More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1530 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_1530  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
522 aa  1064    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0910104 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  34.37 
 
 
569 aa  307  4.0000000000000004e-82  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1756  AMP-dependent synthetase and ligase  35.66 
 
 
564 aa  300  4e-80  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.598576 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  34.59 
 
 
549 aa  296  6e-79  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1626  AMP-dependent synthetase and ligase  35 
 
 
573 aa  293  5e-78  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0256  AMP-dependent synthetase and ligase  35.58 
 
 
583 aa  290  4e-77  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0139167 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1725  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.65 
 
 
585 aa  287  2.9999999999999996e-76  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00134138  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 
585 aa  286  5.999999999999999e-76  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  34.05 
 
 
561 aa  286  7e-76  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  34.23 
 
 
551 aa  285  2.0000000000000002e-75  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  35.51 
 
 
565 aa  283  6.000000000000001e-75  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  33.21 
 
 
559 aa  282  9e-75  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  34.71 
 
 
539 aa  281  2e-74  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4351  AMP-dependent synthetase and ligase  35.73 
 
 
578 aa  279  7e-74  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  33.58 
 
 
583 aa  277  4e-73  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.82 
 
 
514 aa  277  4e-73  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.4 
 
 
561 aa  275  1.0000000000000001e-72  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.67 
 
 
582 aa  273  7e-72  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.33 
 
 
561 aa  272  9e-72  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  34.36 
 
 
520 aa  272  1e-71  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.64 
 
 
561 aa  271  2e-71  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.4 
 
 
561 aa  271  2e-71  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.21 
 
 
563 aa  270  4e-71  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.02 
 
 
561 aa  270  4e-71  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1256  AMP-dependent synthetase and ligase  34.25 
 
 
573 aa  270  5e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.590511 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.21 
 
 
563 aa  270  5.9999999999999995e-71  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1611  AMP-dependent synthetase and ligase  34.89 
 
 
584 aa  270  5.9999999999999995e-71  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.187495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.95 
 
 
563 aa  267  2.9999999999999995e-70  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.95 
 
 
563 aa  267  2.9999999999999995e-70  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.5 
 
 
582 aa  268  2.9999999999999995e-70  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4074  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.99 
 
 
561 aa  267  4e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  36 
 
 
506 aa  262  8.999999999999999e-69  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2684  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.27 
 
 
567 aa  262  1e-68  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.503393 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  34.86 
 
 
577 aa  261  2e-68  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.305311  hitchhiker  0.00000703503 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 
525 aa  261  3e-68  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0952  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.9 
 
 
563 aa  260  4e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.412461  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  38.44 
 
 
566 aa  259  6e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  32.39 
 
 
557 aa  259  8e-68  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2084  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 
591 aa  258  2e-67  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.557199 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1323  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.72 
 
 
561 aa  256  6e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3734  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.15 
 
 
560 aa  256  6e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.862355  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1784  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 
590 aa  256  6e-67  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.682843  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3638  AMP-dependent synthetase and ligase  34.71 
 
 
543 aa  256  7e-67  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1757  AMP-dependent synthetase and ligase  32.12 
 
 
554 aa  256  9e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.384408  normal  0.62754 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1344  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.27 
 
 
572 aa  255  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.77905 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1738  AMP-dependent synthetase and ligase  34.44 
 
 
549 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0121059  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4746  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.54 
 
 
563 aa  254  3e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1312  AMP-dependent synthetase and ligase  32.08 
 
 
564 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.384847  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  31.35 
 
 
521 aa  253  5.000000000000001e-66  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0353  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase protein  32.28 
 
 
565 aa  252  9.000000000000001e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.333466  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2685  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.26 
 
 
557 aa  252  9.000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0867888  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1886  pseudouridine synthase, Rsu  41.21 
 
 
533 aa  252  1e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0503  AMP-dependent synthetase and ligase  34.1 
 
