276 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE1105 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE1105  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 132 aa  268  2e-71  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.657587  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03034  ribosome-binding factor A  43.2 
 
 		 133 aa  93.2  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.710808  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0538  ribosome-binding factor A  43.2 
 
 		 133 aa  93.2  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3359  ribosome-binding factor A  43.2 
 
 		 133 aa  93.2  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02985  hypothetical protein  43.2 
 
 		 133 aa  93.2  1e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.757266  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3463  ribosome-binding factor A  43.2 
 
 		 133 aa  93.2  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.287723 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3651  ribosome-binding factor A  43.2 
 
 		 133 aa  93.2  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3604  ribosome-binding factor A  41.73 
 
 		 133 aa  92.8  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0265365 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3604  ribosome-binding factor A  43.2 
 
 		 133 aa  93.2  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0531  ribosome-binding factor A  43.2 
 
 		 133 aa  93.2  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000335299 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4488  ribosome-binding factor A  43.2 
 
 		 133 aa  93.2  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3474  ribosome-binding factor A  46.73 
 
 		 133 aa  92.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0068  ribosome-binding factor A  39.5 
 
 		 125 aa  91.7  3e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00108757  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1210  ribosome-binding factor A  44.04 
 
 		 127 aa  90.5  7e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00755575  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2665  ribosome-binding factor A  39.52 
 
 		 133 aa  90.1  8e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0640591  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3474  ribosome-binding factor A  40.16 
 
 		 133 aa  90.1  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3543  ribosome-binding factor A  44.86 
 
 		 133 aa  89.7  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3642  ribosome-binding factor A  44.86 
 
 		 133 aa  89.4  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3580  ribosome-binding factor A  44.86 
 
 		 133 aa  89.7  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3464  ribosome-binding factor A  43.75 
 
 		 133 aa  87.8  4e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3345  ribosome-binding factor A  44.86 
 
 		 132 aa  87.8  4e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.970615  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  43.56 
 
 		 118 aa  86.7  1e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  43.56 
 
 		 118 aa  86.7  1e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0458  ribosome-binding factor A  42.45 
 
 		 117 aa  86.7  1e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  43.56 
 
 		 118 aa  86.7  1e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01851  ribosome-binding factor A  40.18 
 
 		 123 aa  86.3  1e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.30308  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1644  ribosome-binding factor A  37.84 
 
 		 119 aa  85.5  2e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0490  ribosome-binding factor A  44.14 
 
 		 136 aa  85.9  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.509602  normal  0.0536804 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  43.43 
 
 		 123 aa  85.9  2e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  40 
 
 		 126 aa  85.1  3e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000826248  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1557  ribosome-binding factor A  40.71 
 
 		 119 aa  85.1  3e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000452845  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1480  ribosome-binding factor A  40.54 
 
 		 123 aa  84.7  4e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.243092  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3729  ribosome-binding factor A  39.69 
 
 		 136 aa  84.3  5e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0092978  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3595  ribosome-binding factor A  39.69 
 
 		 136 aa  84.3  5e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000837981  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3994  ribosome-binding factor A  39.69 
 
 		 136 aa  84.3  5e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.405974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0822  ribosome-binding factor A  40.78 
 
 		 126 aa  84.3  5e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.329178  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0809  ribosome-binding factor A  42.06 
 
 		 132 aa  84  7e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26151  ribosome-binding factor A  41.44 
 
 		 142 aa  84  7e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.549053 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  42.57 
 
 		 118 aa  83.6  9e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  42.57 
 
 		 118 aa  83.6  9e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  42.57 
 
 		 118 aa  83.6  9e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.3299500000000005e-63 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  42.57 
 
 		 118 aa  83.2  0.000000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  41.82 
 
 		 131 aa  83.2  0.000000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000145103  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  42.57 
 
 		 118 aa  83.2  0.000000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  42.57 
 
 		 118 aa  82.4  0.000000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000036841  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3675  ribosome-binding factor A  35.77 
 
 		 125 aa  82.8  0.000000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01271  ribosome-binding factor A  40.54 
 
 		 130 aa  82.4  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0726  ribosome-binding factor A  35.34 
 
 		 147 aa  82.4  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.237747  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0838  ribosome-binding factor A  36.09 
 
 		 134 aa  82  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.102995 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2773  ribosome-binding factor A  41 
 
 		 136 aa  82  0.000000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0586  ribosome-binding factor A  41.12 
 
 		 132 aa  81.6  0.000000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0991  ribosome-binding factor A  35.25 
 
 		 143 aa  81.6  0.000000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4927  ribosome-binding factor A  34.4 
 
 		 132 aa  81.3  0.000000000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.128531  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2350  ribosome-binding factor A  38.74 
 
 		 140 aa  80.9  0.000000000000006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.840269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2895  ribosome-binding factor A  37.27 
 
