More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_1124 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_1124  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 121 aa  247  3e-65  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.559774  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1417  ribosome-binding factor A  41.96 
 
 		 169 aa  95.5  2e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0421454  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  45.79 
 
 		 127 aa  94.7  3e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0780  ribosome-binding factor A  43.36 
 
 		 151 aa  93.6  8e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.562363  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1330  ribosome-binding factor A  41.23 
 
 		 130 aa  92.8  1e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.285304  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1356  ribosome-binding factor A  41.23 
 
 		 116 aa  92.8  1e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.348543  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  44.86 
 
 		 126 aa  92.8  1e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000826248  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1427  ribosome-binding factor A  41.96 
 
 		 175 aa  91.7  3e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000533542 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3329  ribosome-binding factor A  41.59 
 
 		 156 aa  91.3  4e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.414674  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03034  ribosome-binding factor A  48.54 
 
 		 133 aa  90.5  6e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.710808  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0538  ribosome-binding factor A  48.54 
 
 		 133 aa  90.5  6e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3463  ribosome-binding factor A  48.54 
 
 		 133 aa  90.5  6e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.287723 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4488  ribosome-binding factor A  48.54 
 
 		 133 aa  90.5  6e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0531  ribosome-binding factor A  48.54 
 
 		 133 aa  90.5  6e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000335299 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  42.48 
 
 		 118 aa  90.5  6e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  42.48 
 
 		 118 aa  90.5  6e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02985  hypothetical protein  48.54 
 
 		 133 aa  90.5  6e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.757266  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  42.99 
 
 		 118 aa  90.9  6e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3651  ribosome-binding factor A  48.54 
 
 		 133 aa  90.5  6e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3359  ribosome-binding factor A  48.54 
 
 		 133 aa  90.5  6e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3604  ribosome-binding factor A  48.54 
 
 		 133 aa  90.5  6e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  42.06 
 
 		 118 aa  90.5  7e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  42.06 
 
 		 118 aa  90.5  7e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2707  ribosome-binding factor A  37.19 
 
 		 128 aa  90.5  7e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.150572 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  42.06 
 
 		 118 aa  89.7  1e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.3299500000000005e-63 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0837  ribosome-binding factor A  40.71 
 
 		 116 aa  89.4  1e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3347  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 143 aa  89.4  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.319643  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  42.06 
 
 		 118 aa  89  2e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3543  ribosome-binding factor A  45.63 
 
 		 133 aa  88.6  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  42.59 
 
 		 118 aa  89  2e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000036841  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3580  ribosome-binding factor A  45.63 
 
 		 133 aa  88.6  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3675  ribosome-binding factor A  39.25 
 
 		 125 aa  89.4  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1511  ribosome-binding factor A  37.17 
 
 		 144 aa  89  2e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.898255  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0726  ribosome-binding factor A  35.83 
 
 		 147 aa  88.6  2e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.237747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0818  ribosome-binding factor A  37.19 
 
 		 133 aa  89  2e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0100863 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3474  ribosome-binding factor A  47.57 
 
 		 133 aa  88.2  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1004  ribosome-binding factor A  35.54 
 
 		 129 aa  88.6  3e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.439697  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0458  ribosome-binding factor A  41.67 
 
 		 117 aa  88.2  3e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3642  ribosome-binding factor A  47.57 
 
 		 133 aa  88.6  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1028  ribosome-binding factor A  34.19 
 
 		 129 aa  87.8  4e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0189385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1184  ribosome-binding factor A  37.27 
 
 		 189 aa  87.8  4e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.352255 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3604  ribosome-binding factor A  40.87 
 
 		 133 aa  87.8  5e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0265365 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3474  ribosome-binding factor A  44.66 
 
 		 133 aa  87.8  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2118  Ribosome-binding factor A-like protein  38.94 
 
 		 160 aa  87.4  6e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.376562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  41.12 
 
 		 118 aa  87  7e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  41.12 
 
 		 118 aa  87  7e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  41.12 
 
 		 118 aa  87  7e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3560  ribosome-binding factor A  37.5 
 
 		 168 aa  86.3  1e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0466003  normal  0.834335 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1212  ribosome-binding factor A  38.53 
 
 		 147 aa  86.3  1e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.316878  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1445  ribosome-binding factor A  38.6 
 
 		 171 aa  85.9  2e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.084347  normal  0.20066 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0927  ribosome-binding factor A  42.48 
 
 		 119 aa  85.9  2e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.100451  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  40.19 
 
 		 131 aa  84.7  3e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000145103  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1230  ribosome-binding factor A  38.79 
 
