More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP0837 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002976  SERP0837  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 116 aa  236  5.999999999999999e-62  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1330  ribosome-binding factor A  83.62 
 
 		 130 aa  206  8e-53  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.285304  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1356  ribosome-binding factor A  83.62 
 
 		 116 aa  206  1e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.348543  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  60.18 
 
 		 127 aa  154  5.0000000000000005e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  60 
 
 		 126 aa  148  2e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000826248  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  55.75 
 
 		 118 aa  144  4.0000000000000006e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  55.75 
 
 		 118 aa  144  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  55.75 
 
 		 118 aa  144  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  54.87 
 
 		 118 aa  141  3e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000036841  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  54.87 
 
 		 118 aa  141  3e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.3299500000000005e-63 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  54.87 
 
 		 118 aa  140  4e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  53.98 
 
 		 118 aa  140  4e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  53.98 
 
 		 118 aa  140  4e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  54.87 
 
 		 118 aa  140  4e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  54.87 
 
 		 118 aa  140  5e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  53.98 
 
 		 118 aa  139  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1436  ribosome-binding factor A  46.96 
 
 		 118 aa  122  2e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.349731  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  45.95 
 
 		 131 aa  119  1.9999999999999998e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000145103  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1557  ribosome-binding factor A  45.61 
 
 		 119 aa  117  3.9999999999999996e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000452845  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3675  ribosome-binding factor A  44.95 
 
 		 125 aa  117  3.9999999999999996e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3187  ribosome-binding factor A  47.66 
 
 		 119 aa  117  6e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.11601  normal  0.332882 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1956  ribosome-binding factor A  44.86 
 
 		 120 aa  114  3e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07850  ribosome-binding factor A  45.05 
 
 		 122 aa  115  3e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0696  ribosome-binding factor A  45.71 
 
 		 124 aa  114  3.9999999999999997e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146266  normal  0.222032 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1004  ribosome-binding factor A  41.96 
 
 		 129 aa  113  6.9999999999999995e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.439697  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1230  ribosome-binding factor A  44.44 
 
 		 117 aa  113  6.9999999999999995e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.644207  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1589  ribosome-binding factor A  43.93 
 
 		 118 aa  113  1.0000000000000001e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00426148  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1693  ribosome-binding factor A  43.75 
 
 		 141 aa  112  2.0000000000000002e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0101873  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0818  ribosome-binding factor A  52.54 
 
 		 119 aa  110  8.000000000000001e-24  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1304  ribosome-binding factor A  43.24 
 
 		 119 aa  109  1.0000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0293197  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0927  ribosome-binding factor A  46.36 
 
 		 119 aa  108  2.0000000000000002e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.100451  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2980  ribosome-binding factor A  42.34 
 
 		 119 aa  108  3e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.06185e-26 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1661  ribosome-binding factor A  41.07 
 
 		 121 aa  108  3e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.661527  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1587  ribosome-binding factor A  41.12 
 
 		 118 aa  106  1e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00540002  normal  0.129345 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1902  ribosome-binding factor A  40.18 
 
 		 122 aa  105  1e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0066847  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  45.13 
 
 		 123 aa  105  2e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1644  ribosome-binding factor A  41.96 
 
 		 119 aa  104  4e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0490  ribosome-binding factor A  43.59 
 
 		 136 aa  104  5e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.509602  normal  0.0536804 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0726  ribosome-binding factor A  40.18 
 
 		 147 aa  103  6e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.237747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4179  ribosome-binding factor A  40.19 
 
 		 138 aa  103  6e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.308306  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3729  ribosome-binding factor A  42.74 
 
 		 136 aa  103  7e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0092978  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3595  ribosome-binding factor A  42.74 
 
 		 136 aa  103  7e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000837981  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3994  ribosome-binding factor A  42.74 
 
 		 136 aa  103  7e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.405974  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4711  ribosome-binding factor A  42.37 
 
 		 132 aa  102  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.165962  hitchhiker  0.00698134 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4711  ribosome-binding factor A  42.37 
 
 		 132 aa  102  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.31631 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0780  ribosome-binding factor A  40.19 
 
 		 133 aa  103  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000489115  normal  0.0558247 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42810  ribosome-binding factor A  38.26 
 
 		 129 aa  103  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4576  ribosome-binding factor A  42.37 
 
 		 132 aa  102  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.63413  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3474  ribosome-binding factor A  45.22 
 
 		 133 aa  102  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0586  ribosome-binding factor A  40.71 
 
 		 132 aa  102  1e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4489  ribosome-binding factor A  38.05 
 
 		 138 aa  102  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0856583  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0722  ribosome-binding factor A  42.37 
 
