More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_0023 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009616  Tmel_0023  DNA repair protein RadA  100 
 
 		 444 aa  881    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0179797  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0363  DNA repair protein RadA  53.7 
 
 		 465 aa  489  1e-137  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0725  DNA repair protein RadA  48.51 
 
 		 441 aa  419  1e-116  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.573014  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0749  DNA repair protein RadA  47.82 
 
 		 441 aa  416  9.999999999999999e-116  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.925672  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0836  DNA repair protein RadA  43.9 
 
 		 457 aa  371  1e-101  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0984957  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0130  DNA repair protein RadA  41.07 
 
 		 453 aa  368  1e-100  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000766532  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0080  DNA repair protein RadA  43.65 
 
 		 484 aa  367  1e-100  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0084  DNA repair protein RadA  43.98 
 
 		 457 aa  364  2e-99  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.391084  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4640  DNA repair protein RadA  40.57 
 
 		 455 aa  361  1e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4275  DNA repair protein RadA  40.57 
 
 		 455 aa  362  1e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.783093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2490  DNA repair protein RadA  41.12 
 
 		 489 aa  359  5e-98  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.858464  normal  0.0874227 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1479  DNA repair protein RadA  43.58 
 
 		 457 aa  358  9e-98  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0327327  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0390  DNA repair protein RadA  41.46 
 
 		 449 aa  356  5e-97  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0198908  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4885  DNA repair protein RadA  39.91 
 
 		 455 aa  355  1e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0794  DNA repair protein RadA  39.04 
 
 		 477 aa  352  7e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0077  DNA repair protein RadA  41.16 
 
 		 458 aa  352  7e-96  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5223  DNA repair protein RadA  41.49 
 
 		 458 aa  352  8e-96  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00190969  unclonable  1.94383e-25 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0077  DNA repair protein RadA  41.49 
 
 		 458 aa  352  8.999999999999999e-96  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5249  DNA repair protein RadA  38.99 
 
 		 453 aa  352  1e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60990  DNA repair protein RadA  38.99 
 
 		 453 aa  352  1e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3255  DNA repair protein RadA  38.39 
 
 		 465 aa  350  2e-95  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2430  DNA repair protein RadA  41.5 
 
 		 453 aa  350  2e-95  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0184  DNA repair protein RadA  39.69 
 
 		 476 aa  351  2e-95  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00274159  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0422  DNA repair protein RadA  40.4 
 
 		 448 aa  350  2e-95  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00757431  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4644  DNA repair protein RadA  38.95 
 
 		 456 aa  350  3e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.592741 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4506  DNA repair protein RadA  38.95 
 
 		 456 aa  350  3e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4638  DNA repair protein RadA  38.95 
 
 		 456 aa  350  3e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.854791  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2341  DNA repair protein RadA  39.82 
 
 		 453 aa  350  3e-95  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2743  DNA repair protein RadA  41.5 
 
 		 453 aa  350  4e-95  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0078  DNA repair protein RadA  41.26 
 
 		 458 aa  349  5e-95  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0082  DNA repair protein RadA  41.26 
 
 		 458 aa  348  7e-95  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0079  DNA repair protein RadA  41.26 
 
 		 458 aa  348  7e-95  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3277  DNA repair protein RadA  40.05 
 
 		 449 aa  349  7e-95  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.142573  normal  0.6246 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0112  DNA repair protein RadA  41.26 
 
 		 458 aa  348  7e-95  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.328977  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0092  DNA repair protein RadA  41.26 
 
 		 458 aa  348  7e-95  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.92971e-61 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0756  DNA repair protein RadA  39.43 
 
 		 453 aa  348  8e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.752  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0082  DNA repair protein RadA  41.26 
 
 		 458 aa  348  9e-95  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0081  DNA repair protein RadA  41.26 
 
 		 458 aa  348  9e-95  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0548  DNA repair protein RadA  40.47 
 
 		 454 aa  348  9e-95  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0103  DNA repair protein RadA  41.26 
 
 		 458 aa  348  9e-95  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00530334  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0562  DNA repair protein RadA  40.47 
 
 		 454 aa  348  9e-95  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2065  DNA repair protein RadA  40.62 
 
 		 446 aa  348  1e-94  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0567358  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2739  DNA repair protein RadA  39.25 
 
 		 448 aa  347  3e-94  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0058  DNA repair protein RadA  40.75 
 
 		 462 aa  346  4e-94  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_58  DNA repair protein RadA  41.16 
 
 		 462 aa  346  5e-94  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41070  DNA repair protein RadA  38.33 
 
 		 453 aa  346  5e-94  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.51547  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0589  DNA repair protein RadA  38.36 
 
 		 451 aa  345  7e-94  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.268839  hitchhiker  1.37134e-16 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2817  DNA repair protein RadA  41.8 
 
 		 452 aa  345  8e-94  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2440  DNA repair protein RadA  41.8 
 
 		 452 aa  345  8e-94  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.526497  hitchhiker  0.000264442 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1987  DNA repair protein RadA  40.62 
 
 		 453 aa  345  8.999999999999999e-94  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.355792 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4772  DNA repair protein RadA  41.4 
 
