More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0389 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0389  peptidyl-tRNA hydrolase  100 
 
 		 202 aa  412  1e-114  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0179253 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3629  peptidyl-tRNA hydrolase  72.4 
 
 		 226 aa  265  2.9999999999999995e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0591  peptidyl-tRNA hydrolase  58.95 
 
 		 191 aa  231  6e-60  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3122  peptidyl-tRNA hydrolase  59.28 
 
 		 201 aa  215  4e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.984207  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0090  peptidyl-tRNA hydrolase  59.28 
 
 		 201 aa  215  4e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.971877  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4347  peptidyl-tRNA hydrolase  58.56 
 
 		 210 aa  211  7e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0676  peptidyl-tRNA hydrolase  55.38 
 
 		 213 aa  211  7e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3227  peptidyl-tRNA hydrolase  55.61 
 
 		 232 aa  209  2e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.783936 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0897  peptidyl-tRNA hydrolase  54.84 
 
 		 230 aa  209  3e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.185924  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4135  peptidyl-tRNA hydrolase  59.6 
 
 		 200 aa  208  4e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2190  peptidyl-tRNA hydrolase  59.59 
 
 		 199 aa  207  6e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0999239  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2804  peptidyl-tRNA hydrolase  59.59 
 
 		 199 aa  207  6e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.236272  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2815  peptidyl-tRNA hydrolase  59.59 
 
 		 199 aa  207  8e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.490887  normal  0.867617 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6134  peptidyl-tRNA hydrolase  59.59 
 
 		 199 aa  207  8e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.014975  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1291  peptidyl-tRNA hydrolase  56.35 
 
 		 204 aa  207  8e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.800618 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2722  peptidyl-tRNA hydrolase  59.59 
 
 		 199 aa  206  1e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.016718  normal  0.312318 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2864  peptidyl-tRNA hydrolase  59.59 
 
 		 199 aa  206  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00616861  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0511  peptidyl-tRNA hydrolase  59.59 
 
 		 199 aa  206  3e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0583  peptidyl-tRNA hydrolase  58.59 
 
 		 200 aa  205  4e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.258134  normal  0.0303401 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0893  peptidyl-tRNA hydrolase  54.12 
 
 		 211 aa  204  8e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.741302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0822  peptidyl-tRNA hydrolase  54.12 
 
 		 211 aa  204  1e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.750534  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1662  peptidyl-tRNA hydrolase  54.7 
 
 		 225 aa  202  4e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.107221  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0472  peptidyl-tRNA hydrolase  59.79 
 
 		 201 aa  201  5e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0394  peptidyl-tRNA hydrolase  51.83 
 
 		 192 aa  201  9e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000248474  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0313  peptidyl-tRNA hydrolase  56.57 
 
 		 200 aa  200  9.999999999999999e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.163585  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0287  peptidyl-tRNA hydrolase  59.78 
 
 		 198 aa  198  5e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.854961  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5435  peptidyl-tRNA hydrolase  54.14 
 
 		 207 aa  197  7.999999999999999e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1500  peptidyl-tRNA hydrolase  59.79 
 
 		 201 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.494558  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0751  peptidyl-tRNA hydrolase  59.79 
 
 		 201 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.497669  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0567  peptidyl-tRNA hydrolase  59.79 
 
 		 201 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00595812  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2928  peptidyl-tRNA hydrolase  59.79 
 
 		 201 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.132435  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0583  peptidyl-tRNA hydrolase  59.79 
 
 		 201 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1170  peptidyl-tRNA hydrolase  51.85 
 
 		 194 aa  196  3e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3500  peptidyl-tRNA hydrolase  56.63 
 
 		 213 aa  194  6e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000021188 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0949  peptidyl-tRNA hydrolase  55.25 
 
 		 216 aa  192  2e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.803923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0340  peptidyl-tRNA hydrolase  57.61 
 
 		 199 aa  191  8e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3612  peptidyl-tRNA hydrolase  54.14 
 
 		 213 aa  191  9e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.821004 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3732  peptidyl-tRNA hydrolase  56.68 
 
 		 192 aa  190  1e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.292366 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0248  peptidyl-tRNA hydrolase  54.08 
 
 		 200 aa  187  9e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0170  peptidyl-tRNA hydrolase  51.35 
 
 		 193 aa  187  9e-47  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00869457 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0275  peptidyl-tRNA hydrolase  54.08 
 
 		 200 aa  187  1e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.613029  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1922  peptidyl-tRNA hydrolase  54.87 
 
 		 196 aa  187  1e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0393  peptidyl-tRNA hydrolase  55.1 
 
 		 217 aa  186  3e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.602694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0071  peptidyl-tRNA hydrolase  53.3 
 
 		 187 aa  186  3e-46  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0183  peptidyl-tRNA hydrolase  50.54 
 
 		 193 aa  185  4e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0154785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1627  peptidyl-tRNA hydrolase  54.36 
 
 		 196 aa  184  7e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.660591  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1058  peptidyl-tRNA hydrolase  54.95 
 
 		 187 aa  184  7e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.0054523  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2042  peptidyl-tRNA hydrolase  52.75 
 
 		 187 aa  183  1.0000000000000001e-45  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4755  peptidyl-tRNA hydrolase  55.26 
 
 		 194 aa  180  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215279  normal  0.389314 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0942  peptidyl-tRNA hydrolase  55.26 
 
 		 194 aa  177  9e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.693869 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1102  peptidyl-tRNA hydrolase  55.26 
 
 		 194 aa  177  1e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0529  Aminoacyl-tRNA hydrolase  52.33 
 
