More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU1589 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1589  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 118 aa  240  5e-63  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00426148  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1587  ribosome-binding factor A  75.42 
 
 		 118 aa  190  5e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00540002  normal  0.129345 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1902  ribosome-binding factor A  61.02 
 
 		 122 aa  160  7e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0066847  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1304  ribosome-binding factor A  56.36 
 
 		 119 aa  141  3e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0293197  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2980  ribosome-binding factor A  56.36 
 
 		 119 aa  141  4e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.06185e-26 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0964  ribosome-binding factor A  55.08 
 
 		 122 aa  138  1.9999999999999998e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.404033  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1557  ribosome-binding factor A  49.57 
 
 		 119 aa  134  5e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000452845  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1670  ribosome-binding factor A  52.17 
 
 		 123 aa  131  3e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.014786  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  49.11 
 
 		 126 aa  121  2e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000826248  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  47.27 
 
 		 118 aa  115  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  47.27 
 
 		 118 aa  115  1.9999999999999998e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  45.13 
 
 		 127 aa  115  1.9999999999999998e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  47.27 
 
 		 118 aa  115  3e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000036841  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  46.36 
 
 		 118 aa  114  5e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.3299500000000005e-63 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  46.36 
 
 		 118 aa  114  6e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  46.36 
 
 		 118 aa  114  6e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0837  ribosome-binding factor A  43.93 
 
 		 116 aa  113  1.0000000000000001e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1104  ribosome-binding factor A  45.54 
 
 		 138 aa  113  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0588249  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3675  ribosome-binding factor A  45.69 
 
 		 125 aa  112  2.0000000000000002e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1232  ribosome-binding factor A  44.64 
 
 		 139 aa  112  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0340167  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1164  ribosome-binding factor A  44.64 
 
 		 138 aa  112  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.338865  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1956  ribosome-binding factor A  47.83 
 
 		 120 aa  112  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  45.79 
 
 		 118 aa  111  3e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  45.79 
 
 		 118 aa  111  3e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  46.73 
 
 		 118 aa  110  5e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  46.73 
 
 		 118 aa  110  5e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  46.73 
 
 		 118 aa  110  5e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  39.13 
 
 		 131 aa  109  1.0000000000000001e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000145103  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1356  ribosome-binding factor A  41.82 
 
 		 116 aa  107  4.0000000000000004e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.348543  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1330  ribosome-binding factor A  41.82 
 
 		 130 aa  107  4.0000000000000004e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.285304  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3187  ribosome-binding factor A  43.36 
 
 		 119 aa  106  1e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.11601  normal  0.332882 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3223  ribosome-binding factor A  42.72 
 
 		 121 aa  106  1e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.275033 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07850  ribosome-binding factor A  40.37 
 
 		 122 aa  105  2e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  43.7 
 
 		 123 aa  104  4e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1230  ribosome-binding factor A  40.54 
 
 		 117 aa  103  6e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.644207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1210  ribosome-binding factor A  45.95 
 
 		 127 aa  103  8e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00755575  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1004  ribosome-binding factor A  39.67 
 
 		 129 aa  102  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.439697  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0909  ribosome-binding factor A  43.64 
 
 		 121 aa  101  4e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1693  ribosome-binding factor A  42.86 
 
 		 141 aa  101  4e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0101873  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1143  ribosome-binding factor A  42.59 
 
 		 122 aa  101  4e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.115087 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0477  ribosome-binding factor A  43.24 
 
 		 126 aa  100  5e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00670849  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0927  ribosome-binding factor A  42.99 
 
 		 119 aa  100  8e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.100451  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1511  ribosome-binding factor A  43.4 
 
 		 144 aa  100  8e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.898255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1051  ribosome-binding factor A  40.17 
 
 		 122 aa  100  1e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000570949  hitchhiker  0.000000154001 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1661  ribosome-binding factor A  44.07 
 
 		 121 aa  99.8  1e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.661527  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3033  ribosome-binding factor A  41.59 
 
 		 129 aa  99  2e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000370905  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3329  ribosome-binding factor A  42.31 
 
 		 156 aa  98.6  2e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.414674  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1644  ribosome-binding factor A  37.93 
 
 		 119 aa  98.2  4e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2819  ribosome-binding factor A  38.98 
 
 		 123 aa  97.1  8e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2688  ribosome-binding factor A  38.98 
 
 		 123 aa  97.1  8e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1436  ribosome-binding factor A  40.35 
 
 		 118 aa  96.3  1e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.349731  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10330  ribosome-binding factor A  45.28 
 
 		 169 aa  95.5  2e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.150571  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2665  ribosome-binding factor A  41.03 
 
 		 133 aa  95.5  2e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0640591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1863  ribosome-binding factor A  40.74 
 
