More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2707 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2707  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 128 aa  254  3e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.150572 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4179  ribosome-binding factor A  50 
 
 		 138 aa  132  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.308306  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4489  ribosome-binding factor A  49.19 
 
 		 138 aa  131  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0856583  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0780  ribosome-binding factor A  49.18 
 
 		 133 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000489115  normal  0.0558247 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62740  ribosome-binding factor A  46.09 
 
 		 129 aa  127  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.232446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5461  ribosome-binding factor A  46.09 
 
 		 128 aa  123  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.74875  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3607  ribosome-binding factor A  45.6 
 
 		 129 aa  122  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.858095  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3073  ribosome-binding factor A  49.57 
 
 		 131 aa  119  9.999999999999999e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.729556  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4711  ribosome-binding factor A  46.67 
 
 		 132 aa  118  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.165962  hitchhiker  0.00698134 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0722  ribosome-binding factor A  46.67 
 
 		 132 aa  118  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.041956 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0696  ribosome-binding factor A  43.65 
 
 		 124 aa  118  3e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146266  normal  0.222032 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4576  ribosome-binding factor A  46.67 
 
 		 132 aa  118  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.63413  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1004  ribosome-binding factor A  45.38 
 
 		 129 aa  118  3e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.439697  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4711  ribosome-binding factor A  46.67 
 
 		 132 aa  118  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.31631 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42810  ribosome-binding factor A  46.72 
 
 		 129 aa  117  6e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0726  ribosome-binding factor A  45.67 
 
 		 147 aa  117  7e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.237747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1947  ribosome-binding factor A  45.24 
 
 		 130 aa  116  9.999999999999999e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0382472 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0809  ribosome-binding factor A  41.41 
 
 		 132 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3345  ribosome-binding factor A  40.46 
 
 		 132 aa  112  2.0000000000000002e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.970615  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03034  ribosome-binding factor A  39.84 
 
 		 133 aa  111  3e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.710808  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0538  ribosome-binding factor A  39.84 
 
 		 133 aa  111  3e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3604  ribosome-binding factor A  39.84 
 
 		 133 aa  111  3e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3651  ribosome-binding factor A  39.84 
 
 		 133 aa  111  3e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0531  ribosome-binding factor A  39.84 
 
 		 133 aa  111  3e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000335299 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3359  ribosome-binding factor A  39.84 
 
 		 133 aa  111  3e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3463  ribosome-binding factor A  39.84 
 
 		 133 aa  111  3e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.287723 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02985  hypothetical protein  39.84 
 
 		 133 aa  111  3e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.757266  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4488  ribosome-binding factor A  39.84 
 
 		 133 aa  111  3e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0586  ribosome-binding factor A  39.84 
 
 		 132 aa  110  7.000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3642  ribosome-binding factor A  39.02 
 
 		 133 aa  109  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3474  ribosome-binding factor A  39.02 
 
 		 133 aa  109  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0818  ribosome-binding factor A  40.98 
 
 		 133 aa  109  2.0000000000000002e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0100863 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1028  ribosome-binding factor A  43.41 
 
 		 129 aa  108  3e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0189385  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3543  ribosome-binding factor A  38.21 
 
 		 133 aa  107  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3580  ribosome-binding factor A  38.21 
 
 		 133 aa  107  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3464  ribosome-binding factor A  39.39 
 
 		 133 aa  107  5e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0822  ribosome-binding factor A  39.68 
 
 		 126 aa  107  7.000000000000001e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.329178  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2119  ribosome-binding factor A  45.69 
 
 		 127 aa  107  8.000000000000001e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328304  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3474  ribosome-binding factor A  37.4 
 
 		 133 aa  106  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0175  ribosome-binding factor A  39.37 
 
 		 136 aa  106  1e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.146816  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002610  ribosome-binding factor A  39.37 
 
 		 131 aa  105  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3604  ribosome-binding factor A  37.12 
 
 		 133 aa  105  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0265365 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3347  ribosome-binding factor A  42.15 
 
 		 143 aa  104  3e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.319643  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03395  ribosome-binding factor A  38.58 
 
 		 137 aa  103  7e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1863  ribosome-binding factor A  41.94 
 
 		 126 aa  103  9e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2204  ribosome-binding factor A  39.17 
 
 		 142 aa  102  3e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01761  ribosome-binding factor A  38.64 
 
 		 133 aa  101  3e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.138056  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0991  ribosome-binding factor A  42.06 
 
 		 143 aa  100  5e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1008  ribosome-binding factor A  40.31 
 
 		 142 aa  100  6e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211982  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0158  ribosome-binding factor A  44.44 
 
 		 140 aa  100  8e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1226  ribosome-binding factor A  42.61 
 
 		 122 aa  100  8e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.333897  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0070  ribosome-binding factor A  45.31 
 
 		 134 aa  100  9e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.196892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0490  ribosome-binding factor A  36.36 
 
