134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1320 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1320  hypothetical protein  100 
 
 		 181 aa  360  6e-99  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2513  hypothetical protein  66.26 
 
 		 329 aa  225  3e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2106  hypothetical protein  43.48 
 
 		 317 aa  134  5e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3461  hypothetical protein  29.01 
 
 		 1667 aa  69.3  0.00000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0200466 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0107  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  32.26 
 
 		 272 aa  67.8  0.00000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1651  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  27.22 
 
 		 366 aa  65.5  0.0000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0495995  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1180  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.72 
 
 		 348 aa  64.3  0.0000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0109  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  30.97 
 
 		 354 aa  63.5  0.000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1241  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.63 
 
 		 320 aa  63.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0330167  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0108  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  29.87 
 
 		 354 aa  62.8  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1111  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.66 
 
 		 415 aa  62.8  0.000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4548  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.51 
 
 		 347 aa  62.8  0.000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.433204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2720  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.29 
 
 		 327 aa  62  0.000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.441743  normal  0.222343 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2583  hypothetical protein  24.14 
 
 		 312 aa  61.6  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3230  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.4 
 
 		 517 aa  61.6  0.000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.476229  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1940  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.14 
 
 		 320 aa  61.2  0.000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.960235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4384  hypothetical protein  30.67 
 
 		 314 aa  60.8  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.491749  normal  0.153461 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.52 
 
 		 312 aa  60.1  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0162  hypothetical protein  30.32 
 
 		 387 aa  59.3  0.00000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0104  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  39.78 
 
 		 353 aa  58.9  0.00000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2304  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.4 
 
 		 317 aa  56.2  0.0000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0594691 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1704  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.14 
 
 		 689 aa  56.6  0.0000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5265  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.92 
 
 		 327 aa  56.6  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2584  surface antigen gene  29.37 
 
 		 479 aa  56.2  0.0000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.223545  normal  0.185762 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0101  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  29.03 
 
 		 354 aa  55.8  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2189  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.99 
 
 		 348 aa  56.2  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2353  triple helix repeat-containing collagen  27.27 
 
 		 580 aa  55.1  0.0000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0008  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.97 
 
 		 328 aa  54.7  0.0000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1967  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  30.11 
 
 		 370 aa  54.3  0.0000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.235271  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2474  serine/threonine protein kinase  27.74 
 
 		 776 aa  54.3  0.0000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000122678  hitchhiker  0.00951365 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1859  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.71 
 
 		 329 aa  53.9  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.981734  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3143  cell surface protein  29.85 
 
 		 819 aa  53.1  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.302282  normal  0.566596 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0102  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  33.68 
 
 		 154 aa  53.1  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3937  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.88 
 
 		 334 aa  53.5  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.328417  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3620  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.72 
 
 		 324 aa  53.1  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.793181  normal  0.0342651 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.37 
 
 		 323 aa  52.4  0.000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0690  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.3 
 
 		 318 aa  52.4  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0314651  normal  0.511949 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2950  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  36.71 
 
 		 821 aa  52.8  0.000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0877418  normal  0.740521 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1798  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.12 
 
 		 328 aa  52.8  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.178604 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1471  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.71 
 
 		 348 aa  52  0.000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5316  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.64 
 
 		 330 aa  52.4  0.000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.131426  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4419  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.38 
 
 		 1170 aa  52  0.000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.834695  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1279  hypothetical protein  27.81 
 
 		 329 aa  50.4  0.00001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1847  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.64 
 
 		 328 aa  50.4  0.00001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2393  hypothetical protein  32.98 
 
 		 391 aa  50.1  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0136177  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2182  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.64 
 
 		 328 aa  49.7  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.960919  normal  0.361947 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2068  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.73 
 
 		 328 aa  49.7  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5104  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.42 
 
 		 366 aa  48.9  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.109087 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5012  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.18 
 
 		 328 aa  49.3  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5020  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  31.31 
 
 		 311 aa  48.9  0.00004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0163627 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1794  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.29 
 
