More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_3590 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_3590  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 147 aa  289  8e-78  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0900161  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3329  ribosome-binding factor A  68.71 
 
 		 156 aa  197  3e-50  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.414674  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2118  Ribosome-binding factor A-like protein  69.34 
 
 		 160 aa  193  7e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.376562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0780  ribosome-binding factor A  77.7 
 
 		 151 aa  187  2.9999999999999997e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.562363  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10330  ribosome-binding factor A  63.27 
 
 		 169 aa  180  7e-45  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.150571  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1511  ribosome-binding factor A  61.27 
 
 		 144 aa  172  9.999999999999999e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.898255  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1513  ribosome-binding factor A  66.18 
 
 		 150 aa  167  5e-41  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.121246  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23440  ribosome-binding factor A  63.24 
 
 		 154 aa  166  7e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.487539  normal  0.252109 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1063  ribosome-binding factor A  67.94 
 
 		 164 aa  164  4e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0689148  normal  0.0406746 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1184  ribosome-binding factor A  59.18 
 
 		 189 aa  162  1.0000000000000001e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.352255 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1212  ribosome-binding factor A  58.45 
 
 		 147 aa  160  7e-39  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.316878  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1445  ribosome-binding factor A  60.14 
 
 		 171 aa  160  7e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.084347  normal  0.20066 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1329  ribosome-binding factor A  53.74 
 
 		 156 aa  160  8.000000000000001e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00402989 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3560  ribosome-binding factor A  57.55 
 
 		 168 aa  158  3e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0466003  normal  0.834335 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14590  ribosome-binding factor A  61.76 
 
 		 153 aa  155  1e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0231222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3189  ribosome-binding factor A  58.45 
 
 		 162 aa  155  1e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0454193  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7740  ribosome-binding factor A  64.23 
 
 		 152 aa  155  2e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2488  ribosome-binding factor A  60.14 
 
 		 159 aa  154  4e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.180348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1372  ribosome-binding factor A  54.42 
 
 		 156 aa  152  1e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.589597  normal  0.116766 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3964  ribosome-binding factor A  57.35 
 
 		 171 aa  151  2.9999999999999998e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1020  ribosome-binding factor A  54.61 
 
 		 153 aa  150  4e-36  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5832  ribosome-binding factor A  59.18 
 
 		 149 aa  146  8e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.154912  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2315  ribosome-binding factor A  53.9 
 
 		 163 aa  138  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0767134 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2153  ribosome-binding factor A  52.32 
 
 		 151 aa  136  1e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.10459  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1427  ribosome-binding factor A  57.66 
 
 		 175 aa  135  1e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000533542 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1417  ribosome-binding factor A  56.2 
 
 		 169 aa  135  2e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0421454  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4038  ribosome-binding factor A  52.48 
 
 		 168 aa  134  5e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.173989  normal  0.432163 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11490  ribosome-binding factor A  46.85 
 
 		 143 aa  130  5e-30  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0871158  normal  0.911894 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1717  ribosome-binding factor A  55.48 
 
 		 157 aa  130  6.999999999999999e-30  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.264807  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2209  ribosome-binding factor A  55.56 
 
 		 193 aa  129  1.0000000000000001e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000323925  decreased coverage  0.000414746 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2129  ribosome-binding factor A  51.06 
 
 		 171 aa  124  3e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.200805  normal  0.0220711 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2083  ribosome-binding factor A  51.06 
 
 		 171 aa  124  3e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2066  ribosome-binding factor A  51.06 
 
 		 171 aa  124  3e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0366548  normal  0.808495 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07020  ribosome-binding factor A  48.61 
 
 		 148 aa  123  9e-28  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1451  ribosome-binding factor A  50.7 
 
 		 145 aa  115  1.9999999999999998e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.10477  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1744  ribosome-binding factor A  45.19 
 
 		 157 aa  106  9.000000000000001e-23  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.388944  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12853  ribosome-binding factor A  54.84 
 
 		 183 aa  105  2e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  2.73354e-17  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0286  ribosome-binding factor A  44.6 
 
 		 184 aa  105  2e-22  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1304  ribosome-binding factor A  44.23 
 
 		 119 aa  104  5e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0293197  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2980  ribosome-binding factor A  44.23 
 
 		 119 aa  103  8e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.06185e-26 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  40.8 
 
 		 127 aa  101  3e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  41.35 
 
 		 126 aa  98.6  2e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000826248  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1124  ribosome-binding factor A  45.13 
 
 		 121 aa  96.3  1e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.559774  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  37.96 
 
 		 131 aa  95.5  2e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000145103  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  40.38 
 
 		 118 aa  93.2  1e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  40.38 
 
 		 118 aa  92.8  1e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  40.38 
 
 		 118 aa  92.4  2e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.3299500000000005e-63 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  40.38 
 
 		 118 aa  92  2e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  40.38 
 
 		 118 aa  92  2e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  40.38 
 
 		 118 aa  92.8  2e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000036841  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1902  ribosome-binding factor A  39.42 
 
