100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1137 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_1137  hypothetical protein  100 
 
 
483 aa  947    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.136806  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3635  hypothetical protein  54.41 
 
 
479 aa  500  1e-140  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.251821  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0064  hypothetical protein  45.83 
 
 
489 aa  372  1e-101  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0500  hypothetical protein  44.97 
 
 
472 aa  367  1e-100  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.19137 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1710  hypothetical protein  43.39 
 
 
503 aa  356  6.999999999999999e-97  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.792915  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2275  hypothetical protein  42.35 
 
 
473 aa  344  2e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.493912 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1029  hypothetical protein  42.18 
 
 
485 aa  335  1e-90  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0898  hypothetical protein  42.15 
 
 
474 aa  329  6e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.897817  normal 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4253  hypothetical protein  43.67 
 
 
477 aa  325  1e-87  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.326142 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0173  hypothetical protein  43.23 
 
 
474 aa  324  3e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.208318 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3784  hypothetical protein  41.29 
 
 
474 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.650913  normal  0.334057 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2161  hypothetical protein  41.14 
 
 
484 aa  318  1e-85  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0757  hypothetical protein  40.38 
 
 
481 aa  312  9e-84  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4211  hypothetical protein  38 
 
 
482 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0458271  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3980  hypothetical protein  42.32 
 
 
498 aa  306  5.0000000000000004e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0272963  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2303  hypothetical protein  40.57 
 
 
483 aa  300  5e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.223349  normal  0.0447884 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5788  hypothetical protein  37.47 
 
 
484 aa  298  1e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0803  hypothetical protein  38.36 
 
 
479 aa  298  1e-79  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.381572  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0855  hypothetical protein  38.36 
 
 
479 aa  298  1e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.719485  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2964  hypothetical protein  37.42 
 
 
479 aa  289  1e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3163  hypothetical protein  43.52 
 
 
508 aa  287  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.147535  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3487  hypothetical protein  44.16 
 
 
508 aa  286  8e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4796  hypothetical protein  39.92 
 
 
631 aa  285  2.0000000000000002e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.518847  normal  0.599204 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2829  hypothetical protein  38.38 
 
 
460 aa  280  3e-74  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0400356  normal  0.158878 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3359  hypothetical protein  42.86 
 
 
521 aa  272  1e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7178  hypothetical protein  38.33 
 
 
475 aa  256  5e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5594  hypothetical protein  35.74 
 
 
494 aa  250  4e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.626136  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0936  hypothetical protein  37.77 
 
 
498 aa  194  4e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0507653  normal  0.623034 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4052  UbiA prenyltransferase  31.64 
 
 
295 aa  127  3e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0321079  normal  0.0610101 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3527  UbiA prenyltransferase  38.07 
 
 
304 aa  122  1.9999999999999998e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0233  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  33.52 
 
 
291 aa  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.394214  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01330  4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase-like prenyltransferase  35.62 
 
 
308 aa  118  1.9999999999999998e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.139856  normal  0.645084 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1995  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  33.68 
 
 
301 aa  117  3.9999999999999997e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1645  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  34.44 
 
 
296 aa  115  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0207  UbiA prenyltransferase  36.82 
 
 
308 aa  114  3e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1416  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  32.42 
 
 
320 aa  113  6e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.0000808669  hitchhiker  0.00108845 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1405  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  36 
 
 
286 aa  113  7.000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.289114 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1948  UbiA prenyltransferase  32.68 
 
 
290 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2194  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  33.19 
 
 
331 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.782786  normal  0.405209 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4052  UbiA prenyltransferase  33.47 
 
 
296 aa  112  1.0000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.820743 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1406  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  31.01 
 
 
318 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.151808  normal  0.364163 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1962  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  35.85 
 
 
284 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4060  UbiA prenyltransferase  31.51 
 
 
327 aa  110  6e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000422239  normal  0.0105884 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1013  UbiA prenyltransferase  33.21 
 
 
291 aa  109  9.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.810785 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2690  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  34.05 
 
 
301 aa  108  2e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000203093  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2248  UbiA prenyltransferase  30.89 
 
 
327 aa  108  3e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000928316  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0329  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  30.38 
 
 
294 aa  107  5e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6246  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  30.82 
 
 
321 aa  107  6e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.434954  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3242  UbiA prenyltransferase  31.16 
 
 
310 aa  106  9e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000441588  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1818  UbiA prenyltransferase  23.3 
 