 		 457 aa  345  1e-93  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000283378 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0110  DNA repair protein RadA  41.78 
 
 		 454 aa  344  2e-93  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.242522  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1786  DNA repair protein RadA  40.09 
 
 		 454 aa  344  2e-93  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000301687  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00880  DNA repair protein RadA  41.19 
 
 		 451 aa  344  2e-93  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.00000000000000121912  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0878  DNA repair protein RadA  41.2 
 
 		 457 aa  343  5e-93  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0400  DNA repair protein RadA  40 
 
 		 450 aa  342  8e-93  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000197198  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2178  DNA repair protein RadA  40.09 
 
 		 463 aa  342  1e-92  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.965225  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0125  DNA repair protein RadA  42.03 
 
 		 458 aa  341  2e-92  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2361  DNA repair protein RadA  39.91 
 
 		 453 aa  340  2e-92  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0052  DNA repair protein RadA  40.9 
 
 		 464 aa  341  2e-92  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.980062  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0182  DNA repair protein RadA  42.79 
 
 		 445 aa  340  2e-92  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.28154  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0285  DNA repair protein RadA  39.33 
 
 		 450 aa  340  2.9999999999999998e-92  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0463822  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1507  DNA repair protein RadA  40.09 
 
 		 466 aa  339  4e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0263  DNA repair protein RadA  41.51 
 
 		 452 aa  339  5.9999999999999996e-92  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.992448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0842  DNA repair protein RadA  38.03 
 
 		 448 aa  338  9.999999999999999e-92  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0256  DNA repair protein RadA  40.31 
 
 		 457 aa  338  9.999999999999999e-92  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00319082  normal  0.307702 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0729  DNA repair protein RadA  40.05 
 
 		 467 aa  337  1.9999999999999998e-91  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.634843 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3459  DNA repair protein RadA  41.29 
 
 		 452 aa  337  1.9999999999999998e-91  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.261832  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2764  DNA repair protein RadA  38.03 
 
 		 460 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000385269  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0373  DNA repair protein RadA  39.02 
 
 		 452 aa  337  2.9999999999999997e-91  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0711643  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0301  DNA repair protein RadA  40.33 
 
 		 457 aa  337  2.9999999999999997e-91  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0166  DNA repair protein RadA  39.86 
 
 		 457 aa  336  3.9999999999999995e-91  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0994  DNA repair protein RadA  37.36 
 
 		 457 aa  335  7.999999999999999e-91  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3614  DNA repair protein RadA  40.45 
 
 		 455 aa  335  9e-91  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.356128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0698  DNA repair protein RadA  41.41 
 
 		 450 aa  335  1e-90  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0336  DNA repair protein RadA  42 
 
 		 459 aa  335  1e-90  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000102144 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2366  DNA repair protein RadA  39.11 
 
 		 451 aa  334  2e-90  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000000262714  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1385  DNA repair protein RadA  36.4 
 
 		 447 aa  333  3e-90  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.674348  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0251  DNA repair protein RadA  37.96 
 
 		 462 aa  333  3e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.336717  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0828  DNA repair protein RadA  39.56 
 
 		 453 aa  333  4e-90  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1877  DNA repair protein RadA  36.07 
 
 		 507 aa  332  9e-90  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.647793 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0318  DNA repair protein RadA  40.33 
 
 		 470 aa  332  9e-90  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0305  DNA repair protein RadA  41.07 
 
 		 450 aa  331  2e-89  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1707  DNA repair protein RadA  39.51 
 
 		 453 aa  331  2e-89  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0112208  normal  0.59861 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01521  DNA repair protein RadA  38.86 
 
 		 450 aa  330  3e-89  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.268386  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0926  DNA repair protein RadA  41.13 
 
 		 455 aa  330  4e-89  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0247  DNA repair protein RadA  42.53 
 
 		 448 aa  330  4e-89  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0965  DNA repair protein RadA  40.72 
 
 		 450 aa  328  9e-89  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0182  DNA repair protein RadA  41.14 
 
 		 449 aa  328  9e-89  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01501  DNA repair protein RadA  38.51 
 
 		 450 aa  328  1.0000000000000001e-88  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.309187  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0135  DNA repair protein RadA  38.64 
 
 		 449 aa  328  1.0000000000000001e-88  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0963  DNA repair protein RadA  41.94 
 
 		 446 aa  328  1.0000000000000001e-88  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000314277  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1582  DNA repair protein RadA  38.92 
 
 		 451 aa  328  2.0000000000000001e-88  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000655938  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0575  DNA repair protein RadA  38.92 
 
 		 451 aa  328  2.0000000000000001e-88  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9143  DNA repair protein RadA  37.85 
 
 		 466 aa  327  2.0000000000000001e-88  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4206  DNA repair protein RadA  36.75 
 
 		 520 aa  328  2.0000000000000001e-88  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0396  DNA repair protein RadA  42.07 
 
 		 443 aa  326  5e-88  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1314  DNA repair protein RadA  38.03 
 
 		 446 aa  325  9e-88  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.080824  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0887  DNA repair protein RadA  38.98 
 
 		 450 aa  325  1e-87  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1044  DNA repair protein RadA  39.58 
 
 		 466 aa  325  1e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>