261 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0399 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0399  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 119 aa  237  4e-62  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000842232  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0370  ribosome-binding factor A  72.57 
 
 		 116 aa  171  2.9999999999999996e-42  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000258707  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1778  ribosome-binding factor A  68.64 
 
 		 119 aa  170  5.999999999999999e-42  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00495715  normal  0.155999 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0301  ribosome-binding factor A  71.93 
 
 		 119 aa  166  9e-41  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000015742  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1461  ribosome-binding factor A  69.49 
 
 		 123 aa  162  1.0000000000000001e-39  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00371256  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0403  ribosome-binding factor A  67.59 
 
 		 116 aa  154  3e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000114311  normal  0.233989 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0368  ribosome-binding factor A  65.74 
 
 		 122 aa  147  4e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0159363  normal  0.435945 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1310  ribosome-binding factor A  50 
 
 		 126 aa  97.1  7e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.03706  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0998  ribosome-binding factor A  36.61 
 
 		 126 aa  80.5  0.000000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00108919  normal  0.25507 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1131  ribosome-binding factor A  42.02 
 
 		 130 aa  73.9  0.0000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0305445  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4876  ribosome-binding factor A  34.21 
 
 		 127 aa  70.9  0.000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.26776 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3725  ribosome-binding factor A  30.58 
 
 		 123 aa  70.5  0.000000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  36.36 
 
 		 126 aa  70.1  0.00000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000826248  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3752  ribosome-binding factor A  40 
 
 		 130 aa  68.9  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00104734  unclonable  0.0000134979 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3680  ribosome-binding factor A  43.62 
 
 		 127 aa  68.6  0.00000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00259102  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1217  ribosome-binding factor A  35.34 
 
 		 128 aa  67.8  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1247  ribosome-binding factor A  35.34 
 
 		 128 aa  67.8  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0254008 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0837  ribosome-binding factor A  33.62 
 
 		 116 aa  66.2  0.0000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  32.48 
 
 		 118 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  34.55 
 
 		 127 aa  66.6  0.0000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2815  ribosome-binding factor A  34.78 
 
 		 122 aa  66.2  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.473664  hitchhiker  0.00211169 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  31.62 
 
 		 118 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  31.62 
 
 		 118 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  31.62 
 
 		 118 aa  66.2  0.0000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1557  ribosome-binding factor A  37.38 
 
 		 119 aa  65.5  0.0000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000452845  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  31.62 
 
 		 118 aa  66.2  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  31.62 
 
 		 118 aa  66.2  0.0000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1661  ribosome-binding factor A  33.91 
 
 		 121 aa  65.5  0.0000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.661527  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2665  ribosome-binding factor A  36.7 
 
 		 133 aa  64.7  0.0000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0640591  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  31.62 
 
 		 118 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.3299500000000005e-63 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  31.62 
 
 		 118 aa  64.7  0.0000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1436  ribosome-binding factor A  33.9 
 
 		 118 aa  64.3  0.0000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.349731  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  32.48 
 
 		 123 aa  64.3  0.0000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  31.62 
 
 		 118 aa  63.9  0.0000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000036841  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  31.62 
 
 		 118 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  31.62 
 
 		 118 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1069  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 130 aa  63.5  0.0000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3464  ribosome-binding factor A  34.75 
 
 		 133 aa  62.8  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07850  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 122 aa  62.8  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2119  ribosome-binding factor A  37.04 
 
 		 127 aa  63.2  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328304  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3345  ribosome-binding factor A  35.59 
 
 		 132 aa  62.8  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.970615  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0923  ribosome-binding factor A  35.78 
 
 		 111 aa  62.8  0.000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.816784 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0355  ribosome-binding factor A  36.11 
 
 		 137 aa  62.8  0.000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.417644  normal  0.687785 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3073  ribosome-binding factor A  34.55 
 
 		 131 aa  62.4  0.000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.729556  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4927  ribosome-binding factor A  35.78 
 
 		 132 aa  62.4  0.000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.128531  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1956  ribosome-binding factor A  30.25 
 
 		 120 aa  61.2  0.000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2895  ribosome-binding factor A  36.7 
 
 		 137 aa  61.2  0.000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.437558  normal  0.0229957 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002610  ribosome-binding factor A  35.45 
 
 		 131 aa  60.8  0.000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0781  ribosome-binding factor A  33.94 
 
 		 130 aa  60.5  0.000000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3675  ribosome-binding factor A  32.14 
 
 		 125 aa  60.5  0.000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03290  ribosome-binding factor A  34.23 
 
 		 132 aa  60.5  0.000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.441975  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1947  ribosome-binding factor A  32.11 
 