 		 126 aa  95.9  2e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3964  ribosome-binding factor A  42.99 
 
 		 171 aa  94.7  3e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23440  ribosome-binding factor A  41.51 
 
 		 154 aa  95.1  3e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.487539  normal  0.252109 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0458  ribosome-binding factor A  37.72 
 
 		 117 aa  95.1  3e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3189  ribosome-binding factor A  43.4 
 
 		 162 aa  94.7  3e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0454193  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1445  ribosome-binding factor A  42.99 
 
 		 171 aa  94.7  4e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.084347  normal  0.20066 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2488  ribosome-binding factor A  38.32 
 
 		 159 aa  93.2  1e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.180348  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1052  ribosome-binding factor A  37.93 
 
 		 132 aa  92.4  2e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000164371  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2118  Ribosome-binding factor A-like protein  37.74 
 
 		 160 aa  92.4  2e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.376562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0700  ribosome-binding factor A  41.67 
 
 		 119 aa  92.8  2e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00262073  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1028  ribosome-binding factor A  37.1 
 
 		 129 aa  91.7  3e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0189385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4179  ribosome-binding factor A  36.21 
 
 		 138 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.308306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4215  ribosome-binding factor A  37.5 
 
 		 123 aa  90.9  5e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0306353 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3680  ribosome-binding factor A  35.4 
 
 		 127 aa  90.9  5e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00259102  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3725  ribosome-binding factor A  42.5 
 
 		 123 aa  90.5  7e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2451  ribosome-binding factor A  40.74 
 
 		 123 aa  90.1  1e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0315755  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1020  ribosome-binding factor A  40.57 
 
 		 153 aa  89.7  1e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1329  ribosome-binding factor A  44.55 
 
 		 156 aa  90.1  1e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00402989 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1513  ribosome-binding factor A  44.23 
 
 		 150 aa  89.7  1e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.121246  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5461  ribosome-binding factor A  38.53 
 
 		 128 aa  88.6  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.74875  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4489  ribosome-binding factor A  35.78 
 
 		 138 aa  89  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0856583  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0696  ribosome-binding factor A  37.93 
 
 		 124 aa  89  2e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146266  normal  0.222032 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0780  ribosome-binding factor A  34.86 
 
 		 133 aa  88.2  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000489115  normal  0.0558247 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3073  ribosome-binding factor A  39.09 
 
 		 131 aa  88.2  3e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.729556  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62740  ribosome-binding factor A  36.21 
 
 		 129 aa  88.6  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.232446  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0726  ribosome-binding factor A  40.18 
 
 		 147 aa  88.2  3e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.237747  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4927  ribosome-binding factor A  38.05 
 
 		 132 aa  87.8  4e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.128531  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1184  ribosome-binding factor A  40.38 
 
 		 189 aa  87.8  5e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.352255 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1427  ribosome-binding factor A  37.74 
 
 		 175 aa  87.4  5e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000533542 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26151  ribosome-binding factor A  36.28 
 
 		 142 aa  87.4  7e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.549053 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1212  ribosome-binding factor A  38.68 
 
 		 147 aa  87.4  7e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.316878  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0809  ribosome-binding factor A  37.5 
 
 		 132 aa  87  8e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0901  hypothetical protein  37.29 
 
 		 122 aa  87  8e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1354  ribosome-binding factor A  36.61 
 
 		 117 aa  86.7  9e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3560  ribosome-binding factor A  37.5 
 
 		 168 aa  86.3  1e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0466003  normal  0.834335 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1131  ribosome-binding factor A  37.93 
 
 		 130 aa  86.7  1e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0305445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2895  ribosome-binding factor A  37.17 
 
 		 137 aa  86.3  1e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.437558  normal  0.0229957 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1477  ribosome-binding factor A  38.46 
 
 		 132 aa  85.9  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0586  ribosome-binding factor A  36.67 
 
 		 132 aa  85.9  2e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1423  ribosome-binding factor A  37.93 
 
 		 132 aa  85.9  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.02264 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1021  ribosome-binding factor A  38.46 
 
 		 132 aa  85.9  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1869  ribosome-binding factor A  35.9 
 
 		 131 aa  85.5  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3752  ribosome-binding factor A  37.93 
 
 		 130 aa  85.5  2e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00104734  unclonable  0.0000134979 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1383  ribosome-binding factor A  37.93 
 
 		 132 aa  85.9  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1501  ribosome-binding factor A  38.46 
 
 		 132 aa  85.9  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.236636  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01271  ribosome-binding factor A  36.75 
 
 		 130 aa  85.1  3e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3464  ribosome-binding factor A  35.14 
 
 		 133 aa  84.7  3e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>