270 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_2153 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_2153  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 151 aa  298  1e-80  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.10459  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2315  ribosome-binding factor A  73.29 
 
 		 163 aa  201  2e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0767134 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4038  ribosome-binding factor A  73.57 
 
 		 168 aa  197  3e-50  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.173989  normal  0.432163 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2066  ribosome-binding factor A  71.24 
 
 		 171 aa  190  5e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0366548  normal  0.808495 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1717  ribosome-binding factor A  72.14 
 
 		 157 aa  190  5e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.264807  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2083  ribosome-binding factor A  71.24 
 
 		 171 aa  190  5e-48  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2129  ribosome-binding factor A  71.24 
 
 		 171 aa  190  5e-48  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.200805  normal  0.0220711 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5832  ribosome-binding factor A  68.46 
 
 		 149 aa  187  5.999999999999999e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.154912  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14590  ribosome-binding factor A  62.77 
 
 		 153 aa  158  2e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0231222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1184  ribosome-binding factor A  55.48 
 
 		 189 aa  150  8e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.352255 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3329  ribosome-binding factor A  54.97 
 
 		 156 aa  149  1e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.414674  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1513  ribosome-binding factor A  58.57 
 
 		 150 aa  147  3e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.121246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3560  ribosome-binding factor A  51.66 
 
 		 168 aa  142  2e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0466003  normal  0.834335 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3964  ribosome-binding factor A  54.29 
 
 		 171 aa  139  1.9999999999999998e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12853  ribosome-binding factor A  67.74 
 
 		 183 aa  138  3e-32  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  2.73354e-17  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3590  ribosome-binding factor A  52.32 
 
 		 147 aa  136  1e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0900161  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10330  ribosome-binding factor A  52.11 
 
 		 169 aa  135  2e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.150571  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1445  ribosome-binding factor A  53.52 
 
 		 171 aa  133  8e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.084347  normal  0.20066 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1511  ribosome-binding factor A  49.65 
 
 		 144 aa  130  5e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.898255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1372  ribosome-binding factor A  46.36 
 
 		 156 aa  129  2.0000000000000002e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.589597  normal  0.116766 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1329  ribosome-binding factor A  45.7 
 
 		 156 aa  129  2.0000000000000002e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00402989 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2118  Ribosome-binding factor A-like protein  47.14 
 
 		 160 aa  129  2.0000000000000002e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.376562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0780  ribosome-binding factor A  54.48 
 
 		 151 aa  128  3e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.562363  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1427  ribosome-binding factor A  53.19 
 
 		 175 aa  127  4.0000000000000003e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000533542 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1417  ribosome-binding factor A  51.06 
 
 		 169 aa  124  5e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0421454  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23440  ribosome-binding factor A  47.68 
 
 		 154 aa  123  8.000000000000001e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.487539  normal  0.252109 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3189  ribosome-binding factor A  46.58 
 
 		 162 aa  123  8.000000000000001e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0454193  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2209  ribosome-binding factor A  60.27 
 
 		 193 aa  123  8.000000000000001e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000323925  decreased coverage  0.000414746 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7740  ribosome-binding factor A  49.64 
 
 		 152 aa  121  4e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07020  ribosome-binding factor A  46.15 
 
 		 148 aa  117  7.999999999999999e-26  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1020  ribosome-binding factor A  43.75 
 
 		 153 aa  116  9e-26  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1063  ribosome-binding factor A  49.62 
 
 		 164 aa  114  3e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0689148  normal  0.0406746 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11490  ribosome-binding factor A  43.66 
 
 		 143 aa  114  3.9999999999999997e-25  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0871158  normal  0.911894 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2488  ribosome-binding factor A  48.59 
 
 		 159 aa  114  6e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.180348  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1212  ribosome-binding factor A  45.93 
 
 		 147 aa  112  2.0000000000000002e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.316878  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1744  ribosome-binding factor A  42.96 
 
 		 157 aa  108  3e-23  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.388944  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0286  ribosome-binding factor A  40.88 
 
 		 184 aa  100  5e-21  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1451  ribosome-binding factor A  43.57 
 
 		 145 aa  95.5  2e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.10477  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1124  ribosome-binding factor A  38.39 
 
 		 121 aa  82  0.000000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.559774  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1354  ribosome-binding factor A  35 
 
 		 117 aa  80.1  0.00000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0700  ribosome-binding factor A  44.21 
 
 		 119 aa  79  0.00000000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00262073  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1589  ribosome-binding factor A  38.89 
 
 		 118 aa  78.6  0.00000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00426148  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  34.65 
 
 		 127 aa  78.6  0.00000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1304  ribosome-binding factor A  32.76 
 
 		 119 aa  78.2  0.00000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0293197  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2980  ribosome-binding factor A  32.76 
 
 		 119 aa  77.4  0.00000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.06185e-26 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  41.05 
 
 		 118 aa  77.4  0.00000000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  40 
 
 		 118 aa  77  0.00000000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  34.26 
 
 		 126 aa  77  0.00000000000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000826248  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  40 
 
