		 133 aa  77.8  0.00000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62740  ribosome-binding factor A  45.74 
 
 		 129 aa  77.8  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.232446  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3642  ribosome-binding factor A  44.33 
 
 		 133 aa  78.2  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0068  ribosome-binding factor A  38.14 
 
 		 125 aa  77.8  0.00000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00108757  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4711  ribosome-binding factor A  46.24 
 
 		 132 aa  77.4  0.00000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.31631 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4711  ribosome-binding factor A  46.24 
 
 		 132 aa  77.4  0.00000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.165962  hitchhiker  0.00698134 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0722  ribosome-binding factor A  46.24 
 
 		 132 aa  77.4  0.00000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.041956 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4576  ribosome-binding factor A  46.24 
 
 		 132 aa  77.4  0.00000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.63413  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3729  ribosome-binding factor A  40 
 
 		 136 aa  77  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0092978  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3994  ribosome-binding factor A  40 
 
 		 136 aa  77  0.00000000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.405974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3595  ribosome-binding factor A  40 
 
 		 136 aa  77  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000837981  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3580  ribosome-binding factor A  44.33 
 
 		 133 aa  77  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3543  ribosome-binding factor A  44.33 
 
 		 133 aa  77  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0490  ribosome-binding factor A  40.19 
 
 		 136 aa  76.3  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.509602  normal  0.0536804 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2119  ribosome-binding factor A  40 
 
 		 127 aa  76.3  0.0000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328304  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0780  ribosome-binding factor A  42.55 
 
 		 133 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000489115  normal  0.0558247 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1304  ribosome-binding factor A  38.78 
 
 		 119 aa  76.3  0.0000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0293197  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2980  ribosome-binding factor A  38.78 
 
 		 119 aa  76.3  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.06185e-26 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0818  ribosome-binding factor A  40 
 
 		 133 aa  76.6  0.0000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0100863 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4489  ribosome-binding factor A  42.55 
 
 		 138 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0856583  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1863  ribosome-binding factor A  38.95 
 
 		 126 aa  75.9  0.0000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3474  ribosome-binding factor A  43.3 
 
 		 133 aa  75.9  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3604  ribosome-binding factor A  43.3 
 
 		 133 aa  75.9  0.0000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0265365 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1028  ribosome-binding factor A  40.4 
 
 		 129 aa  75.9  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0189385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3347  ribosome-binding factor A  38 
 
 		 143 aa  75.5  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.319643  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3345  ribosome-binding factor A  41.67 
 
 		 132 aa  74.7  0.0000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.970615  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3607  ribosome-binding factor A  42.27 
 
 		 129 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.858095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1947  ribosome-binding factor A  41.67 
 
 		 130 aa  74.3  0.0000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0382472 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  33.66 
 
 		 118 aa  73.9  0.0000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1557  ribosome-binding factor A  40 
 
 		 119 aa  73.9  0.0000000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000452845  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  33.66 
 
 		 118 aa  73.9  0.0000000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3675  ribosome-binding factor A  36.84 
 
 		 125 aa  73.6  0.0000000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1210  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 127 aa  73.2  0.000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00755575  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1956  ribosome-binding factor A  32.99 
 
 		 120 aa  72.8  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  32.67 
 
 		 118 aa  72  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1902  ribosome-binding factor A  38.3 
 
 		 122 aa  72.4  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0066847  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  32.67 
 
 		 118 aa  72  0.000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0822  ribosome-binding factor A  37.37 
 
 		 126 aa  72  0.000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.329178  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  32.67 
 
 		 118 aa  72  0.000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1230  ribosome-binding factor A  39.8 
 
 		 117 aa  72.4  0.000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.644207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1330  ribosome-binding factor A  36.63 
 
 		 130 aa  72  0.000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.285304  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1693  ribosome-binding factor A  38.54 
 
 		 141 aa  72  0.000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0101873  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0991  ribosome-binding factor A  40.43 
 
 		 137 aa  72  0.000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00061052  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  32.67 
 
 		 118 aa  72  0.000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  32.67 
 
 		 118 aa  71.2  0.000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  32.67 
 
 		 118 aa  71.2  0.000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  32.67 
 
 		 118 aa  71.2  0.000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.3299500000000005e-63 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0909  ribosome-binding factor A  39.78 
 
 		 121 aa  71.2  0.000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1124  ribosome-binding factor A  37.37 
 
 		 121 aa  71.2  0.000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.559774  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1356  ribosome-binding factor A  36.36 
 
 		 116 aa  71.2  0.000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.348543  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0837  ribosome-binding factor A  38.54 
 
 		 116 aa  70.9  0.000000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  32.67 
 
 		 118 aa  71.2  0.000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3187  ribosome-binding factor A  32.97 
 
 		 119 aa  70.9  0.000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.11601  normal  0.332882 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_854  ribosome-binding factor A  32.65 
 
 		 118 aa  70.5  0.000000000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000358033  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  32.67 
 
 		 118 aa  70.5  0.000000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000036841  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1589  ribosome-binding factor A  37.11 
 
 		 118 aa  69.7  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00426148  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0873  ribosome-binding factor A  32.65 
 
 		 118 aa  69.7  0.00000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000231797  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  38.54 
 
 		 127 aa  69.7  0.00000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0982  ribosome-binding factor A  32.65 
 
 		 118 aa  69.3  0.00000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.385895  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3033  ribosome-binding factor A  34.07 
 
 		 129 aa  69.3  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000370905  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1205  ribosome-binding factor A  35.79 
 
 		 147 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1644  ribosome-binding factor A  31.25 
 
 		 119 aa  68.9  0.00000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0564  ribosome-binding factor A  34.02 
 
 		 119 aa  68.9  0.00000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07850  ribosome-binding factor A  32.99 
 
 		 122 aa  68.9  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3073  ribosome-binding factor A  38.3 
 
 		 131 aa  69.3  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.729556  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1599  ribosome-binding factor A  34.02 
 
 		 119 aa  68.9  0.00000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00660683  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0158  ribosome-binding factor A  40.59 
 
 		 140 aa  68.9  0.00000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0927  ribosome-binding factor A  39.18 
 
 		 119 aa  69.3  0.00000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.100451  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1587  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 118 aa  68.6  0.00000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00540002  normal  0.129345 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1027  ribosome-binding factor A  37.5 
 
 		 146 aa  68.2  0.00000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000106496 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1092  ribosome-binding factor A  37.5 
 
 		 146 aa  68.2  0.00000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0591977 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  33 
 
 		 123 aa  68.6  0.00000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  34.74 
 
 		 126 aa  68.2  0.00000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000826248  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1131  ribosome-binding factor A  40 
 
 		 130 aa  68.2  0.00000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0305445  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1661  ribosome-binding factor A  37.63 
 
 		 121 aa  68.2  0.00000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.661527  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0458  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 117 aa  67.8  0.00000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3752  ribosome-binding factor A  38.78 
 
 		 130 aa  67.8  0.00000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00104734  unclonable  0.0000134979 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  33.68 
 
 		 131 aa  67  0.00000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000145103  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1423  ribosome-binding factor A  38.46 
 
 		 132 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.02264 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>