 		 136 aa  100  9e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.509602  normal  0.0536804 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2819  ribosome-binding factor A  44.17 
 
 		 123 aa  99.4  1e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0075  ribosome-binding factor A  44.53 
 
 		 134 aa  99.8  1e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.122288  normal  0.845154 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1031  ribosome-binding factor A  39.37 
 
 		 146 aa  99.8  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.571877  hitchhiker  0.000026303 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0962  ribosome-binding factor A  40.77 
 
 		 137 aa  100  1e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.394859  normal  0.0786715 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2688  ribosome-binding factor A  44.17 
 
 		 123 aa  99  2e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1693  ribosome-binding factor A  38.1 
 
 		 141 aa  99.4  2e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0101873  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1027  ribosome-binding factor A  39.23 
 
 		 146 aa  99  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000106496 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1092  ribosome-binding factor A  39.23 
 
 		 146 aa  99  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0591977 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1092  ribosome-binding factor A  42.61 
 
 		 122 aa  99.4  2e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.378347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2027  ribosome-binding factor A  44.17 
 
 		 122 aa  98.2  4e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.373244  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3388  ribosome-binding factor A  44.62 
 
 		 143 aa  97.4  5e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.990819  hitchhiker  0.00369045 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1290  ribosome-binding factor A  42.5 
 
 		 123 aa  97.4  6e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0532539  normal  0.658202 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1205  ribosome-binding factor A  38.46 
 
 		 147 aa  97.4  6e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1118  ribosome-binding factor A  45.05 
 
 		 123 aa  96.7  9e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.614248  normal  0.630529 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1211  ribosome-binding factor A  45.05 
 
 		 123 aa  96.7  9e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0722597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3059  ribosome-binding factor A  44.19 
 
 		 142 aa  96.3  1e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.491319  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3595  ribosome-binding factor A  31.3 
 
 		 136 aa  95.1  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000837981  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2030  ribosome-binding factor A  43.24 
 
 		 123 aa  95.5  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0111953  normal  0.0437908 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3994  ribosome-binding factor A  31.3 
 
 		 136 aa  95.1  2e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.405974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1696  ribosome-binding factor A  36.43 
 
 		 138 aa  95.5  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3729  ribosome-binding factor A  31.3 
 
 		 136 aa  95.1  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0092978  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0068  ribosome-binding factor A  43.75 
 
 		 125 aa  94  6e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00108757  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2991  ribosome-binding factor A  41.96 
 
 		 123 aa  93.6  8e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0708502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2451  ribosome-binding factor A  38.84 
 
 		 123 aa  92.4  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0315755  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0599  ribosome-binding factor A  37.01 
 
 		 135 aa  92.4  2e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.369509  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2010  ribosome-binding factor A  42.61 
 
 		 122 aa  92  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.142179  normal  0.57147 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1314  ribosome-binding factor A  41.07 
 
 		 119 aa  91.7  3e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1702  ribosome-binding factor A  45.95 
 
 		 123 aa  90.5  7e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000429225 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2749  ribosome-binding factor A  40 
 
 		 123 aa  90.5  7e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1124  ribosome-binding factor A  37.19 
 
 		 121 aa  90.5  7e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.559774  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3675  ribosome-binding factor A  36.59 
 
 		 125 aa  90.5  7e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1436  ribosome-binding factor A  40.19 
 
 		 118 aa  90.1  9e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.349731  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2560  ribosome-binding factor A  42.98 
 
 		 125 aa  89.7  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00880777 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1060  ribosome-binding factor A  43.24 
 
 		 122 aa  89  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00435559  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1916  ribosome-binding factor A  43.24 
 
 		 122 aa  89  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.24329  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2563  ribosome-binding factor A  43.24 
 
 		 122 aa  89  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.240841  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1248  ribosome-binding factor A  42.15 
 
 		 125 aa  88.6  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0261774  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1754  ribosome-binding factor A  40.16 
 
 		 132 aa  88.2  3e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0297721 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1477  ribosome-binding factor A  40.16 
 
 		 132 aa  88.6  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0174  ribosome-binding factor A  41.67 
 
 		 138 aa  88.6  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0246509  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2427  ribosome-binding factor A  41.32 
 
 		 122 aa  88.6  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.224227  normal  0.907682 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1506  ribosome-binding factor A  41.67 
 
 		 138 aa  88.6  3e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3382  ribosome-binding factor A  40.16 
 
 		 125 aa  88.6  3e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0271741  normal  0.693723 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1741  ribosome-binding factor A  41.67 
 
 		 138 aa  88.6  3e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0087071  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1501  ribosome-binding factor A  40.16 
 
 		 132 aa  88.6  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.236636  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0992  ribosome-binding factor A  41.67 
 
 		 138 aa  88.6  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.197459  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1763  ribosome-binding factor A  41.67 
 
 		 138 aa  88.6  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.492617  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>