 		 137 aa  80.9  0.000000000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.437558  normal  0.0229957 
 
 
-
 
NC_002936  DET0982  ribosome-binding factor A  42.57 
 
 		 118 aa  80.5  0.000000000000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.385895  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0837  ribosome-binding factor A  38.05 
 
 		 116 aa  80.1  0.00000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2204  ribosome-binding factor A  42.72 
 
 		 142 aa  79.3  0.00000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  41.58 
 
 		 118 aa  80.1  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0696  ribosome-binding factor A  36.11 
 
 		 124 aa  79.7  0.00000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146266  normal  0.222032 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  41.58 
 
 		 118 aa  80.1  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1051  ribosome-binding factor A  42.06 
 
 		 122 aa  80.1  0.00000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000570949  hitchhiker  0.000000154001 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1939  ribosome-binding factor A  37.07 
 
 		 116 aa  79.7  0.00000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1657  ribosome-binding factor A  37.07 
 
 		 116 aa  79.7  0.00000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3187  ribosome-binding factor A  39.09 
 
 		 119 aa  79.7  0.00000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.11601  normal  0.332882 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0873  ribosome-binding factor A  41.58 
 
 		 118 aa  78.6  0.00000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000231797  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0158  ribosome-binding factor A  35.16 
 
 		 140 aa  79.3  0.00000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1104  ribosome-binding factor A  37.74 
 
 		 138 aa  78.6  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0588249  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1436  ribosome-binding factor A  41.41 
 
 		 118 aa  78.6  0.00000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.349731  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  38 
 
 		 127 aa  78.6  0.00000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3725  ribosome-binding factor A  38.02 
 
 		 123 aa  78.6  0.00000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07850  ribosome-binding factor A  40.78 
 
 		 122 aa  77.8  0.00000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0341  ribosome-binding factor A  37.84 
 
 		 134 aa  77.8  0.00000000000004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0901  hypothetical protein  38.6 
 
 		 122 aa  78.2  0.00000000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2451  ribosome-binding factor A  38.53 
 
 		 123 aa  77.4  0.00000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0315755  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1863  ribosome-binding factor A  39.22 
 
 		 126 aa  77.4  0.00000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_854  ribosome-binding factor A  39.6 
 
 		 118 aa  77.4  0.00000000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000358033  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1232  ribosome-binding factor A  36.79 
 
 		 139 aa  77.4  0.00000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0340167  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1164  ribosome-binding factor A  36.79 
 
 		 138 aa  77.4  0.00000000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.338865  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1330  ribosome-binding factor A  34.51 
 
 		 130 aa  76.6  0.00000000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.285304  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0355  ribosome-binding factor A  33.64 
 
 		 137 aa  77  0.00000000000009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.417644  normal  0.687785 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1356  ribosome-binding factor A  34.51 
 
 		 116 aa  76.6  0.00000000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.348543  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0927  ribosome-binding factor A  40.95 
 
 		 119 aa  77  0.00000000000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.100451  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1008  ribosome-binding factor A  39.62 
 
 		 142 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211982  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1027  ribosome-binding factor A  37.14 
 
 		 146 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000106496 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1205  ribosome-binding factor A  37.74 
 
 		 147 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1092  ribosome-binding factor A  37.14 
 
 		 146 aa  75.5  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0591977 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0832  ribosome-binding factor A  40.78 
 
 		 120 aa  75.1  0.0000000000003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1869  ribosome-binding factor A  31.54 
 
 		 131 aa  74.7  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3059  ribosome-binding factor A  46.43 
 
 		 142 aa  74.3  0.0000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.491319  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1661  ribosome-binding factor A  34.38 
 
 		 121 aa  73.9  0.0000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.661527  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1031  ribosome-binding factor A  36.19 
 
 		 146 aa  73.9  0.0000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.571877  hitchhiker  0.000026303 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0962  ribosome-binding factor A  37.14 
 
 		 137 aa  73.9  0.0000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.394859  normal  0.0786715 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3388  ribosome-binding factor A  45.24 
 
 		 143 aa  73.9  0.0000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.990819  hitchhiker  0.00369045 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1052  ribosome-binding factor A  39.17 
 
 		 132 aa  73.2  0.000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000164371  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1004  ribosome-binding factor A  33.61 
 
 		 129 aa  72.8  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.439697  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1693  ribosome-binding factor A  37.37 
 
 		 141 aa  72  0.000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0101873  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1696  ribosome-binding factor A  38.68 
 
 		 138 aa  71.2  0.000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4711  ribosome-binding factor A  35.58 
 
 		 132 aa  71.2  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.165962  hitchhiker  0.00698134 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4711  ribosome-binding factor A  35.58 
 
 		 132 aa  70.9  0.000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.31631 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>