More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_854 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013552  DhcVS_854  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 118 aa  243  6e-64  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000358033  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0982  ribosome-binding factor A  93.22 
 
 		 118 aa  232  1.0000000000000001e-60  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.385895  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0873  ribosome-binding factor A  93.22 
 
 		 118 aa  228  2e-59  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000231797  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  39.17 
 
 		 123 aa  103  1e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2119  ribosome-binding factor A  39.29 
 
 		 127 aa  96.3  1e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328304  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0458  ribosome-binding factor A  36.7 
 
 		 117 aa  94  7e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0927  ribosome-binding factor A  39.82 
 
 		 119 aa  87.8  5e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.100451  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1210  ribosome-binding factor A  36.54 
 
 		 127 aa  87.4  6e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00755575  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0068  ribosome-binding factor A  37.74 
 
 		 125 aa  86.3  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00108757  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0564  ribosome-binding factor A  38.98 
 
 		 119 aa  85.5  2e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1599  ribosome-binding factor A  38.98 
 
 		 119 aa  85.5  2e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00660683  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2665  ribosome-binding factor A  33.9 
 
 		 133 aa  84.7  4e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0640591  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07850  ribosome-binding factor A  34.86 
 
 		 122 aa  84.7  4e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0726  ribosome-binding factor A  35.19 
 
 		 147 aa  84  6e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.237747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1644  ribosome-binding factor A  30.43 
 
 		 119 aa  84  7e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1939  ribosome-binding factor A  32.14 
 
 		 116 aa  83.6  9e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1657  ribosome-binding factor A  32.14 
 
 		 116 aa  83.6  9e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42810  ribosome-binding factor A  33.93 
 
 		 129 aa  83.2  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0962  ribosome-binding factor A  35.78 
 
 		 137 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.394859  normal  0.0786715 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2895  ribosome-binding factor A  32.2 
 
 		 137 aa  82.4  0.000000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.437558  normal  0.0229957 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0909  ribosome-binding factor A  37.84 
 
 		 121 aa  81.6  0.000000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  37.61 
 
 		 131 aa  81.6  0.000000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000145103  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4927  ribosome-binding factor A  32.46 
 
 		 132 aa  81.6  0.000000000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.128531  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2451  ribosome-binding factor A  35.29 
 
 		 123 aa  80.9  0.000000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0315755  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2819  ribosome-binding factor A  32.11 
 
 		 123 aa  80.1  0.000000000000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4179  ribosome-binding factor A  31.93 
 
 		 138 aa  80.1  0.000000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.308306  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4711  ribosome-binding factor A  34.23 
 
 		 132 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.31631 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4711  ribosome-binding factor A  34.23 
 
 		 132 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.165962  hitchhiker  0.00698134 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3675  ribosome-binding factor A  34.78 
 
 		 125 aa  79.7  0.00000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4489  ribosome-binding factor A  30.51 
 
 		 138 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0856583  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2688  ribosome-binding factor A  32.11 
 
 		 123 aa  80.1  0.00000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0722  ribosome-binding factor A  34.23 
 
 		 132 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.041956 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4576  ribosome-binding factor A  34.23 
 
 		 132 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.63413  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1587  ribosome-binding factor A  31.3 
 
 		 118 aa  78.2  0.00000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00540002  normal  0.129345 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2773  ribosome-binding factor A  34.29 
 
 		 136 aa  78.6  0.00000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3607  ribosome-binding factor A  32.14 
 
 		 129 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.858095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0818  ribosome-binding factor A  33.02 
 
 		 133 aa  78.6  0.00000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0100863 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0780  ribosome-binding factor A  30.4 
 
 		 133 aa  78.2  0.00000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000489115  normal  0.0558247 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3223  ribosome-binding factor A  33.65 
 
 		 121 aa  78.2  0.00000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.275033 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1693  ribosome-binding factor A  33.64 
 
 		 141 aa  77.8  0.00000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0101873  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03034  ribosome-binding factor A  32.48 
 
 		 133 aa  77.4  0.00000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.710808  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0538  ribosome-binding factor A  32.48 
 
 		 133 aa  77.4  0.00000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1105  ribosome-binding factor A  39.6 
 
 		 132 aa  77.4  0.00000000000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.657587  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3463  ribosome-binding factor A  32.48 
 
 		 133 aa  77.4  0.00000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.287723 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3359  ribosome-binding factor A  32.48 
 
 		 133 aa  77.4  0.00000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4488  ribosome-binding factor A  32.48 
 
 		 133 aa  77.4  0.00000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3604  ribosome-binding factor A  32.48 
 
 		 133 aa  77.4  0.00000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1863  ribosome-binding factor A  35.19 
 
