More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0882 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_0882  Rieske iron-sulfur protein 2Fe-2S subunit  100 
 
 
370 aa  769    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0233  Rieske (2Fe-2S) region  64.5 
 
 
365 aa  516  1.0000000000000001e-145  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0567601  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1777  Rieske (2Fe-2S) domain protein  63.78 
 
 
368 aa  497  1e-139  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.111763  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1711  Rieske (2Fe-2S) region  62.36 
 
 
374 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.983866  hitchhiker  0.000992271 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2429  Rieske (2Fe-2S) domain protein  63.29 
 
 
365 aa  489  1e-137  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.979535  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0879  Rieske (2Fe-2S) region  62.47 
 
 
367 aa  490  1e-137  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2036  Rieske (2Fe-2S) domain protein  63.64 
 
 
365 aa  489  1e-137  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0969359  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4823  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  63.22 
 
 
368 aa  485  1e-136  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.158974  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2537  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  62.94 
 
 
368 aa  484  1e-135  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0361  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  62.94 
 
 
368 aa  484  1e-135  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2224  dioxygenase alpha subunit  62.02 
 
 
365 aa  483  1e-135  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3651  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  62.37 
 
 
368 aa  481  1e-135  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.787195  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0327  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  62.94 
 
 
368 aa  484  1e-135  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1703  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  62.94 
 
 
368 aa  484  1e-135  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0845  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  62.94 
 
 
368 aa  484  1e-135  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3773  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  62.63 
 
 
368 aa  481  1e-135  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.134191  normal  0.0223706 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0611  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  62.94 
 
 
368 aa  483  1e-135  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3951  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  62.67 
 
 
368 aa  482  1e-135  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1509  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  62.94 
 
 
368 aa  484  1e-135  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2618  Rieske (2Fe-2S) region  62.02 
 
 
367 aa  483  1e-135  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.1815  normal  0.645323 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1707  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  63.01 
 
 
368 aa  482  1e-135  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4489  Rieske (2Fe-2S) region  62.37 
 
 
368 aa  481  1e-135  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2395  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  62.94 
 
 
370 aa  483  1e-135  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3876  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  62.37 
 
 
368 aa  481  1e-135  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.249656 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2214  Rieske (2Fe-2S) protein  62.37 
 
 
368 aa  479  1e-134  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.458794  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2830  putative osmotic adaptation-related protein  63.22 
 
 
368 aa  479  1e-134  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3247  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  62.63 
 
 
368 aa  481  1e-134  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.2156  normal  0.0195633 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6784  Rieske (2Fe-2S) domain protein  62.94 
 
 
368 aa  479  1e-134  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0426814  hitchhiker  0.000146793 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3058  Rieske (2Fe-2S) region  61.44 
 
 
393 aa  469  1.0000000000000001e-131  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.312011  hitchhiker  0.000201005 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1425  Rieske (2Fe-2S) domain protein  60.88 
 
 
368 aa  459  9.999999999999999e-129  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.293584  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2239  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  59.03 
 
 
379 aa  445  1.0000000000000001e-124  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.820026  normal  0.0541114 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1035  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  59.57 
 
 
379 aa  445  1.0000000000000001e-124  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0688106 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2012  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  59.57 
 
 
379 aa  443  1e-123  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.314134  hitchhiker  0.00922772 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0953  Rieske (2Fe-2S) domain protein  59.3 
 
 
379 aa  444  1e-123  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.579213  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3370  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  57.07 
 
 
388 aa  429  1e-119  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1568  Rieske (2Fe-2S) domain protein  56.2 
 
 
380 aa  422  1e-117  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3280  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  57.49 
 
 
383 aa  423  1e-117  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2634  putative dioxygenase (alpha subunit) oxidoreductase protein  56.14 
 
 
386 aa  419  1e-116  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.456409  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1744  Rieske (2Fe-2S) region  55.56 
 
 
376 aa  419  1e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.517961 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2878  Rieske (2Fe-2S) protein  55.5 
 
 
385 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1498  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  56.23 
 
 
372 aa  416  9.999999999999999e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0146  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.78 
 
 
358 aa  112  9e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3791  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  27.15 
 
 
362 aa  109  7.000000000000001e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.71996  normal  0.360216 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0979  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  27.55 
 
 
362 aa  109  9.000000000000001e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3165  Rieske (2Fe-2S) region  25.27 
 
 
393 aa  94.4  3e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0538  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.27 
 
 
432 aa  93.2  7e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0332131  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7447  Rieske (2Fe-2S) domain protein  27.87 
 
