More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LGAS_0815 on replicon NC_008530
Organism: Lactobacillus gasseri ATCC 33323



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008530  LGAS_0815  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 123 aa  251  3e-66  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0116201  normal  0.0354189 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0700  ribosome-binding factor A  46.09 
 
 		 119 aa  112  2.0000000000000002e-24  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00262073  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1354  ribosome-binding factor A  46.02 
 
 		 117 aa  107  5e-23  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0818  ribosome-binding factor A  47.17 
 
 		 119 aa  104  4e-22  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0434  ribosome-binding factor A  39.82 
 
 		 121 aa  102  3e-21  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0384  ribosome-binding factor A  40.71 
 
 		 117 aa  100  7e-21  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0382  ribosome-binding factor A  42.48 
 
 		 122 aa  99.8  1e-20  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0610  ribosome-binding factor A  44.88 
 
 		 128 aa  99.8  1e-20  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0012936  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  41.18 
 
 		 118 aa  92.4  2e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  41.18 
 
 		 118 aa  92.4  2e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1956  ribosome-binding factor A  40 
 
 		 120 aa  92.4  2e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  38.66 
 
 		 118 aa  91.7  3e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  38.66 
 
 		 118 aa  91.7  3e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.3299500000000005e-63 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  38.66 
 
 		 118 aa  90.9  5e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  38.66 
 
 		 118 aa  90.9  5e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  38.66 
 
 		 118 aa  90.9  5e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  37.82 
 
 		 118 aa  90.1  9e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000036841  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07850  ribosome-binding factor A  38.94 
 
 		 122 aa  88.6  2e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  39.5 
 
 		 118 aa  89.4  2e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  39.5 
 
 		 118 aa  89.4  2e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  39.5 
 
 		 118 aa  89.4  2e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1693  ribosome-binding factor A  37.61 
 
 		 141 aa  87.4  6e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0101873  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  37.07 
 
 		 127 aa  86.3  1e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1661  ribosome-binding factor A  37.72 
 
 		 121 aa  86.3  1e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.661527  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0564  ribosome-binding factor A  40.83 
 
 		 119 aa  85.9  2e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1599  ribosome-binding factor A  40.83 
 
 		 119 aa  85.9  2e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00660683  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3675  ribosome-binding factor A  32.23 
 
 		 125 aa  85.1  3e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3464  ribosome-binding factor A  35.04 
 
 		 133 aa  85.1  3e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1644  ribosome-binding factor A  36.21 
 
 		 119 aa  84.3  4e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1230  ribosome-binding factor A  38.94 
 
 		 117 aa  84.3  4e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.644207  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  37.84 
 
 		 126 aa  84.3  5e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000826248  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0818  ribosome-binding factor A  35.09 
 
 		 133 aa  84  6e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0100863 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1902  ribosome-binding factor A  32.71 
 
 		 122 aa  84  7e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0066847  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3543  ribosome-binding factor A  38.46 
 
 		 133 aa  83.2  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3580  ribosome-binding factor A  38.46 
 
 		 133 aa  83.2  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3345  ribosome-binding factor A  34.17 
 
 		 132 aa  82.8  0.000000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.970615  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1466  ribosome-binding factor A  40.87 
 
 		 139 aa  82.8  0.000000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0964  ribosome-binding factor A  36.84 
 
 		 122 aa  83.2  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.404033  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0809  ribosome-binding factor A  32.48 
 
 		 132 aa  82.8  0.000000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3474  ribosome-binding factor A  37.61 
 
 		 133 aa  82  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1947  ribosome-binding factor A  36.59 
 
 		 130 aa  82.4  0.000000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0382472 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3994  ribosome-binding factor A  35.25 
 
 		 136 aa  81.6  0.000000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.405974  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0726  ribosome-binding factor A  35.09 
 
 		 147 aa  82  0.000000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.237747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3729  ribosome-binding factor A  35.25 
 
 		 136 aa  81.6  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0092978  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3595  ribosome-binding factor A  35.25 
 
 		 136 aa  81.6  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000837981  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03034  ribosome-binding factor A  38.46 
 
 		 133 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.710808  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0538  ribosome-binding factor A  38.46 
 
 		 133 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0531  ribosome-binding factor A  38.46 
 
 		 133 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000335299 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4488  ribosome-binding factor A  38.46 
 
 		 133 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02985  hypothetical protein  38.46 
 
 		 133 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.757266  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3604  ribosome-binding factor A  38.46 
 
 		 133 aa  81.3  0.000000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1356  ribosome-binding factor A  38.94 
 
 		 116 aa  81.3  0.000000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.348543  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3359  ribosome-binding factor A  38.46 
 
