More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_3752 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_3752  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 130 aa  258  3e-68  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00104734  unclonable  0.0000134979 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1131  ribosome-binding factor A  93.85 
 
 		 130 aa  245  2e-64  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0305445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3680  ribosome-binding factor A  64.41 
 
 		 127 aa  161  3e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00259102  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0477  ribosome-binding factor A  44.17 
 
 		 126 aa  110  5e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00670849  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1661  ribosome-binding factor A  44.74 
 
 		 121 aa  98.6  2e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.661527  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2980  ribosome-binding factor A  40.37 
 
 		 119 aa  99  2e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.06185e-26 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1304  ribosome-binding factor A  39.45 
 
 		 119 aa  97.8  4e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0293197  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0909  ribosome-binding factor A  46.3 
 
 		 121 aa  94.4  5e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  37.5 
 
 		 127 aa  93.2  9e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1902  ribosome-binding factor A  36.44 
 
 		 122 aa  92.8  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0066847  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1956  ribosome-binding factor A  39.66 
 
 		 120 aa  92.8  2e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  33.86 
 
 		 131 aa  92  2e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000145103  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  39.81 
 
 		 118 aa  91.3  4e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  39.81 
 
 		 118 aa  91.3  4e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  39.81 
 
 		 118 aa  91.3  4e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  39.47 
 
 		 118 aa  90.9  5e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.3299500000000005e-63 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  39.47 
 
 		 118 aa  90.9  6e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  39.47 
 
 		 118 aa  90.5  6e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  39.29 
 
 		 126 aa  90.5  7e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000826248  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  40.74 
 
 		 118 aa  90.5  7e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  40.74 
 
 		 118 aa  90.5  7e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  39.47 
 
 		 118 aa  90.5  7e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000036841  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1004  ribosome-binding factor A  44 
 
 		 129 aa  90.1  1e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.439697  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  39.47 
 
 		 118 aa  89.7  1e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  39.47 
 
 		 118 aa  89.7  1e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0964  ribosome-binding factor A  40.35 
 
 		 122 aa  89  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.404033  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1436  ribosome-binding factor A  38.6 
 
 		 118 aa  88.2  4e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.349731  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4711  ribosome-binding factor A  43.36 
 
 		 132 aa  87.8  5e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.165962  hitchhiker  0.00698134 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4711  ribosome-binding factor A  43.36 
 
 		 132 aa  87.4  5e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.31631 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4576  ribosome-binding factor A  43.36 
 
 		 132 aa  87.8  5e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.63413  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0722  ribosome-binding factor A  43.36 
 
 		 132 aa  87.4  5e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.041956 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3187  ribosome-binding factor A  41.28 
 
 		 119 aa  87.4  6e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.11601  normal  0.332882 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0458  ribosome-binding factor A  35.65 
 
 		 117 aa  87.4  6e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1587  ribosome-binding factor A  34.75 
 
 		 118 aa  87  8e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00540002  normal  0.129345 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1589  ribosome-binding factor A  37.93 
 
 		 118 aa  85.5  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00426148  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3675  ribosome-binding factor A  39.13 
 
 		 125 aa  85.1  3e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0780  ribosome-binding factor A  40.16 
 
 		 133 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000489115  normal  0.0558247 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0901  hypothetical protein  39.67 
 
 		 122 aa  84.7  3e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4179  ribosome-binding factor A  37.59 
 
 		 138 aa  82.8  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.308306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0696  ribosome-binding factor A  38.79 
 
 		 124 aa  82.8  0.000000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146266  normal  0.222032 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1557  ribosome-binding factor A  37.4 
 
 		 119 aa  83.2  0.000000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000452845  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07850  ribosome-binding factor A  37.61 
 
 		 122 aa  82  0.000000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  35.77 
 
 		 123 aa  82  0.000000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3329  ribosome-binding factor A  40 
 
 		 156 aa  81.3  0.000000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.414674  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2773  ribosome-binding factor A  35.38 
 
 		 136 aa  81.3  0.000000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4489  ribosome-binding factor A  37.98 
 
 		 138 aa  80.5  0.000000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0856583  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1028  ribosome-binding factor A  44.25 
 
 		 129 aa  80.5  0.000000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0189385  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0726  ribosome-binding factor A  41.23 
 
 		 147 aa  80.1  0.000000000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.237747  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3223  ribosome-binding factor A  41 
 
 		 121 aa  80.1  0.000000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.275033 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1644  ribosome-binding factor A  31.93 
 
 		 119 aa  79.3  0.00000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1461  ribosome-binding factor A  39.02 
 
 		 123 aa  79.3  0.00000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00371256  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1356  ribosome-binding factor A  36.11 
 
 		 116 aa  78.2  0.00000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.348543  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1051  ribosome-binding factor A  35.83 
 
