114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4211 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_4211  hypothetical protein  100 
 
 
482 aa  962    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0458271  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0064  hypothetical protein  43.14 
 
 
489 aa  329  6e-89  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4796  hypothetical protein  39.41 
 
 
631 aa  310  2.9999999999999997e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.518847  normal  0.599204 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1137  hypothetical protein  38 
 
 
483 aa  308  2.0000000000000002e-82  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.136806  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0803  hypothetical protein  38.54 
 
 
479 aa  304  2.0000000000000002e-81  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.381572  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1710  hypothetical protein  37.34 
 
 
503 aa  303  6.000000000000001e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.792915  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0855  hypothetical protein  38.33 
 
 
479 aa  301  1e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.719485  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0898  hypothetical protein  40.08 
 
 
474 aa  299  9e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.897817  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3784  hypothetical protein  39.45 
 
 
474 aa  296  7e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.650913  normal  0.334057 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3635  hypothetical protein  40.31 
 
 
479 aa  296  7e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.251821  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3163  hypothetical protein  39.63 
 
 
508 aa  294  2e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.147535  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3487  hypothetical protein  40.04 
 
 
508 aa  293  7e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2275  hypothetical protein  38.22 
 
 
473 aa  292  1e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.493912 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0500  hypothetical protein  39.78 
 
 
472 aa  292  1e-77  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.19137 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2161  hypothetical protein  39.61 
 
 
484 aa  289  7e-77  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4253  hypothetical protein  38.27 
 
 
477 aa  288  2e-76  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.326142 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2964  hypothetical protein  36.92 
 
 
479 aa  284  3.0000000000000004e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1029  hypothetical protein  38.64 
 
 
485 aa  282  8.000000000000001e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2303  hypothetical protein  38.96 
 
 
483 aa  278  1e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.223349  normal  0.0447884 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3980  hypothetical protein  39.14 
 
 
498 aa  278  1e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0272963  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0173  hypothetical protein  39.28 
 
 
474 aa  278  2e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.208318 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5594  hypothetical protein  36.33 
 
 
494 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.626136  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2829  hypothetical protein  37 
 
 
460 aa  268  1e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0400356  normal  0.158878 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0757  hypothetical protein  36.92 
 
 
481 aa  266  5e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3359  hypothetical protein  38.64 
 
 
521 aa  258  2e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5788  hypothetical protein  34.6 
 
 
484 aa  248  1e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7178  hypothetical protein  36.05 
 
 
475 aa  231  3e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0936  hypothetical protein  36.97 
 
 
498 aa  216  9.999999999999999e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0507653  normal  0.623034 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2194  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  37.61 
 
 
331 aa  120  7e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.782786  normal  0.405209 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5056  UbiA prenyltransferase  40 
 
 
295 aa  116  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.397977  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5061  UbiA prenyltransferase  40 
 
 
295 aa  116  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0164  UbiA prenyltransferase  32.77 
 
 
306 aa  113  8.000000000000001e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.256957  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5017  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  34.63 
 
 
310 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0233  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  29.52 
 
 
291 aa  112  1.0000000000000001e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.394214  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5105  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  34.63 
 
 
310 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.27999  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5398  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  34.63 
 
 
310 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.221882 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2690  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  31.84 
 
 
301 aa  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000203093  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0207  UbiA prenyltransferase  36.68 
 
 
308 aa  109  9.000000000000001e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01330  4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase-like prenyltransferase  30.96 
 
 
308 aa  108  2e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.139856  normal  0.645084 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3217  UbiA prenyltransferase  35.03 
 
 
315 aa  105  2e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00000417906  normal  0.0803548 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5647  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  34.12 
 
 
309 aa  104  3e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0972771  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3242  UbiA prenyltransferase  31.88 
 
 
310 aa  104  4e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000441588  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1162  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  34.01 
 
 
309 aa  103  6e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.278608  normal  0.450588 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0169  UbiA prenyltransferase  35.96 
 
 
319 aa  102  1e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1642  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  32.48 
 
 
280 aa  102  2e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1962  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  28.73 
 
 
284 aa  100  6e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1995  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  28.66 
 
 
301 aa  100  8e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1645  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  28.28 
 
 
296 aa  99  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1948  UbiA prenyltransferase  36.63 
 
 
290 aa  97.4  5e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4060  UbiA prenyltransferase  34.39 
 
 
327 aa  97.4  5e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000422239  normal  0.0105884 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2248  UbiA prenyltransferase  35.29 
 
 
327 aa  96.7  7e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000928316  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3882  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  31.25 
 
 
300 aa  97.1  7e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0147542 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1818  UbiA prenyltransferase  34.18 
 