 		 122 aa  91.7  3e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0066847  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1587  ribosome-binding factor A  40.38 
 
 		 118 aa  91.3  4e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00540002  normal  0.129345 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1589  ribosome-binding factor A  38.46 
 
 		 118 aa  90.9  5e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00426148  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  40.38 
 
 		 118 aa  90.9  5e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1661  ribosome-binding factor A  41.35 
 
 		 121 aa  90.9  5e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.661527  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  40.38 
 
 		 118 aa  90.9  5e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1436  ribosome-binding factor A  37.5 
 
 		 118 aa  90.9  5e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.349731  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  39.42 
 
 		 118 aa  89.7  1e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  39.42 
 
 		 118 aa  89.7  1e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  39.42 
 
 		 118 aa  89.7  1e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0964  ribosome-binding factor A  40.57 
 
 		 122 aa  89  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.404033  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1131  ribosome-binding factor A  38.93 
 
 		 130 aa  88.2  4e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0305445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1557  ribosome-binding factor A  37.04 
 
 		 119 aa  87.4  5e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000452845  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3187  ribosome-binding factor A  37.74 
 
 		 119 aa  87.4  6e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.11601  normal  0.332882 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07850  ribosome-binding factor A  35.19 
 
 		 122 aa  85.5  2e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1670  ribosome-binding factor A  40.38 
 
 		 123 aa  85.9  2e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.014786  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0837  ribosome-binding factor A  33.91 
 
 		 116 aa  84.7  4e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  38.1 
 
 		 123 aa  84.7  4e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3675  ribosome-binding factor A  35.14 
 
 		 125 aa  84.3  5e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0696  ribosome-binding factor A  36.21 
 
 		 124 aa  84.3  5e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146266  normal  0.222032 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3680  ribosome-binding factor A  37.14 
 
 		 127 aa  84.3  5e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00259102  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1644  ribosome-binding factor A  37.14 
 
 		 119 aa  84  7e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3752  ribosome-binding factor A  39.09 
 
 		 130 aa  84  7e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00104734  unclonable  0.0000134979 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1230  ribosome-binding factor A  39.09 
 
 		 117 aa  83.6  8e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.644207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1104  ribosome-binding factor A  37.96 
 
 		 138 aa  82.4  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0588249  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1004  ribosome-binding factor A  36.36 
 
 		 129 aa  82  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.439697  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1354  ribosome-binding factor A  38.39 
 
 		 117 aa  82  0.000000000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1210  ribosome-binding factor A  39.6 
 
 		 127 aa  82  0.000000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00755575  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1356  ribosome-binding factor A  32.17 
 
 		 116 aa  82  0.000000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.348543  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1164  ribosome-binding factor A  37.96 
 
 		 138 aa  81.6  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.338865  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1330  ribosome-binding factor A  32.17 
 
 		 130 aa  82  0.000000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.285304  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3725  ribosome-binding factor A  42.45 
 
 		 123 aa  81.6  0.000000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0927  ribosome-binding factor A  38.46 
 
 		 119 aa  81.3  0.000000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.100451  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0458  ribosome-binding factor A  36.21 
 
 		 117 aa  81.3  0.000000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4711  ribosome-binding factor A  39.09 
 
 		 132 aa  80.5  0.000000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.31631 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4711  ribosome-binding factor A  39.09 
 
 		 132 aa  80.5  0.000000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.165962  hitchhiker  0.00698134 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0722  ribosome-binding factor A  39.09 
 
 		 132 aa  80.5  0.000000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.041956 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4576  ribosome-binding factor A  39.09 
 
 		 132 aa  80.5  0.000000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.63413  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1939  ribosome-binding factor A  39.64 
 
 		 116 aa  80.1  0.00000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1657  ribosome-binding factor A  39.64 
 
 		 116 aa  80.1  0.00000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1956  ribosome-binding factor A  33.04 
 
 		 120 aa  79.7  0.00000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1232  ribosome-binding factor A  38.41 
 
 		 139 aa  79.7  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0340167  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4927  ribosome-binding factor A  37.07 
 
 		 132 aa  79  0.00000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.128531  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2665  ribosome-binding factor A  38.89 
 
 		 133 aa  79.3  0.00000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0640591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1028  ribosome-binding factor A  36.52 
 
 		 129 aa  77.8  0.00000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0189385  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0838  ribosome-binding factor A  34.68 
 
 		 134 aa  76.3  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.102995 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1143  ribosome-binding factor A  34.45 
 
 		 122 aa  76.3  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.115087 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3347  ribosome-binding factor A  33.56 
 
 		 143 aa  76.6  0.0000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.319643  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2895  ribosome-binding factor A  37.07 
 
 		 137 aa  76.3  0.0000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.437558  normal  0.0229957 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0818  ribosome-binding factor A  37.5 
 
 		 119 aa  76.3  0.0000000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>