More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2775 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2775  dihydrolipoamide dehydrogenase  100 
 
 
452 aa  905    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.373811  normal  0.869545 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2829  dihydrolipoamide dehydrogenase  65.3 
 
 
464 aa  580  1e-164  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4388  dihydrolipoamide dehydrogenase  64.3 
 
 
465 aa  579  1e-164  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4760  dihydrolipoamide dehydrogenase  63.85 
 
 
462 aa  571  1.0000000000000001e-162  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6500  dihydrolipoamide dehydrogenase  63.95 
 
 
465 aa  571  1.0000000000000001e-162  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.264998  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0527  dihydrolipoamide dehydrogenase  63.79 
 
 
464 aa  569  1e-161  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0459  dihydrolipoamide dehydrogenase  63.58 
 
 
464 aa  566  1e-160  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3554  dihydrolipoamide dehydrogenase  63.79 
 
 
464 aa  564  1.0000000000000001e-159  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2299  dihydrolipoamide dehydrogenase  57.94 
 
 
466 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.947723  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2010  dihydrolipoamide dehydrogenase  57.94 
 
 
466 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1033  dihydrolipoamide dehydrogenase  57.94 
 
 
466 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.889645  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1408  dihydrolipoamide dehydrogenase  58.15 
 
 
466 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3064  dihydrolipoamide dehydrogenase  58.15 
 
 
466 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1319  dihydrolipoamide dehydrogenase  57.94 
 
 
466 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3190  dihydrolipoamide dehydrogenase  58.15 
 
 
466 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2301  dihydrolipoamide dehydrogenase  57.94 
 
 
466 aa  504  1e-141  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.44531  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1246  dihydrolipoamide dehydrogenase  57.02 
 
 
463 aa  497  1e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.873311  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0765  dihydrolipoamide dehydrogenase  57.02 
 
 
463 aa  497  1e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4363  dihydrolipoamide dehydrogenase  56.8 
 
 
463 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1219  dihydrolipoamide dehydrogenase  56.59 
 
 
463 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3965  dihydrolipoamide dehydrogenase  56.21 
 
 
459 aa  490  1e-137  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1126  dihydrolipoamide dehydrogenase  56.16 
 
 
463 aa  491  1e-137  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.333956  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35490  dihydrolipoamide dehydrogenase  56.18 
 
 
464 aa  489  1e-137  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00730291 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3466  dihydrolipoamide dehydrogenase  54.76 
 
 
457 aa  486  1e-136  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.146186  normal  0.11895 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2991  dihydrolipoamide dehydrogenase  56.18 
 
 
464 aa  485  1e-136  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1137  dihydrolipoamide dehydrogenase  55.72 
 
 
463 aa  488  1e-136  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.249929  normal  0.4255 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4404  dihydrolipoamide dehydrogenase  55.56 
 
 
459 aa  483  1e-135  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.574545 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1450  dihydrolipoamide dehydrogenase  55.34 
 
 
459 aa  483  1e-135  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3745  dihydrolipoamide dehydrogenase  56.21 
 
 
459 aa  480  1e-134  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.46243 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1873  dihydrolipoamide dehydrogenase  56.5 
 
 
467 aa  473  1e-132  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0779  dihydrolipoamide dehydrogenase  55.46 
 
 
466 aa  468  9.999999999999999e-131  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0709  dihydrolipoamide dehydrogenase  53.33 
 
 
476 aa  441  1e-123  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.732763 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3594  dihydrolipoamide dehydrogenase  45.74 
 
 
492 aa  372  1e-102  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1665  dihydrolipoamide dehydrogenase  45.42 
 
 
491 aa  369  1e-101  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.771016  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2671  dihydrolipoamide dehydrogenase  43.9 
 
 
470 aa  367  1e-100  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000595879  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0955  dihydrolipoamide dehydrogenase  44.59 
 
 
470 aa  365  1e-99  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.205743  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1805  dihydrolipoamide dehydrogenase  45.09 
 
 
616 aa  364  2e-99  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3880  dihydrolipoamide dehydrogenase  43.25 
 
 
470 aa  362  6e-99  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3796  dihydrolipoamide dehydrogenase  42.83 
 
 
470 aa  362  6e-99  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00896053  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4181  dihydrolipoamide dehydrogenase  43.25 
 
 
470 aa  362  6e-99  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.321449  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3984  dihydrolipoamide dehydrogenase  43.25 
 
 
470 aa  362  6e-99  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4018  dihydrolipoamide dehydrogenase  43.47 
 
 
470 aa  362  7.0000000000000005e-99  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.761112  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3728  dihydrolipoamide dehydrogenase  43.47 
 
 
470 aa  362  7.0000000000000005e-99  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4088  dihydrolipoamide dehydrogenase  43.47 
 
 
470 aa  362  7.0000000000000005e-99  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000285775  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3234  dihydrolipoamide dehydrogenase  44.84 
 
 
475 aa  362  8e-99  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.056831  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3712  dihydrolipoamide dehydrogenase  43.04 
 
 
470 aa  361  1e-98  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1178  dihydrolipoamide dehydrogenase  42.8 
 
 
468 aa  361  1e-98  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.00000305556  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1156  dihydrolipoamide dehydrogenase  42.8 
 
 
468 aa  361  1e-98  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00928669  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1168  dihydrolipoamide dehydrogenase  43.04 
 
 
470 aa  361  1e-98  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4072  dihydrolipoamide dehydrogenase  43.04 
 
 
470 aa  361  1e-98  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1835  dihydrolipoamide dehydrogenase  43.94 
 
 
470 aa  359  6e-98  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0683  dihydrolipoamide dehydrogenase  42.73 
 