 
492 aa  251  2e-65  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0307  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 
571 aa  251  2e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0610213 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3148  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.68 
 
 
560 aa  251  2e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4238  AMP-dependent synthetase and ligase  33.98 
 
 
527 aa  251  2e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  31.55 
 
 
512 aa  251  2e-65  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0371  AMP-dependent synthetase and ligase  34.21 
 
 
544 aa  251  3e-65  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00566676  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2857  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.13 
 
 
569 aa  250  4e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2994  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.14 
 
 
560 aa  250  6e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.562113  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  33.47 
 
 
662 aa  249  7e-65  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0321  AMP-dependent synthetase and ligase  35.6 
 
 
503 aa  249  8e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.289675  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1035  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.64 
 
 
590 aa  248  1e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.526739  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1276  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.64 
 
 
590 aa  248  1e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.011036  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1957  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.64 
 
 
590 aa  248  1e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000391168  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.38 
 
 
512 aa  249  1e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0131  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.64 
 
 
590 aa  248  1e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0305097  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1782  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.64 
 
 
590 aa  248  1e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.177104  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2905  AMP-dependent synthetase and ligase  34.21 
 
 
502 aa  249  1e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.587257 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1803  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.64 
 
 
590 aa  248  1e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.911304  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1764  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.64 
 
 
590 aa  248  1e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0022418  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3104  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.41 
 
 
569 aa  248  2e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.219632  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  32.48 
 
 
490 aa  248  2e-64  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2221  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.96 
 
 
562 aa  248  2e-64  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.202713 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2739  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.41 
 
 
569 aa  248  2e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4440  AMP-dependent synthetase and ligase  31.12 
 
 
549 aa  247  3e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00251188 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0303  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.86 
 
 
581 aa  247  3e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.993767  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0289  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.86 
 
 
554 aa  247  4e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.883702  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0959  AMP-dependent synthetase and ligase  32.83 
 
 
558 aa  247  4e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.336851  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1864  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.09 
 
 
557 aa  247  4e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00374532  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2760  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.16 
 
 
573 aa  246  9e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000411499  hitchhiker  0.00194378 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1898  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.28 
 
 
557 aa  246  9e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0400392  normal  0.937461 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1456  AMP-dependent synthetase and ligase  32.79 
 
 
584 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.877669  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3633  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.4 
 
 
557 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.956552  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2231  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.29 
 
 
572 aa  246  9.999999999999999e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00224599  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01137  acyl-CoA synthetase (long-chain-fatty-acid-CoA ligase), acyl-adenylate activating enzyme  31.23 
 
 
550 aa  245  9.999999999999999e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00114592  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2529  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.34 
 
 
590 aa  245  1.9999999999999999e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.26444  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1423  AMP-dependent synthetase and ligase  39.66 
 
 
510 aa  244  1.9999999999999999e-63  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0373  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.34 
 
 
581 aa  244  3e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.826783  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2375  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.81 
 
 
572 aa  244  3e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1185  AMP-dependent synthetase and ligase  32.96 
 
 
569 aa  244  3e-63  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.609931 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1934  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.45 
 
 
558 aa  244  3.9999999999999997e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.015964  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1891  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.72 
 
 
557 aa  243  5e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0198205  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3097  AMP-dependent synthetase and ligase  31.57 
 
 
536 aa  243  5e-63  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.329407  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1000  AMP-dependent synthetase and ligase  33.2 
 
 
573 aa  243  5e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00216584  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3115  AMP-dependent synthetase and ligase  31.47 
 
 
584 aa  243  5e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2428  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.72 
 
 
557 aa  243  6e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0268357  normal  0.181613 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1569  long-chain fatty-acid-CoA ligase, putative  31.96 
 
 
510 aa  243  7e-63  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.890411  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1557  AMP-dependent synthetase and ligase  33.02 
 
 
544 aa  243  7e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1416  AMP-dependent synthetase and ligase  32.61 
 
 
584 aa  243  7e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.498039  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>