66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2754 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2754  tripartite ATP-independent periplasmic transporter  100 
 
 		 196 aa  377  1e-104  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.03848 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3359  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  60.71 
 
 		 196 aa  209  3e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.437866 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2862  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  34.62 
 
 		 183 aa  82.8  0.000000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.779712  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0520  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  43.84 
 
 		 182 aa  69.7  0.00000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0094685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2410  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.72 
 
 		 181 aa  56.2  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.932493  normal  0.231406 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0788  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.93 
 
 		 156 aa  55.1  0.0000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0485  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  29.7 
 
 		 181 aa  54.3  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.598438  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2137  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.7 
 
 		 181 aa  53.9  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.103028  normal  0.59177 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0544  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  32.97 
 
 		 161 aa  53.9  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.557919  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4881  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.52 
 
 		 170 aa  53.5  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4716  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.93 
 
 		 164 aa  53.5  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.60201  normal  0.0226509 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0720  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  32.99 
 
 		 151 aa  51.6  0.000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3318  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  40.22 
 
 		 175 aa  52  0.000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00300706  normal  0.60312 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5944  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.48 
 
 		 171 aa  50.1  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2148  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  29.59 
 
 		 176 aa  50.4  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.106976  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0554  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  32.95 
 
 		 176 aa  49.7  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.29193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0449  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  32.32 
 
 		 164 aa  49.3  0.00003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.471261  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2497  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.34 
 
 		 168 aa  48.5  0.00006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1686  TRAP transporter DctQ-like membrane protein  27.34 
 
 		 168 aa  48.5  0.00006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00716632  normal  0.0339689 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2400  TRAP transporter, DctQ-like membrane protein  27.34 
 
 		 168 aa  48.5  0.00006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000887899  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3481  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  34.31 
 
 		 168 aa  48.1  0.00008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.117501  normal  0.940122 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5096  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.5 
 
 		 174 aa  47.4  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4816  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  42.62 
 
 		 625 aa  47  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.290966  normal  0.395519 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0045  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  33.33 
 
 		 170 aa  47  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.325039 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1870  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.63 
 
 		 164 aa  47  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.18722 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5331  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  29.63 
 
 		 193 aa  47  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.991967  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2953  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  33.33 
 
 		 188 aa  47  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1743  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28.4 
 
 		 164 aa  46.2  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1940  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.4 
 
 		 164 aa  46.2  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0344722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5135  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.36 
 
 		 189 aa  46.2  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.621733 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1612  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  33.33 
 
 		 177 aa  46.2  0.0003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000153615  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0771  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  32.53 
 
 		 174 aa  46.6  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3875  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  36.47 
 
 		 169 aa  45.4  0.0005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0870629 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4195  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.17 
 
 		 176 aa  45.4  0.0005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.293358  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4092  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  34.48 
 
 		 166 aa  45.4  0.0005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.499769  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0129  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, small permease component (dctQ subunit)  26.82 
 
 		 181 aa  45.4  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.524832  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3296  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  35.14 
 
 		 164 aa  45.4  0.0005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.165555  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1794  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  25.23 
 
 		 175 aa  45.4  0.0005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3078  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  39.74 
 
 		 632 aa  45.1  0.0007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2373  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  29.17 
 
 		 622 aa  44.7  0.0009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0343  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  29.29 
 
 		 168 aa  44.3  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1068  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28.24 
 
 		 177 aa  44.3  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.261575  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0386  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28.85 
 
 		 168 aa  44.7  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0899  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.37 
 
 		 175 aa  43.5  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.275981  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1723  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  31.31 
 
 		 164 aa  43.9  0.002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0475394  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4632  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  30.3 
 
 		 624 aa  43.5  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000248929  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0195  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  26.87 
 
 		 192 aa  43.1  0.002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.224778  normal  0.132499 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4192  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.68 
 
 		 195 aa  43.5  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3955  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.11 
 
 		 178 aa  43.9  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.948597  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2748  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  32.08 
 
 		 173 aa  43.5  0.002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000637156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3835  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.95 
 
 		 172 aa  42.7  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0823774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3572  hypothetical protein  38.6 
 
 		 163 aa  43.1  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.163728 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4501  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.41 
 
 		 179 aa  43.1  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.832526  normal  0.604438 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0089  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  37.35 
 
 		 188 aa  42.4  0.004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3965  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.85 
 
 		 191 aa  42.7  0.004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.123911  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3446  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  37.7 
 
 		 171 aa  42.7  0.004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.82702  normal  0.0799989 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0752  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  36.07 
 
 		 206 aa  42.4  0.005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.417644  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1050  TRAP dicarboxylate transporter, DctQ subunit, putative  26.32 
 
 		 175 aa  42  0.006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.188481  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6517  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.65 
 
 		 190 aa  42  0.006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.328098  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4095  TRAP-type C4-dicarboxylate transporter small and large permease  31.76 
 
 		 628 aa  42  0.006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0585194 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0234  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  33.33 
 
 		 164 aa  41.6  0.008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.224777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1524  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  34.85 
 
 		 186 aa  41.6  0.008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0215474  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7435  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.25 
 
 		 190 aa  41.6  0.008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.808455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2593  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.79 
 
 		 183 aa  41.2  0.009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0480245  normal  0.0803761 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1539  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.75 
 
 		 186 aa  41.2  0.01  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.51669  normal  0.0662213 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1518  putative C4-dicarboxylate transport protein DctQ  23.61 
 
 		 232 aa  41.2  0.01  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>