 
335 aa  95.5  2e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13840  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  30.8 
 
 
302 aa  94.7  3e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.409705 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3231  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  36.82 
 
 
326 aa  94  5e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4052  UbiA prenyltransferase  29.14 
 
 
296 aa  94  5e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.820743 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1406  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  30.64 
 
 
318 aa  93.6  7e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.151808  normal  0.364163 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1405  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  34.71 
 
 
286 aa  93.2  8e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.289114 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0811  UbiA prenyltransferase  36.36 
 
 
308 aa  93.2  9e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0329  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  32.96 
 
 
294 aa  92.8  1e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5665  UbiA prenyltransferase  34.25 
 
 
334 aa  91.7  2e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.111259 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1416  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  30.17 
 
 
320 aa  91.7  3e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.0000808669  hitchhiker  0.00108845 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3527  UbiA prenyltransferase  33.52 
 
 
304 aa  91.3  4e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4052  UbiA prenyltransferase  32.56 
 
 
295 aa  89.7  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0321079  normal  0.0610101 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2376  UbiA prenyltransferase  31.8 
 
 
293 aa  89  2e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00872573 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2584  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  33.14 
 
 
280 aa  87.8  4e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6246  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  28.1 
 
 
321 aa  87.4  5e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.434954  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2564  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  35.88 
 
 
296 aa  85.1  0.000000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2111  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  32.4 
 
 
285 aa  85.9  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1966  UbiA prenyltransferase  30.04 
 
 
301 aa  84.7  0.000000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4030  UbiA prenyltransferase  31.74 
 
 
288 aa  79.3  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.216619 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1465  UbiA prenyltransferase  24.37 
 
 
288 aa  79.3  0.0000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0342243  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1013  UbiA prenyltransferase  33.71 
 
 
291 aa  78.6  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.810785 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1773  UbiA prenyltransferase  29.45 
 
 
312 aa  78.2  0.0000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.143657  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1216  UbiA prenyltransferase  35.51 
 
 
268 aa  76.3  0.000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1502  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  29.24 
 
 
284 aa  73.2  0.000000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.130276  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2460  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  39.31 
 
 
294 aa  73.2  0.00000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.372558  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1739  UbiA prenyltransferase  35.75 
 
 
309 aa  70.5  0.00000000006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.463163  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3731  UbiA prenyltransferase  25.41 
 
 
318 aa  70.1  0.00000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000383911  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0269  UbiA prenyltransferase  32.14 
 
 
322 aa  69.3  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0509  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  29.94 
 
 
286 aa  64.7  0.000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.229996 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03325  hypothetical protein  34.48 
 
 
288 aa  63.9  0.000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0132  putative transmembrane potein  33.04 
 
 
124 aa  63.9  0.000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0144788  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3500  UbiA prenyltransferase  32.76 
 
 
303 aa  62  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0251416  normal  0.998384 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1026  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  28.3 
 
 
281 aa  60.5  0.00000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0993  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  28.46 
 
 
281 aa  59.7  0.0000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0159  protoheme IX farnesyltransferase (cytochrome o ubiquinol oxidase C subunit IV)  26.15 
 
 
290 aa  54.7  0.000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6496  UbiA prenyltransferase  33.61 
 
 
328 aa  54.7  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.518447  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001557  heme O synthase protoheme IX farnesyltransferase COX10-CtaB  27.47 
 
 
290 aa  52.8  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0264  heavy metal translocating P-type ATPase  30.25 
 
 
815 aa  47  0.0008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3420  heavy metal translocating P-type ATPase  30.25 
 
 
815 aa  47  0.0008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1647  Geranylgeranylglycerol-phosphate geranylgeranyltransferase  28.46 
 
 
282 aa  46.6  0.001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.114853  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2479  putative cation transport P-type ATPase  33.04 
 
 
765 aa  46.2  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.354353  normal  0.180774 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0497  protoheme IX farnesyltransferase  31.78 
 
 
295 aa  46.2  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.621665 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1976  UbiA prenyltransferase  27.21 
 
 
344 aa  46.2  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000000257247 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3181  protoheme IX farnesyltransferase  31.78 
 
 
296 aa  45.8  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.025635  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4302  heavy metal translocating P-type ATPase  29.41 
 
 
815 aa  45.8  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0503  protoheme IX farnesyltransferase  31.78 
 
 
296 aa  45.8  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.153723  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0463  protoheme IX farnesyltransferase  31.78 
 
 
296 aa  45.8  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0271295  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3205  protoheme IX farnesyltransferase  31.78 
 
 
296 aa  45.8  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000844737 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>