286 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnec_1092 on replicon NC_010531
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010531  Pnec_1092  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 122 aa  248  2e-65  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.378347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1226  ribosome-binding factor A  95.08 
 
 		 122 aa  238  2e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.333897  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1290  ribosome-binding factor A  73.45 
 
 		 123 aa  176  1e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0532539  normal  0.658202 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1211  ribosome-binding factor A  69.23 
 
 		 123 aa  172  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0722597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1118  ribosome-binding factor A  69.23 
 
 		 123 aa  172  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.614248  normal  0.630529 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2030  ribosome-binding factor A  71.68 
 
 		 123 aa  169  7.999999999999999e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0111953  normal  0.0437908 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2027  ribosome-binding factor A  70.8 
 
 		 122 aa  168  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.373244  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1021  ribosome-binding factor A  57.5 
 
 		 132 aa  155  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1477  ribosome-binding factor A  57.5 
 
 		 132 aa  155  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1501  ribosome-binding factor A  57.5 
 
 		 132 aa  155  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.236636  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1754  ribosome-binding factor A  56.67 
 
 		 132 aa  153  8e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0297721 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1423  ribosome-binding factor A  55.83 
 
 		 132 aa  153  9e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.02264 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1383  ribosome-binding factor A  55.83 
 
 		 132 aa  153  9e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1728  ribosome-binding factor A  60.17 
 
 		 143 aa  152  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.403197  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2563  ribosome-binding factor A  57.63 
 
 		 122 aa  151  2e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.240841  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1060  ribosome-binding factor A  57.63 
 
 		 122 aa  151  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00435559  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1916  ribosome-binding factor A  57.63 
 
 		 122 aa  151  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.24329  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0174  ribosome-binding factor A  57.63 
 
 		 138 aa  150  4e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0246509  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1763  ribosome-binding factor A  57.63 
 
 		 138 aa  150  4e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.492617  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1741  ribosome-binding factor A  57.63 
 
 		 138 aa  150  4e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0087071  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0992  ribosome-binding factor A  57.63 
 
 		 138 aa  150  4e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.197459  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1506  ribosome-binding factor A  57.63 
 
 		 138 aa  150  4e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2819  ribosome-binding factor A  57.63 
 
 		 121 aa  149  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00171915  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4642  ribosome-binding factor A  60 
 
 		 132 aa  149  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0378959  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1633  ribosome-binding factor A  55.93 
 
 		 121 aa  147  5e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.100642  hitchhiker  0.000771704 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2427  ribosome-binding factor A  53.85 
 
 		 122 aa  140  8e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.224227  normal  0.907682 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2991  ribosome-binding factor A  55.17 
 
 		 123 aa  138  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0708502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2560  ribosome-binding factor A  55.08 
 
 		 125 aa  135  2e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00880777 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2010  ribosome-binding factor A  51.28 
 
 		 122 aa  134  4e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.142179  normal  0.57147 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2135  ribosome-binding factor A  50.86 
 
 		 122 aa  134  5e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0168697  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1248  ribosome-binding factor A  54.24 
 
 		 125 aa  134  6.0000000000000005e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0261774  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3382  ribosome-binding factor A  52.94 
 
 		 125 aa  133  6.0000000000000005e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0271741  normal  0.693723 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2749  ribosome-binding factor A  51.72 
 
 		 123 aa  133  8e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1920  ribosome-binding factor A  53.45 
 
 		 130 aa  130  5e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0348034  normal  0.0643403 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1702  ribosome-binding factor A  52.14 
 
 		 123 aa  124  5e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000429225 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2748  ribosome-binding factor A  51.69 
 
 		 120 aa  124  5e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.131099  normal  0.170197 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2451  ribosome-binding factor A  51.64 
 
 		 123 aa  117  4.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0315755  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1693  ribosome-binding factor A  49.11 
 
 		 141 aa  115  1.9999999999999998e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0101873  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3607  ribosome-binding factor A  47.41 
 
 		 129 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.858095  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5461  ribosome-binding factor A  46.09 
 
 		 128 aa  113  7.999999999999999e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.74875  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1004  ribosome-binding factor A  50 
 
 		 129 aa  113  8.999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.439697  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62740  ribosome-binding factor A  46.09 
 
 		 129 aa  112  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.232446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1863  ribosome-binding factor A  46.96 
 
 		 126 aa  110  9e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1947  ribosome-binding factor A  48.33 
 
 		 130 aa  109  1.0000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0382472 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42810  ribosome-binding factor A  46.96 
 
 		 129 aa  109  1.0000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0696  ribosome-binding factor A  46.67 
 
 		 124 aa  108  2.0000000000000002e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146266  normal  0.222032 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0726  ribosome-binding factor A  48.67 
 
 		 147 aa  108  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.237747  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4711  ribosome-binding factor A  44.74 
 