 		 118 aa  76.3  0.0000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  40 
 
 		 118 aa  76.3  0.0000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  40 
 
 		 118 aa  76.3  0.0000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.3299500000000005e-63 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0837  ribosome-binding factor A  29.41 
 
 		 116 aa  75.1  0.0000000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  38.95 
 
 		 118 aa  75.1  0.0000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000036841  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  38.95 
 
 		 118 aa  74.3  0.0000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1902  ribosome-binding factor A  30.17 
 
 		 122 aa  74.3  0.0000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0066847  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  38.95 
 
 		 118 aa  74.3  0.0000000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  38.95 
 
 		 118 aa  74.3  0.0000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0477  ribosome-binding factor A  36.21 
 
 		 126 aa  73.6  0.0000000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00670849  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2204  ribosome-binding factor A  35.61 
 
 		 142 aa  73.2  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3347  ribosome-binding factor A  31.85 
 
 		 143 aa  73.6  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.319643  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  38.95 
 
 		 118 aa  72.8  0.000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  38.95 
 
 		 118 aa  72.8  0.000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1051  ribosome-binding factor A  34.43 
 
 		 122 aa  72.4  0.000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000570949  hitchhiker  0.000000154001 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1436  ribosome-binding factor A  33.04 
 
 		 118 aa  71.6  0.000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.349731  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0726  ribosome-binding factor A  34.75 
 
 		 147 aa  70.5  0.000000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.237747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0696  ribosome-binding factor A  34.75 
 
 		 124 aa  70.1  0.00000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146266  normal  0.222032 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3752  ribosome-binding factor A  34.82 
 
 		 130 aa  68.9  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00104734  unclonable  0.0000134979 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08030  ribosome-binding factor A  33.04 
 
 		 118 aa  68.9  0.00000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.536354  normal  0.36831 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1356  ribosome-binding factor A  29.57 
 
 		 116 aa  68.9  0.00000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.348543  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42810  ribosome-binding factor A  34.17 
 
 		 129 aa  69.3  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07850  ribosome-binding factor A  30.36 
 
 		 122 aa  68.9  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1330  ribosome-binding factor A  29.06 
 
 		 130 aa  68.6  0.00000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.285304  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1131  ribosome-binding factor A  34.21 
 
 		 130 aa  68.2  0.00000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0305445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3725  ribosome-binding factor A  38.18 
 
 		 123 aa  68.6  0.00000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  24.62 
 
 		 131 aa  68.2  0.00000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000145103  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3607  ribosome-binding factor A  37.29 
 
 		 129 aa  68.2  0.00000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.858095  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1587  ribosome-binding factor A  32.41 
 
 		 118 aa  67.8  0.00000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00540002  normal  0.129345 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1644  ribosome-binding factor A  34.86 
 
 		 119 aa  67.4  0.00000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1028  ribosome-binding factor A  34.75 
 
 		 129 aa  67.4  0.00000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0189385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0818  ribosome-binding factor A  31.86 
 
 		 119 aa  67  0.00000000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1230  ribosome-binding factor A  34.26 
 
 		 117 aa  67  0.00000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.644207  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1661  ribosome-binding factor A  36.11 
 
 		 121 aa  67  0.00000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.661527  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  29.85 
 
 		 123 aa  67  0.00000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1670  ribosome-binding factor A  30.56 
 
 		 123 aa  67  0.00000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.014786  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0070  ribosome-binding factor A  37.39 
 
 		 134 aa  66.2  0.0000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.196892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1956  ribosome-binding factor A  36.11 
 
 		 120 aa  66.6  0.0000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0822  ribosome-binding factor A  34.19 
 
 		 126 aa  66.6  0.0000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.329178  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3675  ribosome-binding factor A  30.17 
 
 		 125 aa  66.2  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0075  ribosome-binding factor A  37.39 
 
 		 134 aa  65.9  0.0000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.122288  normal  0.845154 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1557  ribosome-binding factor A  32.43 
 
 		 119 aa  65.5  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000452845  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1863  ribosome-binding factor A  32.2 
 
 		 126 aa  65.5  0.0000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2135  ribosome-binding factor A  35.34 
 
 		 122 aa  65.1  0.0000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0168697  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2707  ribosome-binding factor A  35.34 
 
 		 128 aa  64.7  0.0000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.150572 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3187  ribosome-binding factor A  34.74 
 
 		 119 aa  64.3  0.0000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.11601  normal  0.332882 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1693  ribosome-binding factor A  30.95 
 
 		 141 aa  64.3  0.0000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0101873  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0158  ribosome-binding factor A  35.65 
 
 		 140 aa  64.7  0.0000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2030  ribosome-binding factor A  36.52 
 
 		 123 aa  64.3  0.0000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0111953  normal  0.0437908 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1809  ribosome-binding factor A  32 
 
 		 145 aa  63.9  0.0000000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.298116  normal  0.213711 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1599  ribosome-binding factor A  30.17 
 
 		 119 aa  63.5  0.0000000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00660683  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0564  ribosome-binding factor A  30.17 
 
 		 119 aa  63.5  0.0000000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>