245 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2557 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_2557  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 198 aa  397  9.999999999999999e-111  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.108447  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2773  ribosome-binding factor A  34.85 
 
 		 136 aa  85.5  4e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0909  ribosome-binding factor A  36.84 
 
 		 121 aa  82.4  0.000000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1644  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 119 aa  78.6  0.00000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  31.67 
 
 		 123 aa  76.6  0.0000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1587  ribosome-binding factor A  30 
 
 		 118 aa  75.5  0.0000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00540002  normal  0.129345 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0319  ribosome-binding factor A  35.4 
 
 		 122 aa  74.3  0.000000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3752  ribosome-binding factor A  34.38 
 
 		 130 aa  73.2  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00104734  unclonable  0.0000134979 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3223  ribosome-binding factor A  36.45 
 
 		 121 aa  73.2  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.275033 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  28.91 
 
 		 131 aa  72.4  0.000000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000145103  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1131  ribosome-binding factor A  34.86 
 
 		 130 aa  71.2  0.000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0305445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0458  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 117 aa  71.2  0.000000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0696  ribosome-binding factor A  34.91 
 
 		 124 aa  71.6  0.000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146266  normal  0.222032 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3187  ribosome-binding factor A  32.73 
 
 		 119 aa  70.9  0.00000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.11601  normal  0.332882 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1902  ribosome-binding factor A  30.77 
 
 		 122 aa  70.9  0.00000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0066847  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07850  ribosome-binding factor A  31.53 
 
 		 122 aa  70.1  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1557  ribosome-binding factor A  30.84 
 
 		 119 aa  69.7  0.00000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000452845  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3675  ribosome-binding factor A  30.33 
 
 		 125 aa  69.3  0.00000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1589  ribosome-binding factor A  30.91 
 
 		 118 aa  68.6  0.00000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00426148  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  29.03 
 
 		 127 aa  68.9  0.00000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1210  ribosome-binding factor A  30 
 
 		 127 aa  68.6  0.00000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00755575  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1661  ribosome-binding factor A  30.91 
 
 		 121 aa  68.2  0.00000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.661527  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0901  hypothetical protein  30.97 
 
 		 122 aa  68.2  0.00000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0341  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 134 aa  67.8  0.00000000009  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0873  ribosome-binding factor A  35.24 
 
 		 118 aa  68.2  0.00000000009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000231797  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0982  ribosome-binding factor A  34.29 
 
 		 118 aa  67.4  0.0000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.385895  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_854  ribosome-binding factor A  34.29 
 
 		 118 aa  67.8  0.0000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000358033  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3680  ribosome-binding factor A  29.46 
 
 		 127 aa  67.4  0.0000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00259102  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0927  ribosome-binding factor A  34.07 
 
 		 119 aa  67.4  0.0000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.100451  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  30 
 
 		 118 aa  66.6  0.0000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  30 
 
 		 118 aa  66.6  0.0000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  30 
 
 		 118 aa  66.6  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01851  ribosome-binding factor A  34.69 
 
 		 123 aa  67  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.30308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1480  ribosome-binding factor A  34.69 
 
 		 123 aa  66.2  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.243092  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  28.18 
 
 		 126 aa  65.9  0.0000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000826248  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2665  ribosome-binding factor A  30.08 
 
 		 133 aa  65.5  0.0000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0640591  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1232  ribosome-binding factor A  33.64 
 
 		 139 aa  65.5  0.0000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0340167  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1164  ribosome-binding factor A  33.64 
 
 		 138 aa  65.1  0.0000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.338865  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1104  ribosome-binding factor A  33.64 
 
 		 138 aa  65.1  0.0000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0588249  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0769  ribosome-binding factor A  31.75 
 
 		 124 aa  64.7  0.0000000008  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1021  ribosome-binding factor A  32.74 
 
 		 132 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1501  ribosome-binding factor A  32.74 
 
 		 132 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.236636  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1477  ribosome-binding factor A  32.74 
 
 		 132 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  30 
 
 		 118 aa  63.9  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.3299500000000005e-63 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  30 
 
 		 118 aa  63.9  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  31.96 
 
 		 118 aa  63.5  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  31.96 
 
 		 118 aa  63.5  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  31.96 
 
 		 118 aa  63.5  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2350  ribosome-binding factor A  32.32 
 
 		 140 aa  63.9  0.000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.840269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  31.96 
 
 		 118 aa  63.5  0.000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  30 
 
 		 118 aa  63.9  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000036841  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  31.96 
 
 		 118 aa  63.5  0.000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1304  ribosome-binding factor A  25.64 
 
 		 119 aa  63.2  0.000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0293197  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2119  ribosome-binding factor A  36.19 
 
 		 127 aa  62.8  0.000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328304  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1423  ribosome-binding factor A  31.86 
 