 
468 aa  357  1.9999999999999998e-97  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0142  dihydrolipoamide dehydrogenase  46.04 
 
 
475 aa  351  1e-95  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.262371  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0454  dihydrolipoamide dehydrogenase  43.82 
 
 
470 aa  347  2e-94  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0985  dihydrolipoamide dehydrogenase  44.89 
 
 
472 aa  334  2e-90  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.747719 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03103  dihydrolipoamide dehydrogenase  43.54 
 
 
607 aa  333  3e-90  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0331  dihydrolipoamide dehydrogenase  40.9 
 
 
473 aa  328  1.0000000000000001e-88  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2393  dihydrolipoamide dehydrogenase  41.52 
 
 
459 aa  328  2.0000000000000001e-88  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0110453  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2965  dihydrolipoamide dehydrogenase  43.58 
 
 
680 aa  322  8e-87  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.155449  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3520  dihydrolipoamide dehydrogenase  42.42 
 
 
602 aa  322  9.999999999999999e-87  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.501053  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1219  dihydrolipoamide dehydrogenase  39.79 
 
 
479 aa  320  5e-86  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4147  dihydrolipoamide dehydrogenase  44.35 
 
 
469 aa  319  5e-86  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.515477  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1156  dihydrolipoamide dehydrogenase  40.38 
 
 
480 aa  317  2e-85  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.354559  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1998  dihydrolipoamide dehydrogenase  42.23 
 
 
481 aa  316  5e-85  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3352  dihydrolipoamide dehydrogenase  38.55 
 
 
474 aa  315  7e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000157637  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1911  dihydrolipoamide dehydrogenase  40.6 
 
 
603 aa  315  9e-85  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00687521  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0353  dihydrolipoamide dehydrogenase  40.38 
 
 
468 aa  315  9.999999999999999e-85  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.22335 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7193  dihydrolipoamide dehydrogenase  42.51 
 
 
619 aa  313  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0515  dihydrolipoamide dehydrogenase  37.47 
 
 
463 aa  313  4.999999999999999e-84  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.023508  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1241  dihydrolipoamide dehydrogenase  42.26 
 
 
599 aa  313  4.999999999999999e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0048  dihydrolipoamide dehydrogenase  40.34 
 
 
472 aa  313  5.999999999999999e-84  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2607  dihydrolipoamide dehydrogenase  36.77 
 
 
474 aa  311  2e-83  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00261038 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0634  dihydrolipoamide dehydrogenase  38.08 
 
 
475 aa  309  6.999999999999999e-83  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000338686  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6299  dihydrolipoamide dehydrogenase  41.11 
 
 
625 aa  309  8e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0179219 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2108  dihydrolipoamide dehydrogenase  42.12 
 
 
484 aa  308  9e-83  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.288637  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4192  dihydrolipoamide dehydrogenase  40.33 
 
 
481 aa  308  1.0000000000000001e-82  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.751883  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1981  dihydrolipoamide dehydrogenase  40.17 
 
 
603 aa  308  1.0000000000000001e-82  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.01171  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2038  dihydrolipoamide dehydrogenase  42.12 
 
 
484 aa  308  1.0000000000000001e-82  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0740  dihydrolipoamide dehydrogenase  39.65 
 
 
469 aa  307  2.0000000000000002e-82  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.010396  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1093  dihydrolipoamide dehydrogenase  39.91 
 
 
474 aa  306  4.0000000000000004e-82  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.136846  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1256  dihydrolipoamide dehydrogenase  40.18 
 
 
472 aa  306  5.0000000000000004e-82  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29750  dihydrolipoamide dehydrogenase  39.36 
 
 
477 aa  306  6e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.913625  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1822  dihydrolipoamide dehydrogenase  42.12 
 
 
484 aa  306  6e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.154015  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4805  dihydrolipoamide dehydrogenase  38.68 
 
 
477 aa  305  9.000000000000001e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2201  2-oxoglutarate dehydrogenase, E3 component, lipoamide dehydrogenase  38.96 
 
 
478 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00788973  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1582  dihydrolipoamide dehydrogenase  42.03 
 
 
467 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1130  dihydrolipoamide dehydrogenase  42.12 
 
 
466 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.392309  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2011  dihydrolipoamide dehydrogenase  38.33 
 
 
478 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.156976  normal  0.369181 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0271  dihydrolipoamide dehydrogenase  40.74 
 
 
593 aa  304  2.0000000000000002e-81  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.146735  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1264  dihydrolipoamide dehydrogenase  39.2 
 
 
472 aa  304  3.0000000000000004e-81  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.71337  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2764  dihydrolipoamide dehydrogenase  40.46 
 
 
477 aa  303  3.0000000000000004e-81  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1621  dihydrolipoamide dehydrogenase  40.99 
 
 
463 aa  303  3.0000000000000004e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.785994  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1524  lipoamide dehydrogenase  37.99 
 
 
474 aa  302  6.000000000000001e-81  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3911  dihydrolipoamide dehydrogenase  38.24 
 
 
475 aa  302  8.000000000000001e-81  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000450783  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3964  dihydrolipoamide dehydrogenase  39.35 
 
 
468 aa  302  8.000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.321391  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3687  dihydrolipoamide dehydrogenase  39.45 
 
 
478 aa  302  8.000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.338346  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43970  dihydrolipoamide dehydrogenase  39.45 
 
 
478 aa  302  8.000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0508378  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3674  dihydrolipoamide dehydrogenase  39.78 
 
 
468 aa  301  1e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.974564 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1459  lipoamide dehydrogenase  37.77 
 
 
474 aa  301  1e-80  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2936  dihydrolipoamide dehydrogenase  39.57 
 
 
468 aa  301  1e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>