 		 132 aa  102  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.041956 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1051  ribosome-binding factor A  41.59 
 
 		 122 aa  102  2e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000570949  hitchhiker  0.000000154001 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0809  ribosome-binding factor A  41.59 
 
 		 132 aa  102  2e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3464  ribosome-binding factor A  43.36 
 
 		 133 aa  102  2e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1210  ribosome-binding factor A  43.75 
 
 		 127 aa  102  2e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00755575  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0384  ribosome-binding factor A  47.86 
 
 		 117 aa  102  2e-21  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3604  ribosome-binding factor A  45.61 
 
 		 133 aa  102  2e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0265365 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03034  ribosome-binding factor A  45.69 
 
 		 133 aa  101  3e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.710808  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0538  ribosome-binding factor A  45.69 
 
 		 133 aa  101  3e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3543  ribosome-binding factor A  44.35 
 
 		 133 aa  101  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3359  ribosome-binding factor A  45.69 
 
 		 133 aa  101  3e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0531  ribosome-binding factor A  45.69 
 
 		 133 aa  101  3e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000335299 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3651  ribosome-binding factor A  45.69 
 
 		 133 aa  101  3e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3463  ribosome-binding factor A  45.69 
 
 		 133 aa  101  3e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.287723 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3604  ribosome-binding factor A  45.69 
 
 		 133 aa  101  3e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4488  ribosome-binding factor A  45.69 
 
 		 133 aa  101  3e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02985  hypothetical protein  45.69 
 
 		 133 aa  101  3e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.757266  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3580  ribosome-binding factor A  44.35 
 
 		 133 aa  101  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0610  ribosome-binding factor A  42.86 
 
 		 128 aa  100  5e-21  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0012936  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3345  ribosome-binding factor A  43.86 
 
 		 132 aa  100  8e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.970615  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0458  ribosome-binding factor A  43.64 
 
 		 117 aa  99.8  1e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3642  ribosome-binding factor A  44.83 
 
 		 133 aa  99.8  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3474  ribosome-binding factor A  44.83 
 
 		 133 aa  99.4  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1052  ribosome-binding factor A  42.34 
 
 		 132 aa  99  2e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000164371  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0909  ribosome-binding factor A  39.64 
 
 		 121 aa  99  2e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1511  ribosome-binding factor A  39.64 
 
 		 144 aa  99  2e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.898255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1863  ribosome-binding factor A  41.23 
 
 		 126 aa  99  2e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5461  ribosome-binding factor A  38.6 
 
 		 128 aa  98.6  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.74875  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3073  ribosome-binding factor A  39.81 
 
 		 131 aa  98.6  2e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.729556  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0964  ribosome-binding factor A  40.19 
 
 		 122 aa  98.2  3e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.404033  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1466  ribosome-binding factor A  40.54 
 
 		 139 aa  97.8  4e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1947  ribosome-binding factor A  35.4 
 
 		 130 aa  97.4  6e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0382472 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62740  ribosome-binding factor A  39.25 
 
 		 129 aa  97.1  7e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.232446  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0382  ribosome-binding factor A  47.46 
 
 		 122 aa  97.1  8e-20  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3607  ribosome-binding factor A  37.39 
 
 		 129 aa  96.7  8e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.858095  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1445  ribosome-binding factor A  38.6 
 
 		 171 aa  96.3  1e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.084347  normal  0.20066 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2665  ribosome-binding factor A  41.59 
 
 		 133 aa  96.7  1e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0640591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2119  ribosome-binding factor A  41.35 
 
 		 127 aa  96.3  1e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328304  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3347  ribosome-binding factor A  35.71 
 
 		 143 aa  96.3  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.319643  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1939  ribosome-binding factor A  39.82 
 
 		 116 aa  96.3  1e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1657  ribosome-binding factor A  39.82 
 
 		 116 aa  96.3  1e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0822  ribosome-binding factor A  38.6 
 
 		 126 aa  96.3  1e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.329178  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3329  ribosome-binding factor A  36.21 
 
 		 156 aa  95.9  2e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.414674  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2451  ribosome-binding factor A  39.62 
 
 		 123 aa  95.5  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0315755  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1027  ribosome-binding factor A  38.05 
 
 		 146 aa  95.5  2e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000106496 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1092  ribosome-binding factor A  38.05 
 
 		 146 aa  95.5  2e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0591977 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2488  ribosome-binding factor A  38.53 
 
 		 159 aa  95.5  2e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.180348  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2118  Ribosome-binding factor A-like protein  35.65 
 
 		 160 aa  94.7  3e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.376562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0818  ribosome-binding factor A  39.82 
 
 		 133 aa  94.4  4e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0100863 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>