 		 132 aa  107  5e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.165962  hitchhiker  0.00698134 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4576  ribosome-binding factor A  44.74 
 
 		 132 aa  107  5e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.63413  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4711  ribosome-binding factor A  44.74 
 
 		 132 aa  107  5e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.31631 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0722  ribosome-binding factor A  44.74 
 
 		 132 aa  107  6e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.041956 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0780  ribosome-binding factor A  41.74 
 
 		 133 aa  104  5e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000489115  normal  0.0558247 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4179  ribosome-binding factor A  42.48 
 
 		 138 aa  103  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.308306  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4489  ribosome-binding factor A  40.87 
 
 		 138 aa  102  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0856583  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002610  ribosome-binding factor A  40.17 
 
 		 131 aa  100  1e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2707  ribosome-binding factor A  42.61 
 
 		 128 aa  99.4  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.150572 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0586  ribosome-binding factor A  40.35 
 
 		 132 aa  97.1  7e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2204  ribosome-binding factor A  42.48 
 
 		 142 aa  96.7  1e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03395  ribosome-binding factor A  37.72 
 
 		 137 aa  94.4  5e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0809  ribosome-binding factor A  38.94 
 
 		 132 aa  93.6  7e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2819  ribosome-binding factor A  40.17 
 
 		 123 aa  93.2  9e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2688  ribosome-binding factor A  40.17 
 
 		 123 aa  93.2  9e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3994  ribosome-binding factor A  37.61 
 
 		 136 aa  93.2  1e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.405974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0175  ribosome-binding factor A  37.72 
 
 		 136 aa  92.8  1e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.146816  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3595  ribosome-binding factor A  37.61 
 
 		 136 aa  93.2  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000837981  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3729  ribosome-binding factor A  37.61 
 
 		 136 aa  93.2  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0092978  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0068  ribosome-binding factor A  42.06 
 
 		 125 aa  92.4  2e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00108757  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1466  ribosome-binding factor A  37.7 
 
 		 139 aa  92.4  2e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3345  ribosome-binding factor A  39.82 
 
 		 132 aa  92.4  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.970615  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3464  ribosome-binding factor A  39.47 
 
 		 133 aa  92.4  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3073  ribosome-binding factor A  41.82 
 
 		 131 aa  92  3e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.729556  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3474  ribosome-binding factor A  39.2 
 
 		 133 aa  91.7  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3580  ribosome-binding factor A  39.66 
 
 		 133 aa  90.9  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3543  ribosome-binding factor A  39.66 
 
 		 133 aa  90.9  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3642  ribosome-binding factor A  39.66 
 
 		 133 aa  90.5  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0490  ribosome-binding factor A  35.9 
 
 		 136 aa  90.1  9e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.509602  normal  0.0536804 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3675  ribosome-binding factor A  34.17 
 
 		 125 aa  89.4  1e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3474  ribosome-binding factor A  38.79 
 
 		 133 aa  89.7  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03034  ribosome-binding factor A  38.79 
 
 		 133 aa  89  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.710808  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0538  ribosome-binding factor A  38.79 
 
 		 133 aa  89  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0531  ribosome-binding factor A  38.79 
 
 		 133 aa  89  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000335299 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02985  hypothetical protein  38.79 
 
 		 133 aa  89  2e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.757266  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3359  ribosome-binding factor A  38.79 
 
 		 133 aa  89  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3651  ribosome-binding factor A  38.79 
 
 		 133 aa  89  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3463  ribosome-binding factor A  38.79 
 
 		 133 aa  89  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.287723 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4488  ribosome-binding factor A  38.79 
 
 		 133 aa  89  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3604  ribosome-binding factor A  38.79 
 
 		 133 aa  89  2e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3604  ribosome-binding factor A  39.47 
 
 		 133 aa  88.6  3e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0265365 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0564  ribosome-binding factor A  41.38 
 
 		 119 aa  88.2  3e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1599  ribosome-binding factor A  41.38 
 
 		 119 aa  88.2  3e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00660683  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0822  ribosome-binding factor A  35.65 
 
 		 126 aa  87.4  6e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.329178  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1028  ribosome-binding factor A  38.26 
 
 		 129 aa  87  9e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0189385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0818  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 133 aa  86.7  1e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0100863 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0599  ribosome-binding factor A  36.84 
 
 		 135 aa  85.5  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.369509  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  32.79 
 
 		 131 aa  84.3  5e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000145103  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1330  ribosome-binding factor A  34.86 
 
 		 130 aa  84.3  5e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.285304  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1356  ribosome-binding factor A  35.51 
 
 		 116 aa  84  7e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.348543  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1031  ribosome-binding factor A  33.63 
 
 		 146 aa  82.8  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.571877  hitchhiker  0.000026303 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0837  ribosome-binding factor A  31.25 
 
 		 116 aa  82.4  0.000000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2119  ribosome-binding factor A  37.29 
 
 		 127 aa  82  0.000000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328304  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>