 		 133 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2980  ribosome-binding factor A  38.26 
 
 		 119 aa  81.3  0.000000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.06185e-26 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0490  ribosome-binding factor A  35.9 
 
 		 136 aa  81.3  0.000000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.509602  normal  0.0536804 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3463  ribosome-binding factor A  38.46 
 
 		 133 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.287723 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3651  ribosome-binding factor A  38.46 
 
 		 133 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1330  ribosome-binding factor A  38.94 
 
 		 130 aa  81.3  0.000000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.285304  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0586  ribosome-binding factor A  32.48 
 
 		 132 aa  80.9  0.000000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3187  ribosome-binding factor A  36.75 
 
 		 119 aa  80.9  0.000000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.11601  normal  0.332882 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1587  ribosome-binding factor A  37.74 
 
 		 118 aa  80.5  0.000000000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00540002  normal  0.129345 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3604  ribosome-binding factor A  37.61 
 
 		 133 aa  80.5  0.000000000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0265365 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1670  ribosome-binding factor A  34.68 
 
 		 123 aa  80.5  0.000000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.014786  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0901  hypothetical protein  36.52 
 
 		 122 aa  80.1  0.000000000000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1589  ribosome-binding factor A  36.84 
 
 		 118 aa  80.1  0.00000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00426148  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3474  ribosome-binding factor A  37.61 
 
 		 133 aa  80.1  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3642  ribosome-binding factor A  37.61 
 
 		 133 aa  80.1  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0822  ribosome-binding factor A  36.21 
 
 		 126 aa  79.7  0.00000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.329178  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1304  ribosome-binding factor A  37.39 
 
 		 119 aa  80.1  0.00000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0293197  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01271  ribosome-binding factor A  34.65 
 
 		 130 aa  79  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1557  ribosome-binding factor A  35.78 
 
 		 119 aa  79.3  0.00000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000452845  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0909  ribosome-binding factor A  37.39 
 
 		 121 aa  79.3  0.00000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  37.39 
 
 		 123 aa  78.6  0.00000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2204  ribosome-binding factor A  37.17 
 
 		 142 aa  78.6  0.00000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0458  ribosome-binding factor A  35.59 
 
 		 117 aa  78.2  0.00000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1051  ribosome-binding factor A  35.19 
 
 		 122 aa  77.8  0.00000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000570949  hitchhiker  0.000000154001 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3607  ribosome-binding factor A  32.79 
 
 		 129 aa  77.4  0.00000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.858095  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0341  ribosome-binding factor A  36.75 
 
 		 134 aa  77  0.00000000000007  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0837  ribosome-binding factor A  37.93 
 
 		 116 aa  77  0.00000000000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62740  ribosome-binding factor A  32.2 
 
 		 129 aa  77  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.232446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1028  ribosome-binding factor A  35.25 
 
 		 129 aa  76.6  0.00000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0189385  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42810  ribosome-binding factor A  37.39 
 
 		 129 aa  76.6  0.0000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2451  ribosome-binding factor A  34.26 
 
 		 123 aa  76.3  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0315755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5461  ribosome-binding factor A  32.46 
 
 		 128 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.74875  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2135  ribosome-binding factor A  36.79 
 
 		 122 aa  76.6  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0168697  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2707  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 128 aa  76.3  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.150572 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4489  ribosome-binding factor A  31.62 
 
 		 138 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0856583  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  29.91 
 
 		 131 aa  75.9  0.0000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000145103  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4179  ribosome-binding factor A  31.62 
 
 		 138 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.308306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0477  ribosome-binding factor A  38.26 
 
 		 126 aa  75.1  0.0000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00670849  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2819  ribosome-binding factor A  35 
 
 		 123 aa  74.7  0.0000000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2688  ribosome-binding factor A  35 
 
 		 123 aa  74.7  0.0000000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1939  ribosome-binding factor A  30.97 
 
 		 116 aa  74.7  0.0000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1657  ribosome-binding factor A  30.97 
 
 		 116 aa  74.7  0.0000000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1004  ribosome-binding factor A  31.9 
 
 		 129 aa  74.7  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.439697  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0780  ribosome-binding factor A  31.62 
 
 		 133 aa  74.3  0.0000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000489115  normal  0.0558247 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0068  ribosome-binding factor A  36.36 
 
 		 125 aa  74.3  0.0000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00108757  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1696  ribosome-binding factor A  35.04 
 
 		 138 aa  74.3  0.0000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1092  ribosome-binding factor A  31.93 
 
 		 122 aa  74.3  0.0000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.378347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0696  ribosome-binding factor A  33.04 
 
 		 124 aa  74.3  0.0000000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146266  normal  0.222032 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>