More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyc_0070 on replicon NC_007204
Organism: Psychrobacter arcticus 273-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007204  Psyc_0070  ribosome-binding factor A  100 
 
 
134 aa  276  7e-74  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.196892  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0075  ribosome-binding factor A  99.25 
 
 
134 aa  275  1e-73  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.122288  normal  0.845154 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0158  ribosome-binding factor A  88.37 
 
 
140 aa  239  1e-62  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0722  ribosome-binding factor A  46.97 
 
 
132 aa  117  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.041956 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3073  ribosome-binding factor A  52.14 
 
 
131 aa  117  6e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.729556  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4711  ribosome-binding factor A  46.97 
 
 
132 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.165962  hitchhiker  0.00698134 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4576  ribosome-binding factor A  46.97 
 
 
132 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.63413  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0780  ribosome-binding factor A  47.97 
 
 
133 aa  114  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000489115  normal  0.0558247 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4711  ribosome-binding factor A  46.21 
 
 
132 aa  114  5e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.31631 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4179  ribosome-binding factor A  47.41 
 
 
138 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.308306  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4489  ribosome-binding factor A  44.72 
 
 
138 aa  111  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0856583  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3347  ribosome-binding factor A  40.28 
 
 
143 aa  105  3e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.319643  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62740  ribosome-binding factor A  44.96 
 
 
129 aa  103  6e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.232446  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3607  ribosome-binding factor A  44.72 
 
 
129 aa  101  3e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.858095  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5461  ribosome-binding factor A  42.64 
 
 
128 aa  101  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.74875  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2707  ribosome-binding factor A  45.31 
 
 
128 aa  100  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.150572 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1028  ribosome-binding factor A  41.41 
 
 
129 aa  99.4  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0189385  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2119  ribosome-binding factor A  44 
 
 
127 aa  96.7  1e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328304  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42810  ribosome-binding factor A  42.24 
 
 
129 aa  96.3  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1004  ribosome-binding factor A  41.86 
 
 
129 aa  95.9  2e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.439697  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2819  ribosome-binding factor A  42.61 
 
 
123 aa  93.6  9e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0696  ribosome-binding factor A  41.27 
 
 
124 aa  93.6  9e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146266  normal  0.222032 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2688  ribosome-binding factor A  42.61 
 
 
123 aa  93.2  1e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1863  ribosome-binding factor A  43.65 
 
 
126 aa  92.4  2e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1104  ribosome-binding factor A  40.16 
 
 
138 aa  92.8  2e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0588249  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1947  ribosome-binding factor A  39.53 
 
 
130 aa  91.3  4e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0382472 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0726  ribosome-binding factor A  41.6 
 
 
147 aa  90.5  6e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.237747  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1693  ribosome-binding factor A  39.68 
 
 
141 aa  90.1  9e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0101873  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1164  ribosome-binding factor A  38.58 
 
 
138 aa  89.4  1e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.338865  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1748  ribosome-binding factor A  39.37 
 
 
126 aa  89  2e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0187668  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1232  ribosome-binding factor A  41.03 
 
 
139 aa  88.2  3e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0340167  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3474  ribosome-binding factor A  35.11 
 
 
133 aa  88.6  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03034  ribosome-binding factor A  36.36 
 
 
133 aa  87.4  6e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.710808  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0538  ribosome-binding factor A  36.36 
 
 
133 aa  87.4  6e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3463  ribosome-binding factor A  36.36 
 
 
133 aa  87.4  6e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.287723 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3359  ribosome-binding factor A  36.36 
 
 
133 aa  87.4  6e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3651  ribosome-binding factor A  36.36 
 
 
133 aa  87.4  6e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0531  ribosome-binding factor A  36.36 
 
 
133 aa  87.4  6e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000335299 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3604  ribosome-binding factor A  36.36 
 
 
133 aa  87.4  6e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4488  ribosome-binding factor A  36.36 
 
 
133 aa  87.4  6e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02985  hypothetical protein  36.36 
 
 
133 aa  87.4  6e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.757266  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3345  ribosome-binding factor A  37.31 
 
 
132 aa  87  7e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.970615  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2010  ribosome-binding factor A  42.48 
 
 
122 aa  86.7  9e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.142179  normal  0.57147 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3642  ribosome-binding factor A  35.61 
 
 
133 aa  86.7  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3464  ribosome-binding factor A  35.82 
 
 
133 aa  86.3  1e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0610  ribosome-binding factor A  34.56 
 
 
128 aa  85.9  2e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0012936  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0068  ribosome-binding factor A  39.69 
 
 
125 aa  85.5  2e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00108757  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0586  ribosome-binding factor A  36.57 
 