 		 130 aa  60.5  0.000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0382472 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3629  ribosome-binding factor A  32.14 
 
 		 133 aa  60.5  0.000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1230  ribosome-binding factor A  31.58 
 
 		 117 aa  60.5  0.000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.644207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01761  ribosome-binding factor A  37.27 
 
 		 133 aa  60.1  0.000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.138056  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1210  ribosome-binding factor A  33.96 
 
 		 127 aa  59.7  0.00000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00755575  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0586  ribosome-binding factor A  32.2 
 
 		 132 aa  59.7  0.00000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2814  ribosome-binding factor A  33.02 
 
 		 127 aa  60.1  0.00000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0610  ribosome-binding factor A  30 
 
 		 128 aa  59.7  0.00000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0012936  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0927  ribosome-binding factor A  32.74 
 
 		 119 aa  59.7  0.00000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.100451  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0458  ribosome-binding factor A  28.57 
 
 		 117 aa  60.1  0.00000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0809  ribosome-binding factor A  33.05 
 
 		 132 aa  60.1  0.00000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03034  ribosome-binding factor A  33.05 
 
 		 133 aa  59.3  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.710808  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0538  ribosome-binding factor A  33.05 
 
 		 133 aa  59.3  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1356  ribosome-binding factor A  31.58 
 
 		 116 aa  59.3  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.348543  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4166  ribosome-binding factor A  28.1 
 
 		 127 aa  58.9  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.00000106795  hitchhiker  0.00000000804111 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3651  ribosome-binding factor A  33.05 
 
 		 133 aa  59.3  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3359  ribosome-binding factor A  33.05 
 
 		 133 aa  59.3  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3463  ribosome-binding factor A  33.05 
 
 		 133 aa  59.3  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.287723 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4488  ribosome-binding factor A  33.05 
 
 		 133 aa  59.3  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02985  hypothetical protein  33.05 
 
 		 133 aa  59.3  0.00000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.757266  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0909  ribosome-binding factor A  36.28 
 
 		 121 aa  59.3  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0531  ribosome-binding factor A  33.05 
 
 		 133 aa  59.3  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000335299 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3604  ribosome-binding factor A  33.05 
 
 		 133 aa  59.3  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1330  ribosome-binding factor A  31.58 
 
 		 130 aa  59.3  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.285304  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  33.94 
 
 		 131 aa  58.5  0.00000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000145103  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0490  ribosome-binding factor A  32.79 
 
 		 136 aa  58.5  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.509602  normal  0.0536804 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3474  ribosome-binding factor A  32.2 
 
 		 133 aa  58.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3642  ribosome-binding factor A  32.2 
 
 		 133 aa  58.2  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1466  ribosome-binding factor A  30.77 
 
 		 139 aa  58.5  0.00000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0204  ribosome-binding factor A  33.96 
 
 		 125 aa  58.5  0.00000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3474  ribosome-binding factor A  32.2 
 
 		 133 aa  58.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0838  ribosome-binding factor A  34.86 
 
 		 134 aa  58.2  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.102995 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3543  ribosome-binding factor A  32.2 
 
 		 133 aa  58.2  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1869  ribosome-binding factor A  31.62 
 
 		 131 aa  58.2  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3580  ribosome-binding factor A  32.2 
 
 		 133 aa  58.2  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3994  ribosome-binding factor A  31.15 
 
 		 136 aa  57.8  0.00000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.405974  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0180  ribosome-binding factor A  33.96 
 
 		 125 aa  57.8  0.00000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.708366  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3729  ribosome-binding factor A  31.15 
 
 		 136 aa  57.8  0.00000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0092978  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3604  ribosome-binding factor A  32.2 
 
 		 133 aa  57.8  0.00000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0265365 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3595  ribosome-binding factor A  31.15 
 
 		 136 aa  57.8  0.00000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000837981  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3187  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 119 aa  57.4  0.00000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.11601  normal  0.332882 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03395  ribosome-binding factor A  33.64 
 
 		 137 aa  57  0.00000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0175  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 136 aa  57  0.00000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.146816  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0599  ribosome-binding factor A  32.73 
 
 		 135 aa  57  0.00000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.369509  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1587  ribosome-binding factor A  31.67 
 
 		 118 aa  56.6  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00540002  normal  0.129345 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0964  ribosome-binding factor A  35.71 
 
 		 122 aa  56.6  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.404033  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0818  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 133 aa  56.6  0.0000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0100863 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5461  ribosome-binding factor A  27.52 
 
 		 128 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.74875  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0955  ribosome-binding factor A  30.17 
 
 		 125 aa  55.8  0.0000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.676636  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>