296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3560 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3560  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 168 aa  325  2.0000000000000001e-88  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0466003  normal  0.834335 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1184  ribosome-binding factor A  83.69 
 
 		 189 aa  232  2.0000000000000002e-60  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.352255 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2118  Ribosome-binding factor A-like protein  61.76 
 
 		 160 aa  165  2e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.376562  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3964  ribosome-binding factor A  60.58 
 
 		 171 aa  160  9e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3329  ribosome-binding factor A  56.62 
 
 		 156 aa  150  1e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.414674  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1511  ribosome-binding factor A  56.2 
 
 		 144 aa  149  3e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.898255  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10330  ribosome-binding factor A  56.12 
 
 		 169 aa  148  3e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.150571  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0780  ribosome-binding factor A  60.28 
 
 		 151 aa  146  1.0000000000000001e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.562363  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11490  ribosome-binding factor A  52.9 
 
 		 143 aa  146  1.0000000000000001e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0871158  normal  0.911894 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1445  ribosome-binding factor A  55.07 
 
 		 171 aa  145  4.0000000000000006e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.084347  normal  0.20066 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23440  ribosome-binding factor A  52.05 
 
 		 154 aa  144  8.000000000000001e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.487539  normal  0.252109 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1020  ribosome-binding factor A  51.02 
 
 		 153 aa  143  1e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1513  ribosome-binding factor A  61.03 
 
 		 150 aa  143  1e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.121246  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3189  ribosome-binding factor A  53.09 
 
 		 162 aa  143  1e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0454193  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1329  ribosome-binding factor A  52.94 
 
 		 156 aa  142  2e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00402989 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3590  ribosome-binding factor A  57.55 
 
 		 147 aa  140  9e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0900161  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07020  ribosome-binding factor A  53.52 
 
 		 148 aa  138  4.999999999999999e-32  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1212  ribosome-binding factor A  53.79 
 
 		 147 aa  137  6e-32  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.316878  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2315  ribosome-binding factor A  52.14 
 
 		 163 aa  136  1e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0767134 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5832  ribosome-binding factor A  54.97 
 
 		 149 aa  135  2e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.154912  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1063  ribosome-binding factor A  59.38 
 
 		 164 aa  136  2e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0689148  normal  0.0406746 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1427  ribosome-binding factor A  55.71 
 
 		 175 aa  135  3.0000000000000003e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000533542 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1372  ribosome-binding factor A  50 
 
 		 156 aa  135  4e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.589597  normal  0.116766 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4038  ribosome-binding factor A  51.43 
 
 		 168 aa  134  5e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.173989  normal  0.432163 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2488  ribosome-binding factor A  57.97 
 
 		 159 aa  134  7.000000000000001e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.180348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1417  ribosome-binding factor A  52.14 
 
 		 169 aa  134  7.000000000000001e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0421454  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2153  ribosome-binding factor A  51.66 
 
 		 151 aa  133  9e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.10459  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14590  ribosome-binding factor A  58.4 
 
 		 153 aa  133  9.999999999999999e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0231222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2066  ribosome-binding factor A  54.29 
 
 		 171 aa  125  3e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0366548  normal  0.808495 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2083  ribosome-binding factor A  54.29 
 
 		 171 aa  125  3e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2129  ribosome-binding factor A  54.29 
 
 		 171 aa  125  3e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.200805  normal  0.0220711 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7740  ribosome-binding factor A  56.72 
 
 		 152 aa  123  9e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1717  ribosome-binding factor A  51.06 
 
 		 157 aa  120  7e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.264807  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2209  ribosome-binding factor A  50.97 
 
 		 193 aa  115  3e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000323925  decreased coverage  0.000414746 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1451  ribosome-binding factor A  50 
 
 		 145 aa  115  3e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.10477  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1744  ribosome-binding factor A  45.59 
 
 		 157 aa  114  6e-25  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.388944  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0286  ribosome-binding factor A  44.93 
 
 		 184 aa  109  2.0000000000000002e-23  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12853  ribosome-binding factor A  50.81 
 
 		 183 aa  98.2  5e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  2.73354e-17  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2980  ribosome-binding factor A  35.58 
 
 		 119 aa  90.1  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.06185e-26 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1304  ribosome-binding factor A  35.58 
 
 		 119 aa  90.5  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0293197  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1589  ribosome-binding factor A  37.5 
 
 		 118 aa  86.3  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00426148  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1124  ribosome-binding factor A  37.5 
 
 		 121 aa  86.3  2e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.559774  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0696  ribosome-binding factor A  40 
 
 		 124 aa  84.3  7e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146266  normal  0.222032 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1902  ribosome-binding factor A  34.62 
 
 		 122 aa  82.8  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0066847  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  39.42 
 
 		 126 aa  82.8  0.000000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000826248  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  38.46 
 
 		 127 aa  82  0.000000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1557  ribosome-binding factor A  36.45 
 
 		 119 aa  80.5  0.000000000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000452845  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  31.78 
 