 
132 aa  85.9  2e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2427  ribosome-binding factor A  42.48 
 
 
122 aa  85.1  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.224227  normal  0.907682 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  35.96 
 
 
123 aa  85.1  3e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3543  ribosome-binding factor A  35.61 
 
 
133 aa  84.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1008  ribosome-binding factor A  40.52 
 
 
142 aa  84.7  4e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211982  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3580  ribosome-binding factor A  35.61 
 
 
133 aa  84.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0490  ribosome-binding factor A  37.59 
 
 
136 aa  84.3  5e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.509602  normal  0.0536804 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0809  ribosome-binding factor A  37.04 
 
 
132 aa  84.3  5e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1702  ribosome-binding factor A  41.74 
 
 
123 aa  84  7e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000429225 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1599  ribosome-binding factor A  37.8 
 
 
119 aa  83.6  9e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00660683  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3675  ribosome-binding factor A  36.84 
 
 
125 aa  83.6  9e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0564  ribosome-binding factor A  37.8 
 
 
119 aa  83.6  9e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1143  ribosome-binding factor A  38.1 
 
 
122 aa  83.2  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.115087 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3604  ribosome-binding factor A  34.85 
 
 
133 aa  82.8  0.000000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0265365 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0818  ribosome-binding factor A  38.79 
 
 
133 aa  83.2  0.000000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0100863 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3474  ribosome-binding factor A  34.85 
 
 
133 aa  82.4  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1226  ribosome-binding factor A  39.2 
 
 
122 aa  82.4  0.000000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.333897  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1466  ribosome-binding factor A  35.77 
 
 
139 aa  82.4  0.000000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1436  ribosome-binding factor A  38.1 
 
 
118 aa  82  0.000000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.349731  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002610  ribosome-binding factor A  37.12 
 
 
131 aa  81.3  0.000000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1939  ribosome-binding factor A  34.48 
 
 
116 aa  80.9  0.000000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1657  ribosome-binding factor A  34.48 
 
 
116 aa  80.9  0.000000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2560  ribosome-binding factor A  39.17 
 
 
125 aa  80.9  0.000000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00880777 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1956  ribosome-binding factor A  33.04 
 
 
120 aa  80.9  0.000000000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  35.65 
 
 
118 aa  80.5  0.000000000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0822  ribosome-binding factor A  34.65 
 
 
126 aa  80.5  0.000000000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.329178  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1920  ribosome-binding factor A  37.9 
 
 
130 aa  79.3  0.00000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0348034  normal  0.0643403 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1092  ribosome-binding factor A  38.58 
 
 
122 aa  79.7  0.00000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.378347  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0991  ribosome-binding factor A  38.14 
 
 
143 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2991  ribosome-binding factor A  40.71 
 
 
123 aa  80.1  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0708502  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2749  ribosome-binding factor A  39.66 
 
 
123 aa  79.3  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3595  ribosome-binding factor A  32.82 
 
 
136 aa  79.3  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000837981  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  34.78 
 
 
118 aa  79.3  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1205  ribosome-binding factor A  38.79 
 
 
147 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  34.78 
 
 
118 aa  79  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  34.78 
 
 
118 aa  79  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  35.65 
 
 
126 aa  79.3  0.00000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000826248  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3994  ribosome-binding factor A  32.82 
 
 
136 aa  79.3  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.405974  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  34.78 
 
 
118 aa  79.3  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3729  ribosome-binding factor A  32.82 
 
 
136 aa  79.3  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0092978  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  34.78 
 
 
118 aa  79.3  0.00000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  34.78 
 
 
118 aa  79  0.00000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.3299500000000005e-63 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1248  ribosome-binding factor A  38.33 
 
 
125 aa  79.3  0.00000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0261774  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1031  ribosome-binding factor A  37.93 
 
 
146 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.571877  hitchhiker  0.000026303 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  34.78 
 
 
118 aa  79.3  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  32.33 
 
 
127 aa  78.6  0.00000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  34.78 
 
 
118 aa  78.2  0.00000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  34.78 
 
 
118 aa  78.2  0.00000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2135  ribosome-binding factor A  39.66 
 
 
122 aa  78.6  0.00000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0168697  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0477  ribosome-binding factor A  37.07 
 
 
126 aa  78.2  0.00000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00670849  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0909  ribosome-binding factor A  33.61 
 
 
121 aa  78.6  0.00000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1290  ribosome-binding factor A  39.29 
 
 
123 aa  78.2  0.00000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0532539  normal  0.658202 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1092  ribosome-binding factor A  37.07 
 
 
146 aa  78.2  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0591977 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>