 		 126 aa  77.4  0.00000000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3651  ribosome-binding factor A  32.48 
 
 		 133 aa  77.4  0.00000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02985  hypothetical protein  32.48 
 
 		 133 aa  77.4  0.00000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.757266  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0531  ribosome-binding factor A  32.48 
 
 		 133 aa  77.4  0.00000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000335299 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3073  ribosome-binding factor A  33.94 
 
 		 131 aa  77  0.00000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.729556  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0838  ribosome-binding factor A  29.06 
 
 		 134 aa  76.3  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.102995 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2350  ribosome-binding factor A  30.63 
 
 		 140 aa  76.6  0.0000000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.840269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1028  ribosome-binding factor A  35.45 
 
 		 129 aa  75.9  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0189385  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3642  ribosome-binding factor A  31.62 
 
 		 133 aa  75.9  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3474  ribosome-binding factor A  31.62 
 
 		 133 aa  75.9  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0586  ribosome-binding factor A  31.9 
 
 		 132 aa  75.9  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1031  ribosome-binding factor A  33.94 
 
 		 146 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.571877  hitchhiker  0.000026303 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1947  ribosome-binding factor A  34.23 
 
 		 130 aa  75.1  0.0000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0382472 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1004  ribosome-binding factor A  31.48 
 
 		 129 aa  75.1  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.439697  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1205  ribosome-binding factor A  34.23 
 
 		 147 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3543  ribosome-binding factor A  30.17 
 
 		 133 aa  74.7  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3580  ribosome-binding factor A  30.17 
 
 		 133 aa  74.7  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2749  ribosome-binding factor A  34.19 
 
 		 123 aa  74.3  0.0000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0901  hypothetical protein  32.32 
 
 		 122 aa  74.3  0.0000000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62740  ribosome-binding factor A  32.14 
 
 		 129 aa  74.3  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.232446  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2204  ribosome-binding factor A  31.82 
 
 		 142 aa  73.9  0.0000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1480  ribosome-binding factor A  33.66 
 
 		 123 aa  74.3  0.0000000000006  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.243092  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2135  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 122 aa  74.3  0.0000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0168697  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1008  ribosome-binding factor A  32.14 
 
 		 142 aa  73.9  0.0000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211982  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1027  ribosome-binding factor A  33.03 
 
 		 146 aa  73.9  0.0000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000106496 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1092  ribosome-binding factor A  33.03 
 
 		 146 aa  73.9  0.0000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0591977 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5461  ribosome-binding factor A  31.25 
 
 		 128 aa  73.9  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.74875  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2010  ribosome-binding factor A  33.87 
 
 		 122 aa  73.9  0.0000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.142179  normal  0.57147 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0696  ribosome-binding factor A  30.19 
 
 		 124 aa  73.6  0.0000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146266  normal  0.222032 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0610  ribosome-binding factor A  31.48 
 
 		 128 aa  73.9  0.0000000000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0012936  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2707  ribosome-binding factor A  38.39 
 
 		 128 aa  73.6  0.0000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.150572 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26151  ribosome-binding factor A  30.43 
 
 		 142 aa  73.6  0.0000000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.549053 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  29.82 
 
 		 118 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000036841  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0809  ribosome-binding factor A  31.9 
 
 		 132 aa  73.2  0.000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  30.36 
 
 		 127 aa  72.8  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3345  ribosome-binding factor A  31.03 
 
 		 132 aa  73.2  0.000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.970615  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1104  ribosome-binding factor A  34.21 
 
 		 138 aa  73.2  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0588249  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3474  ribosome-binding factor A  29.31 
 
 		 133 aa  73.2  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01851  ribosome-binding factor A  33.66 
 
 		 123 aa  73.6  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.30308  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0991  ribosome-binding factor A  31.19 
 
 		 143 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01271  ribosome-binding factor A  27.83 
 
 		 130 aa  72.8  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1164  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 138 aa  72.4  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.338865  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2991  ribosome-binding factor A  35.45 
 
 		 123 aa  72.4  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0708502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3604  ribosome-binding factor A  29.31 
 
 		 133 aa  72.8  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0265365 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1232  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 139 aa  72.4  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0340167  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3059  ribosome-binding factor A  34.04 
 
 		 142 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.491319  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  28.95 
 
 		 118 aa  71.6  0.000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  29.2 
 
 		 118 aa  71.6  0.000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  29.2 
 
 		 118 aa  71.6  0.000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1052  ribosome-binding factor A  32.73 
 
 		 132 aa  72  0.000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000164371  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0204  ribosome-binding factor A  35.85 
 
 		 125 aa  72  0.000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  28.95 
 
 		 118 aa  71.6  0.000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2819  ribosome-binding factor A  37.96 
 
 		 121 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00171915  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>