298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_1423 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_1383  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 132 aa  272  1.0000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1423  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 132 aa  272  1.0000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.02264 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1477  ribosome-binding factor A  97.73 
 
 		 132 aa  268  2e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1021  ribosome-binding factor A  97.73 
 
 		 132 aa  268  2e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1501  ribosome-binding factor A  97.73 
 
 		 132 aa  268  2e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.236636  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1754  ribosome-binding factor A  93.94 
 
 		 132 aa  257  3e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0297721 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4642  ribosome-binding factor A  98.31 
 
 		 132 aa  242  1.9999999999999999e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0378959  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2563  ribosome-binding factor A  91.8 
 
 		 122 aa  236  1e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.240841  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1060  ribosome-binding factor A  91.8 
 
 		 122 aa  235  2e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00435559  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1916  ribosome-binding factor A  91.8 
 
 		 122 aa  235  2e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.24329  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1763  ribosome-binding factor A  91.8 
 
 		 138 aa  234  3e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.492617  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0992  ribosome-binding factor A  91.8 
 
 		 138 aa  234  3e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.197459  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1506  ribosome-binding factor A  91.8 
 
 		 138 aa  234  3e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0174  ribosome-binding factor A  91.8 
 
 		 138 aa  234  3e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0246509  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1741  ribosome-binding factor A  91.8 
 
 		 138 aa  234  3e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0087071  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1728  ribosome-binding factor A  87.7 
 
 		 143 aa  223  6e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.403197  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2819  ribosome-binding factor A  83.61 
 
 		 121 aa  214  4e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00171915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1633  ribosome-binding factor A  83.61 
 
 		 121 aa  213  7e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.100642  hitchhiker  0.000771704 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1290  ribosome-binding factor A  65 
 
 		 123 aa  177  4e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0532539  normal  0.658202 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1118  ribosome-binding factor A  65.83 
 
 		 123 aa  177  4.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.614248  normal  0.630529 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1211  ribosome-binding factor A  65.83 
 
 		 123 aa  177  4.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0722597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2991  ribosome-binding factor A  65.29 
 
 		 123 aa  177  5.999999999999999e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0708502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2427  ribosome-binding factor A  63.93 
 
 		 122 aa  176  7e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.224227  normal  0.907682 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3382  ribosome-binding factor A  64.52 
 
 		 125 aa  176  1e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0271741  normal  0.693723 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2749  ribosome-binding factor A  66.67 
 
 		 123 aa  174  3e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2010  ribosome-binding factor A  63.93 
 
 		 122 aa  174  3e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.142179  normal  0.57147 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2560  ribosome-binding factor A  63.71 
 
 		 125 aa  172  1.9999999999999998e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00880777 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1248  ribosome-binding factor A  63.71 
 
 		 125 aa  172  1.9999999999999998e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0261774  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2030  ribosome-binding factor A  60.16 
 
 		 123 aa  172  1.9999999999999998e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0111953  normal  0.0437908 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2135  ribosome-binding factor A  63.11 
 
 		 122 aa  171  3.9999999999999995e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0168697  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2027  ribosome-binding factor A  60.66 
 
 		 122 aa  170  5e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.373244  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1920  ribosome-binding factor A  62.1 
 
 		 130 aa  167  3e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0348034  normal  0.0643403 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1702  ribosome-binding factor A  61.29 
 
 		 123 aa  162  1.0000000000000001e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000429225 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1226  ribosome-binding factor A  55.83 
 
 		 122 aa  153  8e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.333897  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1092  ribosome-binding factor A  55.83 
 
 		 122 aa  153  9e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.378347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2748  ribosome-binding factor A  58.2 
 
 		 120 aa  152  2e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.131099  normal  0.170197 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1693  ribosome-binding factor A  46.72 
 
 		 141 aa  120  5e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0101873  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2451  ribosome-binding factor A  45.61 
 
 		 123 aa  116  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0315755  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1863  ribosome-binding factor A  48.15 
 
 		 126 aa  112  2.0000000000000002e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5461  ribosome-binding factor A  43.44 
 
 		 128 aa  110  6e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.74875  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62740  ribosome-binding factor A  46.36 
 
 		 129 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.232446  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0726  ribosome-binding factor A  47.66 
 
 		 147 aa  109  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.237747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3607  ribosome-binding factor A  41.94 
 
 		 129 aa  107  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.858095  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1004  ribosome-binding factor A  47.11 
 
 		 129 aa  106  9.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.439697  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1947  ribosome-binding factor A  45.08 
 
 		 130 aa  104  5e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0382472 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4711  ribosome-binding factor A  42.74 
 
 		 132 aa  102  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.165962  hitchhiker  0.00698134 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4179  ribosome-binding factor A  39.84 
 
 		 138 aa  102  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.308306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4576  ribosome-binding factor A  42.74 
 
 		 132 aa  102  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.63413  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0722  ribosome-binding factor A  42.74 
 
 		 132 aa  102  3e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.041956 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4489  ribosome-binding factor A  39.84 
 