 		 117 aa  84.7  4e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.644207  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2980  ribosome-binding factor A  42.2 
 
 		 119 aa  84.3  5e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.06185e-26 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2488  ribosome-binding factor A  38.89 
 
 		 159 aa  84.3  5e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.180348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0696  ribosome-binding factor A  35.9 
 
 		 124 aa  84.3  5e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146266  normal  0.222032 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0809  ribosome-binding factor A  43 
 
 		 132 aa  84.3  5e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0490  ribosome-binding factor A  41.75 
 
 		 136 aa  83.6  8e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.509602  normal  0.0536804 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3073  ribosome-binding factor A  36.84 
 
 		 131 aa  83.6  8e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.729556  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0818  ribosome-binding factor A  39.47 
 
 		 119 aa  83.6  8e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  37.29 
 
 		 123 aa  83.6  9e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3590  ribosome-binding factor A  42.48 
 
 		 147 aa  83.6  9e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0900161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4711  ribosome-binding factor A  35.04 
 
 		 132 aa  83.6  9e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.31631 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4711  ribosome-binding factor A  35.04 
 
 		 132 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.165962  hitchhiker  0.00698134 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0722  ribosome-binding factor A  35.04 
 
 		 132 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.041956 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4179  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 138 aa  82.8  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.308306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0780  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 133 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000489115  normal  0.0558247 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4576  ribosome-binding factor A  35.04 
 
 		 132 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.63413  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0822  ribosome-binding factor A  38.05 
 
 		 126 aa  82.8  0.000000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.329178  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0586  ribosome-binding factor A  41 
 
 		 132 aa  83.2  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1304  ribosome-binding factor A  41.28 
 
 		 119 aa  83.2  0.000000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0293197  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2315  ribosome-binding factor A  37.5 
 
 		 163 aa  83.2  0.000000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0767134 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1956  ribosome-binding factor A  37.38 
 
 		 120 aa  82.4  0.000000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4489  ribosome-binding factor A  33.61 
 
 		 138 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0856583  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0700  ribosome-binding factor A  40.35 
 
 		 119 aa  82  0.000000000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00262073  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03395  ribosome-binding factor A  34.71 
 
 		 137 aa  82.4  0.000000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1329  ribosome-binding factor A  37.29 
 
 		 156 aa  82  0.000000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00402989 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3464  ribosome-binding factor A  41 
 
 		 133 aa  82.4  0.000000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0630  ribosome-binding factor A  36.67 
 
 		 134 aa  81.6  0.000000000000003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3345  ribosome-binding factor A  42.57 
 
 		 132 aa  81.6  0.000000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.970615  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1354  ribosome-binding factor A  37.5 
 
 		 117 aa  82  0.000000000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1717  ribosome-binding factor A  37.39 
 
 		 157 aa  81.3  0.000000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.264807  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4038  ribosome-binding factor A  36.61 
 
 		 168 aa  81.3  0.000000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.173989  normal  0.432163 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3595  ribosome-binding factor A  39.42 
 
 		 136 aa  80.5  0.000000000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000837981  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002610  ribosome-binding factor A  35.54 
 
 		 131 aa  80.5  0.000000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3994  ribosome-binding factor A  39.42 
 
 		 136 aa  80.5  0.000000000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.405974  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3729  ribosome-binding factor A  39.42 
 
 		 136 aa  80.5  0.000000000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0092978  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3725  ribosome-binding factor A  44.95 
 
 		 123 aa  80.1  0.000000000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3189  ribosome-binding factor A  36.94 
 
 		 162 aa  80.1  0.000000000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0454193  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1748  ribosome-binding factor A  36.28 
 
 		 126 aa  79.7  0.00000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0187668  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1939  ribosome-binding factor A  38.18 
 
 		 116 aa  79.7  0.00000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1657  ribosome-binding factor A  38.18 
 
 		 116 aa  79.7  0.00000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0991  ribosome-binding factor A  34.71 
 
 		 143 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10330  ribosome-binding factor A  37.93 
 
 		 169 aa  79.3  0.00000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.150571  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1693  ribosome-binding factor A  36.28 
 
 		 141 aa  79  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0101873  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0610  ribosome-binding factor A  36.44 
 
 		 128 aa  79.3  0.00000000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0012936  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07020  ribosome-binding factor A  35.14 
 
 		 148 aa  79.3  0.00000000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0175  ribosome-binding factor A  33.88 
 
 		 136 aa  78.6  0.00000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.146816  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0068  ribosome-binding factor A  38.14 
 
 		 125 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00108757  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1063  ribosome-binding factor A  42.86 
 
 		 164 aa  78.6  0.00000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0689148  normal  0.0406746 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>