 		 132 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.02264 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1383  ribosome-binding factor A  31.86 
 
 		 132 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2980  ribosome-binding factor A  25.64 
 
 		 119 aa  63.2  0.000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.06185e-26 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1956  ribosome-binding factor A  30 
 
 		 120 aa  62.8  0.000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3329  ribosome-binding factor A  35.16 
 
 		 156 aa  62.4  0.000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.414674  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01271  ribosome-binding factor A  32.99 
 
 		 130 aa  62.4  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1670  ribosome-binding factor A  30.63 
 
 		 123 aa  62  0.000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.014786  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2135  ribosome-binding factor A  41.56 
 
 		 122 aa  61.6  0.000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0168697  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1863  ribosome-binding factor A  27.97 
 
 		 126 aa  60.5  0.00000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1436  ribosome-binding factor A  38.96 
 
 		 118 aa  60.8  0.00000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.349731  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1427  ribosome-binding factor A  32.08 
 
 		 175 aa  60.8  0.00000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000533542 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1230  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 117 aa  60.5  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.644207  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0964  ribosome-binding factor A  28.46 
 
 		 122 aa  60.8  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.404033  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14590  ribosome-binding factor A  38.37 
 
 		 153 aa  60.8  0.00000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0231222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1754  ribosome-binding factor A  32.11 
 
 		 132 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0297721 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0072  ribosome-binding factor A  32.99 
 
 		 131 aa  59.3  0.00000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2010  ribosome-binding factor A  44.16 
 
 		 122 aa  59.7  0.00000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.142179  normal  0.57147 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2895  ribosome-binding factor A  26.95 
 
 		 137 aa  58.9  0.00000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.437558  normal  0.0229957 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1329  ribosome-binding factor A  32.97 
 
 		 156 aa  58.9  0.00000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00402989 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26151  ribosome-binding factor A  27.78 
 
 		 142 aa  59.3  0.00000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.549053 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0837  ribosome-binding factor A  28.26 
 
 		 116 aa  58.9  0.00000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1051  ribosome-binding factor A  33.91 
 
 		 122 aa  58.9  0.00000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000570949  hitchhiker  0.000000154001 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1143  ribosome-binding factor A  29.84 
 
 		 122 aa  58.5  0.00000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.115087 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4927  ribosome-binding factor A  30.77 
 
 		 132 aa  58.2  0.00000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.128531  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0072  ribosome-binding factor A  31.96 
 
 		 131 aa  58.2  0.00000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.884445  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0355  ribosome-binding factor A  31.63 
 
 		 137 aa  58.2  0.00000009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.417644  normal  0.687785 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1417  ribosome-binding factor A  32.61 
 
 		 169 aa  57.8  0.00000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0421454  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1869  ribosome-binding factor A  30.85 
 
 		 131 aa  57.4  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1105  ribosome-binding factor A  29.84 
 
 		 132 aa  57.4  0.0000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.657587  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42810  ribosome-binding factor A  28.83 
 
 		 129 aa  57  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3345  ribosome-binding factor A  27.78 
 
 		 132 aa  57.4  0.0000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.970615  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2488  ribosome-binding factor A  31.13 
 
 		 159 aa  57  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.180348  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0809  ribosome-binding factor A  27.07 
 
 		 132 aa  56.6  0.0000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0780  ribosome-binding factor A  33.7 
 
 		 151 aa  56.2  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.562363  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2030  ribosome-binding factor A  34.44 
 
 		 123 aa  56.2  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0111953  normal  0.0437908 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0838  ribosome-binding factor A  28.57 
 
 		 134 aa  55.8  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.102995 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2027  ribosome-binding factor A  30.77 
 
 		 122 aa  55.8  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.373244  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1513  ribosome-binding factor A  36.56 
 
 		 150 aa  55.8  0.0000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.121246  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0586  ribosome-binding factor A  26.32 
 
 		 132 aa  55.8  0.0000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1004  ribosome-binding factor A  34.44 
 
 		 129 aa  55.5  0.0000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.439697  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0068  ribosome-binding factor A  37.37 
 
 		 125 aa  55.5  0.0000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00108757  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4711  ribosome-binding factor A  30.84 
 
 		 132 aa  55.1  0.0000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.165962  hitchhiker  0.00698134 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4576  ribosome-binding factor A  30.84 
 
 		 132 aa  55.1  0.0000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.63413  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2815  ribosome-binding factor A  28.46 
 
 		 122 aa  55.1  0.0000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.473664  hitchhiker  0.00211169 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1920  ribosome-binding factor A  30.84 
 
 		 130 aa  54.7  0.0000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0348034  normal  0.0643403 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0070  ribosome-binding factor A  30.15 
 
 		 134 aa  54.7  0.0000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.196892  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>