 
398 aa  89.4  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.857744 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18770  ring-hydroxylating dioxygenase, large terminal subunit  28.78 
 
 
380 aa  87.8  3e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.760818  normal  0.333095 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1680  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  26.17 
 
 
355 aa  87.4  4e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.229115  hitchhiker  0.000101719 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3935  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  24.12 
 
 
385 aa  86.3  7e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0946647  normal  0.167315 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3312  Rieske (2Fe-2S) domain protein  30.37 
 
 
408 aa  84.3  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3534  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.85 
 
 
473 aa  82.4  0.00000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4003  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  31.31 
 
 
383 aa  81.6  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3851  Rieske (2Fe-2S) protein  23.86 
 
 
374 aa  80.9  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0219002 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7702  putative dioxygenase  23.81 
 
 
380 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1003  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.57 
 
 
423 aa  80.1  0.00000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.122707  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1952  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.5 
 
 
376 aa  80.1  0.00000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1889  Rieske (2Fe-2S) protein  26.32 
 
 
420 aa  79.7  0.00000000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.099621  normal  0.0626613 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4150  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.29 
 
 
384 aa  77.8  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.288761 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2770  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  27.34 
 
 
398 aa  77.8  0.0000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0200185  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1004  Rieske (2Fe-2S) protein  29.59 
 
 
445 aa  77.8  0.0000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4738  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  27.85 
 
 
377 aa  77  0.0000000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.590157  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2666  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.11 
 
 
424 aa  76.3  0.0000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0911716  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02037  putative dioxygenase (alpha subunit) oxidoreductase protein  30.05 
 
 
414 aa  75.9  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.265627 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5229  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.82 
 
 
390 aa  75.9  0.000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.395256  normal  0.666696 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0159  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.68 
 
 
340 aa  75.5  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0747  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  32.47 
 
 
422 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.239242  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0478  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  32.47 
 
 
413 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2115  iron-sulphur Rieske protein  32.47 
 
 
413 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3490  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.31 
 
 
392 aa  74.7  0.000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6764  putative dioxygenase  27.23 
 
 
414 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.963222 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1861  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  32.47 
 
 
413 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.523473  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1773  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.14 
 
 
383 aa  75.1  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0119557  normal  0.0397341 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1753  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  22.95 
 
 
374 aa  75.5  0.000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000408747 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1516  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  22.95 
 
 
374 aa  75.5  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2194  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  24.32 
 
 
373 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.143682  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1619  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  22.95 
 
 
374 aa  75.5  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1189  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.21 
 
 
450 aa  75.1  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0835  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  32.47 
 
 
422 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1972  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  32.47 
 
 
422 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0635134  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2062  Rieske 2Fe-2S domain protein  22.8 
 
 
374 aa  74.7  0.000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.901443  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0999  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  32.47 
 
 
422 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.75168  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0703  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  32.47 
 
 
422 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.917605  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1330  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  23.88 
 
 
369 aa  73.6  0.000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4621  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.69 
 
 
423 aa  73.6  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.252321  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1386  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  22.8 
 
 
374 aa  73.6  0.000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.373829  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5289  Rieske (2Fe-2S) domain protein  28.06 
 
 
417 aa  73.2  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.54502  normal  0.0949615 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4897  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  27.41 
 
 
410 aa  73.6  0.000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.71235 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01772  predicted 2Fe-2S cluster-containing protein  22.8 
 
 
374 aa  73.2  0.000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2028  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  22.8 
 
 
374 aa  73.2  0.000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.121527  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1841  Rieske (2Fe-2S) domain protein  22.8 
 
 
374 aa  73.2  0.000000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.213142  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4174  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.64 
 
 
440 aa  73.2  0.000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.000409814  normal  0.0305498 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1890  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  22.8 
 
 
374 aa  73.2  0.000000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2528  Rieske 2Fe-2S domain protein  22.8 
 
 
374 aa  73.2  0.000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0428403  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01760  hypothetical protein  22.8 
 
 
374 aa  73.2  0.000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2476  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.84 
 
 
419 aa  73.2  0.000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.75426 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0636  Rieske (2Fe-2S) domain protein  27.36 
 
 
455 aa  72.8  0.000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1560  Rieske (2Fe-2S) region  29.44 
 
 
434 aa  72.8  0.000000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0721  Choline monooxygenase  25.9 
 
 
362 aa  72.8  0.000000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.651442 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3114  Rieske (2Fe-2S) region  28.27 
 
 
367 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>