 		 338 aa  48.9  0.00004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000588252 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2094  hypothetical protein  24.04 
 
 		 343 aa  48.5  0.00004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.327538  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2848  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.16 
 
 		 329 aa  48.5  0.00006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.221591  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3145  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  37.33 
 
 		 327 aa  48.1  0.00006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0028  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.15 
 
 		 340 aa  48.1  0.00007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.828005  decreased coverage  0.000046618 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0029  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.15 
 
 		 340 aa  48.1  0.00007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.15 
 
 		 340 aa  48.1  0.00007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.802386 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2413  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.08 
 
 		 335 aa  47.8  0.00008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.992934 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3851  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.53 
 
 		 334 aa  47.8  0.00008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6217  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  29.03 
 
 		 829 aa  47.8  0.00009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.597655  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1117  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.86 
 
 		 331 aa  47  0.0001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1253  hypothetical protein  27.78 
 
 		 679 aa  47  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.337339  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5392  YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  26.27 
 
 		 377 aa  47  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0101451 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0721  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  22.94 
 
 		 344 aa  47  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.285892 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  21.43 
 
 		 328 aa  47.4  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.804553 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0031  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  31.25 
 
 		 328 aa  47.4  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal  0.96246 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2448  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  37.5 
 
 		 658 aa  47  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.165811  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1813  hypothetical protein  27.78 
 
 		 306 aa  46.6  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2124  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.03 
 
 		 320 aa  47  0.0002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0490929  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3772  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.16 
 
 		 406 aa  47  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1990  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.68 
 
 		 470 aa  46.2  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0685  S54 family peptidase  31.82 
 
 		 625 aa  46.6  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.085166  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0591  peptidase, S54 (rhomboid) family  31.82 
 
 		 625 aa  46.6  0.0002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1252  putative signal peptide protein  23.35 
 
 		 330 aa  46.2  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.603691  normal  0.989203 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0874  cell surface protein  29.01 
 
 		 332 aa  45.8  0.0003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.560524  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2064  putative signal peptide protein  23.9 
 
 		 339 aa  45.8  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1242  hypothetical protein  25.47 
 
 		 810 aa  45.8  0.0003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1750  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  30.06 
 
 		 451 aa  45.8  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000566962  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5324  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  29.29 
 
 		 311 aa  46.2  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0700232  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  31.31 
 
 		 752 aa  45.8  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000481443  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2282  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  37.5 
 
 		 658 aa  45.8  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.512242 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1947  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  21.15 
 
 		 321 aa  45.4  0.0004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.107167  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1165  hypothetical protein  27.69 
 
 		 325 aa  45.1  0.0005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5700  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.03 
 
 		 362 aa  45.1  0.0005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.851059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3892  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.52 
 
 		 660 aa  45.1  0.0005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2380  hypothetical protein  24.05 
 
 		 250 aa  45.1  0.0006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.110668  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1117  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  21.92 
 
 		 329 aa  45.1  0.0006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.472449  normal  0.949748 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5946  hypothetical protein  22.04 
 
 		 335 aa  44.7  0.0007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.413052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4621  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  22.47 
 
 		 318 aa  44.7  0.0007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.70566  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3038  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  21.02 
 
 		 332 aa  44.7  0.0007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.355652  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2913  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.96 
 
 		 1067 aa  44.7  0.0008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.511883  normal  0.352036 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1892  hypothetical protein  23.33 
 
 		 334 aa  44.3  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.181009  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3149  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  21.93 
 
 		 336 aa  43.9  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.392869  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4004  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  29.35 
 
 		 417 aa  44.3  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.540358  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3094  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  20 
 
 		 329 aa  43.9  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0484  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  20.63 
 
 		 323 aa  43.9  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.558778 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2457  cytochrome d1 heme region  21.66 
 
 		 660 aa  44.3  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.274267  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0188  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  21.39 
 
 		 384 aa  43.9  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2669  YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  20.25 
 
 		 329 aa  43.1  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4743  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  28.67 
 
 		 457 aa  43.1  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>