 		 122 aa  78.2  0.00000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000570949  hitchhiker  0.000000154001 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42810  ribosome-binding factor A  42.11 
 
 		 129 aa  78.2  0.00000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1330  ribosome-binding factor A  36.11 
 
 		 130 aa  77.8  0.00000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.285304  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0818  ribosome-binding factor A  36.04 
 
 		 133 aa  77.8  0.00000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0100863 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1947  ribosome-binding factor A  41.27 
 
 		 130 aa  77.4  0.00000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0382472 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0837  ribosome-binding factor A  34.91 
 
 		 116 aa  77  0.00000000000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5461  ribosome-binding factor A  40.71 
 
 		 128 aa  77  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.74875  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1670  ribosome-binding factor A  35.51 
 
 		 123 aa  76.6  0.00000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.014786  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62740  ribosome-binding factor A  37.9 
 
 		 129 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.232446  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2488  ribosome-binding factor A  37.04 
 
 		 159 aa  75.5  0.0000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.180348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3033  ribosome-binding factor A  36 
 
 		 129 aa  75.1  0.0000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000370905  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3347  ribosome-binding factor A  36.15 
 
 		 143 aa  75.1  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.319643  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1212  ribosome-binding factor A  37.96 
 
 		 147 aa  74.7  0.0000000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.316878  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3464  ribosome-binding factor A  38.66 
 
 		 133 aa  74.7  0.0000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1354  ribosome-binding factor A  35.96 
 
 		 117 aa  74.7  0.0000000000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1210  ribosome-binding factor A  36.84 
 
 		 127 aa  74.7  0.0000000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00755575  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0610  ribosome-binding factor A  31.71 
 
 		 128 aa  74.3  0.0000000000006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0012936  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1052  ribosome-binding factor A  35.45 
 
 		 132 aa  73.9  0.0000000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000164371  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3345  ribosome-binding factor A  36.22 
 
 		 132 aa  73.9  0.0000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.970615  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1511  ribosome-binding factor A  36.04 
 
 		 144 aa  73.6  0.0000000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.898255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3073  ribosome-binding factor A  43.88 
 
 		 131 aa  73.2  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.729556  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0072  ribosome-binding factor A  40.19 
 
 		 131 aa  73.2  0.000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2707  ribosome-binding factor A  37.27 
 
 		 128 aa  72  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.150572 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0068  ribosome-binding factor A  39.52 
 
 		 125 aa  72  0.000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00108757  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2557  ribosome-binding factor A  35.78 
 
 		 198 aa  72.8  0.000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.108447  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0072  ribosome-binding factor A  39.25 
 
 		 131 aa  72  0.000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.884445  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1310  ribosome-binding factor A  36.11 
 
 		 126 aa  71.6  0.000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.03706  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3725  ribosome-binding factor A  42.73 
 
 		 123 aa  71.6  0.000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1445  ribosome-binding factor A  35.14 
 
 		 171 aa  71.6  0.000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.084347  normal  0.20066 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1230  ribosome-binding factor A  35.78 
 
 		 117 aa  71.2  0.000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.644207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3607  ribosome-binding factor A  36.84 
 
 		 129 aa  71.2  0.000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.858095  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1863  ribosome-binding factor A  36.21 
 
 		 126 aa  71.2  0.000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10330  ribosome-binding factor A  39.81 
 
 		 169 aa  70.9  0.000000000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.150571  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0809  ribosome-binding factor A  36.45 
 
 		 132 aa  70.9  0.000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0927  ribosome-binding factor A  33.96 
 
 		 119 aa  70.5  0.000000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.100451  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23440  ribosome-binding factor A  40.86 
 
 		 154 aa  70.1  0.00000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.487539  normal  0.252109 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0586  ribosome-binding factor A  35.51 
 
 		 132 aa  69.3  0.00000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2119  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 127 aa  69.3  0.00000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328304  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2118  Ribosome-binding factor A-like protein  34.55 
 
 		 160 aa  69.3  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.376562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1329  ribosome-binding factor A  38 
 
 		 156 aa  70.1  0.00000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00402989 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3189  ribosome-binding factor A  36.36 
 
 		 162 aa  69.7  0.00000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0454193  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3590  ribosome-binding factor A  37.93 
 
 		 147 aa  68.9  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0900161  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0399  ribosome-binding factor A  40 
 
 		 119 aa  68.9  0.00000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000842232  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0780  ribosome-binding factor A  37.5 
 
 		 151 aa  68.9  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.562363  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0700  ribosome-binding factor A  34.58 
 
 		 119 aa  68.9  0.00000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00262073  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1124  ribosome-binding factor A  30.43 
 
 		 121 aa  68.9  0.00000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.559774  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0822  ribosome-binding factor A  34.21 
 
 		 126 aa  69.3  0.00000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.329178  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0384  ribosome-binding factor A  34.19 
 
 		 117 aa  68.9  0.00000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>