 		 131 aa  80.1  0.00000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000145103  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1164  ribosome-binding factor A  38.6 
 
 		 138 aa  79.7  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.338865  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07850  ribosome-binding factor A  40.4 
 
 		 122 aa  79.3  0.00000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1104  ribosome-binding factor A  38.6 
 
 		 138 aa  79.7  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0588249  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1232  ribosome-binding factor A  38.6 
 
 		 139 aa  79.7  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0340167  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0477  ribosome-binding factor A  34.55 
 
 		 126 aa  79  0.00000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00670849  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1670  ribosome-binding factor A  35.58 
 
 		 123 aa  78.6  0.00000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.014786  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0964  ribosome-binding factor A  35.71 
 
 		 122 aa  78.6  0.00000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.404033  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1587  ribosome-binding factor A  32.69 
 
 		 118 aa  77.4  0.00000000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00540002  normal  0.129345 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  37.36 
 
 		 118 aa  76.6  0.0000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0837  ribosome-binding factor A  31.58 
 
 		 116 aa  76.3  0.0000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  37.36 
 
 		 118 aa  76.6  0.0000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  37.36 
 
 		 118 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.3299500000000005e-63 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  31.97 
 
 		 118 aa  76.6  0.0000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1356  ribosome-binding factor A  30.97 
 
 		 116 aa  75.9  0.0000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.348543  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  31.97 
 
 		 118 aa  76.6  0.0000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1330  ribosome-binding factor A  30.97 
 
 		 130 aa  75.9  0.0000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.285304  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  31.97 
 
 		 118 aa  76.6  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  37.36 
 
 		 118 aa  75.5  0.0000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000036841  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  37.36 
 
 		 118 aa  75.5  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  37.36 
 
 		 118 aa  75.9  0.0000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  37.36 
 
 		 118 aa  75.9  0.0000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1143  ribosome-binding factor A  31.93 
 
 		 122 aa  75.5  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.115087 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  37.36 
 
 		 118 aa  75.5  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1354  ribosome-binding factor A  40.91 
 
 		 117 aa  75.1  0.0000000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3464  ribosome-binding factor A  35.65 
 
 		 133 aa  74.7  0.0000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0822  ribosome-binding factor A  37.5 
 
 		 126 aa  73.9  0.000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.329178  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1693  ribosome-binding factor A  36.84 
 
 		 141 aa  72.8  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0101873  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1661  ribosome-binding factor A  42.05 
 
 		 121 aa  72.4  0.000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.661527  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2895  ribosome-binding factor A  37.29 
 
 		 137 aa  72.8  0.000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.437558  normal  0.0229957 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08030  ribosome-binding factor A  35.9 
 
 		 118 aa  72.8  0.000000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.536354  normal  0.36831 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3345  ribosome-binding factor A  33.91 
 
 		 132 aa  72.8  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.970615  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3474  ribosome-binding factor A  35.65 
 
 		 133 aa  72.4  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1051  ribosome-binding factor A  34.78 
 
 		 122 aa  72  0.000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000570949  hitchhiker  0.000000154001 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3642  ribosome-binding factor A  35.65 
 
 		 133 aa  72.4  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0726  ribosome-binding factor A  35.88 
 
 		 147 aa  71.6  0.000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.237747  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0586  ribosome-binding factor A  35.19 
 
 		 132 aa  71.6  0.000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4711  ribosome-binding factor A  40.19 
 
 		 132 aa  71.6  0.000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.31631 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4711  ribosome-binding factor A  40 
 
 		 132 aa  71.6  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.165962  hitchhiker  0.00698134 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4576  ribosome-binding factor A  40 
 
 		 132 aa  71.6  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.63413  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0722  ribosome-binding factor A  40 
 
 		 132 aa  71.6  0.000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.041956 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0809  ribosome-binding factor A  34.26 
 
 		 132 aa  71.6  0.000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2030  ribosome-binding factor A  36.7 
 
 		 123 aa  71.6  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0111953  normal  0.0437908 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0838  ribosome-binding factor A  37.8 
 
 		 134 aa  71.2  0.000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.102995 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3580  ribosome-binding factor A  34.78 
 
 		 133 aa  71.2  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3543  ribosome-binding factor A  34.78 
 
 		 133 aa  71.2  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1436  ribosome-binding factor A  30.36 
 
 		 118 aa  71.2  0.000000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.349731  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1644  ribosome-binding factor A  31.43 
 
 		 119 aa  70.9  0.000000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1939  ribosome-binding factor A  33.04 
 
 		 116 aa  70.9  0.000000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1657  ribosome-binding factor A  33.04 
 
 		 116 aa  70.9  0.000000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0538  ribosome-binding factor A  34.78 
 
 		 133 aa  70.9  0.000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3651  ribosome-binding factor A  34.78 
 
 		 133 aa  70.9  0.000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3359  ribosome-binding factor A  34.78 
 
 		 133 aa  70.9  0.000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>