86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2748 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2748  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  100 
 
 		 173 aa  344  3e-94  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000637156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4704  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  35.88 
 
 		 156 aa  71.6  0.000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2292  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  34.41 
 
 		 193 aa  63.9  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.61649 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5096  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.93 
 
 		 174 aa  61.6  0.000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4881  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25 
 
 		 170 aa  54.3  0.0000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0408  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.49 
 
 		 175 aa  53.5  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2238  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  38.14 
 
 		 167 aa  53.1  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0034  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  36.36 
 
 		 627 aa  52.4  0.000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0544  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  35.62 
 
 		 161 aa  51.2  0.000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.557919  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1947  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  36.36 
 
 		 635 aa  50.1  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118826  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4716  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30 
 
 		 164 aa  49.7  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.60201  normal  0.0226509 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3835  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.26 
 
 		 172 aa  49.7  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0823774  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0619  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  32.41 
 
 		 182 aa  50.1  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.355022  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4632  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  25.16 
 
 		 624 aa  48.5  0.00004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000248929  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07670  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, small permease component  30.47 
 
 		 196 aa  48.1  0.00005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0195  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  25 
 
 		 192 aa  47.8  0.00008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.224778  normal  0.132499 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6142  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  29.92 
 
 		 619 aa  47.4  0.00009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1267  aspartate kinase, monofunctional class  25 
 
 		 172 aa  47  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.457772  normal  0.0118778 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1350  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.17 
 
 		 171 aa  46.2  0.0002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.810937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0330  TRAP transporter, DctQ-like membrane protein  23.91 
 
 		 180 aa  46.6  0.0002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2685  TrapT dctQ-M fusion permease, dicarboxylate transport  36 
 
 		 627 aa  46.6  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.633009 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1445  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  32.18 
 
 		 212 aa  46.6  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.361291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02559  hypothetical protein  27.13 
 
 		 187 aa  46.6  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3644  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  34.09 
 
 		 620 aa  46.2  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.173742 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3543  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.53 
 
 		 165 aa  46.6  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.186116  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3078  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  36.76 
 
 		 632 aa  45.8  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1383  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  26.47 
 
 		 241 aa  46.2  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0125297  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2721  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  39.06 
 
 		 627 aa  45.8  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.250068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5645  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  43.33 
 
 		 623 aa  45.1  0.0004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000773231 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1662  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  26.47 
 
 		 241 aa  45.1  0.0004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.964618  normal  0.892075 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1387  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.47 
 
 		 241 aa  45.4  0.0004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000495058 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7228  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  39.73 
 
 		 628 aa  45.4  0.0004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3481  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.37 
 
 		 168 aa  45.4  0.0004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.117501  normal  0.940122 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0446  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  34.85 
 
 		 187 aa  45.4  0.0004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000156898  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0702  TRAP dicarboxylate transporter, permease component  24.75 
 
 		 621 aa  45.1  0.0005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000972925  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2862  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.93 
 
 		 183 aa  45.1  0.0005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.779712  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3117  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.12 
 
 		 184 aa  45.1  0.0005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.573948  hitchhiker  0.000638451 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0984  TRAP transporter DctM family protein  38.57 
 
 		 631 aa  44.7  0.0006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5227  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.44 
 
 		 195 aa  43.9  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.158403 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6993  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  34.88 
 
 		 631 aa  43.9  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.800495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1549  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system small permease component-like  25.87 
 
 		 174 aa  44.3  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.170274  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5945  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  25.86 
 
 		 195 aa  44.3  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0274895  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5331  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  29.27 
 
 		 193 aa  43.9  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.991967  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1536  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  43.14 
 
 		 638 aa  43.5  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.747826 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5667  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  42.86 
 
 		 622 aa  43.9  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6042  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, small permease component (dctQ subunit)  26.49 
 
 		 188 aa  43.9  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0220277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4576  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  32.04 
 
 		 240 aa  43.5  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.323841 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4095  TRAP-type C4-dicarboxylate transporter small and large permease  39.06 
 
 		 628 aa  43.5  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0585194 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3271  TRAP-type C4-dicarboxylate transporter small and large permease  31.08 
 
 		 619 aa  43.9  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.373435  normal  0.294977 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0788  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.63 
 
 		 156 aa  43.9  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1318  C4-dicarboxylate transport system, small subunit  26.24 
 
 		 150 aa  44.3  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000464953  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4816  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  35.53 
 
 		 625 aa  44.3  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.290966  normal  0.395519 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1604  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  25 
 
 		 161 aa  43.5  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.078531  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0860  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.57 
 
 		 174 aa  43.1  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.346513 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004049  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system small permease component  26.44 
 
 		 224 aa  43.1  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0439  TRAP dicarboxylate transporter, fused DctM (12TM) and DctQ (4TM) subunits  38.36 
 
 		 628 aa  43.1  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0661  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  32.81 
 
 		 169 aa  43.5  0.002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1068  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  22.6 
 
 		 177 aa  43.1  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.261575  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1942  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.94 
 
 		 275 aa  43.1  0.002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0685331 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1940  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25 
 
 		 164 aa  43.1  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0344722  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2741  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  37.84 
 
 		 626 aa  43.1  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.359375  normal  0.0328397 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2910  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.87 
 
 		 230 aa  42.7  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.293027  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0258  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.19 
 
 		 161 aa  42.7  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2122  ArsR family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 180 aa  43.1  0.002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0479632  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1833  putative TRAP transporter  24.22 
 
 		 188 aa  43.1  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.860518 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1113  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.14 
 
 		 183 aa  42.7  0.003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.296573 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2783  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.49 
 
 		 156 aa  42.7  0.003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00888275  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4195  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.32 
 
 		 176 aa  42.7  0.003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.293358  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3138  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.8 
 
 		 223 aa  42.4  0.003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.428126  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0449  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.36 
 
 		 188 aa  42  0.004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4386  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  39.06 
 
 		 628 aa  42.4  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.575529  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1646  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.83 
 
 		 186 aa  42  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.351495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1538  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  33.72 
 
 		 623 aa  41.6  0.006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0479957  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0785  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  30.69 
 
 		 185 aa  41.6  0.006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1732  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.03 
 
 		 155 aa  41.2  0.006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00171017  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3120  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  42.55 
 
 		 627 aa  41.6  0.006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.525657  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0271  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.57 
 
 		 173 aa  41.6  0.006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1743  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  24.19 
 
 		 164 aa  41.2  0.007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2754  tripartite ATP-independent periplasmic transporter  33.77 
 
 		 196 aa  41.2  0.008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.03848 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6354  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  38.98 
 
 		 623 aa  41.2  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.522934  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3310  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  42.55 
 
 		 629 aa  41.2  0.008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1518  putative C4-dicarboxylate transport protein DctQ  27.38 
 
 		 232 aa  40.8  0.01  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3213  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.35 
 
 		 171 aa  40.8  0.01  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2909  tripartite ATP-independent periplasmic transporter, DctQ component  31.51 
 
 		 234 aa  40.8  0.01  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2025  TRAP-type C4-dicarboxylate transporter small and large permease  44.44 
 
 		 627 aa  40.8  0.01  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.19419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0353  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  21.57 
 
 		 197 aa  40.8  0.01  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0563377  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>