 		 138 aa  101  4e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0856583  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4711  ribosome-binding factor A  43.64 
 
 		 132 aa  100  5e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.31631 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0780  ribosome-binding factor A  44.55 
 
 		 133 aa  99.4  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000489115  normal  0.0558247 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0696  ribosome-binding factor A  44.25 
 
 		 124 aa  98.6  3e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146266  normal  0.222032 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2819  ribosome-binding factor A  44.35 
 
 		 123 aa  97.8  4e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2688  ribosome-binding factor A  44.35 
 
 		 123 aa  97.8  4e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0068  ribosome-binding factor A  41.18 
 
 		 125 aa  97.8  4e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00108757  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42810  ribosome-binding factor A  40.54 
 
 		 129 aa  96.3  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0818  ribosome-binding factor A  39.45 
 
 		 133 aa  94.4  5e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0100863 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2204  ribosome-binding factor A  36.51 
 
 		 142 aa  92.8  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3347  ribosome-binding factor A  37.59 
 
 		 143 aa  91.7  3e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.319643  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1028  ribosome-binding factor A  39.52 
 
 		 129 aa  90.5  6e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0189385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3073  ribosome-binding factor A  40.57 
 
 		 131 aa  89  2e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.729556  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3464  ribosome-binding factor A  35.94 
 
 		 133 aa  89  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0909  ribosome-binding factor A  40.19 
 
 		 121 aa  88.2  4e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0490  ribosome-binding factor A  34.09 
 
 		 136 aa  86.3  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.509602  normal  0.0536804 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2707  ribosome-binding factor A  38.52 
 
 		 128 aa  86.3  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.150572 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1589  ribosome-binding factor A  37.93 
 
 		 118 aa  85.9  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00426148  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002610  ribosome-binding factor A  36.61 
 
 		 131 aa  85.5  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0586  ribosome-binding factor A  36.45 
 
 		 132 aa  85.1  3e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3595  ribosome-binding factor A  34.23 
 
 		 136 aa  84.3  5e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000837981  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3994  ribosome-binding factor A  34.23 
 
 		 136 aa  84.3  5e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.405974  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3729  ribosome-binding factor A  34.23 
 
 		 136 aa  84.3  5e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0092978  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0837  ribosome-binding factor A  36.89 
 
 		 116 aa  83.6  8e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1230  ribosome-binding factor A  35.24 
 
 		 117 aa  83.2  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.644207  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0809  ribosome-binding factor A  35.51 
 
 		 132 aa  83.2  0.000000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2773  ribosome-binding factor A  37.31 
 
 		 136 aa  82.4  0.000000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1902  ribosome-binding factor A  33.9 
 
 		 122 aa  82.4  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0066847  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3345  ribosome-binding factor A  35.51 
 
 		 132 aa  82.4  0.000000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.970615  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1599  ribosome-binding factor A  36.44 
 
 		 119 aa  81.6  0.000000000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00660683  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1330  ribosome-binding factor A  35.14 
 
 		 130 aa  81.6  0.000000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.285304  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03395  ribosome-binding factor A  33.88 
 
 		 137 aa  81.6  0.000000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0822  ribosome-binding factor A  38.68 
 
 		 126 aa  82  0.000000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.329178  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0564  ribosome-binding factor A  36.44 
 
 		 119 aa  81.6  0.000000000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1205  ribosome-binding factor A  33.58 
 
 		 147 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2119  ribosome-binding factor A  37.19 
 
 		 127 aa  81.3  0.000000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328304  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1304  ribosome-binding factor A  35.04 
 
 		 119 aa  81.3  0.000000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0293197  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1031  ribosome-binding factor A  33.62 
 
 		 146 aa  80.5  0.000000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.571877  hitchhiker  0.000026303 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3604  ribosome-binding factor A  34.62 
 
 		 133 aa  80.5  0.000000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0265365 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0538  ribosome-binding factor A  35.34 
 
 		 133 aa  79.7  0.00000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0531  ribosome-binding factor A  35.34 
 
 		 133 aa  79.7  0.00000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000335299 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3359  ribosome-binding factor A  35.34 
 
 		 133 aa  79.7  0.00000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4488  ribosome-binding factor A  35.34 
 
 		 133 aa  79.7  0.00000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2980  ribosome-binding factor A  34.19 
 
 		 119 aa  79.7  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.06185e-26 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1356  ribosome-binding factor A  34.86 
 
 		 116 aa  79.7  0.00000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.348543  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3463  ribosome-binding factor A  35.34 
 
 		 133 aa  79.7  0.00000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.287723 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1027  ribosome-binding factor A  32.76 
 
 		 146 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000106496 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1092  ribosome-binding factor A  32.76 
 
 		 146 aa  79.3  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0591977 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3604  ribosome-binding factor A  35.34 
 
 		 133 aa  79.7  0.00000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0175  ribosome-binding factor A  33.86 
 
 		 136 aa  79.7  0.00000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.146816  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3675  ribosome-binding factor A  32.79 
 
 		 125 aa  79.7  0.00000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>