 		 193 aa  176  2e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41540  peptidyl-tRNA hydrolase  52.63 
 
 		 194 aa  175  3e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61790  peptidyl-tRNA hydrolase  53.68 
 
 		 194 aa  175  5e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0172217  normal  0.0107656 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5322  peptidyl-tRNA hydrolase  53.68 
 
 		 194 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.380222  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2116  peptidyl-tRNA hydrolase  50 
 
 		 192 aa  172  2.9999999999999996e-42  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000106612  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2205  peptidyl-tRNA hydrolase  50 
 
 		 192 aa  172  3.9999999999999995e-42  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00180767  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0516  peptidyl-tRNA hydrolase  47.85 
 
 		 193 aa  172  3.9999999999999995e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2107  peptidyl-tRNA hydrolase  51.05 
 
 		 207 aa  171  5.999999999999999e-42  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0023185  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0720  peptidyl-tRNA hydrolase  52.11 
 
 		 194 aa  171  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0347  peptidyl-tRNA hydrolase  52.26 
 
 		 203 aa  171  7.999999999999999e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.244581 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0754  peptidyl-tRNA hydrolase  52.11 
 
 		 194 aa  171  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3134  peptidyl-tRNA hydrolase  50.77 
 
 		 208 aa  170  1e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000686708  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02582  peptidyl-tRNA hydrolase  47.64 
 
 		 193 aa  170  2e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00538326  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0764  peptidyl-tRNA hydrolase  51.58 
 
 		 194 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.58536  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4463  peptidyl-tRNA hydrolase  51.58 
 
 		 194 aa  169  3e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2920  peptidyl-tRNA hydrolase  49.74 
 
 		 195 aa  167  8e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000374558  normal  0.0910923 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1053  peptidyl-tRNA hydrolase  50.79 
 
 		 196 aa  167  1e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.114072 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0294  peptidyl-tRNA hydrolase  48.5 
 
 		 193 aa  166  2e-40  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2570  peptidyl-tRNA hydrolase  44.62 
 
 		 194 aa  165  4e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3436  peptidyl-tRNA hydrolase  49.48 
 
 		 195 aa  164  6.9999999999999995e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0164133  hitchhiker  0.000578467 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3300  peptidyl-tRNA hydrolase  49.48 
 
 		 195 aa  164  6.9999999999999995e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000155581  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3258  peptidyl-tRNA hydrolase  49.48 
 
 		 195 aa  164  6.9999999999999995e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00539535  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1109  peptidyl-tRNA hydrolase  49.48 
 
 		 195 aa  164  6.9999999999999995e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00116388  hitchhiker  0.000000000970821 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1184  peptidyl-tRNA hydrolase  48.97 
 
 		 195 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0728  peptidyl-tRNA hydrolase  46.88 
 
 		 192 aa  163  1.0000000000000001e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.116266 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1804  peptidyl-tRNA hydrolase  51.89 
 
 		 189 aa  163  2.0000000000000002e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1007  peptidyl-tRNA hydrolase  48.97 
 
 		 195 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000149931  normal  0.240982 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1072  peptidyl-tRNA hydrolase  48.97 
 
 		 195 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0876072  normal  0.0565044 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2146  peptidyl-tRNA hydrolase  51.89 
 
 		 189 aa  163  2.0000000000000002e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1011  peptidyl-tRNA hydrolase  50 
 
 		 195 aa  162  3e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00579564  normal  0.052266 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3468  peptidyl-tRNA hydrolase  49.21 
 
 		 194 aa  161  5.0000000000000005e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000174641  normal  0.19866 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2853  peptidyl-tRNA hydrolase  48.45 
 
 		 195 aa  161  5.0000000000000005e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000370002  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04540  peptidyl-tRNA hydrolase  45.55 
 
 		 194 aa  160  1e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1984  peptidyl-tRNA hydrolase  53.8 
 
 		 196 aa  160  1e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0267905 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0504  peptidyl-tRNA hydrolase  48.21 
 
 		 194 aa  160  2e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1632  peptidyl-tRNA hydrolase  48.31 
 
 		 196 aa  159  3e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00924241 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3693  peptidyl-tRNA hydrolase  52.63 
 
 		 194 aa  158  6e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000643435  normal  0.128415 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0818  peptidyl-tRNA hydrolase  50 
 
 		 195 aa  158  6e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000832673  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0987  peptidyl-tRNA hydrolase  49.2 
 
 		 194 aa  156  2e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3258  peptidyl-tRNA hydrolase  50.53 
 
 		 197 aa  155  3e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00577247 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2367  aminoacyl-tRNA hydrolase  48.96 
 
 		 196 aa  155  3e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4340  peptidyl-tRNA hydrolase  47.34 
 
 		 192 aa  154  8e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.480593  normal  0.292105 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4633  peptidyl-tRNA hydrolase  47.34 
 
 		 192 aa  154  8e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.557373 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4254  peptidyl-tRNA hydrolase  47.34 
 
 		 192 aa  154  8e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0285  peptidyl-tRNA hydrolase  51.03 
 
 		 197 aa  154  9e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1980  peptidyl-tRNA hydrolase  51.05 
 
 		 194 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0660178  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1916  peptidyl-tRNA hydrolase  50.8 
 
 		 194 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.295058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2572  peptidyl-tRNA hydrolase  47.37 
 
 		 195 aa  154  1e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00102375  normal  0.060871 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1354  peptidyl-tRNA hydrolase  50.8 
 
 		 194 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00856454  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>