 
335 aa  105  1e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1465  UbiA prenyltransferase  32.43 
 
 
288 aa  105  1e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0342243  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5398  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  35.87 
 
 
310 aa  105  2e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.221882 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5105  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  35.87 
 
 
310 aa  105  2e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.27999  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5017  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  35.87 
 
 
310 aa  105  2e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0164  UbiA prenyltransferase  33.85 
 
 
306 aa  105  2e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.256957  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5056  UbiA prenyltransferase  29.96 
 
 
295 aa  103  8e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.397977  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5061  UbiA prenyltransferase  29.96 
 
 
295 aa  103  8e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0169  UbiA prenyltransferase  37.43 
 
 
319 aa  103  9e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1642  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  35.38 
 
 
280 aa  102  1e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3731  UbiA prenyltransferase  32.96 
 
 
318 aa  102  2e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000383911  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5665  UbiA prenyltransferase  32.23 
 
 
334 aa  102  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.111259 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2111  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  37.58 
 
 
285 aa  101  3e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2584  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  35.59 
 
 
280 aa  101  4e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4030  UbiA prenyltransferase  32.56 
 
 
288 aa  100  5e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.216619 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13840  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  34.23 
 
 
302 aa  99.4  1e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.409705 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3882  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  29.92 
 
 
300 aa  98.6  2e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0147542 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0811  UbiA prenyltransferase  36.64 
 
 
308 aa  98.2  3e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3231  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  33.87 
 
 
326 aa  95.5  2e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3217  UbiA prenyltransferase  34.27 
 
 
315 aa  94.4  4e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00000417906  normal  0.0803548 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1216  UbiA prenyltransferase  29.07 
 
 
268 aa  94.4  5e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1502  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  41.34 
 
 
284 aa  89.4  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.130276  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5647  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  33.02 
 
 
309 aa  89.7  1e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0972771  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1739  UbiA prenyltransferase  37.32 
 
 
309 aa  88.6  2e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.463163  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1162  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  32.71 
 
 
309 aa  86.7  0.000000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.278608  normal  0.450588 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1773  UbiA prenyltransferase  33.83 
 
 
312 aa  86.3  0.000000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.143657  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03325  hypothetical protein  34.5 
 
 
288 aa  82.8  0.00000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0993  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  31.98 
 
 
281 aa  82.8  0.00000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3500  UbiA prenyltransferase  32.95 
 
 
303 aa  82  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0251416  normal  0.998384 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1026  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  30.36 
 
 
281 aa  82  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1966  UbiA prenyltransferase  36.52 
 
 
301 aa  79.3  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2376  UbiA prenyltransferase  35.71 
 
 
293 aa  79.7  0.0000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00872573 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2460  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  36.05 
 
 
294 aa  78.2  0.0000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.372558  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0269  UbiA prenyltransferase  34.69 
 
 
322 aa  73.9  0.000000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0509  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  27.5 
 
 
286 aa  72.4  0.00000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.229996 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2564  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  33.19 
 
 
296 aa  72  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0132  putative transmembrane potein  36.52 
 
 
124 aa  71.6  0.00000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0144788  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0315  prenyltransferase  26.67 
 
 
283 aa  47.8  0.0004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0134  UbiA prenyltransferase  26.52 
 
 
180 aa  47  0.0007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00304633  normal  0.917223 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6496  UbiA prenyltransferase  32.14 
 
 
328 aa  47  0.0008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.518447  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3361  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  30.39 
 
 
316 aa  44.7  0.004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.230126  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2396  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  30.39 
 
 
316 aa  44.7  0.004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.38401  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1173  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  30.39 
 
 
370 aa  44.7  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1976  UbiA prenyltransferase  30.87 
 
 
344 aa  44.7  0.004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000000257247 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1693  prenyltransferase  28.18 
 
 
288 aa  44.7  0.004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00802705  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0312  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  30.39 
 
 
370 aa  44.7  0.004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1286  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  29.75 
 
 
310 aa  43.9  0.006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3350  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  31.91 
 
 
287 aa  43.1  0.01  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1647  Geranylgeranylglycerol-phosphate geranylgeranyltransferase  30.77 
 
 
282 aa  43.1  0.01  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.114853  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0950  (S)-2,3-di-O-geranylgeranylglyceryl phosphate synthase  27.74 
 
 
278 aa  43.1  0.01  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3316  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  31.91 
 
 
287 aa  43.1  0.01  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>